Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  81  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24929183--24929226
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2.5
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10
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31
0
0
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0.90
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15
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53
7
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1.64
24952061--24952103
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2.0
22
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2
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0
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100
0
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10
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1
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2.1
28
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0
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3.9
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2.0
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11
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39
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1
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14
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20
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1
2
48
1.24
25001299--25001422
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4.5
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48
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1.24
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2.1
38
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0
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5.0
7
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7
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0
0
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0.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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10
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60
0
0
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0.97
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2.1
17
94
0
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50
2
0
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1.15
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22
2.1
22
88
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67
52
0
0
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1.00
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2.0
22
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61
45
0
0
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0.99
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2.9
14
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13
50
52
0
2
45
1.13
25014718--25014747
15
1.9
16
93
6
53
56
0
3
40
1.16
25022264--25022314
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3.4
15
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7
50
41
1
3
52
1.31
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2.0
23
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2.0
27
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18
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50
2.0
50
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53
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0
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32
1.03
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73
7
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63
0
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34
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6
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59
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0
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3.3
19
67
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35
0
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1.31
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2.5
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10
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51
0
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1.40
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2.8
20
80
17
64
46
6
8
37
1.61
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25070528--25070566
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2.0
20
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0
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5
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5
16
1.31
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20
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20
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0
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14
1.32
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2.4
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23
13
33
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2.7
25
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17
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65
0
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2
1.07
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20
2.5
20
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71
25
8
2
64
1.32
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41
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23
18
1.96
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28
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0
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59
0
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1.29
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10
75
57
0
4
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1.19
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1
0
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10.6
9
73
10
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12
2
35
1.52
25081507--25081570
17
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51
9
1
37
1.44
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15
2
18
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1.42
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4.0
44
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28
28
20
23
1.99
25087663--25087812
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3.4
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19
22
1.98
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23
27
2.00
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0
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1.20
25103308--25103394
21
4.0
23
80
10
92
37
25
21
14
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25103765--25103822
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
25105760--25105806
19
2.4
20
85
3
60
27
19
6
46
1.74
25114064--25114241
92
1.9
93
86
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252
35
19
21
23
1.96
25115713--25115755
16
2.6
17
82
14
54
32
11
0
55
1.36
25115935--25115979
21
2.1
22
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37
4
0
57
1.19
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1.9
43
80
11
98
36
3
3
56
1.34
25116091--25116132
22
1.9
22
85
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59
28
0
7
64
1.20
25116377--25116614
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10
46
1.77
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2.1
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0
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1.56
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0
0
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30
93
0
108
23
3
17
55
1.56
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11
3.1
11
95
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61
68
0
0
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0.90
25122086--25122130
22
2.0
22
100
0
90
37
4
4
53
1.41
25122314--25122379
32
2.1
32
91
0
105
39
4
19
36
1.72
25126397--25126430
12
2.8
12
90
0
50
8
14
8
67
1.41
25130466--25130559
48
2.0
48
87
8
138
19
12
27
40
1.88
25132639--25132732
48
2.0
48
87
8
138
19
12
27
40
1.88
25132864--25132920
29
2.0
29
86
6
80
66
7
5
21
1.36
25133600--25133643
16
2.7
16
82
3
52
18
4
9
68
1.34
25137922--25138038
61
2.0
60
86
6
166
38
16
9
35
1.81
25141443--25141522
26
2.9
27
79
11
90
42
2
1
53
1.22
25141543--25141598
24
2.2
26
84
12
73
46
3
1
48
1.30
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25146117--25146163
21
2.2
22
92
3
78
21
19
38
21
1.94
25147523--25147547
5
5.0
5
100
0
50
20
60
0
20
1.37
25149074--25149113
19
2.1
19
95
0
71
45
25
10
20
1.81
25176792--25176951
3
53.3
3
100
0
320
0
33
0
66
0.92
25177486--25177514
10
2.9
10
100
0
58
31
6
0
62
1.22
25180706--25180756
26
2.0
26
84
7
68
56
0
3
39
1.18
25182164--25182213
26
1.9
26
95
0
91
32
22
16
30
1.95
25182358--25182408
22
2.4
20
87
9
66
60
1
0
37
1.08
25182428--25182469
13
2.9
14
80
13
50
54
0
0
45
0.99
25182432--25182468
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
25182501--25182552
15
3.2
15
73
19
50
53
1
0
44
1.11
25185330--25185359
15
2.0
15
93
0
51
36
0
16
46
1.47
25186024--25186081
26
2.3
25
79
5
71
25
10
8
55
1.62
25190560--25190590
15
2.1
15
100
0
62
25
12
12
48
1.77
25202149--25202187
10
3.9
10
86
0
51
35
0
10
53
1.35
25202151--25202214
25
2.5
26
89
2
94
34
1
10
53
1.46
25209138--25209188
23
2.2
22
83
13
59
60
15
5
17
1.54
25210443--25210503
32
1.9
32
83
12
81
60
0
6
32
1.22
25210443--25210517
31
2.4
32
77
6
82
60
0
6
33
1.23
25210825--25210866
16
2.6
16
100
0
84
50
4
0
45
1.23
25211385--25211477
46
2.0
46
100
0
186
25
21
19
33
1.97
25212763--25212792
11
2.7
11
100
0
60
53
10
0
36
1.35
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
25218407--25218503
47
2.1
47
96
0
176
39
22
14
23
1.91
25224470--25224510
21
2.0
21
90
0
64
29
21
29
19
1.98
25229315--25229342
12
2.3
12
100
0
56
39
17
14
28
1.89
25238998--25239090
18
5.2
18
86
0
132
32
15
23
29
1.95
25238998--25239090
36
2.6
37
89
6
147
32
15
23
29
1.95
25253739--25253804
27
2.4
27
82
5
78
31
1
0
66
1.01
25253790--25253876
40
2.1
41
85
2
113
24
1
8
66
1.25
25256757--25256843
21
4.0
23
80
10
92
37
25
21
14
1.92
25257214--25257271
15
3.8
15
88
2
89
51
12
0
36
1.39
25258542--25258588
5
9.4
5
100
0
94
59
0
0
40
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
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          273   274   275   276