genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  24  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7516817--7516942	28	4.5	28	90	2	182	33	27	11	26	1.92
7516816--7516942	55	2.3	57	87	2	186	33	28	11	26	1.92
7534065--7534104	22	1.9	21	85	10	55	30	17	10	42	1.82
7537486--7537522	15	2.5	15	86	0	56	29	21	21	27	1.99
7546122--7546182	9	6.6	9	72	7	50	36	3	36	24	1.72
7559290--7559339	19	2.7	18	79	17	57	64	2	0	34	1.05
7559724--7559766	16	2.7	16	79	13	52	67	2	18	11	1.32
7561650--7561715	32	2.1	31	83	8	80	21	9	22	46	1.79
7567149--7567181	17	1.9	17	93	0	57	21	9	48	21	1.77
7570911--7570999	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
7570911--7570993	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
7570922--7570999	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
7573936--7574106	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
7573928--7574103	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98
7575479--7575511	17	1.9	17	93	0	57	39	3	3	54	1.31
7578261--7578479	46	4.7	46	81	9	257	21	19	29	29	1.98
7578255--7578425	93	1.8	93	91	0	279	22	19	28	29	1.98
7587537--7587570	12	2.8	12	90	0	50	5	0	8	85	0.75
7590738--7590769	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
7600648--7600672	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
7601334--7601687	177	2.0	177	97	0	663	30	26	13	29	1.94
7611749--7611782	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7615284--7615391	54	2.0	54	92	0	180	45	12	16	25	1.83
7615881--7615925	16	2.9	15	87	9	56	53	0	0	46	1.00
7623404--7623445	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
7623408--7623444	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
7623477--7623533	15	3.5	15	69	17	51	49	1	1	47	1.22
7626305--7626339	16	2.1	17	89	5	54	48	0	8	42	1.33
7647571--7647675	43	2.4	43	91	0	174	22	17	24	35	1.95
7651501--7651530	14	2.1	14	93	0	51	40	0	10	50	1.36
7652139--7652220	41	2.0	41	100	0	164	34	17	12	36	1.87
7654706--7654743	11	3.5	11	92	3	60	39	0	0	60	0.97
7654706--7654751	22	2.1	21	84	8	56	43	0	0	56	0.99
7655208--7655272	25	2.6	26	70	7	62	50	3	1	44	1.26
7662747--7662866	43	2.8	42	81	7	152	26	24	17	31	1.97
7664037--7664104	7	9.3	7	81	9	82	17	0	38	44	1.49
7664038--7664104	15	4.6	14	80	10	80	17	0	37	44	1.49
7670923--7671032	9	11.6	9	76	11	103	32	0	20	47	1.50
7670927--7670997	21	3.5	21	81	11	103	30	0	21	47	1.51
7670925--7671015	39	2.3	39	98	0	173	31	0	21	46	1.52
7672760--7672863	53	2.0	53	98	0	199	48	10	9	31	1.70
7676815--7676874	30	2.0	30	90	6	95	45	28	6	20	1.76
7676982--7677630	79	8.3	77	70	13	270	33	19	17	29	1.95
7676645--7677630	229	4.1	245	82	8	903	35	18	17	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7677224--7677250	14	1.9	14	100	0	54	62	7	14	14	1.51
7677137--7677308	93	1.8	93	86	2	247	32	19	20	27	1.97
7677230--7677866	75	8.2	75	73	11	480	31	20	18	29	1.97
7677459--7677794	164	2.0	165	93	0	566	32	21	19	27	1.97
7677545--7677718	90	2.0	88	85	6	235	32	20	20	27	1.97
7676982--7678290	393	3.2	397	82	9	1405	33	20	18	27	1.96
7677878--7678214	88	3.8	89	82	6	419	34	21	18	26	1.96
7678041--7678075	14	2.5	14	90	0	52	57	5	20	17	1.60
7677775--7679738	176	10.8	183	83	7	1380	36	20	17	25	1.94
7678183--7678462	126	2.2	125	91	1	436	36	21	15	26	1.93
7678623--7679745	88	12.7	88	95	1	1942	36	21	17	24	1.94
7678781--7678815	14	2.5	14	95	0	61	60	5	17	17	1.55
7679773--7679967	72	2.7	72	83	4	232	36	23	13	26	1.92
7688487--7688522	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
7690332--7690430	30	3.3	30	97	0	180	21	4	48	26	1.67
