genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76646956--76646992	16	2.2	17	90	4	58	64	0	0	35	0.94
76647068--76647131	20	3.2	20	77	8	67	51	1	0	46	1.10
76647072--76647153	29	2.9	28	75	10	76	50	2	0	47	1.14
76653753--76653815	29	2.2	30	85	5	85	26	19	19	34	1.95
76658022--76658295	46	6.0	46	95	0	451	22	23	14	39	1.91
76660425--76660472	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
76660419--76660474	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
76663727--76663983	49	5.1	49	70	15	184	33	11	21	33	1.89
76663838--76663998	42	3.7	42	80	11	178	32	12	20	34	1.90
76671105--76671197	18	5.2	18	90	0	150	31	16	24	27	1.96
76671105--76671197	36	2.6	36	94	0	168	31	16	24	27	1.96
76671731--76671773	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
76671731--76671773	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
76676911--76676949	19	2.2	19	86	13	57	35	0	0	64	0.94
76676910--76676952	18	2.6	15	80	20	50	41	0	0	58	0.98
76680181--76680263	3	27.3	3	73	18	66	65	1	2	31	1.13
76680179--76680263	8	10.1	8	74	22	61	64	1	2	31	1.13
76680181--76680260	22	3.5	23	76	11	85	65	1	2	31	1.14
76680664--76680743	13	6.5	13	80	13	98	13	0	46	40	1.44
76680656--76680774	48	2.6	44	80	12	141	14	0	47	38	1.44
76680656--76680730	35	2.1	35	90	4	116	12	0	48	40	1.40
76680745--76680788	22	2.0	22	95	0	79	15	0	47	36	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76681048--76681396	132	2.7	132	95	0	610	24	26	18	30	1.98
76681049--76681396	44	7.9	44	75	9	309	25	26	18	30	1.98
76683931--76684295	44	8.3	44	75	8	312	27	24	17	30	1.97
76683922--76684291	132	2.8	132	93	0	632	27	24	17	30	1.97
76684310--76684795	205	2.4	205	90	0	774	29	20	18	31	1.97
76686174--76686223	21	2.4	20	80	9	55	6	0	12	82	0.85
76686187--76686223	11	3.3	11	88	7	56	0	0	13	86	0.57
76692290--76692341	22	2.4	22	83	6	70	13	0	50	36	1.42
76692305--76692372	31	2.2	31	91	0	109	13	0	50	36	1.42
76692334--76692381	22	2.2	22	96	0	87	16	0	47	35	1.47
76695083--76695268	101	1.8	101	82	0	237	33	16	22	27	1.95
76695074--76695287	101	2.1	101	78	1	232	34	16	21	26	1.95
76696706--76696786	37	2.2	37	88	2	117	23	20	7	48	1.75
76711738--76711786	24	2.0	25	84	11	66	30	18	6	44	1.74
76712986--76713049	22	2.8	24	75	17	73	59	4	4	31	1.38
76713082--76713136	24	2.3	24	84	6	67	54	7	5	32	1.51
76714468--76714518	21	2.4	22	81	15	63	60	9	5	23	1.50
76714645--76714695	25	2.0	25	81	7	59	41	5	19	33	1.76
76714922--76714948	12	2.2	12	100	0	54	44	0	7	48	1.31
76720342--76720406	25	2.6	25	80	20	75	52	3	4	40	1.38
76720669--76720749	23	3.4	24	75	17	80	54	4	3	37	1.40
76720669--76720760	13	7.6	13	66	22	58	54	5	3	36	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76720752--76720790	15	2.5	16	83	8	53	61	0	2	35	1.10
76720955--76721081	12	10.7	12	71	16	70	58	3	3	34	1.32
76721002--76721087	28	3.4	25	75	21	81	56	4	1	37	1.27
76721013--76721052	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21
76721173--76721215	18	2.4	17	81	11	50	58	0	6	34	1.25
76722948--76723185	90	2.7	86	81	12	275	38	18	14	28	1.90
76723124--76723389	76	3.5	76	99	0	523	30	20	16	31	1.95
76731707--76731751	22	2.0	22	91	0	72	44	4	22	28	1.72
76732238--76732299	21	3.2	21	65	21	62	20	29	3	46	1.66
76732232--76732305	37	2.0	37	100	0	148	21	27	2	48	1.63
76735590--76735674	26	3.5	25	71	15	63	62	4	2	30	1.28
76736044--76736105	26	2.4	25	81	8	70	54	4	6	33	1.47
76736044--76736101	25	2.3	26	84	3	73	55	3	6	34	1.44
76736290--76736367	25	3.1	25	77	18	83	55	2	3	38	1.32
76736631--76736711	23	3.4	24	75	17	80	54	4	3	37	1.40
76736718--76736756	15	2.5	16	83	8	53	61	0	2	35	1.10
76736921--76737047	12	10.7	12	70	16	70	59	3	3	33	1.32
