genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28865339--28865479	27	5.3	26	72	10	124	36	19	20	22	1.95
28865403--28865463	26	2.3	26	80	0	68	37	24	16	21	1.93
28865605--28865709	27	3.9	27	86	4	124	24	21	20	33	1.97
28865632--28865709	27	2.9	27	94	0	129	24	21	21	32	1.98
28867751--28867844	15	5.9	17	73	15	60	58	0	0	41	0.98
28867795--28867844	18	2.9	18	80	19	63	60	0	0	40	0.97
28868712--28868741	14	2.1	14	100	0	60	23	20	0	56	1.42
28870852--28870904	10	5.4	9	78	14	52	24	1	3	69	1.15
28873001--28873273	82	3.3	82	85	3	343	28	14	11	45	1.79
28878542--28878571	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
28884772--28884814	5	8.8	5	87	12	63	83	0	16	0	0.64
28884775--28884813	20	2.0	20	100	0	78	82	0	17	0	0.68
28885486--28885518	17	2.0	17	88	5	50	54	12	9	24	1.66
28886043--28886353	138	2.3	138	85	3	412	28	14	24	32	1.95
28886558--28886743	51	3.6	51	80	1	219	33	18	19	27	1.95
28888261--28888304	3	14.7	3	100	0	88	34	31	0	34	1.58
28888404--28888442	4	9.8	4	88	0	60	23	2	2	71	1.10
28903667--28903766	52	2.0	50	80	11	114	22	17	25	36	1.95
28907087--28907152	6	11.0	6	96	0	123	31	0	1	66	1.01
28907234--28907291	28	2.2	25	85	11	80	13	1	24	60	1.43
28910071--28910112	12	3.2	13	90	10	68	7	14	0	78	0.95
28910071--28910112	6	6.5	6	94	5	57	7	14	0	78	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28930208--28930379	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
28930201--28930376	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
28930781--28930922	71	2.0	71	97	0	266	30	17	6	45	1.74
28932646--28932701	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
28934095--28934214	60	2.0	60	96	0	222	26	3	28	41	1.71
28935209--28935429	46	4.8	46	82	5	293	20	20	30	28	1.98
28935161--28935429	139	1.9	139	100	0	538	21	20	30	28	1.98
28936800--28936927	46	2.8	46	78	9	145	29	25	20	24	1.99
28936803--28936946	46	3.1	45	70	18	118	29	26	20	24	1.99
28947791--28948576	46	17.1	46	100	0	1572	34	8	19	37	1.83
28963019--28963054	18	1.9	19	88	5	56	33	0	25	41	1.55
28966769--28966806	3	12.7	3	100	0	76	0	65	0	34	0.93
28966805--28966843	3	13.0	3	94	0	69	0	30	0	69	0.89
28967287--28967369	8	10.0	8	77	12	62	59	1	0	39	1.05
28967310--28967380	7	8.6	8	82	14	67	63	0	0	36	0.95
28967358--28967397	10	3.9	10	93	6	71	67	2	0	30	1.04
28967358--28967397	21	2.0	20	95	5	71	67	2	0	30	1.04
28968796--28968895	32	3.3	32	68	18	104	34	4	6	56	1.43
28968787--28968912	59	2.1	59	100	0	252	39	3	4	52	1.38
28972829--28972868	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
28973546--28974428	44	20.1	45	89	3	1293	22	33	16	28	1.95
28974390--28974622	88	2.7	87	88	4	344	27	27	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28974709--28974833	61	2.0	64	89	7	195	37	12	16	32	1.87
28976740--28976964	40	5.7	39	86	3	263	25	27	23	24	2.00
28976740--28976964	79	2.8	78	82	4	263	25	27	23	24	2.00
28981866--28981913	19	2.5	19	93	0	87	41	16	20	20	1.90
28981876--28981929	24	2.2	24	83	6	65	38	16	24	20	1.92
28983461--28983500	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
28988061--28988162	25	4.2	25	75	12	95	23	22	17	36	1.95
28990512--28990668	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
28990585--28990899	46	6.6	46	85	8	396	29	21	13	34	1.93
28990585--28990893	98	3.1	98	84	9	396	29	22	13	34	1.92
28990584--28990899	144	2.2	144	91	0	515	29	22	13	34	1.93
28996955--28996979	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
28997011--28997051	19	2.1	20	86	13	59	75	0	24	0	0.80
28997661--28997690	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
28998245--28998291	18	2.6	18	77	12	51	44	10	14	29	1.79
28998945--28999019	37	2.0	37	97	0	141	42	1	13	42	1.52
29000218--29000304	33	2.6	34	85	7	108	18	45	10	25	1.80
