genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  214  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70981238--70981449	53	3.9	54	80	4	214	35	16	24	23	1.95
70983382--70983431	24	2.1	24	96	0	91	36	18	8	38	1.80
70987524--70987667	40	3.6	40	84	2	166	23	22	26	27	2.00
70999391--70999542	27	5.6	27	92	3	232	30	28	13	27	1.94
70999391--70999567	55	3.2	55	89	0	246	31	29	12	26	1.93
71008415--71008626	90	2.4	90	76	3	219	30	26	15	27	1.96
71010013--71010062	19	2.6	19	100	0	100	20	42	18	20	1.90
71013304--71013382	27	2.9	27	88	0	122	37	11	18	31	1.87
71013298--71013390	27	3.4	27	84	0	114	38	11	20	29	1.88
71013834--71013877	21	2.1	21	83	8	54	54	15	25	4	1.60
71014903--71014927	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
71020272--71020343	6	12.0	6	72	11	58	18	2	2	76	1.03
71023254--71023278	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
71033665--71033803	40	3.5	40	87	2	183	23	21	28	27	1.99
71037320--71037526	107	1.9	107	86	3	292	35	19	11	34	1.87
71043200--71043415	46	4.7	46	76	10	233	21	21	26	30	1.98
71043147--71043315	47	3.6	47	70	13	159	21	21	26	30	1.98
71043148--71043361	93	2.3	94	87	1	324	22	21	26	29	1.99
71051614--71051830	90	2.4	90	79	1	229	29	24	17	28	1.97
71055010--71055046	16	2.4	16	86	8	51	62	0	0	37	0.96
71057360--71057460	29	3.5	29	86	0	139	13	13	18	53	1.73
71057746--71057902	31	5.2	31	73	7	124	24	14	28	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71057712--71057937	90	2.5	90	80	5	258	26	17	28	27	1.98
71057890--71057958	28	2.5	28	90	0	102	28	23	27	20	1.99
71064743--71064770	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
71074777--71074913	71	1.9	71	82	5	170	29	14	21	34	1.93
71086412--71086634	79	2.8	78	83	7	272	24	27	22	25	2.00
71086412--71086634	39	5.7	40	87	6	280	24	27	22	25	2.00
71094389--71094650	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
71098817--71098864	25	1.9	25	95	0	87	22	20	31	25	1.98
71099423--71099447	13	1.9	13	100	0	50	24	20	8	48	1.76
71109354--71109636	48	5.9	48	78	4	268	25	16	29	27	1.97
71109354--71109636	144	2.0	144	82	6	351	25	16	29	27	1.97
71118777--71118926	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
71118801--71118984	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
71130015--71130082	27	2.5	27	97	0	127	29	19	11	39	1.87
71130063--71130099	19	1.9	19	88	0	56	29	18	13	37	1.90
71151019--71151234	79	2.7	78	80	10	233	25	25	21	27	2.00
71151019--71151241	39	5.7	40	85	8	239	24	26	22	26	2.00
71152390--71152584	98	2.0	97	97	1	372	21	22	13	42	1.87
71158937--71158964	14	2.0	14	100	0	56	78	0	0	21	0.75
71166639--71166697	29	2.0	29	96	0	109	30	13	23	32	1.93
71167046--71167168	47	2.6	47	85	6	158	27	30	7	34	1.84
71175334--71175412	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71175531--71176489	47	20.4	47	98	0	1810	29	31	8	30	1.87
71185112--71185177	30	2.2	30	88	0	96	15	30	27	27	1.96
71186290--71186351	31	2.1	30	82	17	76	30	17	8	43	1.78
71186529--71186606	25	3.2	24	75	12	77	29	25	23	21	1.99
71186504--71186623	50	2.4	49	86	4	161	30	22	23	23	1.99
71186545--71186627	25	3.4	25	77	9	89	34	20	22	21	1.96
71194165--71194274	25	4.4	25	70	12	75	30	20	23	24	1.98
71194165--71194288	50	2.5	50	81	6	137	31	19	24	25	1.98
71213117--71213244	38	3.3	39	79	4	143	21	17	25	35	1.95
71222876--71222946	21	3.2	21	68	24	65	38	25	14	22	1.92
71222858--71222946	45	2.0	45	95	0	160	38	25	13	22	1.91
71224863--71224949	45	1.9	45	92	0	147	36	24	12	26	1.91
71227664--71227732	33	2.3	30	77	18	79	53	14	4	27	1.59
71238612--71238834	39	5.6	39	82	8	217	26	21	27	25	1.99
71238706--71238867	79	2.1	79	80	9	179	27	19	27	25	1.99
71243538--71243623	45	1.9	45	95	0	154	38	23	11	26	1.89
