genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13122730--13122900	47	3.7	46	77	9	143	22	28	19	29	1.98
13122728--13122898	94	1.8	93	82	9	222	22	28	19	28	1.98
13132651--13132758	39	2.8	39	87	5	155	33	21	24	21	1.97
13132770--13132883	38	2.9	38	78	7	122	21	21	24	31	1.98
13134446--13134569	43	2.9	43	92	0	203	10	20	33	34	1.87
13134761--13134847	29	3.0	29	75	8	106	22	20	31	25	1.98
13134735--13134845	57	1.9	58	92	1	188	21	19	30	27	1.98
13134759--13134839	28	2.9	27	76	7	90	22	19	30	27	1.98
13134767--13134857	28	3.2	28	72	7	85	20	19	32	26	1.97
13149579--13149654	36	2.1	36	90	0	116	28	17	3	50	1.64
13159488--13159521	16	2.2	16	89	5	52	50	11	8	29	1.69
13168840--13168899	31	1.9	31	100	0	120	31	23	11	33	1.91
13171598--13171656	28	2.1	28	87	0	82	35	28	10	25	1.89
13172018--13172075	29	2.0	29	96	0	107	55	8	6	29	1.56
13172027--13172075	16	3.2	16	71	26	52	55	6	8	30	1.54
13172219--13172258	21	1.9	21	84	0	53	47	20	0	32	1.50
13180671--13180737	7	9.6	7	72	18	50	16	1	28	53	1.52
13180671--13180737	21	3.2	21	72	19	59	16	1	28	53	1.52
13180868--13180937	14	4.9	14	70	8	52	14	0	28	57	1.38
13181492--13181554	22	2.6	23	74	23	58	41	1	1	55	1.19
13181498--13181545	22	2.2	22	85	7	62	41	2	2	54	1.24
13181513--13181558	20	2.2	22	88	7	69	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13185984--13186025	19	2.1	21	91	8	70	50	0	9	40	1.35
13189706--13189835	68	1.9	68	87	3	190	43	3	4	48	1.42
13200455--13200505	26	2.0	26	92	0	84	35	9	23	31	1.87
13200453--13200713	130	2.0	130	97	0	495	40	4	21	33	1.75
13200583--13200636	26	2.1	26	96	0	99	31	7	24	37	1.83
13207584--13207682	28	3.4	28	77	13	90	27	27	22	23	1.99
13207584--13207654	33	2.1	34	89	2	108	25	26	22	25	2.00
13208031--13208102	27	2.7	26	77	8	74	25	23	16	34	1.95
13221537--13221720	40	4.6	40	83	5	237	24	23	26	25	2.00
13226765--13226866	42	2.5	41	81	7	116	27	26	20	25	1.99
13231597--13231808	94	2.3	94	80	4	223	31	17	25	25	1.97
13237064--13237437	185	2.0	184	98	0	721	37	8	20	33	1.83
13237861--13237984	46	2.6	48	84	7	155	30	20	29	19	1.97
13242404--13242437	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
13243240--13243307	33	2.0	34	94	2	120	38	4	7	50	1.51
13244863--13244894	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
13255381--13255418	19	2.0	19	94	0	67	42	15	23	18	1.89
13257714--13257753	18	2.2	18	86	4	53	50	0	2	47	1.14
13257860--13257907	20	2.4	20	89	0	69	41	0	6	52	1.27
13266771--13266831	30	2.0	30	100	0	122	16	26	13	44	1.84
13275121--13275149	13	2.1	14	93	6	51	20	20	0	58	1.39
13282062--13282151	46	2.0	46	95	0	162	32	25	27	14	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13282556--13282838	76	3.7	76	74	12	261	31	4	11	51	1.58
13284102--13284171	16	4.3	16	77	10	79	54	0	1	44	1.09
13284100--13284219	48	2.5	49	87	1	161	51	3	2	42	1.31
13285821--13285851	16	1.9	16	93	0	53	70	9	12	6	1.31
13291091--13291229	40	3.5	40	85	2	183	26	27	21	24	1.99
13298667--13298709	22	2.0	22	95	0	77	30	18	23	27	1.98
13303785--13303822	19	2.0	19	90	10	60	34	18	26	21	1.96
13304173--13304211	20	2.0	20	94	0	69	43	2	0	53	1.14
13323198--13323294	48	2.0	48	95	0	176	45	12	19	22	1.84
13324836--13324898	13	4.8	13	73	7	56	36	1	20	41	1.62
13325094--13325141	24	2.0	25	87	4	71	45	0	0	54	0.99
13328087--13328433	46	7.3	46	86	7	460	36	14	21	27	1.92
13328021--13328433	98	4.3	98	94	1	667	35	14	21	28	1.93
13328397--13328616	37	6.0	37	96	1	390	38	16	20	24	1.93
13328717--13332687	497	8.0	497	99	0	7910	34	8	21	36	1.83
13341693--13341742	24	2.1	24	100	0	100	28	26	14	32	1.94
13349120--13349144	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
