genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  244  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80771432--80771466	18	1.9	18	88	0	52	31	5	22	40	1.78
80771954--80771993	21	1.9	21	84	0	53	35	10	20	35	1.86
80776316--80776430	60	1.9	59	84	7	151	33	19	6	41	1.76
80777898--80778051	43	3.6	42	76	10	152	24	18	27	30	1.98
80777918--80778020	41	2.4	43	85	4	147	23	16	25	34	1.95
80780470--80780540	10	7.4	10	75	20	53	70	1	1	26	1.04
80780471--80780524	21	2.7	19	81	10	63	66	1	1	29	1.12
80780567--80780625	28	2.1	29	84	6	77	55	0	1	42	1.09
80780912--80780949	19	2.0	20	94	5	69	44	0	2	52	1.14
80780883--80780957	28	2.8	27	82	11	84	40	1	1	57	1.16
80780899--80780941	9	4.5	10	78	21	56	46	0	0	53	1.00
80781642--80781707	29	2.2	30	86	10	100	66	0	1	31	1.01
80781880--80781918	11	3.5	11	82	10	53	87	0	12	0	0.55
80782703--80782820	29	4.1	29	100	0	236	41	10	6	41	1.65
80784948--80785042	28	3.5	28	77	13	110	26	21	14	37	1.92
80784960--80785037	24	3.0	25	80	14	88	24	20	15	39	1.91
80789433--80789504	30	2.4	30	92	0	117	19	26	36	18	1.94
80791350--80791383	8	4.1	8	96	3	59	61	23	0	14	1.33
80803565--80803627	30	2.1	30	84	0	81	30	25	25	19	1.98
80806493--80806546	20	2.6	21	88	11	85	20	11	16	51	1.74
80810868--80810910	20	2.3	19	88	11	70	0	18	0	81	0.69
80819822--80819895	30	2.5	30	100	0	148	28	14	27	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80820258--80820481	47	4.8	47	77	9	190	27	19	29	23	1.98
80825313--80825339	14	1.9	14	100	0	54	29	3	14	51	1.60
80829760--80829805	24	1.9	24	86	8	67	43	0	30	26	1.55
80832978--80833022	20	2.2	20	88	0	63	51	2	11	35	1.50
80836059--80836083	12	2.1	12	100	0	50	28	8	16	48	1.74
80839789--80840012	67	3.4	65	76	12	201	23	29	16	30	1.97
80844881--80844971	47	1.9	47	95	0	164	16	25	15	42	1.87
80849129--80849286	79	2.0	79	98	0	307	29	26	13	30	1.94
80850728--80850905	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
80850728--80850905	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
80852142--80852267	64	2.0	63	96	3	236	19	25	7	47	1.76
80855821--80855863	21	2.0	23	81	9	54	32	16	11	39	1.84
80874483--80874658	46	3.8	46	77	14	200	20	19	29	30	1.97
80874480--80874651	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
80878495--80878532	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
80879519--80879570	21	2.5	21	75	6	52	19	26	28	25	1.98
80885067--80885100	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
80885150--80885212	30	2.1	30	96	0	117	57	12	3	26	1.51
80885918--80885956	19	2.1	19	85	9	53	5	15	2	76	1.06
80893819--80893956	69	2.0	68	94	1	240	31	7	15	44	1.75
80897824--80898083	27	9.6	27	79	5	220	30	28	16	25	1.96
80897845--80898082	82	2.9	81	90	4	345	29	28	16	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80897824--80898083	109	2.4	108	82	5	290	30	28	16	25	1.96
80905913--80906090	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
80905913--80906090	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
80913920--80914097	27	6.6	27	77	6	137	30	28	15	25	1.96
80913920--80914097	54	3.3	54	78	7	164	30	28	15	25	1.96
80920442--80920665	122	1.9	120	85	3	315	39	9	20	29	1.85
80927502--80927533	15	2.1	16	88	11	50	78	6	3	12	1.06
80930479--80930572	6	15.3	6	77	16	86	48	15	17	18	1.81
80930493--80930572	31	2.6	31	91	0	124	48	16	17	17	1.81
80930711--80930768	27	2.1	28	84	9	75	36	24	20	18	1.95
80931351--80931682	27	12.3	27	84	1	405	25	17	18	37	1.93
80931673--80931987	54	5.8	54	83	1	245	29	6	22	40	1.80
80931672--80931961	81	3.6	79	81	5	294	29	6	23	40	1.79
80931728--80931987	81	3.2	80	86	2	340	29	7	21	41	1.80
80931710--80931997	54	5.3	54	85	1	326	30	6	22	40	1.80
