genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.245.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  245  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81085734--81085821	28	3.3	28	81	12	121	37	17	23	21	1.94
81085861--81086110	51	4.9	51	89	1	358	32	14	24	29	1.94
81095099--81095203	27	3.9	27	81	9	108	20	21	21	36	1.95
81099258--81100165	93	9.8	93	97	0	1703	28	28	19	24	1.98
81106350--81106662	47	6.8	45	75	19	281	27	25	19	26	1.99
81106304--81106662	93	3.9	93	96	0	630	27	26	19	26	1.99
81106306--81106658	46	7.6	44	74	19	285	28	26	19	25	1.99
81119122--81120336	49	25.1	48	97	1	2106	32	8	28	29	1.87
81120455--81120533	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
81123953--81124133	46	3.9	46	74	9	170	29	16	27	27	1.96
81123974--81124159	94	2.0	94	86	6	261	30	17	25	26	1.97
81123953--81124265	48	6.6	48	74	3	211	29	15	27	28	1.96
81128698--81128730	15	2.2	16	89	10	52	30	0	15	54	1.41
81132173--81132345	46	3.7	46	76	10	181	21	20	27	30	1.98
81132170--81132340	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
81139792--81139967	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
81139789--81139959	93	1.8	93	97	0	324	20	21	29	28	1.98
81142135--81142214	34	2.4	33	87	6	115	28	26	23	21	1.99
81142866--81143000	56	2.4	56	93	1	227	27	16	26	29	1.97
81142870--81143027	56	2.8	56	86	2	185	25	15	27	30	1.96
81157042--81157234	27	7.2	27	87	1	246	29	26	8	36	1.85
81157042--81157234	81	2.4	81	90	2	291	29	26	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81157270--81157396	27	4.7	27	83	3	166	40	22	7	29	1.82
81157237--81157366	54	2.4	54	82	5	138	37	20	12	29	1.89
81157270--81157419	81	1.9	81	87	2	221	42	20	7	30	1.79
81158410--81158493	25	3.4	24	83	8	107	27	21	22	28	1.99
81158448--81158507	25	2.4	24	83	10	68	26	23	21	28	1.99
81158699--81158804	31	3.4	31	94	0	185	30	16	25	27	1.97
81159951--81160081	39	3.4	39	76	7	151	24	26	19	29	1.98
81159957--81160104	77	1.9	78	90	1	235	22	26	18	32	1.97
81164881--81165051	39	4.4	39	76	6	177	23	25	20	30	1.99
81164905--81165074	78	2.2	78	83	3	207	23	25	18	32	1.97
81165983--81166071	45	2.0	45	95	0	160	44	17	6	30	1.75
81166303--81166749	224	2.0	224	98	0	858	40	22	6	29	1.79
81173887--81174157	46	5.8	46	70	14	207	29	25	21	23	1.99
81173924--81174159	93	2.5	93	91	0	364	29	25	20	25	1.99
81173942--81174109	47	3.6	46	70	13	146	30	25	19	25	1.98
81176897--81176956	15	4.0	15	75	0	66	60	16	11	11	1.60
81176897--81176956	30	2.0	30	87	6	86	60	16	11	11	1.60
81179867--81180039	93	1.9	93	90	0	274	30	28	19	21	1.97
81179861--81180032	46	3.7	46	74	7	168	31	28	18	21	1.96
81185333--81185397	34	1.9	34	87	3	96	27	26	26	20	1.99
81189686--81189798	29	4.0	28	81	2	118	29	28	15	26	1.96
81190630--81190677	19	2.3	21	82	10	64	56	0	27	16	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81194203--81194317	29	4.0	28	78	2	113	30	28	13	26	1.94
81199446--81199887	222	2.0	222	95	0	787	18	19	35	25	1.95
81210816--81210949	56	2.4	56	89	0	205	29	15	23	31	1.95
81210820--81210974	56	2.8	56	86	3	197	29	16	24	30	1.96
81216644--81216699	25	2.3	25	84	3	69	58	5	5	30	1.42
81224728--81224825	49	2.0	49	95	0	178	21	16	28	33	1.95
81227728--81227918	20	9.6	20	81	2	197	14	21	25	38	1.91
81227925--81228003	26	3.0	27	76	10	74	21	17	22	37	1.94
81228099--81228171	33	2.2	34	85	4	96	20	20	21	36	1.95
81231041--81231281	120	2.0	120	95	3	432	28	20	9	41	1.83
81232046--81233033	40	24.7	40	98	0	1823	20	25	20	33	1.97
81238335--81238417	43	1.9	43	85	0	112	46	20	12	20	1.82
81238552--81238591	20	2.0	20	90	0	62	42	17	17	22	1.89
81238787--81238966	40	4.5	40	82	7	197	27	27	21	23	1.99
81238787--81238966	80	2.2	80	84	9	226	27	27	21	23	1.99
81241751--81241889	42	3.2	43	84	3	181	32	23	17	26	1.97
