genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26612859--26612909	21	2.5	20	80	3	66	68	1	0	29	1.00
26617719--26617754	5	7.4	5	93	6	65	80	0	0	19	0.71
26619755--26619813	27	2.2	27	90	0	91	33	3	20	42	1.69
26623799--26624122	106	3.1	106	88	3	465	39	10	12	37	1.77
26625473--26625508	10	3.5	10	88	7	54	22	2	0	75	0.94
26631616--26631640	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26638384--26638423	14	2.9	13	88	3	53	17	2	2	77	0.99
26639458--26639496	14	2.8	14	96	0	69	23	7	10	58	1.56
26645544--26645573	13	2.4	13	94	5	53	13	3	0	83	0.77
26663803--26663979	39	4.5	39	86	2	212	42	22	5	29	1.76
26664162--26664269	50	2.2	50	94	0	189	30	30	10	28	1.90
26669045--26669097	26	2.0	26	100	0	106	18	11	22	47	1.81
26681000--26681058	30	1.9	31	86	3	84	28	20	1	49	1.59
26690483--26690552	34	2.1	34	94	0	122	35	20	5	38	1.76
26707357--26707421	29	2.3	29	94	2	114	38	30	15	15	1.88
26708011--26708046	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
26708027--26708117	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
26708262--26708303	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
26708271--26708312	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
26708297--26708484	61	3.1	61	69	17	201	48	6	1	43	1.38
26708265--26708557	120	2.4	121	95	1	518	50	5	2	42	1.37
26708381--26708432	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26708598--26708658	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
26715148--26715194	20	2.3	20	92	0	76	25	12	4	57	1.54
26718336--26718380	23	1.9	24	90	4	74	24	13	11	51	1.73
26718941--26719026	42	2.0	42	100	0	172	46	11	11	30	1.76
26719304--26719347	23	1.9	23	85	0	61	61	13	4	20	1.50
26723700--26723748	26	2.0	24	88	8	71	36	0	8	55	1.30
26726338--26726368	14	2.2	14	94	0	53	38	9	12	38	1.77
26726700--26726724	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
26729806--26729840	13	2.7	13	95	0	61	31	0	0	68	0.90
26732352--26732383	16	2.0	16	100	0	64	18	6	31	43	1.75
26733585--26733628	12	3.6	12	84	3	52	75	6	2	15	1.12
26739198--26739369	60	2.8	61	79	11	169	26	24	20	27	1.99
26740857--26740912	25	2.3	23	77	17	60	66	0	32	1	1.03
26749814--26749848	8	4.4	8	86	13	54	37	0	0	62	0.95
26749808--26749850	13	3.1	13	81	18	59	37	0	0	62	0.95
26752381--26752438	29	2.0	29	86	0	80	41	13	15	29	1.86
26760319--26760353	10	3.6	10	92	3	54	48	0	48	2	1.16
26764094--26764157	28	2.2	30	86	13	91	37	4	1	56	1.30
26764107--26764165	28	2.1	28	87	6	84	37	5	3	54	1.39
26765464--26765538	33	2.3	33	88	4	107	34	2	18	44	1.64
26765475--26765540	33	2.0	33	94	2	116	33	3	21	42	1.68
26769820--26769881	33	1.9	33	90	3	99	37	4	19	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26774921--26774951	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
26774918--26774957	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
26775895--26776154	98	2.7	98	96	1	468	31	18	26	22	1.97
26777649--26777764	53	2.1	55	81	6	139	22	23	20	33	1.97
26787854--26787941	46	1.9	45	95	0	149	25	15	23	34	1.94
26801458--26801513	20	2.8	20	86	0	76	50	1	30	17	1.57
26808342--26808400	24	2.5	24	85	0	73	23	15	28	32	1.95
26816780--26817048	46	5.8	46	76	10	271	30	28	18	21	1.97
26816784--26817047	139	1.9	139	99	0	519	30	28	19	21	1.98
26816881--26817051	93	1.8	93	91	0	279	29	29	20	21	1.98
26819479--26819533	18	3.1	18	91	0	92	20	21	16	41	1.90
26821386--26821467	37	2.2	37	84	0	110	14	12	30	42	1.82
26837154--26837232	40	2.0	40	97	0	149	24	15	22	37	1.92
26837631--26837683	21	2.5	21	85	14	65	47	3	1	47	1.31
26839426--26839468	18	2.4	18	88	7	61	62	0	4	32	1.15
26842780--26842816	17	2.2	17	90	0	56	37	10	0	51	1.37
