Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  56  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17569898--17569937
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2.0
20
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5
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10
0
22
1.20
17572234--17572273
21
2.0
21
85
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0
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0
0.77
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5
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36
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1.85
17582089--17582269
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13
132
37
16
12
34
1.85
17582264--17582332
18
4.0
17
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3
68
37
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1.88
17582274--17582332
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3.3
18
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2
75
37
18
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1.90
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45
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19
19
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293
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17
10
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1.12
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16
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31
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20
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6
30
1.84
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0
0
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2.0
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17599009--17599056
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2.2
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16
4
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79
0.89
17601819--17601863
22
2.0
23
86
4
65
26
2
2
68
1.12
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17602274--17602316
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13
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4
2
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184
2.0
184
100
0
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15
17
38
1.90
17616343--17616983
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3.7
175
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0
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19
29
1.96
17616343--17616983
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1.8
349
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0
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32
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19
29
1.96
17616838--17617109
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1.9
146
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20
30
1.95
17617010--17617245
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2.7
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85
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298
33
16
19
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1.95
17618978--17619020
14
2.8
16
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13
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2
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1.25
17623311--17623350
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17624901--17624931
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1.9
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0
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1.24
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10
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10
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0
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22
5
0
72
1.04
17628772--17628849
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38
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4
131
25
12
2
58
1.47
17629600--17629630
16
1.9
16
93
0
53
16
9
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1.39
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21
1.9
21
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10
55
20
7
2
70
1.24
17641505--17641638
40
3.3
40
79
7
146
27
14
27
30
1.95
17641505--17641683
40
4.4
41
77
8
143
26
15
26
31
1.95
17651533--17651601
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2.0
35
88
0
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11
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133
2.7
131
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331
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19
18
26
1.94
17652642--17653284
131
4.9
130
77
4
479
34
18
19
27
1.95
17657294--17657332
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19
100
0
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5
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20
1.67
17659319--17659792
45
10.8
43
64
11
158
28
26
17
27
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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4.2
131
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0
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26
17
27
1.98
17659817--17659940
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1.9
64
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3
169
36
12
16
33
1.87
17661025--17661070
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2.2
23
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2
19
0
78
0.86
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2.0
26
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1
21
0
76
0.87
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192
2.0
192
100
0
772
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8
15
37
1.79
17666707--17666780
27
2.7
27
72
0
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12
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47
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1.81
17666950--17667007
16
3.5
16
71
15
55
17
0
13
68
1.20
17666984--17667082
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119
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4
13
50
1.60
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3.9
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199
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16
28
25
1.96
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12
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12
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0
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11
17
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0
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1.34
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1.99
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0
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103
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1
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1.99
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25
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18
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1.97
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10
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17689522--17689562
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58
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13
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0
1.04
17691814--17692470
132
5.0
131
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5
583
27
18
18
35
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17693689--17694793
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138
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6
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4.5
11
79
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25
1
3
69
1.16
17693689--17694805
413
2.7
411
93
3
1911
27
7
6
57
1.52
17694822--17694892
17
4.4
16
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108
18
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1
73
1.13
17694822--17694892
32
2.2
33
92
2
117
18
7
1
73
1.13
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0
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0
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12
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0
30
0
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0.89
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19
2.2
20
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72
0
27
0
72
0.85
17695601--17695651
21
2.6
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90
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5
17
5
70
1.28
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2.0
25
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0
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15
15
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66
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152
19
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19
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1.97
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64
4.2
64
90
0
388
23
14
15
46
1.83
17707005--17707041
16
2.3
16
90
0
56
13
13
21
51
1.75
17706973--17707073
32
3.2
32
64
20
84
25
14
14
44
1.84
17707508--17707537
15
2.0
15
100
0
60
20
6
33
40
1.78
17709138--17709183
21
2.2
21
84
0
56
36
30
21
10
1.88
17709612--17709723
56
2.0
56
91
3
181
30
19
10
39
1.86
17710284--17710328
12
3.3
14
78
15
58
0
37
2
60
1.09
17710284--17710326
18
2.4
18
81
14
54
0
39
2
58
1.11
17713819--17713847
13
2.1
14
93
6
51
58
13
27
0
1.36
17714964--17714988
10
2.5
10
100
0
50
36
0
0
64
0.94
17715659--17715767
2
54.5
2
100
0
218
0
50
0
49
1.00
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17718952--17719233
114
2.5
114
84
3
354
27
34
16
21
1.95
17721641--17721889
124
2.0
124
100
0
498
31
16
25
26
1.96
17726949--17726983
16
2.1
17
89
5
54
48
0
8
42
1.33
17727903--17727932
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17727837--17728741
91
9.9
91
99
0
1801
47
13
5
34
1.66
17727994--17728023
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17728085--17728114
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17728176--17728205
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17728267--17728296
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
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14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17728449--17728478
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
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14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17728631--17728660
14
2.1
14
100
0
60
50
13
0
36
1.42
17730366--17730404
8
4.9
8
93
0
69
41
0
0
58
0.98
17730358--17730410
13
4.2
13
81
18
67
39
1
0
58
1.09
17730369--17730416
24
2.0
24
88
8
71
41
4
0
54
1.20
17732302--17732619
161
2.0
161
97
1
602
27
18
23
29
1.98
17741403--17741459
26
2.2
26
80
3
60
28
19
19
33
1.96
17744965--17745121
27
5.9
27
87
2
228
40
21
8
29
1.83
17744965--17745121
53
2.9
54
91
1
237
40
21
8
29
1.83
17744959--17745168
80
2.6
80
81
1
233
38
21
8
31
1.83
17745160--17745456
27
11.0
27
88
2
391
35
18
21
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
17745153--17745442
81
3.6
81
89
2
431
34
18
21
25
1.96
17745840--17745945
6
17.3
6
77
14
110
17
16
16
49
1.81
17745840--17745928
37
2.4
37
94
0
151
17
17
15
48
1.82
17747874--17747904
16
2.0
16
93
6
55
51
19
0
29
1.47
17748847--17748933
31
2.7
32
82
7
104
40
41
6
11
1.68
17751171--17751208
18
2.0
20
90
10
62
63
10
5
21
1.46
17751739--17751776
18
2.1
18
95
0
67
42
47
2
7
1.46
17751753--17751777
13
1.9
13
100
0
50
40
48
0
12
1.40
17752992--17753082
47
1.9
47
95
0
164
32
19
21
25
1.97
17756724--17756787
32
2.0
32
100
0
128
37
15
9
37
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
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          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276