genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  233  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77128106--77128139	6	5.7	6	96	0	59	67	11	0	20	1.21
77128156--77128187	16	2.0	16	93	0	55	56	21	0	21	1.43
77128366--77128467	43	2.4	43	88	0	150	35	25	5	33	1.80
77131712--77131817	56	1.9	56	96	0	194	57	6	3	32	1.42
77136572--77136618	18	2.6	18	79	3	58	53	25	2	19	1.56
77141776--77141800	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
77144222--77144354	44	3.0	44	100	0	266	31	4	9	54	1.51
77146599--77146631	8	4.1	8	85	14	50	51	24	21	3	1.62
77147303--77147451	60	2.5	63	79	11	161	29	20	24	26	1.99
77147880--77147931	26	2.0	26	100	0	104	34	15	19	30	1.93
77158553--77158610	25	2.3	25	100	0	116	13	29	6	50	1.68
77160761--77160858	46	2.3	40	79	16	108	34	15	12	37	1.85
77163138--77163297	32	5.0	32	91	0	266	32	12	10	45	1.75
77163138--77163297	64	2.5	64	95	0	293	32	12	10	45	1.75
77165287--77165336	21	2.4	21	89	0	73	32	34	12	22	1.90
77187077--77187155	25	3.3	25	64	16	67	32	5	29	32	1.79
77187061--77187395	47	7.1	47	93	1	553	31	8	31	28	1.88
77187061--77187395	143	2.4	141	91	2	553	31	8	31	28	1.88
77192744--77192835	30	3.1	30	88	3	150	27	3	14	55	1.54
77192743--77192833	29	3.1	29	88	3	146	28	3	13	54	1.54
77198189--77198241	14	4.0	13	82	7	63	0	15	0	84	0.61
77198189--77198242	5	10.8	5	82	9	58	0	16	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77207757--77207963	53	3.8	54	80	1	236	20	24	18	37	1.94
77215086--77215292	53	3.8	54	79	1	218	20	23	18	38	1.94
77228346--77228413	5	13.6	5	71	17	52	23	1	1	73	1.00
77228351--77228395	21	2.1	21	87	0	63	22	0	2	75	0.91
77228349--77228412	14	4.5	14	82	7	58	25	1	1	71	1.03
77228479--77228509	14	2.1	15	94	5	55	25	0	0	74	0.82
77232018--77232160	75	1.9	75	94	0	250	25	22	22	30	1.99
77232045--77232156	35	3.1	35	68	15	100	25	20	24	29	1.99
77258665--77258720	29	1.9	29	82	7	69	21	12	25	41	1.88
77268190--77268245	27	2.1	27	100	0	112	50	3	14	32	1.60
77268634--77268675	4	9.8	4	90	10	57	47	2	0	50	1.14
77268637--77268673	18	2.1	18	90	10	58	43	2	0	54	1.14
77268634--77268698	31	2.2	30	86	10	91	49	3	0	47	1.17
77271894--77271949	25	2.2	25	84	9	69	44	5	21	28	1.74
77275040--77275110	31	2.3	31	95	0	124	36	18	9	35	1.84
77276885--77276965	37	2.2	36	89	4	126	16	13	32	38	1.87
77277909--77278010	54	1.9	53	81	2	123	25	26	26	21	2.00
77280419--77280485	21	3.2	22	75	10	61	20	0	10	68	1.18
77280448--77280496	26	2.0	24	88	8	71	28	0	8	63	1.23
77285320--77285508	52	3.6	51	77	10	177	46	0	29	23	1.56
77287102--77287137	14	2.5	15	86	4	56	0	25	0	75	0.81
77293577--77293657	26	3.1	25	71	16	67	13	9	4	71	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77293671--77293700	11	2.6	11	94	5	51	16	0	3	80	0.85
77294142--77294169	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
77296342--77296510	35	4.9	34	87	3	230	34	22	14	28	1.94
77296351--77296511	69	2.3	69	88	2	234	35	23	13	27	1.93
77299673--77299706	16	2.1	16	94	0	59	47	0	5	47	1.26
77308691--77308729	18	2.2	18	85	0	51	25	0	7	66	1.18
77309731--77309786	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
77311940--77311983	20	2.3	19	80	4	52	34	4	11	50	1.59
77312618--77312667	24	2.1	24	100	0	100	26	20	16	38	1.92
77317178--77317336	54	2.9	54	100	0	318	34	18	3	42	1.69
77319422--77319481	24	2.5	23	82	15	68	63	0	8	28	1.23
77334831--77334865	18	1.9	18	88	0	52	22	31	8	37	1.85
77335222--77335354	61	2.2	59	80	14	139	35	3	6	54	1.43
77338395--77338915	126	4.1	126	84	4	655	29	15	15	39	1.88
77338997--77339080	34	2.4	36	84	7	120	41	13	0	45	1.43
77347629--77347669	19	2.1	20	90	4	66	58	2	0	39	1.11
77351473--77351539	6	11.2	6	88	0	89	76	1	4	17	1.04
