genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1839602--1839652	25	2.0	26	88	3	77	41	5	9	43	1.62
1840600--1840667	35	1.9	35	100	0	136	26	11	14	47	1.79
1841023--1841208	58	3.2	58	80	9	200	27	27	13	31	1.94
1858749--1858819	17	4.1	17	83	3	79	53	4	1	40	1.29
1858787--1858893	47	2.3	47	95	0	187	54	3	5	36	1.42
1864166--1864235	30	2.3	30	90	0	104	21	37	22	18	1.94
1864918--1865041	45	2.8	43	82	3	140	29	17	20	33	1.95
1864918--1865046	44	2.9	44	83	3	152	29	17	20	31	1.96
1864918--1865077	44	3.6	44	80	7	139	28	18	21	31	1.97
1870878--1871004	36	3.6	35	78	9	89	13	14	33	39	1.85
1871932--1871984	25	2.1	25	89	0	79	22	33	32	11	1.90
1879047--1879075	12	2.3	13	94	5	51	58	13	6	20	1.58
1879833--1879943	42	2.6	42	81	5	134	28	18	25	27	1.98
1881376--1882534	385	3.0	385	98	0	2228	25	21	23	30	1.99
1885627--1885656	14	2.1	14	93	0	51	60	6	3	30	1.39
1885730--1885767	18	2.1	18	85	9	51	23	2	2	71	1.12
1885883--1885936	16	3.4	16	86	0	81	40	7	24	27	1.81
1885919--1886012	44	2.1	46	88	7	140	31	6	27	34	1.82
1886083--1886133	26	2.0	26	88	3	77	41	0	7	50	1.31
1886197--1886295	12	8.4	12	76	14	84	49	1	0	49	1.07
1886173--1886298	23	5.6	22	75	22	72	51	1	0	46	1.10
1886227--1886306	36	2.2	36	97	0	151	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1886250--1886302	12	4.3	13	68	22	51	52	0	0	47	1.00
1894793--1894822	15	1.9	16	93	6	53	26	0	0	73	0.84
1904661--1904721	28	2.2	28	80	8	72	60	1	0	37	1.07
1912534--1912694	43	3.8	42	84	2	216	31	25	14	29	1.95
1915123--1915313	61	3.1	61	95	0	337	39	4	6	49	1.49
1915260--1915363	50	2.1	49	87	7	149	37	4	6	50	1.50
1919744--1919831	44	2.0	44	88	0	131	31	27	17	23	1.97
1919831--1919921	45	2.0	45	89	0	137	31	27	13	27	1.94
1920817--1920876	28	2.1	28	93	0	102	30	36	8	25	1.85
1926194--1926222	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
1931723--1931763	17	2.4	17	87	0	55	19	2	2	75	1.03
1934682--1934709	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
1938734--1938765	16	2.1	15	94	5	55	25	25	18	31	1.98
1940926--1940986	30	2.0	30	90	0	95	39	6	24	29	1.80
1949999--1950380	47	8.1	47	91	0	566	31	9	30	27	1.89
1950499--1950577	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
1954154--1954236	39	2.1	39	90	0	130	39	21	7	31	1.81
1959821--1959853	17	1.9	17	88	11	50	66	6	3	24	1.28
1960253--1960298	23	2.0	23	95	0	83	54	13	0	32	1.39
1960322--1960356	17	2.2	15	90	10	52	0	40	2	57	1.14
1961079--1961149	33	2.2	33	89	5	108	26	23	25	23	2.00
1962583--1962618	6	6.0	6	100	0	72	16	0	50	33	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1964910--1964987	36	2.2	36	90	0	120	14	17	41	26	1.88
1968393--1968513	48	2.5	48	89	0	188	27	28	19	23	1.99
1970166--1970315	41	3.7	41	80	1	185	20	21	28	30	1.98
1981910--1982130	38	5.7	38	75	3	174	34	28	19	17	1.94
1981904--1982130	76	2.9	76	76	7	208	34	28	19	17	1.95
1983677--1983751	36	2.1	35	95	2	132	41	22	8	28	1.82
1985011--1985040	15	2.0	15	93	0	51	76	6	3	13	1.11
1989194--1989455	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
2023725--2023754	15	1.9	16	93	6	53	56	6	0	36	1.26
2023777--2023904	67	1.9	68	83	4	170	46	6	4	42	1.49
2023885--2023930	18	2.5	19	82	13	60	54	0	2	43	1.12
2024356--2024386	15	2.1	15	100	0	62	32	6	19	41	1.77
2029907--2030037	46	2.8	46	88	5	185	19	20	27	32	1.97
2034821--2034879	30	2.0	29	86	3	82	37	18	15	28	1.91
2037572--2037637	20	3.2	20	80	6	71	63	0	4	31	1.14
2040877--2040936	30	2.0	30	90	0	93	43	11	6	38	1.68
2042634--2042687	14	3.7	15	80	14	69	25	0	3	70	1.04