76736979--76737018	20	2.0	21	85	14	57	57	5	0	37	1.21
76736958--76737052	23	3.9	23	73	21	79	57	5	1	35	1.28
76737138--76737186	9	5.4	9	80	9	55	57	0	6	36	1.24
76737137--76737186	18	2.8	18	85	8	66	58	0	6	36	1.23
76737373--76737398	6	4.3	6	100	0	52	84	15	0	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76740131--76740180	25	2.0	25	84	0	64	40	12	8	40	1.72
76745558--76745622	25	2.7	23	80	9	67	30	16	26	26	1.97
76746737--76746784	21	2.3	20	80	16	53	20	8	0	70	1.12
76749007--76749137	37	3.5	36	76	7	127	48	8	21	21	1.76
76749431--76749468	15	2.4	16	86	4	51	47	5	2	44	1.39
76763791--76763836	23	2.0	23	83	12	58	43	10	19	26	1.84
76771958--76772017	27	2.2	27	82	5	68	58	1	0	40	1.08
76772003--76772052	26	1.9	26	84	8	66	56	2	0	42	1.11
76774382--76774451	35	2.0	35	100	0	140	37	17	14	31	1.89
76776127--76776183	29	2.0	29	100	0	114	52	22	10	14	1.71
76776692--76776769	36	2.0	40	80	9	92	17	8	1	71	1.18
76776818--76776853	19	1.9	19	88	5	56	44	0	5	50	1.25
76776864--76776923	14	4.9	14	75	23	55	40	0	0	60	0.97
76776872--76776896	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
76776833--76776919	34	2.6	34	89	5	124	40	0	2	57	1.11
76776880--76776943	21	3.0	21	84	13	87	43	0	0	56	0.99
76776887--76776952	21	3.2	21	79	12	66	45	1	0	53	1.09
76777074--76777127	20	2.5	23	80	20	71	55	0	0	44	0.99
76777092--76777200	13	8.0	13	67	22	57	55	2	1	40	1.25
76777152--76777207	24	2.3	23	84	9	67	57	1	0	41	1.09
76777152--76777263	25	4.5	24	68	24	72	57	3	0	38	1.22
76777299--76777346	22	2.3	21	85	7	62	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76777085--76777328	133	1.8	133	86	5	359	53	2	2	41	1.29
76777297--76777342	21	2.2	20	85	11	58	56	0	0	43	0.99
76778083--76778116	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
76778737--76778794	20	2.9	20	92	0	89	13	34	34	17	1.89
76779940--76780051	27	4.2	26	86	5	134	34	23	25	16	1.95
76779940--76780051	54	2.1	54	86	3	154	34	23	25	16	1.95
76781634--76781741	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
76786382--76786502	27	4.5	25	83	8	107	39	22	21	16	1.92
76786382--76786522	55	2.6	54	85	3	167	37	22	21	17	1.94
76786400--76786523	27	4.5	28	84	2	144	36	23	22	17	1.95
76786879--76786908	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
76788085--76788184	26	3.8	26	93	0	173	36	25	7	32	1.83
76788721--76788757	13	2.8	13	91	4	56	51	21	0	27	1.48
76790109--76790138	14	2.1	14	93	0	51	0	23	0	76	0.78
76790346--76790376	3	10.0	3	93	6	53	64	0	3	32	1.09
76791239--76791290	26	2.0	27	84	3	70	25	23	0	51	1.48
76793692--76793811	47	2.5	46	77	5	125	30	14	22	33	1.93
76796251--76796290	20	2.0	20	100	0	80	35	10	15	40	1.80
76801473--76801506	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
76807305--76807345	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
76809251--76809284	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
76812122--76812161	18	2.2	18	86	8	55	30	0	2	67	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76812569--76812611	16	2.7	16	85	0	59	37	16	2	44	1.60
76813292--76813353	28	2.1	28	82	11	72	67	12	1	17	1.30
76813400--76813472	33	2.2	34	85	4	96	60	5	2	31	1.34
76813429--76813453	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
76813403--76813472	34	2.1	33	83	2	86	61	5	2	30	1.34
76816854--76816883	13	2.2	14	94	5	53	53	3	0	43	1.17
76820851--76820986	33	4.1	33	71	9	114	27	22	16	33	1.96
76820805--76820992	100	1.9	99	87	5	281	27	22	15	34	1.95
76821019--76821077	30	2.0	30	96	0	109	33	22	13	30	1.92
76822147--76822317	47	3.6	47	80	4	175	31	27	16	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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