genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.252.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  252  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83487497--83487769	108	2.5	108	81	1	314	24	21	15	38	1.91
83491298--83491482	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
83491299--83491482	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
83491351--83491515	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
83495192--83495224	12	2.8	12	90	4	50	42	33	18	6	1.75
83496222--83496260	20	2.0	20	89	0	60	51	0	2	46	1.14
83496281--83496367	33	2.7	32	79	13	106	48	18	6	26	1.73
83496360--83496411	20	2.6	20	96	0	95	44	15	5	34	1.70
83496810--83496862	21	2.5	22	84	6	74	30	35	5	28	1.80
83498331--83498427	49	2.0	48	97	0	176	8	27	10	52	1.64
83502368--83502487	45	2.7	44	85	5	143	36	16	21	25	1.94
83502504--83502718	46	4.7	46	86	2	272	45	15	20	18	1.85
83505570--83505752	79	2.3	81	82	9	216	24	27	22	25	2.00
83505568--83505752	40	4.6	41	82	9	222	24	28	22	24	2.00
83507220--83507286	34	2.0	34	96	0	125	37	8	13	40	1.76
83511727--83511919	40	4.8	40	87	2	260	25	22	29	23	1.99
83511727--83511919	82	2.4	80	88	1	269	25	22	29	23	1.99
83521118--83521153	19	1.9	19	94	5	65	27	19	13	38	1.90
83521516--83521580	32	2.0	32	100	0	130	35	15	12	36	1.85
83523477--83523598	32	3.8	32	86	2	181	31	11	9	47	1.71
83523477--83523598	65	1.9	65	94	0	217	31	11	9	47	1.71
83527115--83527167	21	2.5	21	90	0	79	28	37	9	24	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83527599--83527649	25	2.0	25	100	0	102	25	11	19	43	1.85
83533023--83533075	25	2.2	24	86	3	70	16	22	22	37	1.94
83533037--83533086	25	2.1	25	85	7	68	18	24	20	38	1.93
83533982--83534047	19	3.6	19	73	8	73	9	4	31	54	1.52
83533976--83534046	36	2.0	36	97	0	133	8	4	32	54	1.50
83535529--83535599	37	1.9	37	94	0	124	16	22	11	49	1.78
83538055--83538104	19	2.5	19	80	6	55	40	12	4	44	1.60
83538257--83538298	21	2.0	21	95	0	75	35	42	16	4	1.69
83539568--83539621	25	2.2	25	87	9	76	40	24	20	14	1.90
83540100--83540140	21	2.0	21	90	0	64	36	17	0	46	1.48
83549250--83549279	15	2.0	15	93	0	51	50	33	13	3	1.58
83553528--83553627	40	2.5	40	88	0	128	36	17	21	26	1.94
83553669--83553726	20	3.0	20	84	5	82	31	24	24	20	1.98
83553801--83553880	38	2.1	38	81	4	90	43	11	17	27	1.83
83556857--83556893	18	2.1	18	94	0	65	21	18	16	43	1.88
83562093--83562143	3	17.0	3	95	0	93	35	0	0	64	0.94
83577685--83577947	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
83585637--83585899	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
83593133--83593180	23	2.1	23	96	0	87	27	12	22	37	1.90
83596373--83596500	43	3.0	43	75	6	127	32	24	17	25	1.97
83597075--83597153	13	6.1	13	87	0	104	27	8	26	36	1.86
83599729--83599866	60	2.3	60	89	2	215	34	23	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83601908--83602039	46	2.9	46	91	0	210	27	29	23	19	1.98
83604416--83604504	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
83604416--83604495	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
83604427--83604504	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
83607278--83607421	46	3.1	45	71	11	121	29	29	20	20	1.98
83616515--83616657	51	2.8	52	81	4	139	29	15	27	27	1.96
83618537--83618640	44	2.4	42	81	7	120	32	23	22	22	1.98
83621556--83621608	26	2.0	29	82	14	69	26	18	5	49	1.70
83626686--83626870	40	4.6	40	92	4	293	26	28	22	22	1.99
83629554--83629691	28	5.0	28	86	2	174	36	20	21	21	1.95
83631231--83631311	40	2.0	40	83	4	101	29	18	13	38	1.89
83633283--83633356	38	1.9	38	100	0	148	35	16	29	18	1.93
83636967--83637000	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
83637502--83637581	40	2.0	40	97	0	151	25	33	2	38	1.69
83637646--83637709	25	2.5	25	80	14	69	32	3	3	60	1.28
