genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1070787--1071042	79	3.3	77	80	11	222	26	21	26	24	1.99
1074438--1074576	40	3.5	40	92	0	233	17	20	27	33	1.96
1084932--1085036	50	2.1	50	90	0	174	18	27	8	45	1.78
1091832--1092004	46	3.8	44	73	15	154	21	19	28	30	1.97
1091827--1091997	93	1.8	93	89	2	272	21	19	28	30	1.98
1096189--1096220	16	2.0	16	100	0	64	31	31	18	18	1.95
1107090--1107164	37	2.0	37	97	0	141	38	6	25	29	1.81
1108834--1108903	35	2.0	35	97	0	131	55	0	35	8	1.30
1113309--1113343	17	1.9	19	88	11	56	51	5	0	42	1.25
1126645--1126710	30	2.2	30	94	0	114	21	31	24	22	1.98
1137308--1137368	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
1138981--1139022	15	2.8	15	78	7	50	52	19	11	16	1.74
1140555--1140807	50	5.0	51	81	1	312	29	26	18	24	1.98
1140559--1140807	101	2.5	101	97	0	471	29	26	18	25	1.98
1142217--1142354	43	3.0	44	82	9	152	23	18	28	28	1.98
1146926--1146970	23	2.0	23	100	0	90	51	17	0	31	1.46
1147663--1147759	47	2.0	51	86	8	139	36	18	21	23	1.95
1147645--1147740	24	4.0	24	72	8	88	33	20	21	23	1.97
1147647--1147753	24	4.3	25	71	13	80	31	20	22	25	1.98
1154410--1154476	28	2.4	28	89	0	98	26	16	31	25	1.96
1154790--1154868	41	1.9	41	92	0	131	44	18	8	27	1.80
1154828--1155089	27	9.7	26	84	4	238	39	20	11	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1154828--1155036	80	2.6	81	81	6	235	39	20	10	29	1.85
1155029--1155106	27	2.9	27	88	0	93	38	16	16	28	1.91
1161737--1161991	55	4.8	53	78	10	236	35	17	25	21	1.95
1169058--1169114	30	1.9	30	85	0	78	40	7	22	29	1.80
1169449--1169704	55	4.8	54	76	11	212	37	16	23	22	1.94
1169458--1169657	108	1.8	110	88	4	307	35	16	24	23	1.95
1173144--1173195	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
1173234--1173293	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
1180606--1180657	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
1180700--1180759	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
1188782--1188850	24	2.8	24	82	4	84	30	15	26	27	1.96
1191278--1191430	42	3.6	42	83	4	175	30	16	22	30	1.96
1196012--1196043	12	2.7	12	95	0	55	31	25	34	9	1.87
1200669--1200725	22	2.5	23	91	2	89	42	14	24	19	1.88
1211797--1211836	20	2.0	20	100	0	80	25	20	35	20	1.96
1214708--1214772	33	2.0	33	96	0	121	35	24	9	30	1.87
1220923--1221025	43	2.4	43	80	3	109	27	26	18	28	1.98
1224233--1224275	19	2.3	18	81	14	52	18	4	16	60	1.52
1224438--1224560	64	1.9	66	84	5	169	29	16	30	23	1.96
1227350--1227448	42	2.3	42	81	5	110	33	22	15	29	1.94
1228954--1228994	22	1.9	21	85	5	55	21	29	36	12	1.90
1230201--1230318	46	2.5	47	83	8	152	26	29	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1237428--1238284	46	18.6	46	95	1	1540	30	28	19	21	1.98
1245708--1245880	46	3.7	46	77	13	192	28	27	21	21	1.99
1245713--1245883	93	1.8	93	92	0	288	28	28	21	21	1.99
1246303--1246362	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
1255555--1255632	40	2.0	40	97	0	147	28	23	6	42	1.78
1267572--1267692	43	2.8	43	79	4	138	34	23	13	28	1.92
1278550--1278648	28	3.5	29	91	5	159	34	25	12	28	1.92
1282848--1282926	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
1283045--1284021	47	20.7	47	97	0	1821	29	29	8	32	1.87
1288185--1288336	42	3.5	43	81	8	150	27	26	20	25	1.99
1297795--1298014	90	2.4	90	79	4	239	27	25	19	27	1.98
1300225--1300364	51	2.7	51	81	4	149	26	27	18	27	1.98
1300270--1300506	51	4.6	51	79	1	188	30	26	16	26	1.97
1300320--1300506	50	3.7	50	81	2	167	31	25	17	25	1.97
1305795--1305945	79	1.9	80	83	6	200	25	22	28	23	1.99
1305795--1305979	40	4.7	40	80	9	182	25	22	27	25	2.00
