genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5717--5876	78	2.1	78	97	0	302	51	3	20	23	1.63
6805--6954	41	3.7	41	79	5	187	22	23	28	26	1.99
20461--20519	31	1.9	31	96	0	109	16	6	37	38	1.76
22915--23919	47	21.4	47	98	0	1859	25	30	10	33	1.89
44311--44392	15	5.4	15	76	1	65	52	12	20	14	1.73
50087--50172	43	2.0	43	84	4	111	30	30	17	22	1.96
51053--51091	18	2.2	18	95	0	69	43	25	0	30	1.55
53109--53175	15	4.5	15	79	1	55	62	19	7	10	1.50
53111--53164	15	3.8	14	76	9	56	66	20	5	7	1.37
59191--59378	63	3.0	63	98	0	367	31	13	11	43	1.80
61464--61585	43	2.9	42	78	7	129	28	23	15	31	1.95
66677--66798	43	2.9	42	79	7	156	26	23	18	31	1.97
75280--75347	22	3.1	22	79	8	84	11	27	27	32	1.92
75461--75513	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
80738--80776	19	2.1	19	85	0	51	30	0	7	61	1.24
80882--80906	11	2.3	11	100	0	50	36	16	12	36	1.85
85772--85855	27	3.1	27	73	0	96	33	7	19	40	1.78
85772--85892	53	2.3	54	82	4	138	33	6	17	42	1.75
85848--85919	27	2.7	27	81	12	80	36	5	15	43	1.70
86213--86303	29	3.2	29	77	11	100	27	30	15	26	1.96
90864--90925	30	2.1	30	93	0	106	30	14	25	29	1.95
90902--91041	43	3.3	43	79	4	149	27	13	25	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93270--93374	54	1.9	54	80	3	122	31	1	16	50	1.56
94695--94743	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
94868--94938	25	2.9	24	81	6	79	29	25	18	26	1.98
95156--95238	31	2.7	31	87	3	116	30	19	22	27	1.98
101564--101620	22	2.6	22	97	0	105	12	35	0	52	1.39
102659--102695	10	3.7	10	92	7	58	37	10	18	32	1.86
102665--102715	21	2.4	21	86	0	66	35	11	21	31	1.90
102761--102832	25	2.9	25	89	0	108	26	29	22	22	1.99
102763--102859	25	4.0	24	80	12	83	27	25	22	23	2.00
103051--103133	31	2.7	31	79	3	89	28	15	22	32	1.95
104028--104072	17	2.5	19	82	13	60	8	33	4	53	1.52
104030--104072	18	2.5	16	85	11	50	9	32	4	53	1.53
107358--107563	45	4.6	45	91	2	292	26	28	22	22	1.99
116080--116120	14	2.8	14	85	7	55	14	4	0	80	0.87
116075--116119	20	2.2	21	88	4	65	15	4	0	80	0.87
119962--120044	32	2.6	32	86	0	112	30	21	22	25	1.99
124784--124872	32	2.8	32	85	0	115	25	16	28	29	1.97
124794--124874	32	2.5	32	89	0	117	23	18	28	29	1.98
130874--131028	42	3.7	42	83	5	188	29	25	15	29	1.96
134923--135139	6	35.8	6	74	15	189	47	14	17	20	1.82
134902--135139	30	8.1	29	80	10	254	47	14	17	20	1.82
134923--135136	85	2.5	85	93	1	358	47	14	17	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135257--135322	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
135257--135330	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
135281--135338	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
135495--135553	22	2.7	22	78	7	66	32	20	25	22	1.98
135641--135724	27	3.2	26	83	5	87	40	20	19	20	1.92
135922--136117	27	7.3	27	86	0	248	26	19	18	35	1.95
136130--136550	27	15.6	27	82	4	510	40	10	21	27	1.85
138081--138152	35	2.1	35	97	0	135	48	19	9	22	1.77
138603--138660	30	1.9	30	89	0	89	25	39	18	15	1.91
140236--140350	42	2.7	42	82	2	133	28	24	13	33	1.93
145386--145441	28	2.0	28	100	0	112	32	17	21	28	1.96
147786--147825	21	2.0	21	90	5	64	27	30	32	10	1.89
156710--156788	27	2.9	27	92	0	131	26	17	10	45	1.80
156780--156888	27	4.1	27	76	7	96	37	22	11	28	1.89
156820--156911	27	3.4	27	82	4	116	43	20	6	29	1.77
156820--156922	27	3.8	26	81	8	109	41	21	6	30	1.79
156820--156941	54	2.3	54	80	11	135	43	21	6	28	1.77
156920--156976	27	2.1	27	87	6	80	38	15	8	36	1.79
