genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.189.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  189  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62281368--62281934	45	12.2	45	69	14	233	27	21	17	32	1.96
62281641--62281935	44	6.6	44	75	4	189	29	22	16	31	1.96
62281680--62281956	89	3.1	89	76	4	281	28	23	15	31	1.96
62287930--62288000	33	2.2	33	87	5	99	38	11	19	30	1.87
62287955--62288025	33	2.2	33	82	2	81	42	12	19	25	1.87
62288008--62288124	33	3.6	32	79	8	130	29	15	25	29	1.96
62294278--62294304	13	2.1	13	100	0	54	55	7	0	37	1.28
62294532--62294640	54	2.0	54	98	0	209	42	13	5	38	1.68
62295415--62295625	33	6.5	33	73	8	146	33	13	22	31	1.92
62300509--62300690	40	4.6	40	88	2	260	24	21	25	28	1.99
62303079--62303161	42	2.0	42	97	0	157	21	21	28	27	1.99
62308183--62308257	38	2.0	38	86	5	107	30	18	26	24	1.98
62308311--62308484	40	4.3	40	83	2	190	22	22	28	25	1.99
62315588--62315681	40	2.3	40	78	3	100	27	15	23	32	1.95
62316077--62316109	10	3.3	10	95	0	57	27	21	30	21	1.98
62316110--62316136	8	3.4	8	100	0	54	37	25	0	37	1.57
62323368--62323539	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
62323361--62323536	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
62336415--62336446	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
62336646--62336885	50	4.8	50	77	3	239	27	24	20	27	1.99
62336707--62336888	101	1.8	101	86	2	267	29	23	19	28	1.98
62342225--62342294	29	2.5	29	81	4	81	27	21	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62342249--62342308	29	2.1	29	90	6	95	21	20	16	41	1.90
62342249--62342317	29	2.4	29	85	9	79	24	20	17	37	1.93
62342441--62342550	53	2.1	52	83	6	141	30	25	9	35	1.87
62348781--62348837	28	2.0	28	96	0	105	33	21	10	35	1.87
62349296--62349342	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
62349641--62349811	46	3.9	46	91	6	252	18	23	16	40	1.90
62349743--62349823	38	2.1	38	97	0	153	23	25	18	32	1.97
62351234--62351820	299	2.0	298	98	1	1149	29	21	9	40	1.84
62358527--62358555	3	9.7	3	100	0	58	0	0	31	68	0.89
62359943--62360062	51	2.4	51	88	2	170	25	21	12	40	1.89
62360900--62360949	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
62366232--62366257	3	8.7	3	100	0	52	0	0	30	69	0.89
62367642--62367760	51	2.3	50	87	5	159	27	21	10	41	1.85
62368617--62368666	16	3.1	16	79	2	55	58	0	0	42	0.98
62379053--62379120	33	2.1	33	94	0	118	29	5	25	39	1.79
62389542--62389615	32	2.3	32	79	4	87	37	18	17	25	1.93
62390963--62391146	40	4.6	40	86	7	255	26	27	22	23	2.00
62390963--62391146	83	2.3	80	89	3	280	26	27	22	23	2.00
62396130--62396245	27	4.3	27	81	4	101	29	9	19	41	1.83
62396171--62396253	27	3.1	27	85	0	112	28	7	24	39	1.82
62399222--62399247	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
62400274--62400333	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62400308--62400416	55	2.0	54	96	0	191	32	19	24	22	1.97
62402499--62402606	43	2.5	42	81	8	137	32	15	23	28	1.95
62405042--62405241	60	3.3	60	100	0	400	32	23	16	28	1.96
62415887--62415965	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
62419705--62419731	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
62423378--62423407	14	2.1	14	93	0	51	30	16	23	30	1.96
62425886--62425931	23	2.0	23	100	0	92	43	4	17	34	1.69
62431582--62432261	348	2.0	348	97	0	1288	33	30	12	23	1.92
62434884--62434961	31	2.5	31	93	0	138	23	38	23	15	1.92
62441029--62441100	36	2.0	36	97	0	135	43	2	20	33	1.67
62445636--62445904	84	3.1	88	93	5	474	29	23	5	40	1.78
62445964--62446149	43	4.3	42	86	4	237	31	20	13	33	1.92
62445961--62446149	86	2.2	86	88	4	274	30	21	14	33	1.93
62451564--62451692	46	2.8	46	82	11	158	20	29	20	28	1.98
