genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  217  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72169829--72169874	19	2.4	19	81	3	56	32	4	2	60	1.28
72169829--72169905	31	2.5	31	79	8	86	28	6	1	63	1.27
72169938--72169971	10	3.5	10	84	8	52	20	0	0	79	0.73
72176469--72176669	49	4.2	49	75	6	164	24	27	20	26	1.99
72176598--72176761	48	3.5	47	78	6	170	25	27	18	28	1.98
72176598--72176811	94	2.3	93	79	4	225	24	27	18	30	1.98
72180244--72180355	43	2.6	42	85	2	152	24	21	25	29	1.99
72186191--72186480	145	2.0	145	98	0	562	43	11	17	27	1.83
72186711--72186971	131	2.0	131	86	1	362	27	13	25	33	1.94
72188307--72188368	6	10.3	6	81	6	72	67	0	0	32	0.91
72188323--72188374	23	2.2	23	86	6	68	63	0	0	36	0.95
72188306--72188374	25	2.9	23	77	10	75	65	0	0	34	0.93
72190485--72190595	48	2.3	48	82	3	134	26	32	17	24	1.96
72196117--72196209	46	2.0	46	89	0	141	20	16	30	33	1.94
72201158--72201330	47	3.7	47	82	7	235	21	19	31	27	1.97
72201143--72201333	93	2.1	93	98	0	373	21	19	30	28	1.97
72201163--72201376	93	2.3	92	89	3	313	21	19	30	28	1.98
72207707--72207744	16	2.4	16	86	4	51	44	15	15	23	1.85
72211209--72211419	46	4.5	46	75	13	153	25	30	17	26	1.97
72216193--72216486	84	3.5	84	87	2	380	47	12	9	30	1.72
72216612--72216679	32	2.1	32	86	5	91	66	1	0	32	1.01
72218348--72218572	48	4.6	48	77	7	197	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72218395--72218577	98	1.9	98	85	4	255	26	20	27	25	1.99
72218345--72218577	96	2.4	96	80	5	256	26	20	27	24	1.99
72222155--72222222	15	4.4	15	71	17	50	16	16	13	54	1.71
72224638--72224699	31	2.0	31	100	0	124	29	12	22	35	1.91
72224873--72225155	48	5.9	48	83	2	300	23	16	29	30	1.97
72226464--72226745	48	5.9	48	87	5	333	28	15	28	27	1.97
72226456--72226745	96	3.0	96	86	5	397	27	16	28	27	1.97
72226455--72226778	96	3.4	95	83	6	388	27	16	29	27	1.97
72226456--72226745	144	2.0	144	87	2	413	27	16	28	27	1.97
72230218--72230281	32	2.0	32	96	0	119	26	12	26	34	1.92
72232317--72232522	39	5.2	39	86	2	139	32	29	19	18	1.96
72232339--72232547	39	5.3	39	88	1	285	30	29	21	19	1.97
72236170--72236306	60	2.3	60	85	8	172	25	25	20	28	1.99
72236169--72236270	28	3.5	27	71	19	80	24	28	20	26	1.99
72249860--72249938	40	2.0	40	97	0	149	51	10	16	21	1.73
72250067--72250110	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
72250220--72250312	47	2.0	47	97	0	177	40	21	10	26	1.86
72250384--72251245	40	21.6	40	98	0	1638	29	27	22	20	1.99
72263808--72264033	40	5.7	40	85	5	289	24	21	27	25	1.99
72263806--72264066	119	2.2	119	80	6	280	26	21	27	25	1.99
72269073--72269116	22	2.0	22	82	8	54	38	13	18	29	1.89
72269343--72269684	40	8.6	40	96	0	607	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72270305--72270387	41	2.0	41	100	0	166	37	16	14	31	1.89
72280231--72280274	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
72280231--72280273	10	4.1	10	82	11	50	58	4	0	37	1.19
72281096--72281134	19	2.1	19	85	4	53	43	7	15	33	1.75
72285123--72285237	46	2.5	44	81	6	133	28	15	29	26	1.96
72285210--72285386	99	1.8	96	85	8	250	29	16	29	24	1.96
72286497--72286537	22	1.9	21	85	5	55	12	39	26	21	1.89
72296610--72296688	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
72296807--72297461	47	13.9	47	98	0	1247	29	30	8	32	1.87
72298630--72298808	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
72300198--72300318	40	3.0	40	83	0	161	26	30	20	22	1.98
72300214--72300520	40	7.7	40	81	2	260	25	28	20	25	1.99
72300302--72300520	120	1.8	120	83	0	294	25	27	19	26	1.99
72300546--72300624	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72300606--72300708	43	2.4	43	96	0	188	25	34	16	23	1.95
72302565--72302642	37	2.1	37	85	4	104	26	30	16	25	1.97
72302761--72303077	47	6.7	47	98	0	589	29	30	7	32	1.85
