genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3497567--3497614	16	2.9	17	84	9	64	83	4	4	8	0.90
3511335--3511370	15	2.3	15	90	4	54	50	0	0	50	1.00
3511498--3511527	9	3.4	9	95	4	53	73	0	0	26	0.84
3511539--3511576	20	1.9	19	89	5	58	71	0	2	26	1.00
3516512--3516600	40	2.2	40	78	5	101	28	11	39	21	1.87
3516567--3516658	14	6.6	14	67	20	50	29	13	35	21	1.91
3517882--3517988	56	1.9	55	84	1	142	15	45	12	26	1.81
3524312--3524358	8	5.9	8	78	16	53	63	0	0	36	0.94
3547603--3547636	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
3547604--3547637	16	2.1	16	100	0	68	29	0	0	70	0.87
3551842--3551886	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
3553334--3553364	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
3557576--3557602	7	3.9	7	100	0	54	85	14	0	0	0.61
3558579--3558739	43	3.8	43	86	1	216	27	31	19	21	1.98
3562243--3562325	43	1.9	43	90	0	130	28	31	14	25	1.95
3562666--3562828	66	2.5	66	82	2	202	16	27	17	38	1.91
3568142--3568429	9	33.7	9	67	16	103	29	4	19	46	1.68
3568177--3568324	32	4.5	32	73	11	111	27	3	20	48	1.65
3568135--3568313	25	7.2	25	71	9	116	27	3	20	48	1.67
3568151--3568245	16	6.4	16	72	16	78	27	4	18	49	1.66
3568340--3568429	25	3.6	25	75	3	74	27	4	21	46	1.70
3568438--3568548	20	5.8	20	74	12	106	41	4	5	48	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3568429--3568537	56	1.9	58	88	5	170	43	3	6	46	1.47
3568479--3568669	66	2.9	65	88	6	199	37	3	11	47	1.58
3571420--3571484	14	4.4	15	73	13	55	38	43	0	18	1.50
3571429--3571499	22	3.2	22	81	0	88	38	42	0	19	1.52
3572004--3572159	41	3.8	41	90	1	242	26	29	25	18	1.98
3572195--3572269	39	1.9	38	86	2	105	21	25	18	34	1.96
3572635--3572676	22	1.9	22	85	0	57	47	11	11	28	1.76
3573539--3573581	23	1.9	22	85	4	59	18	13	27	39	1.89
3577289--3577335	19	2.4	19	82	10	60	36	0	4	59	1.17
3581128--3581178	18	2.8	18	84	0	66	45	0	3	50	1.20
3586507--3586611	38	2.8	38	89	0	156	39	22	17	20	1.93
3586547--3586631	19	4.6	19	72	8	77	41	22	12	23	1.88
3586598--3586632	17	2.1	17	100	0	70	42	22	11	22	1.85
3586616--3586763	58	2.6	57	84	1	170	33	23	22	20	1.97
3588114--3588173	11	5.5	11	75	13	54	65	1	0	33	1.03
3589177--3589227	17	3.0	17	82	5	59	72	0	17	9	1.11
3589301--3589349	21	2.3	22	82	10	57	34	0	2	63	1.06
3590672--3590739	30	2.3	31	82	7	79	42	5	5	45	1.52
3591107--3591146	17	2.3	17	95	4	71	60	0	35	5	1.19
3592058--3592495	216	2.0	215	98	0	858	27	15	16	39	1.89
3593654--3593708	20	2.7	20	82	2	65	63	7	1	27	1.31
3593676--3593713	20	1.9	20	94	0	67	63	5	2	28	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3598919--3598951	16	2.1	16	88	11	50	60	0	3	36	1.12
3602533--3602752	101	2.2	100	82	8	266	24	14	29	32	1.94
3602563--3602749	51	3.7	51	80	4	209	22	15	28	32	1.95
3602760--3602848	45	2.0	45	95	0	160	24	17	24	32	1.97
3608296--3608515	101	2.2	100	80	10	241	24	15	28	31	1.96
3608326--3608521	51	3.9	50	81	2	214	22	17	28	31	1.97
3608436--3608516	26	3.2	26	62	28	64	22	14	29	33	1.94
3608523--3608609	45	1.9	45	92	0	147	25	14	24	35	1.94
3611957--3612008	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
3612702--3612743	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
3620408--3620447	16	2.6	16	80	4	55	40	25	20	15	1.90
3620429--3620538	41	2.7	41	85	0	139	34	22	18	24	1.96
3621187--3621221	17	2.1	17	89	5	54	31	14	5	48	1.67
3633643--3633696	19	2.9	19	83	8	58	61	0	5	33	1.19
3633651--3633712	19	3.6	18	79	18	69	54	0	4	40	1.22
3634340--3634371	13	2.4	14	94	5	57	75	0	0	25	0.81
3634339--3634373	14	2.5	15	86	13	56	74	0	0	25	0.82
