genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266505--266778	27	9.9	27	77	11	234	36	16	21	26	1.94
266532--266655	62	2.0	62	88	0	185	39	17	18	24	1.92
266551--266628	35	2.2	35	88	4	113	41	19	17	21	1.91
266501--266778	81	3.3	84	84	5	302	35	16	20	26	1.94
267015--267066	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
267019--267567	98	5.6	98	99	0	1073	20	26	20	31	1.98
267678--267735	25	2.3	25	90	0	89	18	18	13	48	1.81
267703--268068	37	9.9	37	97	0	662	16	21	13	48	1.80
276484--276654	43	4.0	43	76	8	152	33	23	15	26	1.95
280117--280370	46	5.5	46	80	7	243	24	29	18	28	1.98
286523--286690	47	3.6	47	80	11	161	23	29	19	27	1.98
288156--288289	67	2.0	67	95	2	243	22	11	13	52	1.71
293825--293935	40	2.8	40	83	1	98	25	28	23	22	1.99
293848--293992	40	3.6	40	85	4	184	24	26	24	25	2.00
295179--295254	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
298152--298248	49	2.0	49	93	0	167	20	21	23	34	1.97
299821--299863	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
300259--300356	27	3.5	28	87	2	126	27	12	28	31	1.93
300287--300370	27	3.0	27	84	5	78	30	10	25	33	1.90
301071--301135	31	2.1	31	100	0	130	21	12	15	50	1.76
304531--304705	56	3.1	56	91	0	278	28	14	22	34	1.93
312464--312598	67	2.1	65	81	13	154	34	8	16	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
314083--314180	29	3.4	29	81	2	108	28	27	13	30	1.94
319177--319225	21	2.5	19	83	12	55	14	36	26	22	1.92
321795--321887	29	3.3	27	81	13	89	25	29	16	29	1.96
328204--328437	56	4.2	56	91	0	360	29	12	24	33	1.92
337642--337857	46	4.7	45	75	11	154	23	29	20	26	1.99
341787--341830	13	3.5	13	81	6	54	11	29	31	27	1.91
343593--343859	137	1.9	138	81	2	322	35	25	19	19	1.95
349789--349976	40	4.7	40	86	0	261	31	27	20	20	1.97
357257--357870	27	22.7	27	90	0	895	29	21	7	41	1.81
357849--358056	27	7.7	27	79	8	158	39	20	8	30	1.83
357851--358031	81	2.2	82	87	2	267	40	21	8	29	1.82
357851--358098	81	3.1	82	81	5	256	39	22	9	29	1.86
357851--358098	54	4.6	54	78	8	220	39	22	9	29	1.86
358059--358301	27	9.0	27	87	0	326	35	21	19	23	1.96
358281--358344	27	2.4	27	74	10	67	20	18	23	37	1.94
358504--358573	25	2.8	25	86	0	95	28	24	21	25	1.99
358721--358812	42	2.2	42	98	0	175	31	15	20	32	1.94
358836--358919	31	2.7	32	92	5	138	29	17	25	27	1.98
360462--360521	17	3.5	17	72	17	52	28	30	8	33	1.86
360918--361014	30	3.2	30	73	11	92	28	16	26	27	1.97
369321--369462	71	2.0	71	97	0	266	21	24	19	33	1.97
374056--374352	150	2.0	150	97	0	567	32	22	16	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378154--378374	49	4.7	47	72	15	163	23	29	19	28	1.98
380212--380288	39	2.0	39	94	0	136	45	12	9	32	1.74
382951--383124	46	3.8	44	80	11	170	27	20	28	24	1.99
382952--383079	47	2.8	44	85	11	168	28	18	28	24	1.98
388359--388531	46	3.7	46	80	6	197	30	19	26	23	1.98
391046--391092	23	2.0	23	95	0	85	31	25	27	14	1.95
393139--393283	40	3.6	40	82	4	175	23	26	25	24	2.00
398188--398329	40	3.6	40	88	2	207	24	21	26	26	2.00
401200--401314	27	4.3	26	76	15	108	33	23	23	19	1.97
401232--401313	28	3.0	28	85	3	105	34	21	24	19	1.97
401577--401624	19	2.5	19	100	0	96	22	35	16	25	1.95
409405--409519	27	4.3	26	81	11	106	33	20	24	20	1.97
409429--409518	28	3.3	28	86	7	114	33	21	24	21	1.97
409679--409829	27	5.1	27	62	22	72	29	13	16	41	1.86
409673--409854	60	3.0	60	98	0	346	30	14	14	40	1.86
414076--414190	47	2.4	47	86	0	176	44	22	16	16	1.86
418030--418095	34	1.9	34	96	0	123	45	27	0	27	1.54
