genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65676533--65676656	47	2.6	47	81	10	133	23	27	18	30	1.98
65676677--65676844	46	3.6	46	77	12	182	23	29	19	27	1.98
65676677--65676847	94	1.8	92	85	7	238	23	29	19	26	1.99
65678567--65678627	30	2.0	31	83	3	79	40	6	19	32	1.77
65679046--65679266	46	4.8	46	94	0	388	20	20	28	30	1.98
65689051--65689199	43	3.5	42	79	7	131	30	20	20	28	1.97
65696876--65696927	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
65696972--65697009	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
65699276--65699327	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
65699372--65699409	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
65708490--65708543	27	2.0	27	96	0	99	11	27	11	50	1.72
65711849--65712000	49	3.1	50	78	4	164	44	12	11	30	1.78
65717324--65717509	29	6.5	28	78	8	187	32	30	15	22	1.95
65717324--65717537	57	3.8	57	92	0	338	31	28	16	22	1.96
65717549--65718425	40	22.0	40	90	4	1389	25	28	21	24	1.99
65717548--65718424	80	11.0	80	98	0	1661	26	28	21	23	1.99
65718496--65718585	44	2.1	43	95	2	162	31	33	8	25	1.87
65719908--65720003	47	2.0	47	100	0	192	36	25	6	32	1.81
65727012--65727051	20	2.0	20	85	0	53	30	25	12	32	1.92
65728417--65728480	30	2.2	29	83	13	78	10	15	1	71	1.20
65728528--65728592	34	1.9	34	84	3	87	13	24	0	61	1.32
65728518--65728568	21	2.4	22	75	12	54	9	21	0	68	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65730546--65730584	21	1.9	21	89	5	62	35	12	0	51	1.40
65730544--65730596	20	2.7	19	77	11	61	33	16	0	49	1.47
65732903--65732967	32	2.0	32	96	0	121	36	6	23	33	1.80
65735598--65735676	33	2.4	33	85	4	97	18	12	45	22	1.84
65736186--65736261	22	3.5	21	72	13	64	59	3	2	34	1.30
65736214--65736244	16	2.0	15	93	6	53	58	6	0	35	1.24
65739589--65739668	42	1.9	42	92	0	133	30	17	26	26	1.97
65739640--65739706	33	2.0	33	100	0	134	29	19	23	26	1.98
65739674--65739815	42	3.4	41	80	3	158	29	15	24	30	1.96
65739598--65739745	75	2.0	75	91	0	242	30	17	25	27	1.97
65739953--65739978	12	2.2	12	100	0	52	46	23	7	23	1.78
65747870--65747915	23	2.0	23	100	0	92	39	21	17	21	1.93
65748259--65748380	43	2.9	43	85	1	147	29	30	18	21	1.97
65751505--65751580	40	1.9	40	91	0	125	32	23	10	32	1.89
65753620--65753653	11	3.0	11	83	8	50	76	2	2	17	1.04
65764740--65764815	38	2.0	38	94	5	136	36	18	9	35	1.83
65775048--65775082	13	2.7	13	95	0	61	62	5	0	31	1.18
65775296--65775344	21	2.4	21	82	3	55	38	20	22	18	1.93
65775306--65775351	20	2.2	21	88	3	67	34	21	23	19	1.96
65776657--65776693	19	2.1	19	90	10	60	27	5	5	62	1.39
65785346--65785395	3	16.7	3	100	0	100	0	32	0	68	0.90
65797212--65797241	15	2.0	15	100	0	60	26	0	26	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65798459--65798512	19	2.8	19	81	15	67	68	5	1	24	1.21
65804025--65804071	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
65804428--65804661	50	4.7	50	79	4	229	26	18	25	29	1.98
65804421--65804602	101	1.8	101	88	0	283	25	19	25	30	1.98
65805211--65805544	180	1.9	180	82	3	422	40	7	17	34	1.79
65807976--65808073	24	4.1	23	70	15	65	5	21	3	70	1.21
65807974--65808010	16	2.2	17	90	4	58	0	24	0	75	0.80
65808906--65809018	40	2.8	38	73	6	109	34	18	23	23	1.96
65816872--65816988	27	4.3	27	86	2	137	21	20	18	39	1.93
65816980--65817107	27	4.7	27	89	2	186	39	13	14	33	1.84
65825959--65826039	21	3.9	21	73	12	76	41	16	22	19	1.89
65825981--65826055	21	3.7	20	69	5	60	42	16	20	21	1.89
65830981--65831134	42	3.7	42	81	8	179	32	16	22	28	1.96
65832609--65832722	43	2.7	42	82	5	140	32	14	24	28	1.95
65848409--65848465	26	2.2	26	80	3	60	29	19	15	35	1.93
65858214--65858298	42	2.0	42	100	0	170	23	9	25	41	1.84
65865302--65865333	6	5.3	6	92	0	55	0	50	0	50	1.00