71252309--71252410	28	3.6	28	92	2	168	33	24	11	30	1.91
71252311--71252436	57	2.2	57	87	2	173	34	25	11	29	1.90
71255670--71255766	33	2.9	33	89	1	140	25	23	23	26	2.00
71262054--71262130	3	24.3	3	72	17	50	61	3	2	32	1.28
71262558--71262586	12	2.4	12	100	0	58	34	10	17	37	1.84
71263433--71263469	15	2.5	15	86	0	56	10	10	32	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71263847--71264488	94	6.8	94	82	2	709	26	20	17	34	1.95
71264002--71264151	44	3.3	44	68	17	124	22	20	20	36	1.96
71277642--71277814	93	1.9	93	88	2	267	30	30	19	20	1.97
71277635--71277810	46	3.8	46	74	14	164	31	29	18	20	1.97
71278994--71279118	62	2.0	62	96	0	232	36	17	8	38	1.79
71287310--71287487	46	3.8	46	74	7	189	29	28	20	21	1.98
71287318--71287489	93	1.8	93	92	0	290	29	29	20	20	1.98
71291188--71291258	37	1.9	37	97	0	133	30	12	16	39	1.86
71294909--71295084	46	3.8	46	76	12	189	31	29	18	20	1.96
71294916--71295088	93	1.9	93	92	0	292	30	30	18	20	1.97
71295778--71295884	56	1.9	56	92	3	180	42	12	11	34	1.78
71296019--71296195	59	3.0	59	99	0	345	27	14	10	48	1.76
71299071--71299118	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
71299105--71299148	17	2.4	18	77	14	54	56	9	0	34	1.31
71299144--71299176	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
71302884--71303020	70	2.0	70	98	0	265	35	19	19	25	1.96
71304493--71304540	20	2.5	20	86	3	62	62	2	8	27	1.35
71304566--71304598	15	2.2	15	100	0	66	48	12	0	39	1.40
71309947--71309971	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
71309967--71310069	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
71314750--71314927	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
71314751--71314906	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71314747--71314927	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
71320655--71320701	7	6.6	7	85	9	60	14	0	0	85	0.61
71320655--71320688	8	4.4	8	96	3	61	11	0	0	88	0.52
71320655--71320703	15	3.3	15	83	13	66	16	0	0	83	0.64
71327028--71327210	91	2.0	91	98	0	357	51	14	7	26	1.69
71328111--71328181	29	2.3	29	83	7	79	56	4	1	38	1.28
71331358--71331424	34	2.0	34	81	0	80	37	17	8	35	1.82
71331761--71331790	15	2.0	15	100	0	60	40	20	13	26	1.89
71346361--71346395	17	2.1	17	100	0	70	37	11	17	34	1.85
71353600--71353645	23	2.0	23	95	0	83	23	21	19	34	1.96
71361512--71361817	152	2.0	152	94	1	533	27	24	11	36	1.90
71369725--71369985	130	2.0	130	93	0	441	37	16	22	22	1.93
71375873--71376034	46	3.5	43	78	15	132	27	17	27	27	1.98
71382956--71383012	30	1.9	30	85	3	80	31	12	26	29	1.92
71383391--71383507	46	2.5	47	79	8	123	31	17	26	24	1.97
71383349--71383517	46	3.6	45	76	12	121	29	17	27	25	1.98
71384369--71384405	18	2.1	18	100	0	74	10	27	35	27	1.90
71388433--71388482	23	2.2	23	82	7	57	46	2	8	44	1.44
71393686--71393721	18	2.0	18	94	0	63	27	8	22	41	1.82
71393855--71393937	29	2.8	31	78	15	95	20	36	1	42	1.60
71394016--71394076	17	3.4	17	71	15	52	24	27	0	47	1.52
71400212--71400241	8	3.8	8	100	0	60	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71400270--71400321	24	2.1	24	89	3	77	59	0	0	40	0.97
71400353--71400378	11	2.4	11	100	0	52	76	0	0	23	0.78
71401547--71401571	7	3.6	7	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71421574--71421799	40	5.7	40	88	4	280	25	21	26	26	2.00
71424287--71424342	22	2.6	21	75	10	60	64	12	8	14	1.50
71429532--71429565	16	2.1	16	88	0	50	73	2	5	17	1.16
71439173--71439218	23	2.0	23	100	0	92	34	17	4	43	1.69
71439565--71439722	68	2.3	70	78	9	164	20	28	15	35	1.93
71446231--71446388	68	2.3	68	97	0	298	24	30	15	29	1.96
71448567--71448819	68	3.8	65	78	9	212	23	29	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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