81241751--81241889	44	3.2	44	81	7	178	32	23	17	26	1.97
81245367--81245588	45	5.0	44	82	7	204	33	27	16	22	1.95
81246137--81246167	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
81246682--81246710	14	2.0	15	93	6	51	55	20	0	24	1.44
81251315--81251521	53	3.8	53	74	3	171	39	18	22	19	1.93
81258349--81258556	55	3.8	53	75	5	184	36	19	24	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81260536--81260619	43	2.0	42	88	2	123	34	26	15	23	1.95
81263935--81264061	29	4.3	29	82	8	159	29	30	13	25	1.94
81265752--81265792	21	2.0	21	90	4	66	34	19	24	21	1.97
81294593--81294814	40	5.6	40	86	6	249	25	26	22	25	2.00
81294593--81294814	79	2.8	81	83	7	260	25	26	22	25	2.00
81297608--81297732	47	2.7	44	82	11	144	28	20	30	20	1.98
81297824--81298145	161	2.0	161	100	0	644	33	13	19	33	1.90
81308629--81308792	42	3.9	42	80	4	177	28	26	17	28	1.97
81308629--81308785	85	1.9	84	84	1	215	27	26	17	28	1.98
81314699--81314782	40	2.1	40	88	0	123	28	19	23	28	1.98
81314708--81314844	40	3.5	40	80	4	152	25	22	27	24	2.00
81317607--81317649	18	2.4	18	96	0	77	48	9	23	18	1.76
81319163--81319335	47	3.7	47	99	0	337	27	26	20	26	1.99
81319755--81319814	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
81326462--81326499	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
81326728--81326898	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
81326723--81326895	46	3.7	47	79	10	203	30	27	19	21	1.98
81330611--81330655	20	2.3	19	84	3	54	68	0	8	22	1.16
81332174--81332272	40	2.5	40	81	4	112	24	25	28	22	1.99
81338610--81338939	164	2.0	165	93	1	565	33	6	18	41	1.76
81342172--81342349	27	6.6	27	83	3	196	26	15	28	29	1.96
81342169--81342349	82	2.2	81	82	2	229	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81344719--81344843	39	3.2	38	88	3	160	28	27	23	21	1.99
81352175--81352341	42	4.0	42	75	7	115	30	23	13	31	1.94
81362616--81362711	49	2.0	49	95	0	174	26	21	10	41	1.85
81363558--81363693	48	2.8	48	81	4	150	25	26	20	27	1.99
81363642--81363978	168	2.0	168	100	0	674	33	21	13	31	1.92
81366546--81366666	64	1.9	64	81	3	145	36	10	14	38	1.80
81371109--81371237	46	2.8	46	85	2	170	31	24	21	21	1.98
81376186--81376314	46	2.8	46	91	2	206	30	29	20	19	1.97
81382139--81382184	22	2.1	21	84	11	58	41	4	0	54	1.20
81384673--81384748	25	3.0	25	66	19	68	32	26	11	28	1.92
81384723--81384877	84	1.8	84	98	0	301	36	29	7	27	1.83
81385456--81385597	40	3.5	40	82	7	164	25	27	21	25	2.00
81386095--81386274	90	2.0	90	98	0	351	32	26	10	30	1.90
81387737--81387836	50	2.0	50	98	0	191	30	27	22	21	1.98
81393378--81393889	40	12.6	40	84	7	633	25	27	21	25	1.99
81393410--81393511	50	2.0	50	96	0	186	27	27	18	26	1.98
81393462--81393836	79	4.7	79	98	0	723	24	28	21	25	1.99
81411637--81411821	40	4.6	41	80	8	204	25	27	22	24	2.00
81415309--81415518	40	5.2	40	88	5	289	26	26	23	23	2.00
81415309--81415518	83	2.6	80	87	3	296	26	26	23	23	2.00
81423483--81423607	65	1.9	64	84	7	164	22	25	28	23	1.99
81425522--81425774	68	3.9	64	77	9	217	29	16	28	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81431362--81431430	24	2.8	26	78	10	81	33	15	24	26	1.95
81435030--81435138	54	2.0	54	96	0	200	34	20	5	39	1.76
81435316--81435442	48	2.8	46	82	5	143	29	22	19	28	1.98
81441447--81441549	37	2.8	37	89	0	152	24	30	20	25	1.99
81441690--81442993	48	27.0	48	97	1	2396	31	26	6	35	1.82
81452015--81452046	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
81460799--81460983	94	2.0	94	94	0	325	26	21	22	29	1.99
81465113--81465163	21	2.4	21	90	0	75	29	33	0	37	1.58
81466652--81466682	8	3.8	8	95	4	53	51	25	0	22	1.48
81467149--81467204	22	2.6	22	80	5	53	48	0	1	50	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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