Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  73  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22367424--22367690
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3.5
71
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15
30
1.94
22367324--22367786
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2.9
157
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3
648
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30
1.93
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4
287
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16
14
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1.88
22367813--22368038
74
3.0
72
84
8
292
33
19
15
30
1.93
22367495--22367953
256
1.8
250
86
5
663
35
18
15
30
1.92
22381469--22381603
25
5.9
22
69
23
66
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5
6
33
1.49
22381559--22381603
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4.1
11
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0
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60
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0
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2.0
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2
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0
0
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0
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10
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1
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20
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4
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25
1.05
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20
2.9
20
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28
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1.50
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10
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10
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3
1
57
1.24
22387333--22387430
39
2.6
37
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29
9
3
58
1.44
22387408--22387477
30
2.4
28
77
13
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2
1
62
1.18
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12
2.6
12
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20
16
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3.9
212
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6
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3.3
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1
180
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15
4
34
1.68
22396334--22396360
6
4.5
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100
0
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18
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51
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1.9
34
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15
87
45
0
6
47
1.28
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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0
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22
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54
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25
1.65
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2.0
17
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50
47
0
0
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1.00
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12
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58
0
0
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0.98
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65
2
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1.23
22410977--22411020
21
2.0
23
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8
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63
0
0
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0.95
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3.6
14
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59
64
1
9
23
1.34
22418470--22418831
114
3.2
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100
0
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18
22
30
1.97
22424315--22424536
115
1.9
113
83
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284
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17
15
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1.91
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100
0
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0
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100
0
64
68
0
0
31
0.90
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0
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1.42
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24
2.3
24
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3
33
1.33
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15
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15
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0
53
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20
27
1.70
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5
5.8
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100
0
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0
20
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2.0
23
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8
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10
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1.87
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51
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176
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7
20
28
1.80
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56
38
0
0
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1
4
53
1.31
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11
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31
0
0
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0.90
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2.1
52
86
6
154
18
17
11
52
1.74
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22482700--22482745
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24
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4
2
45
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25
2.0
25
84
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66
42
6
0
52
1.26
22483035--22483104
26
2.7
25
72
16
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44
4
0
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1.21
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14
2.1
15
93
6
53
56
0
0
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20
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22
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2.8
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0
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9
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14
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2
0
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1.02
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2.1
31
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31
25
0
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1.55
22488674--22488725
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0
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116
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0
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2
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1.51
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2.0
100
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15
32
1.95
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126
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1
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19
18
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15
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1
1
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2.2
48
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1
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40
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11
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1.81
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10
0
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1.37
22513313--22513352
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2.5
16
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0
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2
0
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1.13
22513327--22513357
16
1.9
16
93
0
53
58
0
0
41
0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22516816--22516845
5
5.8
5
96
4
51
83
0
0
16
0.65
22519946--22520053
44
2.4
44
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3
144
29
23
13
33
1.93
22523497--22523553
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10.0
6
96
3
93
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0
0
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0.67
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14
2.1
14
100
0
60
13
0
0
86
0.57
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23
2.0
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0
4
60
1.16
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128
4.4
125
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3
559
24
17
22
35
1.95
22527966--22528008
20
2.2
20
86
0
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23
27
13
34
1.93
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1.9
72
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0
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13
21
32
1.93
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18
2.5
20
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22
57
41
6
0
52
1.27
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2.0
19
94
0
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10
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1.89
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2.0
48
89
0
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30
22
18
28
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12
2.1
12
100
0
50
32
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24
36
1.84
22546772--22546820
24
2.0
24
100
0
98
38
12
8
40
1.72
22547440--22547502
32
2.0
32
93
0
108
47
11
11
30
1.74
22547850--22547927
41
1.9
41
89
0
120
33
25
23
17
1.96
22548538--22548799
131
2.0
131
93
0
452
23
3
29
43
1.70
22553658--22553716
31
1.9
30
90
10
93
27
3
1
67
1.16
22553764--22553832
35
2.0
35
83
11
88
37
1
4
56
1.28
22553955--22554051
42
2.3
43
90
1
151
19
19
32
27
1.96
22560494--22560592
43
2.3
44
80
3
103
30
21
18
30
1.97
22576653--22576707
22
2.5
22
76
5
58
63
7
14
14
1.50
22587631--22587669
20
1.9
21
85
15
55
38
7
5
48
1.54
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22591935--22591963
13
2.1
14
93
6
51
17
0
37
44
1.49
22598178--22598235
21
2.8
20
76
10
53
50
8
1
39
1.43
22598185--22598224
14
2.9
14
84
0
53
45
10
2
42
1.51
22598218--22598258
20
2.0
21
85
4
57
41
14
0
43
1.45
22598280--22598356
7
11.4
7
74
16
56
55
7
0
36
1.29
22598290--22598374
33
2.7
32
78
5
100
55
10
0
34
1.34
22598281--22598356
40
1.9
40
83
5
100
55
7
0
36
1.29
22601198--22601270
36
2.0
36
81
5
85
57
6
6
28
1.51
22603663--22603750
45
2.0
45
93
0
149
19
13
23
43
1.87
22605337--22605370
14
2.4
14
95
0
59
38
0
20
41
1.53
22606458--22606491
11
3.1
11
82
0
50
26
5
2
64
1.30
22607846--22607877
3
10.7
3
100
0
64
65
0
34
0
0.93
22616054--22616281
46
5.0
46
95
1
377
22
23
14
39
1.91
22619140--22619172
5
6.6
5
100
0
66
18
0
0
81
0.68
22626144--22626266
64
1.9
64
86
8
178
34
4
5
54
1.46
22627046--22627076
16
1.9
16
100
0
62
29
0
0
70
0.87
22628157--22628193
18
2.1
18
89
0
56
51
5
16
27
1.66
22628396--22628435
6
6.8
6
97
2
73
50
0
15
35
1.44
22628448--22628494
21
2.1
24
84
11
64
44
0
6
48
1.28
22628452--22628505
22
2.5
21
79
11
56
44
0
3
51
1.19
22628484--22628533
20
2.5
21
83
9
68
48
2
0
50
1.12
22628499--22628563
30
2.1
29
83
11
76
46
1
3
49
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
22636231--22636273
22
1.9
23
85
4
61
4
4
27
62
1.35
22637441--22637496
27
2.2
26
84
12
73
58
3
0
37
1.15
22638473--22638559
11
7.5
11
71
10
57
28
3
4
63
1.31
22639348--22639395
24
2.0
23
92
4
78
43
8
2
45
1.45
22643179--22643209
16
1.9
16
93
0
53
74
0
25
0
0.82
22644963--22645000
20
1.9
20
94
0
67
23
36
23
15
1.94
22645982--22646043
17
4.0
14
74
17
52
59
1
4
33
1.28
22645999--22646077
23
3.3
24
78
7
81
51
5
7
35
1.52
22646587--22646669
30
2.8
30
96
0
148
16
6
50
26
1.68
22646604--22646659
18
3.4
18
68
27
61
19
7
48
25
1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276