genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.31.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9815271--9815304	16	2.3	15	90	10	52	35	17	8	38	1.81
9815332--9815379	25	1.9	25	95	0	87	33	20	18	27	1.96
9816002--9816066	27	2.4	27	79	5	69	21	24	16	36	1.94
9816120--9816227	27	3.9	27	75	13	94	32	7	17	42	1.77
9816124--9816281	54	2.9	54	81	6	158	30	8	18	42	1.80
9816169--9816325	27	5.8	27	77	9	133	29	8	20	40	1.83
9816182--9816306	54	2.3	54	86	2	162	28	8	21	41	1.81
9816338--9816429	27	3.4	27	87	0	139	44	9	19	26	1.81
9816436--9816514	28	2.9	27	84	3	104	32	8	18	39	1.82
9816407--9816525	27	4.4	27	80	2	121	31	8	21	38	1.83
9816182--9816530	27	12.9	26	75	9	114	34	9	19	36	1.84
9816406--9816537	55	2.4	55	75	1	131	31	8	23	37	1.84
9818853--9818938	42	2.0	42	91	4	138	39	20	12	26	1.89
9819089--9819185	26	3.8	26	93	2	153	25	22	24	26	2.00
9819236--9819292	20	2.8	20	91	0	96	31	19	12	36	1.89
9819236--9819291	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
9819273--9819306	16	2.3	15	90	10	52	35	17	8	38	1.81
9819334--9819381	25	1.9	25	91	0	78	27	22	20	29	1.99
9820123--9820230	27	3.9	27	75	13	94	31	7	18	42	1.78
9820120--9820289	54	3.1	54	80	5	157	32	10	17	40	1.83
9820172--9820309	27	5.1	27	78	7	129	28	8	21	41	1.82
9820185--9820309	54	2.3	53	84	2	151	28	8	21	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9820186--9820342	27	5.8	26	73	12	95	28	11	20	40	1.87
9820330--9820398	27	2.6	26	80	11	68	40	8	18	31	1.81
9820341--9820398	27	2.1	27	90	0	89	41	6	20	31	1.79
9820296--9820510	108	2.0	108	95	0	385	37	10	18	33	1.86
9820449--9820540	27	3.4	27	87	0	139	44	9	19	26	1.81
9820304--9820567	108	2.4	108	86	3	336	37	10	19	32	1.87
9820547--9820625	28	2.9	27	84	3	104	32	8	18	39	1.82
9820518--9820636	27	4.4	27	80	2	121	31	8	21	38	1.83
9820517--9820648	55	2.4	55	75	1	131	31	8	23	37	1.84
9822863--9822952	42	2.1	42	95	0	162	40	22	12	25	1.88
9823099--9823196	26	3.8	26	84	1	144	28	21	21	28	1.99
9823246--9823302	20	2.8	20	91	0	96	31	19	12	36	1.89
9823246--9823301	11	5.5	11	75	16	66	30	19	12	37	1.89
9823283--9823316	16	2.3	15	90	10	52	35	17	8	38	1.81
9824132--9824217	27	3.1	27	73	17	77	36	8	15	40	1.77
9824195--9824337	27	5.3	27	80	6	139	27	8	21	41	1.82
9824129--9824298	54	3.1	55	80	4	166	32	8	17	40	1.81
9824196--9824351	81	1.9	81	83	5	199	30	9	19	41	1.83
9824194--9824318	54	2.3	54	84	2	153	28	7	21	42	1.79
9824350--9824441	27	3.4	27	83	0	112	45	8	18	27	1.78
9824433--9824537	27	3.9	27	81	2	111	29	8	21	40	1.83
9824222--9824542	27	11.9	26	74	9	101	34	9	19	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9824426--9824791	183	2.0	184	96	1	671	33	9	23	33	1.87
9824631--9824709	28	2.9	27	84	3	104	32	8	18	39	1.82
9824616--9824720	27	3.9	27	82	2	120	29	8	22	39	1.84
9831102--9831325	40	5.6	40	87	5	276	24	20	27	27	1.99
9831063--9831325	80	3.3	80	86	2	334	24	20	27	27	1.99
9833120--9833226	53	2.0	53	98	0	205	53	15	9	21	1.70
9835209--9835234	13	2.0	13	100	0	52	53	7	30	7	1.57
9844255--9844438	94	2.0	94	92	2	307	30	18	21	29	1.97
9845801--9845851	25	2.0	25	81	7	59	19	13	29	37	1.90
9849185--9849302	42	2.8	43	82	8	136	32	25	18	23	1.97
9849185--9849297	43	2.7	43	83	9	126	30	26	18	23	1.98
9850415--9850439	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
9856215--9856311	42	2.3	43	83	5	126	30	22	17	28	1.97
9857430--9857456	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
9858291--9858332	20	2.0	20	82	13	50	33	30	9	26	1.88
9863920--9863949	15	1.9	16	93	6	53	33	0	23	43	1.54
9870219--9870309	27	3.4	27	76	3	85	43	18	15	21	1.87
