genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  225  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74975567--74975782	119	1.8	120	82	7	278	26	27	21	25	1.99
74975565--74975786	40	5.6	40	83	6	263	26	28	21	24	1.99
74985479--74985835	44	8.1	43	85	4	462	30	15	28	25	1.95
74985497--74985941	88	5.0	89	82	7	360	31	14	27	26	1.95
74985698--74985975	90	3.1	90	82	6	273	30	15	27	26	1.96
74985682--74986008	90	3.7	90	79	6	267	30	14	27	26	1.95
74987538--74987592	20	2.6	22	72	21	55	36	3	0	60	1.15
74987676--74987718	21	2.0	21	90	0	68	34	2	2	60	1.22
74987690--74987787	14	6.4	14	72	26	58	30	3	1	65	1.15
74987676--74987779	33	3.2	31	75	23	106	29	3	1	64	1.22
74987693--74987781	17	5.5	17	76	20	84	30	3	1	65	1.16
74987752--74987787	7	5.0	7	86	6	54	30	0	0	69	0.89
74987630--74987782	21	7.7	19	64	26	52	28	3	3	64	1.27
74990763--74990803	20	2.0	20	86	9	57	41	0	2	56	1.13
74991295--74991324	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
74991286--74991324	20	1.9	21	94	5	71	48	0	0	51	1.00
74993809--74994029	47	4.7	46	81	8	225	27	17	31	23	1.97
74995655--74995871	46	4.7	45	73	15	142	22	28	21	27	1.99
75008606--75008639	17	2.0	17	88	0	50	61	2	8	26	1.40
75013385--75013649	46	5.7	46	73	9	198	23	29	20	27	1.98
75013384--75013652	94	2.9	93	81	6	321	23	28	20	27	1.98
75020977--75021099	47	2.7	47	81	7	155	23	30	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75020927--75021148	91	2.4	93	76	10	233	23	29	18	28	1.97
75023227--75023339	46	2.5	44	78	7	120	24	17	30	26	1.97
75024066--75024103	20	1.9	20	89	10	60	44	10	21	23	1.83
75025998--75026179	46	4.0	46	90	1	258	40	14	23	21	1.91
75037410--75037452	21	2.0	21	95	0	77	13	30	18	37	1.90
75040599--75040635	6	6.5	6	93	6	60	83	0	0	16	0.64
75044883--75044933	6	8.5	6	100	0	102	84	0	0	15	0.63
75045087--75045129	21	2.0	21	95	0	77	46	23	0	30	1.52
75046516--75046567	24	2.2	23	83	10	61	59	3	1	34	1.27
75046693--75046734	16	2.6	16	82	10	50	69	2	4	23	1.20
75051682--75051849	47	3.6	47	93	0	273	27	30	7	33	1.85
75051732--75051810	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
75058124--75058162	21	1.9	20	89	5	60	38	12	0	48	1.42
75059060--75059096	18	2.1	18	100	0	74	27	32	10	29	1.90
75067731--75067778	16	3.1	15	76	8	51	35	10	4	50	1.56
75072043--75072089	10	4.6	10	82	12	60	36	14	0	48	1.44
75073376--75073429	14	3.4	16	75	12	58	68	3	1	25	1.16
75073462--75073513	21	2.5	21	96	0	95	53	5	3	36	1.43
75079394--75079675	50	5.6	50	78	3	280	24	16	26	32	1.96
75079445--75079675	101	2.3	101	83	3	288	24	17	26	31	1.97
75079398--75079689	150	1.9	152	86	3	419	24	16	26	32	1.96
75083427--75083486	15	4.0	15	84	0	75	13	18	13	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75086843--75087024	101	1.8	100	83	4	240	25	20	26	28	1.99
75086840--75087066	50	4.5	50	75	8	201	25	19	27	28	1.99
75087280--75087309	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
75090800--75090836	20	1.9	18	89	10	56	37	0	8	54	1.30
75104574--75104637	32	2.0	32	100	0	128	28	31	6	34	1.82
75112372--75112469	51	1.9	51	87	4	144	31	26	16	25	1.96
75112377--75112480	51	2.0	51	85	7	140	31	27	14	25	1.95
75117912--75118060	43	3.5	43	79	3	149	26	15	26	31	1.96
75123656--75123721	27	2.4	27	80	9	73	21	18	22	37	1.94
75125098--75125252	61	2.5	61	86	2	222	40	17	9	32	1.82
75130543--75130599	29	2.0	28	93	3	96	21	19	28	31	1.97
75138255--75138296	18	2.4	17	84	8	57	23	0	0	76	0.79
75142872--75142897	12	2.2	12	100	0	52	15	7	7	69	1.35
75157389--75157429	21	2.0	21	85	9	57	31	0	24	43	1.54
75163127--75163278	40	3.8	39	80	8	173	28	28	21	21	1.98
75163114--75163290	80	2.2	79	84	8	227	27	27	21	23	1.99
75170378--75170542	40	4.2	39	82	8	199	26	27	22	23	2.00