157032--157090	27	2.2	26	77	14	66	37	20	22	20	1.95
157903--157972	25	2.8	25	86	2	97	28	24	21	25	1.99
157903--157985	25	3.4	25	79	14	84	31	21	21	25	1.98
166398--166429	15	2.2	14	94	5	55	75	0	25	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169827--170072	53	4.7	53	77	9	193	36	18	24	21	1.95
171571--171649	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
171767--172176	47	8.7	47	98	0	766	31	28	8	31	1.87
173655--173871	106	2.0	106	97	1	409	17	24	15	41	1.88
175370--175606	40	5.9	40	88	0	312	25	27	22	25	2.00
175385--175685	80	3.8	80	83	2	320	24	27	22	25	2.00
175357--175685	120	2.7	120	81	3	322	25	27	22	24	2.00
175385--175685	40	7.5	40	84	3	267	24	27	22	25	2.00
175993--176071	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
176053--176155	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
192533--192607	37	2.0	37	100	0	150	26	21	32	20	1.97
201272--201529	80	3.2	80	93	1	439	24	22	27	24	2.00
201272--201529	120	2.2	120	94	2	448	24	22	27	24	2.00
201268--201496	40	5.7	40	98	0	440	24	22	27	25	2.00
205111--205152	20	2.0	20	82	13	50	45	2	7	45	1.44
205949--206027	28	2.8	28	82	0	95	30	25	10	34	1.89
210965--211322	57	6.2	57	95	0	599	28	35	18	18	1.94
211989--212060	36	2.0	36	97	0	135	27	34	11	26	1.90
213329--213491	28	5.8	28	94	0	263	30	25	9	34	1.88
230122--230360	55	4.5	53	80	9	265	35	17	25	20	1.95
230129--230329	108	1.8	110	90	4	327	33	17	25	22	1.96
235187--235358	46	3.7	45	76	11	170	30	27	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235192--235362	93	1.8	93	89	0	270	29	28	20	21	1.98
242777--242903	46	2.8	46	95	0	218	29	27	22	21	1.99
242779--242921	46	3.1	45	79	9	155	29	27	21	20	1.98
243224--243318	31	3.2	30	63	14	70	20	24	8	47	1.77
243217--243335	59	2.0	59	95	0	211	23	23	7	45	1.78
243384--243443	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
258606--258697	29	3.2	28	86	7	132	28	13	28	30	1.94
262328--262449	61	2.0	61	100	0	244	19	27	32	19	1.96
262646--262851	27	7.6	27	85	1	252	40	21	7	30	1.81
262637--262869	54	4.3	54	82	2	245	39	21	7	31	1.82
262820--262949	54	2.4	54	78	0	143	30	23	9	36	1.86
262808--262980	81	2.1	81	77	4	197	32	21	8	36	1.84
262847--262978	27	4.9	27	88	0	183	28	21	8	40	1.82
262978--263162	27	6.9	27	80	3	194	35	17	21	25	1.95
262971--263162	81	2.4	81	84	0	233	35	17	20	26	1.94
263399--263450	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
263380--263519	67	2.1	68	87	2	201	19	29	21	30	1.97
263465--263546	27	3.0	27	75	15	69	21	24	19	34	1.97
263487--263546	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
263665--263907	6	39.3	6	73	17	187	18	18	15	48	1.82
263665--263853	25	7.6	25	82	7	178	18	18	15	47	1.83
263674--263769	37	2.6	37	83	5	122	17	18	16	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263666--263893	62	3.7	62	96	0	402	17	18	15	48	1.82
263749--263831	37	2.2	37	89	0	130	18	19	16	45	1.85
263811--263898	37	2.4	37	86	0	131	18	18	14	48	1.81
264231--264346	58	2.0	58	98	0	223	27	6	12	53	1.62
266119--266285	27	6.2	27	89	0	253	41	18	7	32	1.78
266119--266370	27	9.3	27	80	4	190	39	20	8	31	1.82
266347--266505	27	5.9	27	85	0	201	28	22	8	40	1.84
266334--266514	54	3.4	54	82	1	193	32	22	8	37	1.84
266320--266514	81	2.4	78	79	8	210	30	23	8	37	1.85
266320--266506	27	6.9	27	82	2	151	30	22	9	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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