9870297--9870425	27	4.8	27	78	3	143	27	16	20	36	1.93
9870762--9870811	18	2.8	18	87	0	73	20	16	14	50	1.78
9873749--9873786	8	4.8	8	81	12	51	52	18	26	2	1.58
9874216--9874320	27	3.9	27	79	9	106	27	17	18	37	1.93
9874216--9874352	54	2.5	54	81	5	152	26	16	19	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9874618--9874663	24	1.9	24	82	8	58	17	2	52	28	1.56
9880793--9880853	27	2.3	27	82	5	70	47	18	14	19	1.82
9880872--9881007	27	5.1	27	78	0	121	28	19	16	35	1.94
9886651--9886866	46	4.7	46	74	13	183	26	29	17	26	1.97
9886649--9886962	93	3.3	91	79	7	308	25	29	17	27	1.98
9894384--9894644	47	5.6	47	76	10	230	23	29	18	28	1.98
9894401--9894644	93	2.6	93	85	3	312	23	28	18	29	1.97
9894429--9894693	93	2.8	94	80	7	245	23	28	18	29	1.98
9894520--9894693	47	3.7	47	69	17	112	24	28	18	28	1.98
9895026--9895113	30	2.9	30	86	0	122	31	22	11	34	1.90
9905896--9905927	13	2.5	13	100	0	64	6	21	34	37	1.79
9907014--9907056	5	8.8	5	89	5	61	0	23	0	76	0.78
9907858--9907892	8	4.4	8	96	0	52	48	22	22	5	1.72
9908145--9908209	28	2.3	28	91	0	103	35	27	7	29	1.85
9908325--9908404	27	2.9	27	86	5	106	21	23	21	33	1.97
9908325--9908429	55	1.9	56	84	5	142	20	23	20	36	1.95
9914750--9914787	5	7.8	5	88	5	60	0	21	0	78	0.74
9915587--9915618	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
9915862--9915926	28	2.3	28	89	0	103	36	26	6	30	1.81
9916044--9916107	27	2.3	28	83	2	85	23	25	20	31	1.98
9916924--9916957	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
9922831--9922861	8	3.9	8	91	0	53	48	25	22	3	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9923109--9923201	28	3.3	28	95	0	159	33	26	7	32	1.85
9923307--9923396	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
9923307--9923421	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
9925666--9925749	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
9927369--9927483	27	4.3	27	84	7	144	16	24	22	36	1.94
9927369--9927483	54	2.1	54	88	3	169	16	24	22	36	1.94
9938390--9938444	29	1.9	28	88	3	83	27	18	25	29	1.98
9944653--9944677	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
9958059--9958240	40	4.6	40	91	1	276	23	20	27	29	1.99
9958059--9958308	40	6.3	40	86	3	267	23	22	27	27	1.99
9970903--9970969	26	2.5	26	80	7	73	25	8	11	53	1.66
9972572--9972606	13	2.6	14	90	4	54	37	28	5	28	1.80
9972645--9972698	20	2.7	20	82	0	63	24	5	33	37	1.79
9972728--9972765	14	2.7	15	84	12	53	13	5	31	50	1.63
9979785--9979888	40	2.6	41	86	7	133	27	28	23	20	1.99
9987345--9987522	40	4.5	40	83	4	193	25	29	23	21	1.99
9991700--9991964	47	5.7	46	78	10	232	23	29	18	28	1.98
9991700--9992010	93	3.3	90	82	9	333	23	29	18	28	1.98
9992954--9993005	26	2.0	26	96	0	95	19	26	5	48	1.71
9995451--9995549	28	3.5	28	74	15	114	26	28	18	27	1.98
9995426--9995549	56	2.2	56	95	0	230	26	31	16	25	1.97
10012755--10013010	47	5.4	48	77	13	212	25	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10012757--10013022	94	2.8	95	81	9	271	25	29	18	26	1.98
10013355--10013412	30	1.9	30	82	0	71	29	22	12	36	1.90
10016308--10016384	26	3.0	26	78	0	91	38	22	20	18	1.93
10020092--10020125	17	2.0	17	100	0	68	47	11	0	41	1.40
10020628--10020655	13	2.2	13	100	0	56	32	17	35	14	1.90
10024958--10025009	14	3.4	15	77	17	54	30	3	0	65	1.10
10026482--10026535	23	2.4	22	76	14	56	61	0	5	33	1.19
10027337--10027374	18	2.2	18	90	4	60	18	0	7	73	1.06
10027532--10027960	44	9.8	44	90	1	655	28	28	14	28	1.95
10034803--10035010	104	2.0	104	99	0	407	39	14	16	29	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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