genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  167  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54803954--54804024	35	2.0	36	94	2	126	36	14	9	39	1.79
54803954--54804040	36	2.5	35	87	9	106	36	13	10	39	1.79
54805020--54805058	17	2.2	19	86	9	55	25	2	0	71	0.98
54805167--54805248	29	2.9	27	85	9	92	31	0	3	64	1.11
54805167--54805221	8	7.2	8	83	8	71	30	0	1	67	1.01
54805928--54805979	14	3.6	14	84	5	59	38	42	0	19	1.51
54806002--54806041	14	2.9	14	80	0	53	45	25	0	30	1.54
54806577--54806722	40	3.7	39	77	13	131	29	18	21	30	1.97
54806654--54806746	40	2.3	40	86	0	123	24	18	20	36	1.95
54806989--54807062	34	2.2	33	78	2	85	29	12	18	39	1.87
54806997--54807060	34	1.9	34	87	3	94	32	14	14	39	1.85
54814844--54814887	22	2.0	22	95	0	79	25	13	34	27	1.93
54817629--54817682	23	2.3	22	81	12	63	57	7	20	14	1.61
54819043--54819122	40	2.0	41	82	7	101	6	18	3	71	1.23
54819143--54819169	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
54819181--54819228	19	2.5	19	86	6	62	35	6	4	54	1.45
54819181--54819232	18	2.7	19	88	5	70	34	7	3	53	1.48
54822961--54823003	11	4.0	10	80	14	50	72	2	2	23	1.08
54822967--54823032	22	3.2	21	75	18	75	68	1	1	28	1.08
54822967--54823032	11	6.4	11	70	19	52	68	1	1	28	1.08
54822967--54823114	9	15.3	10	67	15	55	65	4	2	28	1.22
54823138--54823224	38	2.3	38	80	11	97	65	6	1	26	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54824826--54824935	45	2.5	45	82	8	120	20	19	20	40	1.92
54828723--54828752	14	2.2	13	94	5	51	43	6	0	50	1.28
54830672--54830765	47	2.0	46	91	2	152	41	12	5	39	1.66
54831491--54831626	26	5.2	26	98	0	236	36	25	5	33	1.78
54835157--54835228	35	2.1	35	100	0	144	41	13	11	33	1.80
54837847--54837881	19	1.9	18	88	11	54	25	2	0	71	1.00
54837925--54837991	27	2.4	29	80	9	77	28	1	2	67	1.14
54837934--54837977	19	2.4	18	85	11	54	29	0	4	65	1.12
54837950--54837987	18	2.1	19	90	5	60	28	2	2	65	1.19
54838024--54838057	18	2.0	17	88	11	52	23	0	0	76	0.79
54842644--54842699	29	2.0	28	85	3	76	39	16	12	32	1.85
54844482--54844518	18	2.1	18	94	0	65	29	10	29	29	1.91
54844663--54844726	24	2.7	24	87	4	85	20	15	31	32	1.94
54846634--54846696	32	2.0	32	83	0	81	42	9	6	41	1.63
54846756--54846790	16	2.1	17	89	5	54	65	5	5	22	1.36
54847869--54847960	34	2.7	34	79	3	114	45	16	5	32	1.70
54851051--54851114	29	2.2	29	80	0	74	25	37	18	18	1.94
54851915--54851939	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
54857866--54857915	25	2.0	25	84	0	64	38	6	14	42	1.70
54858013--54858050	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
54863482--54863531	19	2.6	19	74	22	52	70	4	0	26	1.05
54863482--54863539	9	6.3	9	77	18	57	70	5	0	24	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54864165--54864199	16	2.1	17	89	5	54	65	5	5	22	1.36
54864547--54864577	15	2.0	16	93	6	55	29	0	0	70	0.87
54865845--54865892	23	2.1	23	96	0	87	18	25	14	41	1.88
54868945--54869007	16	4.1	16	72	8	60	39	0	1	58	1.07
54875549--54875606	26	2.4	25	86	11	84	43	8	13	34	1.75
54875557--54875608	26	2.0	26	100	0	104	46	7	15	30	1.74
54875631--54875698	34	2.0	34	100	0	136	26	5	20	47	1.73
54879229--54879363	58	2.3	57	86	5	182	44	0	2	51	1.21
54879527--54879580	16	3.4	16	84	5	74	29	27	3	38	1.74
54882562--54882739	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
54882563--54882718	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
54882559--54882739	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
54885681--54885811	50	2.6	51	86	2	192	32	13	13	39	1.84
54887626--54887719	50	2.0	46	81	12	109	35	30	1	32	1.65
54887718--54887786	3	22.0	3	94	5	111	33	31	0	34	1.58
54888166--54888199	14	2.4	14	100	0	68	64	0	5	29	1.17
54888162--54888199	14	2.7	15	95	4	62	63	0	5	31	1.17