77351473--77351555	18	4.8	18	77	8	91	74	2	4	18	1.10
77353218--77353264	22	2.2	20	82	14	51	65	2	12	19	1.35
77353831--77353871	20	2.2	20	82	8	50	14	34	24	26	1.94
77369326--77369433	53	2.0	53	84	7	139	36	26	12	25	1.91
77371905--77371944	21	1.9	21	94	0	71	17	17	42	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77373365--77373404	20	2.0	20	100	0	80	55	0	15	30	1.41
77373414--77373439	8	3.2	8	100	0	52	61	11	0	26	1.30
77375307--77375359	24	2.2	24	82	0	61	26	16	5	50	1.67
77375417--77375468	27	1.9	27	84	7	70	21	28	25	25	1.99
77382497--77382523	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
77385454--77385535	40	2.1	40	88	6	123	29	21	10	37	1.88
77392998--77393127	65	2.0	65	92	0	215	41	22	11	24	1.87
77395476--77395521	6	7.3	6	85	7	56	56	4	0	39	1.19
77403502--77403625	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
77411058--77411196	37	3.8	37	95	0	233	38	13	21	25	1.90
77411159--77411282	46	2.8	46	91	3	200	33	16	22	27	1.96
77418745--77418868	46	2.8	44	87	6	178	33	16	21	27	1.95
77421891--77422183	46	7.0	42	73	18	154	26	22	10	40	1.86
77421860--77422092	117	2.0	117	99	0	457	27	20	10	42	1.84
77422006--77422186	46	4.0	46	86	8	239	27	23	10	38	1.88
77430991--77431038	18	2.7	17	75	9	51	35	16	6	41	1.74
77434033--77434179	39	3.8	39	85	0	186	31	31	20	16	1.95
77434034--77434179	78	1.9	78	86	0	211	32	30	20	16	1.95
77434572--77434613	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
77437993--77438032	20	2.0	20	85	9	55	47	0	10	42	1.37
77438069--77438103	15	2.5	15	90	9	56	51	11	2	34	1.53
77439413--77439465	11	5.0	11	70	25	51	52	0	1	45	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77440661--77440719	30	2.0	30	89	0	91	27	18	25	28	1.98
77449997--77450034	20	2.0	20	89	5	60	44	0	0	55	0.99
77450620--77450713	41	2.2	41	86	3	125	34	1	0	64	1.00
77450670--77450694	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
77450795--77450831	16	2.3	16	95	0	65	10	54	32	2	1.49
77454926--77454975	25	2.0	25	100	0	100	60	0	12	28	1.32
77467709--77467819	42	2.6	42	88	5	163	30	9	29	29	1.89
77468376--77468597	43	5.0	43	66	20	152	31	20	22	25	1.98
77468358--77469652	91	14.3	90	94	1	1994	32	20	23	24	1.98
77469671--77469748	41	1.9	41	86	0	111	28	23	21	26	1.99
77470030--77470067	17	2.3	17	86	4	51	81	5	0	13	0.85
77473745--77473896	62	2.5	62	79	8	159	38	5	13	41	1.69
77473779--77473920	62	2.3	62	80	7	153	38	5	13	42	1.68
77481792--77481938	62	2.4	60	81	6	154	38	5	12	42	1.66
77484049--77484087	15	2.6	14	80	11	51	0	23	0	76	0.78
77489570--77489631	31	2.0	31	96	0	115	40	3	29	27	1.72
77498091--77498143	27	1.9	28	88	11	83	24	0	9	66	1.21
77498102--77498143	9	4.8	9	86	13	61	23	0	7	69	1.13
77498102--77498143	18	2.4	17	92	7	75	23	0	7	69	1.13
77498087--77498150	27	2.3	27	80	17	78	25	0	9	65	1.22
77511111--77511160	26	1.9	26	91	0	82	30	22	24	24	1.99
77511584--77511646	19	3.2	20	70	17	69	58	7	1	31	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77512471--77512590	62	1.9	62	89	0	186	30	17	30	22	1.97
77512830--77512905	36	2.1	35	97	2	143	30	7	19	42	1.80
77513194--77513238	18	2.5	18	85	7	56	8	0	11	80	0.92
77513749--77513800	26	2.0	27	85	11	72	38	13	5	42	1.68
77517512--77518052	100	5.4	100	100	0	1082	27	25	21	24	1.99
77519673--77519722	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
77521497--77521551	21	2.6	21	91	0	92	29	21	16	32	1.95
77526561--77526625	27	2.4	27	82	2	78	16	26	21	35	1.95
77539888--77539960	15	5.0	15	71	5	60	26	32	16	24	1.96
77539946--77539985	13	3.0	13	81	3	53	32	32	15	20	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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