genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  238  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78630602--78630991	44	8.7	42	71	13	187	32	18	21	27	1.97
78630602--78630821	89	2.5	88	88	5	320	30	19	22	27	1.98
78630740--78631258	92	5.7	89	73	10	349	33	17	20	28	1.95
78630740--78631258	177	2.9	178	82	6	620	33	17	20	28	1.95
78631112--78631358	135	1.8	133	80	3	298	34	21	20	24	1.97
78633053--78633109	26	2.2	25	81	3	69	36	8	0	54	1.32
78633120--78633178	30	2.0	29	81	12	68	33	8	1	55	1.40
78633369--78633446	23	3.4	23	74	12	72	29	8	1	60	1.35
78636760--78636927	83	2.0	83	94	2	293	38	11	3	47	1.57
78644284--78644331	24	2.0	25	84	12	64	25	8	0	66	1.19
78649210--78649239	15	2.1	14	93	6	51	63	0	0	36	0.95
78662983--78663023	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
78665690--78665773	43	2.0	43	95	0	150	41	0	3	54	1.17
78665683--78665769	23	3.9	23	77	11	101	39	0	4	56	1.20
78665683--78665781	23	4.4	22	77	12	87	40	0	5	54	1.22
78669009--78669052	14	3.0	15	75	18	56	54	0	6	38	1.27
78671603--78671742	62	2.3	62	84	0	190	19	26	26	27	1.99
78675884--78675923	16	2.4	18	80	16	50	62	0	0	37	0.95
78675973--78676052	41	2.0	41	94	0	142	30	7	20	42	1.79
78678867--78679297	37	11.5	37	74	4	321	38	17	15	28	1.91
78678899--78679274	112	3.4	112	88	0	511	38	17	15	28	1.90
78678879--78679284	75	5.5	74	75	5	318	38	17	15	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78692067--78692328	46	5.7	46	74	14	234	23	17	28	30	1.97
78692066--78692280	47	4.6	46	76	12	190	24	18	27	29	1.98
78692064--78692327	93	2.8	93	91	1	413	23	18	28	29	1.97
78703305--78703348	14	3.0	15	75	18	56	54	0	6	38	1.27
78705412--78705449	17	2.2	18	90	4	60	63	0	2	34	1.09
78705692--78705748	28	2.0	29	86	3	80	35	5	1	57	1.31
78705741--78705799	29	2.0	29	86	6	82	45	5	3	45	1.42
78705921--78705998	20	4.0	20	68	8	61	34	3	3	57	1.35
78705922--78705999	30	2.6	29	78	8	77	34	3	3	57	1.35
78707032--78707066	18	1.9	19	88	11	56	11	8	8	71	1.31
78715322--78715463	52	2.7	53	84	4	180	30	26	16	26	1.96
78719924--78719993	27	2.6	27	88	0	104	64	0	21	14	1.29
78720286--78720317	6	5.3	6	100	0	64	0	34	50	15	1.45
78732304--78732372	3	23.0	3	83	0	84	30	7	0	62	1.22
78735510--78735733	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
78736062--78736125	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
78736069--78736125	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
78748879--78748945	3	22.3	3	84	0	80	61	0	8	29	1.27
78749014--78749038	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
78753267--78753365	48	2.1	48	94	0	171	47	15	19	18	1.83
78759227--78759278	22	2.3	23	83	9	63	28	3	3	63	1.30
78759291--78759337	20	2.4	19	82	10	58	40	14	6	38	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78759311--78759411	50	2.0	50	98	0	193	39	10	9	39	1.74
78759893--78759917	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
78767461--78767490	15	1.9	16	93	6	53	26	0	3	70	1.03
78767454--78767496	21	2.0	23	90	9	72	27	0	2	69	1.00
78772386--78772487	31	3.3	30	72	8	107	53	8	1	35	1.43
78782706--78782834	50	2.5	51	87	5	181	34	16	21	27	1.95
78782810--78782958	31	4.8	31	87	3	219	27	18	26	26	1.98
78782957--78782992	7	5.1	7	100	0	72	44	13	27	13	1.82
78782998--78783119	47	2.6	47	83	3	149	31	13	26	28	1.94
78783091--78783203	40	2.8	40	81	6	129	32	13	25	28	1.93
78784633--78784669	18	2.2	16	90	9	56	37	0	5	56	1.22
78785913--78785988	37	2.0	38	85	7	102	23	23	25	27	2.00
78787080--78787142	20	3.2	20	84	6	67	15	19	15	49	1.80
78787107--78787144	19	2.0	19	89	0	58	26	21	7	44	1.79
78788910--78788987	27	3.0	25	80	9	86	52	5	8	33	1.55
78789151--78789262	21	5.2	22	77	12	99	60	2	2	33	1.25
