genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  257  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85192132--85192157	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
85192072--85192200	57	2.2	59	84	12	160	41	20	20	17	1.91
85194932--85194963	9	3.4	9	91	8	55	65	0	0	34	0.93
85194934--85194962	10	3.0	10	95	5	51	62	0	0	37	0.96
85195283--85195325	21	2.0	21	82	8	52	46	6	0	46	1.30
85198490--85198719	48	4.9	48	71	13	197	29	25	19	26	1.98
85198490--85198754	48	5.6	48	71	13	163	28	26	19	26	1.99
85200418--85200578	84	1.9	83	82	6	200	27	16	16	39	1.91
85200501--85200861	54	6.7	53	76	10	286	29	17	13	39	1.87
85200490--85200861	108	3.4	106	80	7	383	29	18	13	39	1.88
85200497--85200861	162	2.3	161	81	4	430	29	18	13	39	1.88
85201786--85201922	67	2.0	67	92	2	231	43	11	28	16	1.82
85202136--85202278	50	2.9	48	78	12	155	35	0	3	60	1.14
85202214--85202288	20	3.8	20	76	11	68	32	0	4	64	1.12
85202215--85202256	21	2.0	21	86	9	59	35	0	2	61	1.09
85202143--85202290	52	2.9	48	75	16	131	33	0	4	62	1.14
85206920--85206977	21	2.7	21	86	2	71	74	6	10	8	1.23
85209817--85210046	40	5.8	40	89	2	259	23	24	28	22	1.99
85214550--85214727	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85214571--85214726	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85223764--85224273	200	2.5	200	88	2	731	27	10	25	36	1.88
85228650--85228703	14	4.0	14	77	15	60	42	16	11	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85229293--85229401	27	4.1	26	77	3	101	37	30	10	22	1.87
85236318--85236345	14	2.0	14	100	0	56	64	7	0	28	1.20
85244695--85244766	37	2.0	36	91	0	108	18	31	1	47	1.57
85252522--85252569	24	2.0	24	100	0	96	50	12	16	20	1.78
85259094--85259119	13	2.0	13	100	0	52	69	0	30	0	0.89
85259095--85259160	19	3.9	16	78	18	64	65	0	31	3	1.08
85259095--85259153	19	3.3	17	84	11	66	67	0	28	3	1.06
85259180--85259217	14	2.8	14	88	4	51	73	0	26	0	0.83
85259546--85259587	17	2.6	16	92	7	75	80	4	2	11	0.95
85259837--85259930	40	2.3	40	81	5	109	57	9	3	29	1.46
85259621--85260437	293	2.8	285	89	5	1180	58	7	6	27	1.50
85262482--85262528	18	2.6	18	80	6	51	29	31	29	8	1.87
85262697--85262785	33	2.7	33	82	0	115	23	46	13	16	1.83
85263181--85263264	26	3.1	26	72	24	91	47	13	2	36	1.55
85263189--85263270	17	4.5	17	72	14	65	47	13	4	34	1.64
85266933--85267077	41	3.7	40	79	11	174	52	12	4	31	1.58
85267048--85267119	16	4.5	16	78	14	69	65	15	0	19	1.28
85267057--85267119	13	5.2	12	83	12	76	66	14	0	19	1.25
85267051--85267138	36	2.3	38	84	11	119	67	15	0	17	1.24
85267177--85267237	20	3.2	20	82	15	69	0	29	0	70	0.88
85267171--85267243	26	2.9	26	82	8	80	0	30	0	69	0.88
85267373--85267406	17	2.1	17	88	5	52	38	5	8	47	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85268381--85268481	50	2.0	50	94	0	175	30	11	9	47	1.73
85278688--85278739	26	2.0	26	92	0	86	30	19	19	30	1.96
85279236--85279268	16	2.0	17	94	5	59	39	24	6	30	1.79
85280476--85280591	58	2.0	58	98	0	223	41	17	9	31	1.81
85282410--85282557	77	1.9	77	95	0	269	25	18	16	39	1.92
85282683--85283057	188	2.0	188	98	0	732	40	18	13	28	1.88
85283338--85283709	186	2.0	186	92	0	618	13	27	26	32	1.94
85286922--85287145	122	1.9	122	85	1	317	40	10	20	29	1.85
85295625--85295652	14	2.0	14	100	0	56	28	0	7	64	1.20
85302569--85302677	27	4.1	26	77	3	101	22	10	30	37	1.87
85302557--85302671	53	2.2	53	82	3	142	20	12	30	36	1.89
85303267--85303320	14	4.0	14	77	15	60	29	11	16	42	1.83
85307719--85308228	200	2.5	200	97	0	948	35	25	10	27	1.89
85312264--85312311	24	2.0	24	83	0	60	29	22	27	20	1.99
85321271--85321318	16	3.2	16	70	24	50	52	0	0	47	1.00
85321276--85321333	8	7.2	8	75	13	57	55	0	1	43	1.10
85321337--85321370	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