7692725--7693135	46	8.7	47	76	12	273	26	19	30	23	1.98
7695836--7695895	28	2.2	27	82	5	68	30	31	10	28	1.89
7695905--7695950	2	23.0	2	90	0	74	47	47	2	2	1.26
7695891--7695942	22	2.4	22	80	6	61	46	44	3	5	1.45
7695959--7696043	40	2.1	40	84	4	109	31	29	14	24	1.94
7696373--7696423	26	2.0	26	81	14	61	39	27	7	25	1.83
7705509--7705579	31	2.3	31	82	4	90	40	19	15	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7715312--7715800	101	4.9	100	76	6	441	27	18	24	29	1.98
7715270--7715863	50	11.8	50	75	4	496	26	17	24	30	1.97
7715270--7715857	151	3.9	151	90	0	872	26	18	24	30	1.98
7716061--7716090	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
7722501--7722664	46	3.5	45	77	11	161	21	29	19	29	1.98
7722496--7722667	94	1.8	92	87	4	256	22	29	20	28	1.98
7725749--7725787	20	2.0	20	85	10	53	30	5	5	58	1.41
7727465--7727647	41	4.5	41	83	4	201	20	19	23	36	1.95
7727465--7727645	82	2.2	82	81	5	222	19	19	23	37	1.95
7729429--7729767	180	1.9	180	88	0	516	33	19	7	39	1.80
7730325--7730807	50	9.6	50	79	5	472	31	25	16	26	1.97
7730325--7730756	101	4.3	100	75	7	410	30	25	17	26	1.98
7730323--7730756	151	2.9	151	94	0	753	30	25	17	26	1.98
7733707--7733749	15	2.9	15	89	3	61	23	6	6	62	1.45
7737599--7737636	17	2.2	17	90	0	58	13	7	2	76	1.11
7743185--7743351	46	3.6	46	74	10	144	21	29	20	28	1.98
7743083--7743351	140	1.9	141	83	3	355	22	28	19	28	1.98
7750692--7750913	46	4.7	48	82	7	253	23	27	19	28	1.98
7750694--7750957	46	5.7	45	79	10	198	24	28	18	28	1.98
7750691--7750962	94	2.9	90	79	10	289	23	27	19	29	1.98
7750694--7750953	140	1.9	141	85	7	368	24	27	19	28	1.98
7756913--7757122	47	4.4	47	89	4	305	34	9	30	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7756974--7757094	22	5.2	22	62	21	59	33	11	29	24	1.91
7756913--7757122	96	2.2	94	85	4	305	34	9	30	26	1.87
7759940--7759986	23	2.0	24	83	8	60	38	23	10	27	1.88
7761141--7761252	37	3.0	37	96	0	197	25	30	18	25	1.98
7761410--7761600	46	4.2	46	64	19	132	26	28	9	34	1.89
7761356--7761613	134	1.9	134	99	0	507	27	28	9	34	1.88
7761590--7761832	47	5.0	47	84	7	324	27	30	11	30	1.92
7761623--7761813	102	1.9	102	94	0	337	27	29	12	30	1.93
7771909--7771944	16	2.3	16	90	4	56	5	16	2	75	1.12
7772784--7772820	6	6.5	6	87	12	51	70	0	10	18	1.16
7776689--7776773	44	1.9	45	87	2	127	24	20	34	21	1.97
7783531--7783893	155	2.4	154	86	2	505	31	19	20	28	1.97
7783840--7783980	41	3.4	41	81	1	158	30	16	21	31	1.95
7784502--7784556	28	1.9	29	88	3	85	47	23	3	25	1.68
7787260--7787288	11	2.6	11	100	0	58	65	10	17	6	1.44
7787413--7787477	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
7787921--7788010	44	2.0	44	82	4	110	24	2	36	36	1.68
7788007--7788171	80	2.1	80	84	2	215	26	1	34	37	1.67
7788053--7788119	29	2.3	28	75	12	64	22	0	34	43	1.54
7788135--7788174	21	1.9	21	84	0	53	30	0	25	45	1.54
7788333--7788386	16	3.8	16	68	31	50	37	9	3	50	1.52
7790411--7790439	9	3.2	9	100	0	58	24	10	10	55	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7791200--7791397	64	3.1	64	98	0	378	37	12	4	45	1.61
7791445--7791513	24	2.9	24	80	0	75	31	14	5	47	1.68
7791689--7791762	29	2.6	29	91	0	121	47	1	0	51	1.09
7791689--7791773	15	5.8	15	71	15	79	45	1	0	52	1.08
7791878--7792252	9	41.6	9	74	10	230	46	14	1	37	1.55
7792058--7792288	43	5.8	41	71	16	121	45	13	1	38	1.52
7792151--7792232	17	4.4	17	72	21	65	50	8	2	39	1.46
7792127--7792203	24	3.0	25	79	11	77	46	14	1	37	1.53
7797409--7797437	14	2.1	14	93	6	51	34	0	6	58	1.25
7797852--7797906	21	2.6	21	91	0	92	29	18	50	1	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276