420569--422378	699	2.6	698	86	4	2406	27	20	17	35	1.95
423404--423453	24	2.0	25	92	3	84	32	0	18	50	1.47
423414--423461	24	2.1	24	81	11	57	29	2	16	52	1.56
431823--431853	15	2.1	15	100	0	62	25	25	12	35	1.92
433213--433330	39	3.0	39	79	9	134	31	25	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
436351--436382	15	2.1	15	94	0	55	59	6	6	28	1.46
441704--441743	20	2.0	20	85	0	53	40	22	0	37	1.54
441997--442182	55	3.4	54	83	7	236	22	24	17	35	1.95
444978--445070	35	2.7	34	85	3	123	31	21	12	34	1.91
445249--445369	49	2.5	48	81	6	136	23	18	18	40	1.91
453029--453146	62	1.9	62	84	3	157	31	18	26	23	1.98
456888--456922	16	2.2	16	94	0	61	5	22	14	57	1.59
463167--463211	20	2.2	21	77	18	51	6	31	13	48	1.68
469155--469249	25	3.8	25	73	5	93	24	18	24	32	1.97
471938--472113	46	3.8	45	74	10	149	22	20	28	28	1.98
471935--472105	93	1.8	93	88	0	261	22	21	29	27	1.99
484390--484424	18	1.9	18	88	0	52	42	20	0	37	1.52
486253--486352	42	2.3	43	94	1	175	30	32	19	19	1.96
490037--490298	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
511699--511759	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
518829--519006	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
518830--518985	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
518826--519006	82	2.2	81	83	2	229	26	15	28	29	1.96
521235--521260	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
524304--524328	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
525588--525646	31	1.9	31	100	0	118	23	5	18	52	1.65
527251--527282	15	2.1	15	94	0	55	18	9	40	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
529741--530013	137	2.0	138	85	2	370	32	27	20	19	1.97
536450--536506	30	1.9	30	96	0	105	63	7	3	26	1.36
542852--542911	25	2.4	25	86	5	77	45	0	0	55	0.99
543112--543153	19	2.2	20	86	4	59	45	0	0	54	0.99
550294--550389	21	4.5	21	89	2	129	36	27	22	13	1.92
550294--550399	42	2.5	43	84	3	142	35	26	22	15	1.93
550772--550829	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
565957--566124	46	3.7	46	78	15	202	21	21	29	27	1.99
565956--566123	92	1.8	92	94	0	300	21	21	29	27	1.99
570094--570160	29	2.3	29	82	5	73	43	5	4	46	1.48
570550--570765	108	2.0	107	90	3	346	49	12	12	25	1.75
570359--570721	195	1.9	194	91	5	606	50	12	11	25	1.73
570810--571005	108	1.8	109	89	2	315	50	12	11	26	1.74
570526--571005	262	1.8	260	97	1	917	47	13	13	25	1.79
576454--576577	44	3.0	44	60	29	101	37	21	2	37	1.67
576419--576577	78	2.0	78	98	0	309	40	20	1	37	1.64
578020--578053	16	2.1	17	88	5	52	55	11	5	26	1.58
578069--578103	17	2.0	18	94	5	63	60	22	5	11	1.52
578293--578329	14	2.4	16	82	13	51	62	18	18	0	1.34
593460--593507	19	2.5	20	74	16	55	58	0	8	33	1.28
593885--593952	18	3.7	18	76	9	66	30	8	14	45	1.76
598834--598877	20	2.3	18	84	7	52	56	2	6	34	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602962--602999	18	2.2	17	90	4	58	21	2	0	76	0.91
602966--602999	17	2.0	17	88	0	50	20	2	0	76	0.92
608765--608797	16	2.0	17	88	5	50	36	12	3	48	1.56
612691--612810	29	4.2	29	85	1	152	29	30	13	26	1.94
617262--617290	13	2.2	13	100	0	58	75	0	17	6	1.01
621748--621857	55	2.0	55	91	3	177	40	3	24	31	1.73
623183--623248	18	3.7	18	95	0	114	33	13	13	39	1.84
623672--623843	72	2.4	71	82	4	229	25	7	13	54	1.65
625864--625898	13	2.7	13	86	0	52	42	22	8	25	1.82
629108--629210	46	2.2	48	85	3	138	35	14	23	26	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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