62458489--62458560	28	2.5	29	77	6	67	30	9	27	31	1.89
62466593--62466637	10	5.0	10	79	20	55	48	0	0	51	1.00
62466672--62466756	27	2.8	31	70	22	83	43	1	1	54	1.15
62471291--62471351	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62473513--62473588	25	3.0	25	86	1	107	23	17	18	40	1.91
62491316--62491565	51	4.9	51	97	1	448	30	14	26	29	1.95
62494410--62494463	22	2.4	23	76	17	60	27	27	20	24	1.99
62496613--62496658	22	2.1	22	83	0	56	50	2	2	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62501037--62501089	28	1.9	28	84	3	72	60	5	3	30	1.37
62502743--62502796	27	2.0	27	96	0	99	59	5	3	31	1.38
62508836--62508884	25	2.0	25	83	0	62	38	0	16	44	1.48
62509280--62509408	43	3.0	43	90	2	188	51	0	22	24	1.53
62509285--62509349	15	4.4	16	66	25	52	55	0	24	20	1.43
62514254--62514375	43	2.9	42	80	2	145	30	14	24	30	1.95
62521973--62522085	51	2.2	51	84	7	149	33	6	6	53	1.51
62522237--62522434	82	2.5	80	80	4	245	28	14	12	44	1.80
62527456--62527485	6	4.8	6	95	4	51	33	0	0	66	0.92
62532269--62532296	5	5.6	5	100	0	56	21	21	39	17	1.93
62539822--62539905	25	3.4	25	83	0	105	20	26	21	32	1.98
62539821--62539940	25	4.8	25	76	8	91	24	26	20	28	1.99
62542263--62542386	57	2.2	58	82	4	144	25	17	20	36	1.94
62554022--62554073	24	2.2	24	89	6	79	36	3	3	55	1.36
62554029--62554085	24	2.4	25	85	11	75	36	5	7	50	1.52
62555056--62555117	32	1.9	32	100	0	124	33	12	24	29	1.92
62557053--62557146	40	2.4	40	82	3	120	36	37	13	12	1.84
62557505--62557548	17	2.6	18	85	10	65	15	43	27	13	1.85
62561654--62561768	57	2.0	57	96	0	212	39	16	13	31	1.87
62561954--62562005	27	1.9	27	92	0	86	42	15	19	23	1.89
62562696--62562875	43	4.0	43	76	16	175	22	28	21	26	1.99
62562726--62562828	52	2.0	52	86	3	145	23	30	23	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62570761--62570807	23	2.0	23	100	0	94	40	4	12	42	1.63
62570761--62570825	23	2.8	23	88	2	67	35	6	13	44	1.69
62574855--62574906	24	2.2	24	92	0	86	36	3	7	51	1.49
62574855--62574918	24	2.7	24	87	4	76	35	4	10	48	1.59
62575848--62575913	28	2.4	27	87	7	96	63	3	1	31	1.19
62583966--62583990	12	2.1	12	100	0	50	52	24	16	8	1.70
62588679--62588719	19	2.1	20	95	4	75	0	21	7	70	1.11
62588771--62588805	17	2.1	16	89	5	52	5	14	5	74	1.19
62590301--62590346	24	1.9	24	82	8	58	50	15	8	26	1.73
62593573--62593755	39	4.7	39	83	3	190	31	15	19	33	1.93
62593621--62595077	109	13.3	109	84	3	1732	30	16	19	33	1.94
62593644--62595077	545	2.6	545	90	1	2174	30	16	19	33	1.94
62596821--62596859	20	2.0	20	85	5	53	38	0	0	61	0.96
62596867--62596907	15	2.9	15	82	17	52	56	0	2	41	1.13
62598976--62599038	31	2.0	31	87	6	92	41	6	3	49	1.44
62603316--62603410	39	2.5	39	73	20	92	48	1	1	49	1.15
62604116--62604172	22	2.6	22	83	8	80	14	24	19	42	1.88
62620064--62620125	12	5.2	12	74	18	58	19	3	1	75	1.02
62620096--62620127	3	11.3	3	87	12	50	28	0	0	71	0.86
62621551--62621581	16	1.9	16	93	0	53	51	3	0	45	1.17
62621666--62621876	41	5.2	41	84	1	246	36	23	19	20	1.95
62622179--62622244	7	9.1	7	74	9	53	19	0	43	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62626155--62626198	22	2.0	22	86	0	61	43	0	0	56	0.99
62627333--62627371	18	2.1	18	90	4	60	25	0	2	71	0.98
62627305--62627364	30	2.1	29	81	12	70	28	3	0	68	1.05
62633359--62633707	188	1.9	185	89	3	538	34	11	18	35	1.86
62637545--62637587	20	2.1	21	83	12	54	79	0	16	4	0.90
62637795--62638432	213	3.0	213	90	0	965	21	20	23	34	1.97
62640657--62640748	39	2.3	39	88	5	132	25	28	22	23	2.00
62640638--62640801	40	4.1	40	80	10	176	24	27	23	25	2.00
62647175--62647407	91	2.6	91	82	1	270	35	24	14	25	1.94
62649144--62649216	38	1.9	38	97	0	137	32	2	17	46	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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