54889599--54889634	14	2.6	14	100	0	72	25	13	30	30	1.94
54895390--54895657	48	5.6	47	73	14	208	27	18	29	24	1.98
54895383--54895707	96	3.4	95	74	9	264	28	19	29	23	1.98
54895379--54895796	144	2.9	144	85	2	545	28	18	29	22	1.98
54895383--54895807	48	8.9	48	71	11	206	29	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54897788--54897851	32	2.0	32	93	0	110	31	15	7	45	1.75
54901707--54901795	31	2.8	31	83	8	117	51	8	12	26	1.69
54903469--54903602	48	2.8	45	82	13	153	32	9	5	51	1.59
54905189--54905231	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
54908806--54909093	126	2.3	127	93	1	490	27	20	17	34	1.95
54909556--54909585	15	2.0	15	100	0	60	46	33	0	20	1.51
54932338--54932488	52	2.9	53	77	10	130	27	15	24	32	1.95
54933277--54933323	20	2.3	20	88	0	67	21	36	31	10	1.88
54937140--54937217	22	3.8	20	70	17	61	42	1	1	55	1.16
54938913--54939055	64	2.2	64	92	0	232	31	17	13	37	1.89
54939345--54939644	44	6.8	44	72	12	172	31	19	21	27	1.97
54939389--54939645	45	5.8	44	73	7	142	31	19	21	27	1.98
54939435--54939681	135	1.8	135	82	10	317	32	19	19	27	1.96
54939754--54939859	44	2.4	45	83	1	124	27	16	24	31	1.97
54940195--54940229	18	1.9	18	94	0	61	37	8	17	37	1.80
54940656--54940702	10	4.7	10	89	5	69	34	19	10	36	1.86
54940636--54940702	21	3.3	21	83	4	75	32	19	10	37	1.86
54948485--54948521	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
54948451--54948515	21	3.0	21	81	2	67	32	16	12	38	1.86
54950546--54950654	44	2.4	45	80	7	116	27	21	23	27	1.99
54952238--54952301	28	2.2	28	83	5	74	35	1	4	57	1.29
54952463--54952532	21	3.5	20	77	9	79	35	5	1	57	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54952451--54952532	42	1.9	43	90	7	132	36	4	1	57	1.28
54952525--54952572	26	1.9	26	83	8	64	31	6	2	60	1.33
54959674--54959709	18	2.0	18	94	0	63	33	2	27	36	1.72
54966174--54966227	25	2.2	24	83	6	65	57	7	5	29	1.49
54969675--54969872	82	2.4	82	90	1	308	49	14	10	26	1.74
54969901--54970301	87	4.6	86	77	13	381	46	9	12	30	1.74
54969917--54970408	173	2.9	167	80	11	482	45	10	12	31	1.75
54970076--54970353	87	3.2	87	73	15	268	47	10	12	30	1.74
54971017--54971067	20	2.7	19	85	8	68	60	7	1	29	1.36
54974852--54974887	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
54975692--54975726	4	8.8	4	93	0	61	77	0	0	22	0.78
54982447--54982482	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
54982922--54982986	21	3.1	21	86	6	89	16	24	27	30	1.97
54988648--54988679	11	3.1	11	82	17	50	21	0	18	59	1.38
54989613--54990016	131	3.0	131	82	6	467	26	17	18	36	1.93
54992950--54992989	21	1.9	21	89	0	62	67	0	20	12	1.22
55001563--55001938	133	2.8	133	88	1	529	27	18	24	30	1.98
55004762--55005122	133	2.7	131	85	3	476	25	19	19	36	1.95
55004739--55005137	132	3.0	131	83	3	489	26	19	18	35	1.95
55004778--55005208	133	3.3	130	81	6	392	25	19	19	35	1.95
55010008--55010150	68	2.1	69	80	5	164	28	16	25	28	1.97
55010441--55010478	18	2.1	18	90	0	58	42	44	5	7	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55010507--55010544	20	2.0	20	89	5	60	71	5	0	23	1.07
55010564--55010622	9	6.6	9	92	0	91	23	8	23	44	1.81
55011010--55011347	71	4.8	70	80	5	290	23	16	23	35	1.95
55011094--55011668	71	8.1	71	79	3	478	25	17	21	34	1.96
55011108--55011659	213	2.6	213	80	2	565	25	17	21	35	1.95
55011578--55011762	92	2.0	92	88	2	273	27	16	23	32	1.96
55011507--55011834	163	2.0	164	83	2	410	25	16	24	34	1.96
55011669--55012109	71	6.2	71	80	2	366	24	15	24	36	1.94
55011365--55011973	305	2.0	304	80	3	679	24	17	23	33	1.96
55011294--55012003	376	1.9	375	81	2	852	24	17	23	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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