13351733--13351799	22	3.1	21	75	12	64	47	1	1	49	1.19
13355987--13356039	24	2.2	24	83	6	72	24	35	5	33	1.79
13358136--13358182	25	1.9	25	83	12	62	6	29	0	63	1.19
13360109--13360145	19	1.9	19	88	0	56	70	8	8	13	1.34
13362948--13362981	6	5.7	6	85	0	50	23	0	14	61	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13362948--13362981	12	2.8	12	100	0	68	23	0	14	61	1.33
13364301--13364354	28	1.9	28	100	0	108	31	7	22	38	1.82
13370598--13370689	20	4.6	20	75	0	76	17	19	22	40	1.91
13383282--13383352	27	2.6	27	84	8	83	30	5	2	60	1.34
13383282--13383354	3	24.3	3	75	10	69	30	5	2	61	1.32
13394950--13395238	75	3.8	77	85	5	399	30	15	19	34	1.92
13395181--13395293	58	2.0	58	91	1	183	31	10	17	39	1.84
13397018--13397070	3	17.7	3	80	7	63	35	3	0	60	1.15
13397010--13397067	9	6.7	9	78	13	59	37	3	0	58	1.15
13398243--13398272	6	5.0	6	95	0	51	3	13	0	83	0.77
13400023--13400081	30	2.0	30	100	0	118	37	16	13	32	1.88
13400250--13400307	28	2.0	28	87	9	82	17	41	20	20	1.90
13400782--13400806	11	2.3	11	100	0	50	48	16	16	20	1.82
13401246--13401513	49	5.7	45	75	11	170	25	29	19	26	1.98
13401394--13401513	46	2.6	46	84	7	131	24	29	20	26	1.99
13407521--13407556	15	2.5	14	86	8	54	13	5	11	69	1.34
13408955--13409089	58	2.3	59	82	8	150	40	4	5	50	1.45
13419755--13419822	34	2.0	34	100	0	136	23	32	26	17	1.97
13425525--13425549	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
13425522--13425594	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
13425529--13425600	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
13425801--13425870	30	2.3	32	80	14	85	30	18	4	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13437986--13438109	33	3.8	32	91	3	196	20	9	40	29	1.84
13441350--13441385	3	12.0	3	100	0	72	33	0	33	33	1.58
13442699--13442761	31	2.0	31	93	0	108	44	20	15	19	1.87
13445564--13445616	27	2.0	27	96	0	97	43	11	20	24	1.85
13445030--13446929	536	3.5	556	92	5	3159	32	19	16	31	1.94
13447223--13447290	33	2.1	33	97	0	127	30	41	8	19	1.82
13458473--13458597	3	41.7	3	100	0	250	32	0	0	67	0.91
13460210--13460246	13	2.8	13	91	4	56	27	0	21	51	1.48
13460736--13460786	20	2.5	20	83	0	66	21	37	25	15	1.93
13466123--13466156	3	11.3	3	93	0	59	32	2	0	64	1.08
13466123--13466164	9	4.9	9	88	8	52	30	4	0	64	1.14
13467769--13467805	13	2.8	13	91	4	56	27	0	21	51	1.48
13468290--13468347	20	2.9	20	86	0	80	20	37	25	15	1.92
13470158--13470280	40	3.1	40	80	4	133	44	25	14	15	1.84
13471745--13471844	28	3.7	25	76	18	87	18	18	16	48	1.82
13471734--13471844	29	4.1	27	75	15	88	18	18	14	48	1.81
13471734--13471844	57	2.1	50	83	11	132	18	18	14	48	1.81
13478798--13478973	46	3.8	46	76	10	178	28	28	21	21	1.98
13481416--13481725	47	6.6	50	73	17	150	23	28	18	29	1.98
13481467--13481725	46	5.5	47	76	14	207	22	29	19	28	1.98
13481463--13481733	94	2.9	94	77	9	286	23	29	19	27	1.98
13481467--13481725	140	1.8	141	82	5	337	22	29	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13485112--13485173	22	2.8	22	82	2	79	51	6	1	40	1.37
13487177--13487219	20	2.2	20	95	0	77	48	13	11	25	1.77
13493724--13493907	91	2.0	91	100	0	368	37	9	16	36	1.81
13498093--13498127	15	2.2	16	90	5	54	77	8	0	14	0.99
13498263--13498302	17	2.4	17	86	0	53	37	37	7	17	1.78
13499585--13499636	16	3.4	16	74	12	56	26	5	7	59	1.48
13499586--13499634	13	3.5	13	77	20	53	28	4	8	59	1.45
13500771--13500801	13	2.4	13	100	0	62	29	6	19	45	1.75
13506107--13506158	24	2.2	24	79	3	61	61	11	1	25	1.40
13507706--13507767	16	3.9	16	89	4	90	64	4	1	29	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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