3634613--3634641	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
3641299--3641337	18	2.1	19	90	4	62	76	0	15	7	0.99
3641322--3641389	26	2.6	27	79	11	70	64	2	25	7	1.33
3657697--3657736	21	1.9	21	84	0	53	25	10	15	50	1.74
3660430--3660490	30	2.1	29	87	3	86	19	34	22	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3663586--3663677	47	2.0	47	91	0	148	48	16	10	23	1.77
3668529--3668665	38	3.7	38	76	5	102	29	27	20	23	1.99
3668608--3668692	38	2.3	36	81	4	89	29	28	17	24	1.97
3671668--3671740	8	8.4	9	71	23	59	43	0	0	56	0.99
3671669--3671742	5	15.4	5	74	23	70	43	0	0	56	0.99
3672332--3672376	23	1.9	24	86	13	67	55	2	22	20	1.54
3672975--3673017	23	2.0	23	86	9	63	11	4	39	44	1.62
3677178--3677211	16	2.1	16	88	0	50	35	20	0	44	1.52
3688131--3688164	15	2.3	15	90	5	52	70	2	0	26	1.01
3688797--3688856	18	3.2	20	72	11	54	65	1	3	30	1.19
3688900--3688951	23	2.2	24	86	6	70	44	0	3	51	1.19
3688943--3688999	28	1.9	31	82	10	75	35	8	0	56	1.31
3695946--3696252	153	2.0	153	96	0	569	24	18	7	49	1.72
3718892--3719069	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
3718893--3719048	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
3718889--3719069	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
3720921--3721054	62	2.1	63	83	1	171	20	17	29	32	1.96
3724446--3724490	21	2.2	21	84	7	58	48	31	2	17	1.59
3736259--3736328	34	2.1	34	94	0	122	30	12	5	51	1.63
3737238--3737284	18	2.7	17	75	12	51	38	17	2	42	1.61
3755479--3755708	33	6.6	33	70	19	130	34	26	18	20	1.95
3755430--3755685	75	3.4	75	93	1	404	33	26	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3755728--3755928	51	4.0	51	78	8	221	30	28	16	23	1.96
3757867--3757913	24	2.0	24	83	8	60	17	34	0	48	1.47
3762884--3762932	25	2.0	25	87	0	71	32	18	14	34	1.91
3765423--3765449	5	5.4	5	100	0	54	81	0	0	18	0.69
3766411--3766786	194	1.9	194	87	2	549	30	14	18	36	1.90
3766749--3766844	49	2.0	47	92	8	158	29	3	11	56	1.50
3771431--3771910	27	17.6	27	97	1	852	25	14	29	30	1.95
3771431--3771910	82	5.9	82	96	1	874	25	14	29	30	1.95
3780059--3780236	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
3780060--3780215	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
3780056--3780236	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
3781854--3781895	15	2.9	14	80	16	50	78	2	16	2	0.96
3784813--3785201	194	2.0	194	94	0	688	29	15	19	35	1.93
3785165--3785260	49	2.0	47	90	8	149	28	4	11	56	1.53
3787095--3787133	20	2.0	20	89	0	60	41	5	15	38	1.69
3791466--3791544	30	2.7	29	78	5	88	25	3	2	68	1.19
3798873--3798927	3	18.3	3	100	0	110	67	0	0	32	0.91
3803147--3803426	150	1.9	150	99	0	551	32	0	39	27	1.57
3803530--3803566	9	4.1	9	85	0	56	29	8	13	48	1.71
3803620--3803650	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
3805909--3805971	30	2.1	30	90	0	99	28	1	11	58	1.41
3808848--3808872	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3809375--3809444	25	2.7	25	80	4	77	21	25	22	30	1.99
3822688--3822774	44	2.0	44	97	0	165	29	16	19	34	1.93
3830511--3830723	32	6.7	32	77	3	160	36	22	22	19	1.95
3830506--3830723	64	3.4	64	80	3	251	35	22	22	20	1.96
3830723--3830776	26	2.1	26	89	0	81	35	24	22	18	1.96
3830764--3830827	27	2.4	27	85	12	80	31	21	26	20	1.98
3831124--3831163	17	2.4	17	100	0	80	37	22	12	27	1.90
3831133--3831180	17	2.9	16	84	9	53	41	18	8	31	1.80
3832610--3832641	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
3832869--3833009	50	2.8	50	84	7	178	30	26	14	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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