genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8243167--8243193	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
8255228--8255398	85	2.0	85	100	0	342	26	26	8	38	1.84
8257146--8257190	22	2.0	22	100	0	90	26	13	33	26	1.93
8263016--8263134	45	2.7	45	88	5	172	23	22	28	25	1.99
8265813--8265852	16	2.5	16	100	0	80	75	5	7	12	1.18
8268321--8268388	32	2.1	32	94	0	118	42	10	16	30	1.81
8274146--8274221	31	2.5	31	100	0	152	26	17	11	44	1.83
8275937--8275974	18	2.1	18	95	0	67	42	47	2	7	1.46
8275951--8275975	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
8276003--8276042	20	2.0	20	90	0	62	75	10	0	15	1.05
8276000--8276040	6	6.5	6	83	10	55	78	7	0	14	0.96
8276069--8276127	18	3.3	17	74	9	55	28	8	16	45	1.77
8276060--8276118	27	2.2	27	81	6	66	28	6	18	45	1.75
8276060--8276128	36	1.9	36	88	5	104	28	7	17	46	1.75
8282388--8282509	64	1.9	64	94	0	217	32	13	18	34	1.91
8283618--8283650	15	2.2	15	94	0	57	60	0	0	39	0.97
8284784--8284844	23	2.6	23	84	2	68	21	0	26	52	1.47
8284803--8284854	24	2.2	22	87	12	77	17	0	21	61	1.34
8284684--8285306	140	4.2	142	79	15	671	35	1	19	43	1.62
8284924--8284984	24	2.6	24	82	5	72	24	0	22	52	1.47
8284827--8285745	160	5.8	155	86	7	1102	35	1	19	43	1.62
8285104--8285153	23	2.1	24	82	10	59	20	0	24	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8285293--8285328	16	2.2	16	90	0	54	13	2	33	50	1.57
8284844--8285743	157	5.6	160	89	5	1278	35	1	19	43	1.62
8285582--8285631	24	2.1	24	81	3	57	20	0	26	54	1.45
8284836--8285743	478	1.9	481	91	2	1504	35	1	19	43	1.62
8285771--8286069	125	2.4	126	91	1	494	37	17	19	26	1.93
8290561--8291586	49	21.2	49	94	1	1743	32	7	29	31	1.84
8293357--8293753	27	14.7	27	83	1	463	39	20	8	31	1.82
8293357--8293806	81	5.6	80	81	2	461	39	21	8	30	1.83
8293351--8293725	54	6.9	54	90	0	561	39	21	8	31	1.82
8293357--8293806	27	16.6	27	78	6	313	39	21	8	30	1.83
8293627--8293861	81	2.9	81	78	5	190	38	22	8	31	1.83
8293845--8293957	27	4.2	27	91	0	181	35	17	21	25	1.95
8293970--8294049	27	3.0	27	85	1	99	36	16	20	27	1.93
8294475--8294539	22	3.0	22	76	13	71	20	20	21	38	1.94
8294698--8294799	27	3.8	27	87	5	134	18	23	21	36	1.95
8294936--8295083	6	23.8	6	68	19	81	18	17	15	48	1.81
8294936--8295038	31	3.3	31	84	4	136	18	15	16	49	1.80
8294966--8295064	25	3.7	25	77	15	81	18	19	16	46	1.84
8294936--8295072	31	4.6	30	82	11	131	18	17	16	48	1.82
8294999--8295066	25	2.7	25	95	0	118	17	20	14	47	1.83
8294936--8295083	19	7.9	18	68	20	81	18	17	15	48	1.81
8296744--8296880	51	2.8	49	81	4	166	27	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8296744--8296893	49	3.0	49	79	3	183	27	20	24	28	1.99
8296744--8296924	100	1.8	100	83	4	240	27	18	25	28	1.98
8300669--8300718	7	7.0	7	93	2	82	56	14	4	26	1.56
8302242--8302309	29	2.3	30	81	16	81	61	10	1	26	1.36
8302567--8302604	17	2.2	17	90	9	60	42	2	5	50	1.39
8303025--8303077	24	2.1	24	83	13	63	47	1	0	50	1.12
8303060--8303084	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8303040--8303124	44	2.0	44	83	6	111	54	1	0	44	1.07
8304697--8304735	20	1.9	21	84	5	53	33	12	28	25	1.93
8305524--8305592	35	2.0	34	91	0	102	26	21	15	34	1.94
8307768--8307801	16	2.2	16	89	5	52	2	26	0	70	1.01
8308941--8308986	22	2.2	20	85	11	58	19	6	4	69	1.28
8315115--8315167	21	2.5	22	76	11	56	32	16	7	43	1.76
8317186--8317216	14	2.3	14	94	5	55	48	6	16	29	1.70
8324781--8324941	85	1.9	85	86	7	229	31	24	17	26	1.97
8324762--8324949	43	4.4	43	81	5	188	31	22	17	28	1.96
8330444--8330471	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
8335574--8335696	39	3.2	39	83	0	156	25	19	27	27	1.99