80931728--80931987	27	9.6	27	88	0	295	29	7	21	41	1.80
80939790--80939854	28	2.3	28	89	0	103	24	13	21	40	1.90
80941222--80941306	28	3.1	28	79	3	93	28	12	25	32	1.93
80944546--80944932	27	14.4	27	86	2	474	34	19	21	24	1.96
80946751--80946910	42	3.8	42	80	0	185	30	16	23	30	1.96
80950076--80950155	40	2.0	40	97	0	151	36	15	28	20	1.92
80952232--80952315	44	1.9	44	90	4	134	29	29	13	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80952194--80952415	46	4.8	45	75	13	166	24	29	17	29	1.97
80952196--80952465	94	2.9	92	76	10	239	25	28	17	28	1.97
80954378--80954402	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
80956624--80956863	130	1.8	129	81	4	293	31	19	16	32	1.94
80962040--80962172	67	2.0	67	87	0	194	30	19	29	20	1.97
80962107--80962157	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
80962810--80962955	27	5.4	27	88	0	202	26	21	18	34	1.96
80962810--80962955	54	2.7	54	90	0	229	26	21	18	34	1.96
80966747--80966783	17	2.2	17	100	0	74	54	10	24	10	1.67
80968510--80968558	21	2.3	21	89	0	71	34	8	22	34	1.84
80972314--80972384	34	2.1	34	86	2	99	29	21	19	29	1.98
80972498--80972584	44	2.0	44	86	2	113	31	19	25	22	1.97
80976511--80976579	34	2.1	33	88	2	102	28	24	18	27	1.98
80980395--80980433	5	7.8	5	94	0	69	20	76	2	0	0.90
80982427--80982610	49	3.8	47	76	13	160	29	20	27	22	1.98
80982427--80982605	98	1.8	97	85	5	254	29	19	27	22	1.98
80989612--80989782	54	3.2	52	80	6	189	40	15	15	28	1.88
80989671--80989839	59	2.9	59	79	6	161	40	18	14	26	1.89
80989644--80989858	27	7.8	27	81	7	189	40	18	14	26	1.88
80993135--80993190	21	2.7	21	91	0	85	17	33	32	16	1.92
80994531--80994695	42	3.9	42	74	3	150	29	18	21	30	1.97
80996607--80996860	40	6.4	39	83	3	262	23	23	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80996607--80996826	120	1.8	120	87	3	327	22	23	27	25	2.00
81007265--81007448	40	4.6	41	81	12	208	25	22	27	25	2.00
81007265--81007448	79	2.3	81	82	11	222	25	22	27	25	2.00
81007317--81007481	79	2.1	79	82	8	194	26	21	27	24	1.99
81024872--81025023	27	5.6	27	93	3	241	30	28	13	26	1.94
81024872--81025023	55	2.8	55	94	0	259	30	28	13	26	1.94
81027646--81027688	23	1.9	23	85	4	61	41	4	11	41	1.62
81028846--81028969	39	3.2	39	88	0	176	25	29	21	23	1.99
81032190--81032337	40	3.7	40	96	0	260	31	20	26	20	1.98
81035275--81035701	213	2.0	213	96	0	782	24	18	26	29	1.98
81035840--81035871	14	2.3	14	94	0	55	37	31	25	6	1.81
81041687--81041845	42	3.8	42	83	0	183	23	16	27	32	1.96
81041919--81041985	32	2.1	32	88	0	98	40	8	23	26	1.84
81043989--81044109	37	3.3	37	86	5	174	28	17	26	27	1.97
81043989--81044127	74	1.9	74	86	4	201	27	17	27	28	1.97
81044099--81044188	41	2.2	42	84	6	112	27	12	26	33	1.92
81045676--81045834	42	3.8	42	83	0	183	23	16	27	32	1.96
81045908--81045974	32	2.1	32	88	0	98	40	8	23	26	1.84
81046629--81046749	37	3.3	37	86	5	174	28	17	26	27	1.97
81046629--81046767	74	1.9	74	86	4	201	27	17	27	28	1.97
81046739--81046830	41	2.2	42	82	5	116	27	14	26	32	1.94
81050823--81050855	13	2.5	13	95	0	57	48	0	9	42	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81051031--81051194	42	3.9	42	83	4	197	23	17	28	31	1.96
81051263--81051329	32	2.1	32	88	0	98	40	8	23	26	1.84
81067019--81067043	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
81068966--81069058	6	17.2	5	75	18	73	76	1	4	18	1.01
81068966--81069056	27	3.3	28	83	11	109	76	1	4	17	1.00
81069006--81069058	21	2.5	21	82	17	65	77	0	3	18	0.92
81075028--81075099	28	2.6	27	80	6	72	23	25	13	37	1.92
81081787--81081898	28	4.1	28	83	3	140	19	20	21	38	1.94
81081787--81081898	55	2.1	54	84	5	145	19	20	21	38	1.94
81083918--81083942	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276