85322268--85322301	6	5.7	6	100	0	68	17	17	14	50	1.79
85322268--85322307	18	2.2	18	90	0	62	17	22	12	47	1.81
85323283--85323329	22	2.1	22	88	0	67	29	25	21	23	1.99
85325992--85326039	3	16.0	3	82	0	60	2	62	29	6	1.31
85331055--85331104	25	2.0	25	96	0	91	48	26	12	14	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85344019--85344106	45	2.0	45	90	4	142	19	30	13	36	1.90
85348772--85348979	70	3.0	70	91	2	321	27	16	14	40	1.88
85360492--85360835	114	3.0	114	99	0	670	20	20	18	40	1.92
85364160--85364185	4	6.5	4	100	0	52	50	23	26	0	1.50
85369033--85369070	18	2.1	18	90	0	58	47	10	10	31	1.72
85372366--85372408	17	2.5	17	81	7	52	55	6	6	30	1.53
85376057--85376133	31	2.6	30	78	10	86	37	11	10	40	1.76
85380184--85380261	38	2.1	38	97	0	147	51	10	8	29	1.66
85387725--85387763	20	2.0	20	84	0	51	33	0	7	58	1.26
85397457--85397564	26	4.2	26	92	0	180	36	23	7	33	1.83
85397906--85397945	20	2.0	20	100	0	80	30	10	25	35	1.88
85398514--85398559	18	2.5	19	82	10	60	43	43	0	13	1.43
85399838--85400039	3	69.0	3	68	19	97	30	6	0	62	1.27
85399922--85400031	38	3.0	39	76	18	110	30	3	0	64	1.17
85401223--85401262	20	2.0	21	85	5	55	57	0	5	37	1.21
85401258--85401303	18	2.6	18	89	3	67	45	0	0	54	0.99
85401370--85401514	71	2.1	70	92	3	238	53	3	2	40	1.32
85401558--85401627	35	1.9	37	82	5	90	57	2	2	37	1.29
85402348--85402386	17	2.4	16	91	4	60	41	0	0	58	0.98
85408150--85408284	62	2.2	62	98	0	261	34	6	17	42	1.75
85409309--85409359	26	2.0	26	88	7	77	47	9	3	39	1.55
85409356--85409428	34	2.1	34	94	0	128	42	9	0	47	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85414907--85415029	3	40.3	3	73	11	81	33	5	1	59	1.31
85418312--85418356	20	2.2	20	96	0	81	35	31	24	8	1.86
85421774--85422287	130	4.0	130	86	1	643	30	19	22	27	1.98
85421997--85422284	44	6.6	44	75	5	219	30	19	22	28	1.98
85422036--85422242	86	2.4	88	85	3	267	30	18	22	28	1.97
85422300--85422544	88	2.8	88	86	2	332	28	20	19	31	1.97
85422294--85422515	44	5.0	43	68	7	135	28	20	19	31	1.97
85432214--85432243	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
85432408--85432432	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
85432902--85432954	27	1.9	28	96	3	99	22	16	16	43	1.88
85436589--85436613	9	2.8	9	100	0	50	24	24	8	44	1.80
85439632--85439854	79	2.8	78	81	9	240	25	27	21	25	1.99
85439632--85439854	39	5.6	39	83	8	233	25	27	21	25	1.99
85447913--85448004	43	2.1	44	83	2	114	28	22	25	23	2.00
85448020--85448353	44	7.6	44	70	5	255	34	20	25	19	1.96
85448016--85448356	87	3.9	88	91	1	517	34	20	25	19	1.96
85449766--85449790	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
85452323--85452353	16	1.9	16	93	0	53	9	6	9	74	1.23
85456008--85456118	43	2.6	43	91	2	170	31	14	21	32	1.93
85458312--85458416	26	4.0	26	93	0	183	32	7	23	36	1.83
85463969--85464089	46	2.6	46	84	2	154	42	16	23	17	1.88
85466732--85466792	12	5.1	12	85	0	59	40	18	14	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85466752--85466792	6	6.8	6	88	0	64	39	17	14	29	1.89
85467240--85467277	17	2.2	17	90	0	58	10	36	34	18	1.85
85472301--85472485	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
85472302--85472485	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
85472354--85472518	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
85474596--85474642	24	2.0	24	100	0	94	29	4	8	57	1.48
85476742--85476782	13	3.2	13	89	6	57	34	9	14	41	1.79
85483878--85484974	35	31.4	35	96	0	1908	29	25	13	31	1.94
85498253--85498291	14	2.7	14	84	4	51	56	0	5	38	1.22
85502781--85502904	56	2.2	56	86	1	187	33	19	15	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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