78789157--78789263	44	2.5	44	83	10	132	60	2	2	33	1.25
78789461--78789492	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
78789494--78789657	3	54.7	3	67	18	65	59	3	6	30	1.38
78791986--78792152	76	2.2	76	85	0	226	25	23	19	31	1.98
78794655--78794693	21	1.9	20	89	5	60	33	0	7	58	1.26
78795174--78795205	16	2.0	17	88	11	50	37	3	3	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78796237--78796275	18	2.1	18	85	4	51	51	2	2	43	1.29
78796453--78796490	20	1.9	20	88	0	58	63	7	0	28	1.23
78806598--78806626	11	2.7	11	94	5	51	37	6	0	55	1.27
78822876--78822931	29	1.9	29	85	7	78	35	17	7	39	1.78
78824248--78824307	22	2.7	22	84	0	75	60	15	13	11	1.60
78824626--78824681	16	3.5	15	81	11	67	33	0	3	62	1.12
78824637--78824693	16	3.5	16	87	2	78	35	0	3	61	1.13
78827542--78827597	29	1.9	29	85	7	78	35	17	7	39	1.78
78828914--78828973	22	2.7	22	84	0	75	60	15	13	11	1.60
78829292--78829347	16	3.5	15	81	11	67	33	0	3	62	1.12
78829303--78829359	16	3.5	16	87	2	78	35	0	3	61	1.13
78831971--78832049	34	2.3	34	80	4	88	29	12	13	44	1.81
78833388--78833494	49	2.3	46	83	4	124	40	12	5	42	1.66
78833701--78834056	101	3.4	102	79	5	342	29	19	16	34	1.94
78833701--78834087	205	1.9	205	79	3	438	28	19	16	35	1.94
78835632--78835680	24	2.0	25	88	11	75	26	4	8	61	1.42
78835652--78835687	19	1.9	18	88	5	54	19	2	13	63	1.41
78836131--78836228	21	4.4	22	72	17	76	34	5	5	55	1.44
78836345--78836406	22	2.9	20	68	25	54	38	4	6	50	1.50
78848313--78848750	74	5.9	74	81	4	515	29	16	22	31	1.96
78848313--78848747	150	2.9	147	82	3	552	29	16	22	31	1.95
78848830--78848868	14	2.8	13	81	11	51	28	15	10	46	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78848665--78849069	90	4.5	90	76	12	343	29	15	19	35	1.93
78848665--78849069	177	2.3	178	83	6	498	29	15	19	35	1.93
78850796--78850831	19	1.9	18	94	5	63	22	2	11	63	1.39
78850913--78850960	24	2.0	24	100	0	96	33	4	16	45	1.67
78851334--78851404	24	2.9	24	79	10	81	30	2	4	61	1.29
78851519--78851580	22	2.9	20	68	25	54	38	4	6	50	1.50
78853995--78854063	28	2.4	29	80	11	79	56	8	13	21	1.63
78859892--78860001	26	4.2	26	96	0	175	34	5	23	36	1.78
78862271--78862306	19	1.9	18	88	5	54	58	2	0	38	1.13
78862571--78862621	11	4.2	12	81	16	61	56	1	0	41	1.10
78862571--78862610	16	2.6	16	84	4	55	57	2	0	40	1.12
78863341--78863378	14	2.8	13	88	7	58	44	0	2	52	1.14
78863344--78863371	7	4.0	7	100	0	56	42	0	0	57	0.99
78863593--78863676	44	1.9	44	97	0	159	39	7	9	44	1.65
78873932--78873967	16	2.2	17	90	9	58	61	0	22	16	1.35
78878180--78878207	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
78885488--78885850	180	2.0	179	87	6	520	16	17	14	51	1.77
78889088--78889117	15	2.0	15	100	0	60	20	20	13	46	1.83
78902372--78902420	24	2.0	24	100	0	98	46	8	0	44	1.33
78907074--78907114	21	2.0	21	90	4	66	58	2	7	31	1.38
78908299--78908467	46	3.7	46	95	0	275	26	28	24	20	1.99
78913139--78913183	23	1.9	24	86	4	65	73	2	17	6	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78914424--78914608	40	4.6	39	80	5	176	24	22	27	25	2.00
78914424--78914606	79	2.3	81	80	7	196	24	22	26	25	2.00
78922410--78922594	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
78922411--78922594	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
78922463--78922627	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
78925186--78925254	33	2.1	33	97	0	129	59	7	8	24	1.52
78925564--78925620	15	3.7	15	72	4	51	64	8	0	26	1.22
78925687--78925738	27	1.9	27	84	7	70	59	0	7	32	1.26
78925778--78925846	29	2.5	28	81	13	72	60	1	5	31	1.29
78927787--78928124	165	2.1	165	90	1	527	26	22	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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