genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.230.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  230  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76343962--76344162	44	4.8	44	71	15	174	39	19	7	32	1.80
76343969--76344124	76	2.1	76	93	0	267	39	21	8	30	1.83
76344045--76344163	46	2.7	44	79	5	139	41	19	7	31	1.79
76344271--76344305	11	3.2	11	87	0	52	34	11	5	48	1.63
76345078--76345142	32	2.0	33	84	3	87	16	27	1	53	1.52
76345796--76345852	19	3.0	20	76	10	55	49	5	0	45	1.24
76352028--76352151	60	2.0	61	81	4	144	40	3	15	41	1.63
76365454--76365501	20	2.3	22	80	20	59	64	10	0	25	1.25
76373363--76373470	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
76387175--76387334	52	3.1	51	80	9	162	26	16	26	29	1.97
76391518--76391600	41	2.0	41	97	0	157	31	10	27	30	1.91
76396156--76396272	52	2.2	52	80	8	141	27	16	24	31	1.96
76409521--76409592	31	2.3	30	83	11	83	54	0	2	43	1.15
76410155--76410189	18	1.9	18	88	0	52	48	5	5	40	1.51
76411174--76411203	5	6.0	5	100	0	60	80	0	0	20	0.72
76411211--76411306	46	2.1	47	84	5	124	12	61	8	17	1.55
76412436--76412468	15	2.1	16	88	5	50	18	0	6	75	1.00
76417819--76417898	39	2.1	38	88	4	117	56	1	11	31	1.42
76422954--76422978	7	3.6	7	100	0	50	44	0	12	44	1.41
76423138--76423202	32	2.0	32	100	0	130	46	9	24	20	1.79
76425956--76426068	41	2.7	42	79	2	129	30	15	25	29	1.95
76425956--76426107	42	3.6	42	78	3	128	28	16	26	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76428612--76428795	40	4.5	40	79	6	167	35	25	13	25	1.93
76430684--76430728	11	4.1	11	94	0	72	77	0	22	0	0.76
76430685--76430717	7	4.4	8	85	14	52	81	0	18	0	0.68
76430685--76430717	15	2.2	15	89	10	50	81	0	18	0	0.68
76430685--76430717	4	8.8	4	87	12	52	81	0	18	0	0.68
76434196--76434261	25	2.6	25	80	0	78	16	27	19	36	1.93
76445167--76445191	12	2.1	12	100	0	50	16	8	0	76	1.02
76445386--76445418	15	2.2	15	94	0	57	18	33	18	30	1.94
76447855--76448024	88	1.9	88	95	0	304	37	16	22	23	1.94
76454214--76454373	26	6.6	25	70	17	97	28	23	19	28	1.98
76455297--76455380	30	2.8	29	87	7	116	23	20	23	32	1.98
76458963--76459041	39	2.0	39	95	0	140	26	21	29	22	1.99
76470391--76470428	17	2.2	17	90	0	58	78	2	2	15	0.97
76470390--76470445	18	3.2	18	82	10	62	75	1	3	19	1.05
76473716--76473834	30	3.9	29	82	9	132	47	15	16	20	1.82
76473737--76473813	6	12.8	6	81	15	97	50	14	15	19	1.78
76473956--76474021	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
76473956--76474029	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
76473980--76474037	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
76474194--76474252	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
76474343--76474421	26	3.0	26	88	5	106	35	21	22	20	1.96
76474620--76474815	27	7.3	27	84	2	232	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76474620--76474815	54	3.6	54	86	2	259	27	20	17	34	1.95
76474820--76475254	27	16.1	27	82	4	529	40	10	22	27	1.86
76476995--76477033	20	2.0	20	89	0	60	76	2	5	15	1.06
76483429--76483454	13	2.0	13	100	0	52	7	38	38	15	1.76
76485626--76485665	20	2.0	20	100	0	80	25	30	20	25	1.99
76491757--76491815	28	2.1	28	100	0	118	27	15	10	47	1.77
76493689--76493852	56	2.9	56	98	0	312	38	8	12	40	1.74
76493709--76493797	27	3.2	27	63	12	72	39	6	13	40	1.71
76497129--76497159	14	2.3	14	94	5	55	12	6	19	61	1.53
76503329--76503604	125	2.3	119	81	6	322	44	8	15	31	1.76
76503577--76503630	26	2.1	26	96	0	99	38	16	14	29	1.89
76509115--76509172	30	1.9	30	89	0	89	13	31	34	20	1.92
76511307--76511445	41	3.4	41	88	1	172	33	27	15	24	1.95
76511332--76511476	41	3.6	41	85	0	166	32	26	17	24	1.97
76512846--76512941	49	2.0	49	93	4	167	34	20	10	34	1.87