29003818--29003876	27	2.2	27	81	0	64	32	25	23	18	1.97
29004897--29004960	30	2.1	30	100	0	128	42	15	6	35	1.72
29010479--29010638	3	53.3	3	100	0	320	66	0	33	0	0.92
29017393--29017614	110	2.0	110	100	0	444	37	11	15	35	1.84
29027470--29027532	30	2.0	32	87	6	94	47	7	12	31	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29033421--29033630	105	2.0	105	98	0	402	43	4	20	31	1.72
29033909--29033956	15	3.3	15	82	2	62	37	2	12	47	1.53
29034591--29034631	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
29040209--29040255	15	3.1	15	75	9	51	34	2	12	51	1.52
29040757--29040814	23	2.5	23	100	0	116	6	3	43	46	1.47
29046016--29046193	27	6.6	27	85	3	214	26	14	28	30	1.95
29046017--29046172	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
29046013--29046193	82	2.2	81	84	2	238	27	14	27	30	1.95
29048071--29048177	38	2.8	37	74	7	88	30	25	20	23	1.98
29048960--29048993	17	1.9	17	88	5	50	55	8	8	26	1.59
29049476--29049519	21	2.1	21	83	8	54	68	4	13	13	1.36
29049482--29049529	20	2.4	20	77	19	55	64	4	14	16	1.43
29058772--29059648	44	19.9	44	91	0	1394	21	33	17	27	1.95
29059610--29059842	88	2.7	87	88	4	344	27	27	16	27	1.97
29059929--29060053	61	2.0	64	89	7	195	37	12	16	32	1.87
29061960--29062184	40	5.7	39	86	3	263	25	27	23	24	2.00
29061960--29062184	79	2.8	78	82	4	263	25	27	23	24	2.00
29073381--29073423	21	2.0	21	95	0	77	16	25	25	32	1.96
29080774--29080813	20	2.0	20	85	9	55	55	0	5	40	1.22
29081828--29081934	23	4.7	23	84	0	124	8	4	35	51	1.53
29091679--29091895	48	4.6	48	91	2	357	34	7	28	29	1.85
29091679--29091895	94	2.3	95	94	1	373	34	7	28	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29094284--29095442	47	24.6	47	95	1	1872	33	6	28	31	1.82
29096438--29096887	48	9.4	48	94	0	769	34	6	28	30	1.83
29107327--29107483	85	1.8	85	97	0	296	31	24	14	29	1.95
29107400--29107522	48	2.6	48	90	1	194	30	24	14	30	1.95
29111794--29112019	50	4.5	50	80	8	253	25	18	26	29	1.98
29111794--29112031	101	2.4	99	84	5	284	25	18	26	29	1.98
29115003--29115066	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
29115281--29116136	23	37.1	23	99	0	1676	30	21	21	26	1.99
29116195--29116251	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
29116192--29116253	20	3.1	20	95	0	115	32	19	12	35	1.90
29116290--29116337	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
29123635--29123698	31	2.1	31	87	0	92	23	25	15	35	1.94
29123913--29124699	23	34.1	23	98	0	1511	30	21	21	26	1.99
29124758--29124814	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
29124754--29124816	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
29124852--29124916	33	2.0	33	96	0	121	23	16	24	35	1.95
29124886--29124933	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
29125387--29125417	15	2.1	15	93	0	53	19	0	9	70	1.14
29125951--29127500	516	3.0	516	98	0	3019	35	21	5	36	1.77
29140853--29140894	21	2.0	22	90	4	68	35	0	11	52	1.38
29141773--29141940	47	3.6	47	85	4	223	27	29	8	33	1.87
29141773--29141926	45	3.3	45	83	5	191	27	29	9	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29143395--29143419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29146571--29146634	32	2.1	30	88	5	92	59	10	4	25	1.50
29146664--29146706	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
29146663--29146719	22	2.6	22	77	5	53	61	8	12	17	1.55
29147706--29147751	3	15.3	3	100	0	92	65	0	34	0	0.93
29161719--29161782	32	2.1	30	88	5	92	59	10	4	25	1.50
29161811--29161859	22	2.2	22	81	0	62	61	10	10	18	1.55
29161762--29161954	96	2.0	96	93	0	332	59	10	7	22	1.54
29166100--29166135	19	1.9	19	88	5	56	63	8	8	19	1.47
29179391--29179767	43	8.5	43	85	7	488	10	25	32	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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