75170378--75170554	80	2.2	79	84	6	234	25	27	22	24	2.00
75180341--75180385	23	1.9	24	86	13	67	48	20	8	22	1.76
75198039--75198251	46	4.6	45	77	8	180	28	19	29	23	1.98
75200451--75200566	37	3.1	37	92	0	178	26	31	18	23	1.97
75200667--75200962	47	6.4	47	78	16	341	30	29	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75200735--75200770	16	2.2	16	100	0	72	25	36	11	27	1.90
75200686--75200889	72	3.1	63	84	13	291	29	30	7	31	1.86
75200778--75200834	25	2.3	25	100	0	114	36	28	0	35	1.58
75203745--75203979	40	5.9	40	83	2	219	24	28	22	24	2.00
75203745--75203979	120	2.0	119	80	7	262	24	28	22	24	2.00
75203882--75204059	79	2.2	81	83	7	222	24	28	22	24	2.00
75205880--75206062	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
75205859--75206062	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
75218541--75218600	17	3.5	17	90	0	84	20	35	23	21	1.96
75219376--75219503	48	2.7	48	81	0	157	25	28	16	29	1.97
75222226--75222299	26	2.8	26	82	11	98	33	20	22	22	1.97
75222226--75222302	25	3.0	24	80	16	93	32	19	22	25	1.97
75233284--75233330	9	4.8	10	82	12	53	25	0	4	70	1.05
75233469--75233511	9	4.8	9	85	0	50	30	9	11	48	1.71
75240515--75240603	23	3.8	24	76	10	78	40	16	12	30	1.86
75241198--75241224	13	2.1	13	100	0	54	22	14	22	40	1.90
75249244--75249269	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75250593--75250676	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
75259412--75259439	13	2.2	13	100	0	56	21	7	25	46	1.76
75272222--75272630	46	8.6	50	73	11	231	27	18	28	25	1.98
75274251--75274317	20	3.3	20	68	12	64	19	14	40	25	1.90
75274236--75274317	41	2.0	41	100	0	164	21	14	34	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75274236--75274299	20	3.0	22	64	13	62	25	12	31	31	1.92
75276917--75277053	47	2.9	47	81	5	141	44	8	27	20	1.79
75277025--75277055	15	2.0	16	93	6	55	64	9	12	12	1.50
75277122--75277260	40	3.5	40	89	0	197	19	23	15	42	1.88
75277122--75277299	40	4.4	40	86	0	194	21	23	14	40	1.90
75280005--75280046	22	1.9	22	85	9	59	66	4	4	23	1.30
75280249--75280306	28	2.2	24	80	14	62	56	8	12	22	1.62
75280256--75280312	28	2.1	27	83	3	69	59	8	10	21	1.57
75289450--75289824	178	2.1	178	93	1	642	41	4	16	37	1.70
75294946--75295262	47	6.7	47	73	13	222	23	28	19	29	1.98
75295046--75295262	94	2.3	94	87	3	303	23	27	18	29	1.98
75294953--75295265	141	2.2	141	80	7	350	22	28	19	29	1.98
75296928--75296970	7	6.0	7	91	2	68	67	2	0	30	1.03
75307770--75307808	20	1.9	20	84	5	51	35	2	10	51	1.50
75309574--75309615	22	2.0	22	90	4	68	38	11	19	30	1.88
75311484--75311582	49	2.0	49	100	0	198	39	16	6	38	1.73
75313261--75313411	35	4.3	35	78	5	144	18	11	31	37	1.87
75320529--75320714	40	4.6	41	81	4	193	24	29	20	25	1.99
75321004--75321082	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75321067--75321295	43	5.3	43	100	0	458	27	32	14	25	1.94
75321487--75321589	51	2.0	51	98	0	197	37	26	3	32	1.74
75323202--75323280	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75323402--75323595	47	4.0	47	82	10	226	26	31	10	30	1.90
75323450--75323599	47	2.9	55	84	15	244	28	29	9	32	1.88
75323399--75323599	102	2.0	102	89	0	312	26	31	10	31	1.90
75326960--75327145	40	4.6	41	81	4	193	24	29	20	25	1.99
75327435--75327513	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
75327498--75328371	43	20.3	43	100	0	1748	27	32	14	25	1.94
75329330--75329456	64	2.0	64	98	0	245	22	22	14	41	1.89
75330291--75330369	38	2.1	37	86	6	106	26	30	17	25	1.97
75330488--75330876	47	8.2	47	94	2	661	28	30	8	31	1.87
75330488--75330876	95	4.1	94	94	2	661	28	30	8	31	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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