76514450--76514489	21	1.9	21	84	0	53	35	15	2	47	1.58
76514439--76514500	32	1.9	33	86	3	90	40	14	1	43	1.55
76514646--76514747	48	2.1	48	82	10	120	38	10	3	47	1.57
76515748--76515808	7	8.7	7	96	0	86	27	6	8	57	1.53
76515748--76515808	21	2.9	21	90	0	95	27	6	8	57	1.53
76516403--76516440	18	2.1	18	95	0	67	23	26	10	39	1.87
76518492--76518999	126	4.0	126	88	1	696	27	20	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76523026--76523070	19	2.3	20	88	7	67	42	13	22	22	1.88
76525053--76525077	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
76525056--76525153	3	33.0	3	71	19	64	64	2	4	29	1.23
76525058--76525165	21	5.3	20	74	11	87	62	1	5	29	1.28
76525415--76525469	3	19.3	3	77	17	55	61	0	3	34	1.13
76527739--76527772	14	2.4	14	95	5	59	61	14	0	23	1.33
76538323--76538351	15	1.9	15	100	0	58	24	0	0	75	0.80
76541145--76541212	32	2.1	33	83	8	95	27	7	14	50	1.70
76546288--76546336	25	2.0	25	91	0	80	18	18	18	44	1.87
76551344--76551368	12	2.1	12	100	0	50	0	24	8	68	1.16
76552827--76552883	22	2.6	22	77	5	62	57	3	1	36	1.26
76558291--76558636	43	8.3	43	80	7	347	30	26	17	25	1.97
76558291--76558636	85	4.2	86	81	7	356	30	26	17	25	1.97
76558451--76558519	35	2.0	35	97	0	129	34	31	17	15	1.92
76558408--76558559	78	2.0	77	93	1	259	32	28	16	23	1.96
76558324--76558636	163	1.9	162	84	3	414	31	27	17	23	1.97
76558382--76558603	120	1.9	119	85	2	311	30	27	18	23	1.97
76563329--76563376	24	2.0	24	100	0	96	25	20	20	33	1.97
76570794--76570826	15	2.2	15	94	0	57	90	0	9	0	0.44
76572639--76572940	152	2.0	152	98	0	586	41	19	13	25	1.88
76573604--76573741	41	3.3	41	89	6	206	36	24	19	18	1.94
76576697--76576738	14	3.0	14	85	0	57	54	0	33	11	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76576899--76577171	114	2.4	112	80	9	286	34	23	15	27	1.94
76578088--76578140	21	2.5	22	75	9	56	50	22	1	24	1.59
76578661--76578831	40	4.3	40	80	0	182	25	19	19	35	1.96
76579013--76579074	30	2.1	30	100	0	124	37	19	3	40	1.68
76580646--76580680	18	1.9	18	88	0	52	74	2	0	22	0.95
76585420--76585585	66	2.5	66	88	3	228	24	42	4	28	1.73
76585348--76585603	33	7.8	33	69	6	133	23	39	4	31	1.75
76590197--76590251	23	2.4	22	79	8	56	18	5	3	72	1.18
76590923--76590955	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
76591080--76591138	30	2.0	30	93	0	100	57	10	3	28	1.48
76601450--76601479	15	2.0	15	93	0	51	66	3	0	30	1.07
76605399--76605505	7	15.7	7	68	20	50	57	0	4	38	1.20
76605437--76605501	21	3.1	21	78	8	62	61	0	4	33	1.16
76605439--76605499	28	2.2	29	77	19	67	59	0	4	36	1.19
76605521--76605551	12	2.5	13	89	10	55	64	0	0	35	0.94
76605526--76605556	16	2.0	15	93	6	53	64	0	0	35	0.94
76605862--76605959	18	5.5	18	84	4	128	37	13	10	38	1.78
76605862--76605968	35	3.0	35	90	4	160	38	14	9	38	1.78
76609268--76609316	17	2.9	17	84	6	55	77	4	2	16	1.01
76610473--76610516	20	2.2	20	83	0	52	61	6	4	27	1.41
76614562--76614595	10	3.4	10	91	0	50	29	61	0	8	1.26
76617870--76617919	16	3.1	16	75	18	50	42	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76623231--76623326	47	2.1	46	80	9	106	33	6	22	37	1.80
76623439--76623503	30	2.2	29	86	10	87	35	6	18	40	1.76
76628761--76628813	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
76630347--76630411	32	2.0	32	96	0	121	38	26	6	29	1.80
76635148--76635245	39	2.5	40	74	22	102	48	1	1	48	1.14
76635157--76635245	7	13.3	7	72	17	55	48	1	1	49	1.16
76636369--76636425	29	1.9	30	92	3	98	21	19	15	43	1.87
76636413--76636469	22	2.6	22	83	8	80	14	24	19	42	1.88
76639097--76639149	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
76642868--76644574	567	3.0	567	99	0	3405	34	22	15	27	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276