83646695--83646743	22	2.2	23	82	17	68	53	20	0	26	1.46
83648377--83648414	16	2.3	17	95	4	69	71	0	23	5	1.07
83658450--83658594	40	3.6	39	89	3	211	22	24	28	24	1.99
83662274--83662359	43	2.0	43	97	0	163	38	23	17	20	1.93
83664085--83664160	35	2.2	35	81	6	84	32	7	26	32	1.85
83664105--83664180	35	2.2	35	92	0	125	30	10	26	32	1.90
83667058--83667412	180	2.0	181	89	3	556	30	19	8	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83669495--83669691	55	3.7	53	80	4	207	20	23	18	37	1.95
83669670--83669791	47	2.6	47	96	0	217	25	25	13	35	1.93
83669929--83670013	44	1.9	44	85	4	118	24	24	14	36	1.93
83671433--83672182	50	14.9	50	79	2	705	30	26	17	25	1.97
83671444--83672182	151	4.9	151	86	1	1007	30	26	17	25	1.97
83671436--83672220	201	3.9	201	77	3	655	30	26	17	25	1.97
83672180--83672262	42	2.0	42	97	0	157	38	20	12	28	1.88
83678481--83678607	35	3.6	35	91	0	209	29	9	26	34	1.88
83680251--83680353	37	2.8	37	98	0	197	25	32	20	22	1.98
83680398--83680530	48	2.8	48	89	0	203	30	27	6	35	1.83
83684530--83684611	43	1.9	43	87	0	119	30	24	14	30	1.95
83684585--83684690	42	2.5	42	84	6	126	32	23	15	29	1.95
83689734--83689778	22	2.0	22	100	0	90	26	13	24	35	1.92
83689688--83689828	72	2.0	72	94	0	246	30	14	24	31	1.94
83689756--83689886	50	2.6	50	87	2	165	27	16	22	34	1.95
83693111--83693213	46	2.2	48	87	3	147	26	24	14	34	1.94
83694978--83695122	40	3.6	40	88	0	200	33	22	19	24	1.97
83704730--83704860	7	18.9	7	68	24	64	61	0	3	34	1.20
83704747--83704860	12	8.9	12	72	19	79	62	0	3	33	1.18
83704748--83704857	26	4.2	26	75	16	86	61	0	3	33	1.19
83704790--83704833	19	2.3	18	81	11	52	63	2	2	31	1.19
83704723--83704857	28	5.0	27	74	18	106	62	0	3	33	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83704798--83704860	19	3.4	19	75	18	53	65	0	1	33	1.03
83704901--83704936	16	2.3	16	90	4	56	63	0	0	36	0.94
83704892--83704945	24	2.2	25	86	3	74	66	0	0	33	0.92
83706415--83706597	29	6.5	29	67	15	105	23	24	11	40	1.88
83706439--83706618	58	3.2	55	85	8	163	23	25	11	39	1.88
83706462--83706618	58	2.7	58	90	3	244	24	26	10	38	1.88
83706521--83706618	29	3.4	29	73	5	99	25	25	11	37	1.89
83712152--83712324	68	2.6	64	77	11	179	30	15	27	26	1.96
83712355--83712438	28	3.2	28	68	25	83	26	15	28	29	1.96
83712298--83712498	50	4.0	50	83	1	242	26	16	26	29	1.97
83712518--83712576	28	2.1	28	100	0	118	32	20	10	37	1.86
83714000--83714083	26	3.2	25	88	6	123	33	4	25	36	1.77
83715701--83715815	27	4.3	26	82	7	131	17	22	22	37	1.94
83715702--83715815	54	2.1	54	85	3	149	17	22	21	37	1.94
83719775--83719884	26	4.2	26	95	0	175	32	5	24	37	1.78
83721504--83721616	27	4.2	27	84	3	120	16	23	23	37	1.94
83721502--83721616	54	2.1	54	87	3	160	16	22	23	37	1.94
83722025--83722105	42	1.9	42	100	0	162	23	9	13	53	1.70
83765675--83765952	48	5.9	48	81	9	338	28	25	20	25	1.99
83767522--83767693	46	3.7	46	93	0	281	21	19	27	31	1.98
83767917--83767954	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
83768878--83769094	113	1.9	113	93	0	371	32	16	21	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83774192--83774326	48	2.8	48	78	6	134	27	20	26	25	1.99
83774192--83774357	48	3.5	47	76	6	122	28	19	25	25	1.99
83774377--83774501	49	2.6	49	83	5	146	28	20	28	23	1.98
83775692--83775730	21	1.9	21	89	5	62	10	38	28	23	1.87
83778024--83778138	43	2.7	42	79	4	115	28	28	21	20	1.98
83791453--83791716	137	1.9	138	81	6	322	32	28	18	20	1.97
83795251--83795318	22	3.2	21	67	21	52	44	16	2	36	1.63
83795252--83795331	42	1.9	41	94	2	142	40	18	2	38	1.64
83795262--83795328	21	3.2	21	62	29	52	37	17	2	41	1.65
83797076--83797124	25	2.0	25	95	0	89	44	0	10	44	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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