genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7798138--7798223	31	2.7	32	80	3	93	15	8	19	56	1.63
7798292--7798447	43	3.7	41	82	6	170	32	25	18	23	1.97
7798290--7798447	87	1.9	85	85	5	221	32	25	18	23	1.97
7805770--7805922	76	2.0	76	98	0	297	33	9	24	32	1.88
7806848--7806878	16	1.9	16	93	0	53	51	9	0	38	1.35
7806885--7806920	17	2.2	17	90	5	56	33	2	8	55	1.44
7807927--7807988	24	2.8	22	73	14	56	56	4	0	38	1.21
7811976--7812016	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
7817599--7817656	26	2.2	26	81	6	64	44	1	1	51	1.21
7819716--7819764	24	2.0	24	100	0	98	57	4	16	22	1.56
7824095--7824158	16	3.8	16	72	15	58	51	0	0	48	1.00
7827502--7827569	23	2.8	25	71	8	77	60	7	5	26	1.46
7828054--7828094	18	2.3	18	87	4	57	51	2	2	43	1.28
7832844--7832868	13	1.9	13	100	0	50	16	16	8	60	1.58
7837270--7837297	12	2.3	12	100	0	56	60	17	14	7	1.55
7844525--7844553	9	3.0	10	90	10	51	68	0	10	20	1.18
7844812--7844883	26	2.8	26	85	2	101	43	9	13	33	1.77
7846712--7846837	46	2.8	44	83	11	157	26	30	18	24	1.98
7846712--7846864	46	3.3	46	81	8	134	25	30	18	25	1.98
7859908--7859932	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7867621--7867661	13	3.5	13	75	25	54	41	0	4	53	1.22
7867621--7867664	22	2.0	22	100	0	88	40	0	4	54	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881576--7881616	1	41.0	1	95	0	64	95	0	4	0	0.28
7883147--7883668	47	11.1	47	97	0	954	33	12	27	25	1.92
7883640--7883775	50	2.8	48	84	8	202	36	7	25	30	1.83
7883634--7883791	50	3.2	50	79	13	191	34	8	26	31	1.86
7883921--7884029	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
7884164--7884354	96	2.0	96	97	0	364	31	13	25	29	1.93
7890943--7890982	14	2.9	14	84	0	53	47	37	5	10	1.59
7903072--7903111	14	2.9	14	84	0	53	47	37	5	10	1.59
7908670--7908979	47	6.6	47	75	10	251	23	30	19	27	1.98
7908670--7908979	93	3.3	92	84	7	376	23	30	19	27	1.98
7908669--7908933	140	1.9	141	80	8	317	23	30	18	27	1.98
7909953--7910004	26	2.0	26	92	0	86	17	28	3	50	1.64
7915343--7915392	20	2.5	20	96	0	91	18	42	32	8	1.79
7929091--7929322	47	4.9	48	77	12	223	24	29	18	28	1.98
7929093--7929367	93	2.9	93	84	4	340	24	29	18	28	1.98
7929701--7929757	30	1.9	30	88	0	87	29	24	12	33	1.92
7932681--7932757	26	3.0	26	84	0	100	40	19	19	20	1.92
7935235--7935279	23	2.0	23	100	0	90	24	17	22	35	1.95
7936853--7936915	31	2.0	31	96	0	117	15	25	11	47	1.79
7941522--7941592	28	2.5	28	74	17	67	45	0	8	46	1.33
7959730--7959786	27	2.2	26	84	9	71	28	15	24	31	1.96
7962589--7962658	35	2.0	35	100	0	140	25	11	20	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7963395--7963430	3	12.3	3	94	5	65	69	0	0	30	0.89
7968063--7968146	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
7977366--7977475	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
7978044--7978456	207	2.0	207	98	0	799	40	9	19	30	1.84
7980309--7980470	40	4.1	40	85	0	216	27	29	21	22	1.99
7985867--7985964	28	3.5	28	94	1	162	33	28	12	25	1.92
7987581--7988417	40	20.9	40	92	0	1404	26	29	21	22	1.99
7987581--7988417	80	10.5	80	98	0	1602	26	29	21	22	1.99
7989632--7989711	37	2.2	37	88	0	115	27	31	17	23	1.97
7989830--7990150	47	6.7	47	90	3	482	28	30	8	31	1.87
7989830--7990129	96	3.1	96	95	0	514	29	30	8	32	1.87
7989830--7990150	143	2.2	142	90	3	493	28	30	8	31	1.87
7992278--7992394	56	2.1	56	98	0	225	22	23	9	45	1.81
7995206--7995303	27	3.5	28	90	2	135	32	28	13	25	1.93
8002707--8002755	24	1.9	27	88	12	77	65	4	2	28	1.22
8022433--8022605	46	3.7	46	76	15	203	21	19	30	28	1.98
8022427--8022596	93	1.8	93	93	0	295	21	20	30	28	1.98
8025559--8025614	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