72304875--72304952	39	2.0	39	89	0	120	37	32	10	20	1.86
72305282--72305682	200	2.0	200	99	0	793	37	22	13	25	1.91
72316934--72317068	53	2.5	52	79	10	148	26	22	16	34	1.95
72316934--72317085	54	2.8	53	78	8	157	26	22	15	35	1.94
72322409--72322451	22	2.0	22	100	0	86	41	16	4	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72324326--72324379	26	2.2	25	83	9	67	48	0	1	50	1.11
72324890--72324940	25	2.0	25	100	0	102	52	3	15	27	1.60
72325511--72325549	21	1.9	20	85	15	53	51	7	12	28	1.67
72325835--72325886	15	3.5	15	70	19	54	30	36	17	15	1.91
72325834--72325895	30	2.1	30	100	0	124	25	33	19	20	1.96
72332725--72332775	10	5.0	10	79	11	59	23	11	0	64	1.26
72333429--72333468	21	1.9	21	85	10	55	27	12	2	57	1.48
72335035--72335107	33	2.2	33	85	0	92	36	19	12	31	1.88
72338836--72338904	28	2.5	28	88	4	95	33	24	13	28	1.93
72350258--72350357	46	2.2	47	89	5	159	20	3	2	75	1.04
72350283--72350362	25	3.4	25	83	13	114	20	3	1	75	1.03
72350248--72350335	8	10.9	8	76	21	78	19	1	2	77	0.94
72350248--72350362	20	5.4	20	76	13	106	18	2	2	76	1.02
72350289--72350355	8	8.8	8	77	19	54	22	4	0	73	1.01
72365553--72365590	19	2.0	19	94	0	67	15	39	23	21	1.92
72371381--72371429	23	2.1	23	96	0	89	55	0	8	36	1.30
72373134--72373265	66	2.0	66	98	0	255	56	12	9	21	1.64
72373711--72373786	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
72373747--72373830	19	4.6	19	89	8	138	35	16	11	35	1.86
72373747--72373829	35	2.3	37	91	6	134	36	15	12	36	1.85
72373761--72373816	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
72374189--72374506	45	7.1	45	81	5	295	26	28	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72374189--72374416	45	5.1	45	89	1	298	27	29	12	30	1.93
72374446--72375208	78	9.8	79	93	1	1123	25	23	18	32	1.97
72375286--72375601	44	7.2	44	88	5	424	28	28	13	28	1.95
72379955--72380066	54	2.1	54	82	0	134	32	22	8	37	1.83
72379980--72380110	27	4.9	27	90	0	181	29	20	8	41	1.82
72380061--72380364	27	11.2	27	75	11	140	39	20	8	31	1.82
72380007--72380138	54	2.4	54	79	2	140	33	20	7	38	1.81
72379988--72380136	81	1.8	81	79	2	174	32	18	8	40	1.80
72380088--72380391	54	5.6	53	74	10	211	40	20	8	30	1.83
72380102--72380308	80	2.6	80	78	9	206	42	20	7	28	1.80
72380424--72380488	27	2.4	27	89	0	103	36	20	26	16	1.93
72381291--72381438	26	5.8	26	87	2	212	25	21	24	29	1.99
72381291--72381438	51	2.9	51	87	6	203	25	21	24	29	1.99
72381583--72381674	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
72381698--72381774	31	2.5	31	93	2	138	32	18	22	27	1.97
72385785--72385860	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
72385821--72385911	19	4.9	19	88	8	143	36	16	9	37	1.82
72385821--72385911	35	2.5	37	87	8	132	36	16	9	37	1.82
72385835--72385890	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
72386263--72386301	20	2.0	20	85	9	55	76	2	0	20	0.90
72386848--72386945	41	2.4	41	94	0	178	31	15	23	29	1.95
72389948--72389985	19	2.0	19	85	10	51	44	15	0	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72390517--72390574	30	1.9	31	96	3	109	25	27	15	31	1.96
72394387--72394465	39	2.0	39	85	0	104	26	3	21	48	1.67
72407675--72407715	12	3.4	12	82	0	55	26	9	17	46	1.79
72417312--72417486	27	6.4	27	83	3	199	27	14	27	30	1.95
72417313--72417468	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
72417309--72417486	82	2.2	81	82	3	223	27	15	26	30	1.96
72425412--72425589	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
72425387--72425589	54	3.7	55	81	6	216	26	14	28	30	1.95
72425387--72425589	82	2.5	81	80	4	237	26	14	28	30	1.95
72436140--72436194	12	4.7	12	75	25	55	50	1	0	47	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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