26842869--26842921	22	2.4	22	78	15	56	37	5	3	52	1.43
26843120--26843445	160	2.0	160	91	2	530	35	13	18	32	1.90
26844200--26844257	30	1.9	30	89	0	89	15	36	32	15	1.89
26860521--26860558	19	2.0	19	100	0	76	21	0	31	47	1.51
26861316--26861381	30	2.2	30	94	0	114	21	34	24	19	1.96
26862313--26862398	25	3.5	25	80	1	93	31	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26864689--26864761	31	2.4	31	83	0	92	30	16	23	30	1.96
26866920--26866998	23	3.1	27	60	26	64	24	5	26	44	1.74
26866915--26867010	48	2.0	48	95	0	174	25	4	27	43	1.72
26866927--26867003	25	3.2	25	62	20	63	23	3	29	42	1.72
26870077--26870115	21	1.9	21	89	5	62	33	23	0	43	1.54
26872391--26872431	16	2.5	17	88	4	57	46	2	2	48	1.28
26873837--26873946	43	2.6	42	77	1	121	29	17	20	32	1.96
26878036--26878244	40	5.2	40	88	0	319	41	9	16	33	1.79
26878036--26878244	80	2.6	80	95	0	373	41	9	16	33	1.79
26878248--26878282	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
26878787--26878819	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
26879022--26879093	16	4.5	16	87	0	90	27	23	6	41	1.80
26885870--26885907	18	2.1	18	100	0	76	34	15	5	44	1.69
26891240--26891281	13	3.4	12	83	12	50	26	7	2	64	1.32
26891243--26891284	11	3.7	11	82	14	50	23	7	2	66	1.28
26894768--26894976	35	5.9	35	78	1	193	27	9	21	42	1.83
26894768--26894961	105	1.8	104	80	6	230	27	8	21	42	1.82
26896263--26896565	68	4.5	67	78	4	243	28	23	14	34	1.93
26899925--26899957	14	2.3	15	85	15	52	27	15	12	45	1.81
26903410--26903524	48	2.4	48	86	0	167	19	20	23	36	1.95
26907838--26907888	15	3.3	16	78	8	52	35	0	1	62	1.06
26907815--26907887	15	4.5	15	71	24	51	34	1	1	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26917134--26917346	45	4.7	44	74	10	130	20	22	17	39	1.92
26917338--26917493	33	4.7	33	69	9	102	23	26	18	30	1.98
26922320--26922471	76	2.0	76	97	0	286	36	12	17	33	1.88
26922862--26923004	74	1.9	74	98	0	277	30	11	27	29	1.92
26924824--26924981	79	2.0	79	96	0	289	33	18	23	24	1.97
26932362--26932497	56	2.4	56	90	0	209	33	23	16	27	1.96
26936183--26936420	49	4.8	49	87	2	305	29	26	17	25	1.98
26936188--26936428	101	2.4	99	85	2	331	29	27	18	24	1.98
26938441--26938505	21	3.2	21	73	20	75	40	23	26	10	1.87
26938423--26938523	39	2.6	39	93	0	166	37	24	25	11	1.90
26940711--26940761	27	1.9	27	84	4	68	25	33	19	21	1.97
26972523--26972571	19	2.5	19	80	3	53	75	8	4	12	1.16
26972862--26972909	25	1.9	25	83	8	62	22	25	18	33	1.97
26973011--26973072	24	2.5	23	77	12	61	14	25	20	38	1.91
26979979--26980049	35	2.0	35	86	0	97	26	23	9	39	1.86
26981704--26981817	43	2.7	41	78	6	129	24	13	23	38	1.90
26989631--26990060	118	3.6	118	98	1	835	29	31	16	22	1.96
26990993--26991070	27	2.8	26	74	14	77	76	1	3	17	1.00
26990992--26991071	7	12.3	6	80	13	63	77	1	3	17	0.98
27012617--27012668	23	2.3	23	79	0	59	34	7	30	26	1.85
27017414--27017481	20	3.2	20	64	28	50	44	7	16	32	1.75
27017410--27017501	44	2.1	44	100	0	184	46	9	13	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27018910--27018988	38	2.1	38	95	0	140	45	8	25	20	1.79
27019259--27019326	33	2.1	33	94	0	118	52	11	8	26	1.67
27019265--27019321	19	3.3	19	65	23	52	56	14	7	22	1.62
27020588--27020710	40	3.1	40	86	0	165	30	13	20	36	1.90
27020690--27020841	78	1.9	78	90	0	241	33	14	20	31	1.93
27028759--27028794	18	2.0	18	100	0	72	27	0	5	66	1.13
27033231--27033321	19	4.9	19	85	8	134	36	10	16	36	1.84
27033239--27033328	35	2.5	37	85	10	125	36	11	16	35	1.84
27037653--27037713	29	2.1	28	85	8	79	14	0	31	54	1.41
27037724--27037773	20	2.5	20	86	0	64	18	2	30	50	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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