1305847--1306012	79	2.1	79	80	6	185	27	20	26	25	1.99
1308902--1308940	15	2.4	16	87	8	53	28	0	2	69	1.02
1308894--1308944	25	2.0	25	84	3	66	29	0	1	68	1.00
1310852--1310919	21	2.9	24	73	20	63	52	0	2	44	1.16
1310865--1310918	23	2.3	24	81	12	69	55	0	1	42	1.10
1312506--1312543	16	2.2	18	86	13	53	26	13	0	60	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1312746--1312778	16	2.0	17	88	5	50	48	0	6	45	1.27
1321674--1321786	55	2.1	55	83	3	138	17	26	25	30	1.98
1328185--1328345	40	4.0	40	83	6	200	36	17	25	20	1.94
1328194--1328345	80	1.9	80	88	0	232	37	17	25	20	1.93
1339024--1339241	40	5.5	40	88	2	289	22	22	28	25	1.99
1356527--1356696	43	4.0	43	83	3	218	33	25	14	27	1.94
1356964--1357006	21	2.0	21	100	0	86	44	9	4	41	1.57
1360268--1360302	17	2.0	17	88	5	52	14	40	25	20	1.90
1368247--1368401	43	3.6	43	85	1	204	31	24	16	27	1.96
1371244--1371455	40	5.3	39	80	5	237	27	27	20	24	1.99
1371244--1371455	80	2.7	80	88	0	318	27	27	20	24	1.99
1381362--1381483	48	2.5	48	92	2	192	27	30	18	23	1.97
1381363--1381538	48	3.9	42	81	10	140	28	29	17	24	1.97
1384847--1384943	37	2.6	37	86	0	122	30	27	14	26	1.95
1385306--1385445	69	2.0	69	97	0	262	29	22	21	27	1.99
1387182--1387217	18	2.0	18	100	0	72	16	16	33	33	1.92
1387184--1387223	18	2.4	17	91	8	64	20	12	32	35	1.90
1388389--1388634	113	2.2	114	90	1	404	20	21	24	32	1.97
1388362--1388634	38	7.2	38	85	1	334	21	21	24	31	1.98
1388627--1388752	45	2.8	45	90	2	200	20	23	28	26	1.99
1390188--1390363	46	3.8	46	77	12	198	21	20	28	29	1.98
1390185--1390356	93	1.8	93	93	0	299	21	20	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394947--1395171	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
1394947--1395204	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	24	1.99
1405894--1406069	46	3.8	46	77	14	191	21	19	28	30	1.98
1405891--1406062	93	1.8	93	92	2	292	21	20	29	29	1.98
1408455--1408532	39	2.0	38	95	2	138	26	21	25	24	1.99
1414908--1415070	87	1.9	86	92	1	272	25	12	22	38	1.90
1416752--1416796	11	3.5	13	79	14	58	31	0	0	68	0.89
1419046--1419088	16	2.7	16	85	0	50	53	2	2	41	1.26
1421248--1421302	20	2.8	20	83	5	58	50	18	18	12	1.77
1423830--1423939	26	4.2	26	96	0	175	33	5	23	37	1.78
1425373--1425447	26	2.8	26	85	4	87	34	22	12	30	1.91
1425552--1425663	27	4.2	26	83	7	134	16	24	23	36	1.94
1425552--1425663	54	2.1	54	89	3	172	16	24	23	36	1.94
1430100--1430248	42	3.5	41	78	8	129	24	18	26	30	1.98
1436325--1436368	20	2.2	20	80	15	56	25	18	27	29	1.98
1438264--1438297	17	2.0	17	100	0	68	17	11	5	64	1.45
1438388--1438417	15	2.0	15	93	0	51	70	0	26	3	1.03
1438361--1438412	27	1.9	27	84	7	70	67	3	23	5	1.29
1439271--1439309	6	6.5	6	87	0	51	25	17	5	51	1.66
1439265--1439309	18	2.5	18	92	0	72	24	20	6	48	1.73
1440016--1440095	41	1.9	42	85	7	110	26	25	27	21	1.99
1445755--1445788	17	1.9	17	88	5	50	79	2	8	8	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1445778--1445831	21	2.6	19	72	16	54	66	3	24	5	1.29
1454003--1454990	27	36.6	27	98	0	1906	26	14	29	29	1.95
1457570--1457709	71	2.0	71	91	0	226	36	25	9	28	1.87
1458430--1458478	25	2.0	25	100	0	98	36	12	18	32	1.88
1466580--1466667	31	2.9	30	82	1	95	48	2	1	47	1.21
1467991--1468117	49	2.6	49	77	14	127	48	3	5	41	1.45
1470247--1470285	20	2.0	20	89	0	60	43	12	10	33	1.77
1474671--1474852	33	5.5	33	91	2	244	25	29	31	13	1.94
1477128--1477168	10	3.8	11	81	15	50	36	0	2	60	1.10
1484354--1484526	35	4.9	35	86	0	238	33	10	10	45	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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