2048399--2048516	59	2.0	59	88	5	168	21	23	13	40	1.89
2055486--2055667	40	4.6	39	88	3	240	24	21	25	28	1.99
2058806--2058904	50	2.0	50	93	0	171	41	14	14	30	1.85
2059888--2060004	58	2.0	58	96	0	216	24	16	5	52	1.65
2059897--2059989	28	3.2	28	68	11	80	25	17	5	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063507--2063912	209	1.9	209	89	3	620	27	25	12	35	1.91
2063977--2064095	60	2.0	59	86	1	166	37	23	11	26	1.89
2064128--2064408	146	1.9	146	90	0	445	37	20	22	18	1.94
2064634--2064756	65	1.9	66	93	1	212	32	18	13	34	1.90
2064891--2064988	28	3.5	28	95	1	171	32	28	12	26	1.92
2064945--2065033	46	2.0	45	95	2	160	28	28	15	28	1.96
2064891--2065087	101	2.0	100	87	1	286	29	28	15	26	1.96
2064991--2065143	27	5.6	27	85	4	182	28	27	15	28	1.96
2064917--2065142	82	2.9	75	83	10	271	29	27	15	28	1.96
2067486--2067610	64	2.0	64	93	0	214	28	24	12	35	1.91
2074318--2075255	28	33.5	28	99	0	1842	35	28	10	25	1.90
2087760--2087901	68	2.1	68	81	0	158	31	11	40	16	1.84
2088083--2088133	26	1.9	27	92	4	86	74	0	23	1	0.92
2093184--2093229	19	2.5	18	85	3	56	52	0	21	26	1.47
2093444--2093646	43	4.7	43	88	0	280	22	27	24	26	2.00
2093821--2093952	68	1.9	68	96	0	246	35	11	18	34	1.87
2094009--2094063	21	2.7	20	85	5	65	7	43	12	36	1.71
2099635--2099706	9	8.0	9	72	6	65	34	2	18	44	1.64
2099635--2099746	45	2.5	46	85	8	158	34	3	16	44	1.66
2100408--2100508	41	2.5	41	93	0	166	62	2	10	23	1.42
2102601--2102702	41	2.5	41	82	6	125	27	26	12	33	1.93
2108250--2108479	43	5.3	43	84	5	286	30	23	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108244--2108479	87	2.7	87	84	2	325	30	22	18	27	1.97
2108244--2108479	130	1.8	129	87	2	357	30	22	18	27	1.97
2108776--2108816	21	2.0	21	90	0	64	0	48	19	31	1.49
2109379--2109416	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
2114697--2114736	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
2116769--2116808	19	2.0	20	90	4	64	47	20	15	17	1.83
2118723--2118761	19	2.1	19	90	4	62	48	2	2	46	1.29
2119778--2120036	41	6.3	42	86	4	291	21	22	23	32	1.98
2119777--2120036	123	2.1	122	85	3	344	21	22	23	33	1.98
2120091--2120116	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
2127839--2127894	26	2.2	25	84	12	71	42	8	3	44	1.53
2128095--2128136	20	2.1	20	95	0	75	54	21	0	23	1.44
2129186--2129292	9	11.4	10	71	18	54	60	1	1	35	1.18
2129174--2129264	27	3.3	27	78	15	89	60	3	1	35	1.20
2129171--2129263	36	2.5	34	81	14	98	60	3	1	35	1.20
2129171--2129263	18	5.2	17	76	15	80	60	3	1	35	1.20
2129282--2129444	19	8.6	19	100	0	326	53	4	4	36	1.44
2129888--2129962	19	4.0	19	70	15	66	32	1	4	62	1.22
2129899--2129971	36	2.0	36	81	5	85	34	2	4	58	1.31
2129991--2130053	19	3.3	18	76	14	56	31	1	3	63	1.19
2129992--2130064	10	7.6	10	70	13	55	30	2	2	64	1.21
2131110--2131179	35	2.0	35	100	0	140	37	8	20	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2131123--2131181	18	3.3	18	63	13	50	35	10	18	35	1.85
2131518--2131577	30	2.0	30	96	0	111	21	10	15	53	1.70
2133942--2133969	14	2.0	14	100	0	56	50	14	21	14	1.78
2137368--2137414	22	2.1	23	84	4	60	59	10	6	23	1.53
2146093--2146133	21	2.0	21	85	0	55	46	0	17	36	1.48
2164263--2164297	9	3.9	9	92	7	54	34	0	0	65	0.93
2165910--2165955	13	3.4	14	85	8	60	52	0	0	47	1.00
2165914--2165953	14	2.8	16	78	21	52	47	0	0	52	1.00
2165985--2166034	26	2.0	26	84	4	66	46	2	2	50	1.24
2177005--2177038	17	2.0	17	100	0	68	52	5	23	17	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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