8337596--8337683	46	1.9	46	81	4	106	28	30	14	26	1.95
8345102--8345418	46	6.7	47	74	10	191	24	28	19	27	1.99
8350668--8350835	88	1.9	88	88	0	255	35	19	17	26	1.94
8357053--8357126	37	2.0	37	82	15	91	41	24	8	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8360610--8360706	42	2.3	43	83	5	126	34	26	16	22	1.95
8360610--8360721	43	2.6	42	84	4	136	33	25	15	25	1.95
8365289--8365427	27	5.2	27	81	5	147	42	19	15	23	1.88
8365289--8365427	53	2.6	53	83	4	163	42	19	15	23	1.88
8365420--8365634	27	8.0	27	82	4	227	25	14	19	40	1.90
8365964--8366019	18	3.1	18	84	0	67	23	17	12	46	1.82
8367787--8368272	27	18.0	27	82	1	526	37	18	18	25	1.93
8367772--8368255	54	9.0	53	86	3	610	37	17	18	26	1.93
8368631--8368692	22	2.8	22	80	7	72	24	25	19	30	1.98
8368851--8368929	26	3.0	26	83	7	88	18	24	17	39	1.92
8368866--8368929	27	2.4	26	85	10	85	20	25	15	39	1.92
8370963--8371784	64	12.8	64	99	0	1617	37	17	20	24	1.93
8372257--8372304	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
8372343--8372399	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
8372343--8372411	20	3.5	20	93	0	120	34	10	21	33	1.87
8372352--8372406	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
8372458--8372600	25	5.8	25	90	2	211	27	20	23	28	1.99
8372458--8372630	50	3.5	49	85	9	212	28	19	23	28	1.98
8372820--8372883	31	2.1	31	85	5	85	37	12	23	26	1.90
8375651--8375746	27	3.6	27	74	13	90	32	17	8	41	1.79
8375725--8375944	27	8.1	27	78	6	151	40	20	8	30	1.82
8375725--8376002	53	5.1	54	75	6	204	40	19	8	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8375739--8375918	27	6.7	27	81	2	173	41	19	8	30	1.81
8375734--8375917	55	3.4	54	82	3	183	41	19	8	31	1.80
8375875--8376000	56	2.3	54	82	5	137	44	17	7	30	1.76
8377285--8377332	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
8377371--8377427	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
8377369--8377439	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
8377380--8377434	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
8377486--8377712	24	9.0	24	75	19	157	29	20	22	26	1.99
8377486--8377685	24	7.8	25	75	18	166	29	20	23	27	1.99
8377485--8377604	25	5.0	24	80	15	119	29	21	22	26	1.99
8377525--8377746	107	2.1	108	94	3	403	29	18	24	26	1.98
8379189--8379362	48	3.6	47	74	7	136	33	28	17	20	1.95
8382514--8382583	33	2.1	34	86	2	97	28	27	22	21	1.99
8389759--8389982	112	2.0	112	95	0	403	44	23	5	26	1.75
8398140--8398262	28	4.4	28	87	2	158	33	28	13	25	1.93
8398323--8398456	67	2.0	66	88	1	196	29	29	2	38	1.69
8401640--8401709	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
8401640--8401737	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
8409744--8409839	27	3.5	27	84	1	120	30	29	15	25	1.96
8410819--8410891	28	2.6	28	97	0	137	26	21	30	21	1.99
8411778--8411854	38	2.0	38	100	0	154	24	12	36	25	1.92
8414981--8415115	48	2.8	49	84	5	170	28	17	31	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8418721--8418781	21	2.9	21	97	0	113	9	37	29	22	1.87
8425508--8425560	25	2.1	25	89	0	79	24	15	26	33	1.95
8434171--8434262	45	2.0	45	87	0	130	32	20	9	36	1.86
8435393--8435430	18	2.2	18	86	9	53	10	15	5	68	1.36
8435386--8435430	16	2.7	16	82	6	54	8	17	4	68	1.32
8437686--8437720	16	2.2	16	94	0	61	37	5	31	25	1.80
8441305--8441340	6	6.0	6	93	0	63	47	33	0	19	1.50
8441304--8441339	18	2.0	18	100	0	72	44	33	0	22	1.53
8464304--8464363	30	2.0	30	96	0	111	18	26	21	33	1.96
8469750--8469784	18	1.9	18	88	0	52	71	0	2	25	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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