65866144--65866180	13	2.8	13	87	0	56	40	2	10	45	1.53
65868034--65868232	107	1.9	108	86	3	285	24	21	17	36	1.94
65868062--65868247	80	2.3	80	85	1	237	24	20	17	37	1.93
65868035--65868247	27	7.9	27	81	5	234	24	21	17	37	1.94
65868051--65868311	107	2.4	107	80	7	273	25	17	18	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65868251--65868361	27	4.1	27	82	2	125	29	9	19	41	1.82
65868238--65868363	54	2.4	54	82	5	148	28	9	20	41	1.84
65868355--65868536	27	6.7	27	87	0	274	40	8	22	28	1.84
65868354--65868536	54	3.4	54	97	0	330	39	8	22	28	1.84
65876032--65876087	28	2.0	28	96	0	103	30	26	7	35	1.83
65880068--65880166	49	2.0	49	98	0	189	38	23	12	26	1.90
65880375--65880791	40	10.4	40	86	1	577	44	26	14	13	1.83
65880375--65880791	80	5.2	80	94	0	667	44	26	14	13	1.83
65881763--65881808	23	2.0	23	100	0	92	47	0	0	52	1.00
65883199--65883246	21	2.2	21	81	3	60	18	8	12	60	1.57
65895296--65895363	32	2.1	32	86	0	91	30	11	8	48	1.70
65920066--65920380	77	4.1	77	97	0	567	35	11	10	41	1.77
65923631--65923662	16	1.9	17	93	6	57	3	6	3	87	0.73
65923785--65923809	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
65934146--65934212	20	3.3	20	87	0	98	32	11	20	34	1.90
65934263--65934311	23	2.1	23	92	0	80	32	18	18	30	1.95
65935346--65935370	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
65942172--65942238	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
65942289--65942361	23	3.1	23	92	3	119	27	20	21	30	1.98
65942288--65942382	24	4.0	24	86	6	131	27	21	23	28	1.99
65942576--65942639	31	2.1	31	90	0	101	37	14	23	25	1.92
65943588--65943657	35	2.0	35	94	0	122	52	10	21	15	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65945156--65945752	49	12.3	49	94	3	1030	32	8	27	30	1.86
65945871--65945949	37	2.1	37	83	0	104	24	17	30	27	1.97
65947164--65947355	40	4.8	40	89	0	294	25	21	27	25	2.00
65951486--65951527	18	2.3	18	100	0	84	33	4	19	42	1.72
65952666--65953076	47	8.7	47	97	0	750	32	8	30	29	1.86
65953195--65953273	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
65954053--65954167	59	1.9	59	98	0	221	20	13	23	41	1.88
65955122--65955304	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
65955123--65955306	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
65955175--65955339	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
65960008--65960059	27	2.0	27	84	3	70	38	19	15	26	1.91
65965096--65965216	41	2.9	42	80	8	129	25	17	25	31	1.97
65967560--65967618	27	2.2	27	81	6	66	38	20	20	20	1.93
65967598--65967797	27	7.4	27	86	0	229	26	20	17	36	1.94
65967598--65967797	54	3.7	54	84	0	256	26	20	17	36	1.94
65967612--65967797	81	2.3	81	87	1	257	26	19	17	36	1.94
65979384--65979413	15	2.0	15	93	0	51	30	16	13	40	1.87
65985661--65986021	27	13.4	27	77	7	252	40	20	8	31	1.82
65985704--65986021	81	3.9	81	77	6	304	40	20	7	30	1.81
65986264--65986382	41	2.9	41	92	0	202	21	21	29	26	1.99
65986469--65986722	25	10.1	25	72	8	203	19	14	25	40	1.90
65986469--65986712	50	4.9	50	90	0	371	19	14	25	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65988852--65989078	89	2.6	86	86	5	273	43	10	9	37	1.71
65988727--65989107	88	4.4	88	78	7	338	44	10	11	34	1.74
65991954--65991990	14	2.6	14	91	0	56	32	0	45	21	1.52
65992388--65992430	18	2.5	17	84	3	50	39	11	2	46	1.53
65992893--65992943	18	2.9	17	85	2	66	45	5	23	25	1.75
66005832--66005950	40	3.2	40	61	26	96	32	11	5	50	1.61
66005829--66005973	72	2.0	72	97	0	272	35	11	5	47	1.63
66006559--66006599	19	2.1	20	95	4	75	53	7	14	24	1.66
66007048--66007132	41	2.1	41	97	0	161	25	12	17	43	1.85
66007898--66007993	33	2.9	33	90	0	147	30	25	17	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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