8028015--8028190	46	3.8	46	75	4	192	21	20	28	29	1.98
8028014--8028182	93	1.8	93	90	0	275	21	20	28	28	1.98
8031233--8031272	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52
8034271--8034345	33	2.2	34	83	6	91	22	25	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034588--8034622	18	2.0	18	88	5	54	20	0	11	68	1.20
8035247--8035271	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
8066469--8066502	15	2.3	15	90	10	52	55	0	11	32	1.36
8067854--8067891	18	2.2	18	86	9	53	57	7	2	31	1.41
8072114--8072599	16	30.4	16	100	0	972	24	0	37	37	1.56
8079102--8079126	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
8079227--8079290	21	3.0	21	79	2	74	20	28	17	34	1.95
8085798--8085835	20	1.9	20	89	10	60	23	13	36	26	1.91
8088488--8088627	27	5.2	28	89	5	175	35	22	23	17	1.95
8090247--8091136	26	34.2	26	99	0	1719	38	26	4	31	1.75
8093544--8093946	48	8.5	45	75	12	214	28	19	29	23	1.98
8093541--8093958	46	8.8	48	74	12	246	27	19	28	23	1.98
8102207--8102267	14	4.3	14	81	4	68	37	3	34	24	1.72
8104768--8104822	28	1.9	29	85	3	76	12	20	45	21	1.84
8104880--8104951	20	3.6	20	90	0	108	20	27	30	20	1.98
8109273--8109319	21	2.2	21	81	7	60	21	19	38	21	1.94
8113408--8113582	55	3.2	53	81	8	210	22	24	17	35	1.95
8113359--8113582	108	2.1	109	86	2	308	21	24	16	37	1.94
8113383--8113590	54	3.9	54	82	6	233	23	25	16	35	1.95
8113569--8113690	47	2.6	47	86	0	181	25	25	13	35	1.93
8116690--8116751	19	3.2	19	75	20	65	27	25	0	46	1.53
8116690--8116755	21	3.2	20	73	12	55	27	24	0	48	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8122454--8122528	38	2.0	36	92	5	123	26	17	32	21	1.95
8129040--8129084	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
8144893--8144917	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
8148346--8148401	11	4.9	11	82	8	67	35	1	1	60	1.17
8148314--8148407	24	4.2	23	72	16	81	38	1	4	56	1.26
8150195--8150266	21	3.2	21	64	21	56	40	9	25	25	1.86
8150194--8150421	46	5.0	46	89	2	307	41	14	23	20	1.89
8150505--8150534	13	2.3	13	94	0	51	36	0	26	36	1.57
8156515--8156601	43	2.0	42	93	2	147	42	3	36	16	1.65
8157873--8157979	53	2.0	53	88	0	160	45	10	14	29	1.77
8158596--8158635	19	2.1	19	100	0	80	32	10	25	32	1.89
8162113--8162157	23	2.0	22	83	12	56	31	0	6	62	1.21
8167533--8167595	12	5.3	12	71	16	51	34	0	3	61	1.12
8167933--8167991	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
8170726--8170763	19	1.9	20	84	10	51	39	0	18	42	1.50
8170965--8171008	23	2.0	23	86	4	63	43	0	22	34	1.54
8178449--8178485	19	1.9	19	88	0	56	32	13	5	48	1.65
8187602--8187693	42	2.2	42	79	9	109	46	8	3	41	1.51
8188061--8188098	19	2.0	19	89	0	58	23	23	13	39	1.90
8190742--8190978	39	6.1	39	91	0	384	21	24	29	24	1.99
8193161--8193213	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8198315--8198344	12	2.5	12	100	0	60	66	0	6	26	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8201198--8201349	27	5.6	27	93	3	241	26	13	28	30	1.94
8201198--8201349	55	2.8	55	94	0	259	26	13	28	30	1.94
8206084--8206349	46	5.7	47	77	9	217	25	30	16	27	1.97
8206084--8206349	140	1.9	140	83	5	349	25	30	16	27	1.97
8214756--8214782	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
8218093--8218232	69	2.0	69	97	0	262	43	4	7	44	1.53
8221405--8221490	34	2.5	34	94	1	145	12	6	30	50	1.67
8221486--8221589	52	2.0	52	98	0	199	22	7	27	42	1.80
8237191--8237217	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
8238166--8238205	15	2.6	15	84	4	53	77	0	7	15	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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