genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16822241--16822311	19	3.8	18	74	10	54	64	1	2	30	1.16
16826401--16826439	18	2.1	19	85	4	53	25	0	5	69	1.09
16826836--16826875	17	2.5	15	84	11	53	32	0	5	62	1.17
16830070--16830315	131	1.9	131	88	1	377	30	17	17	34	1.93
16841920--16841973	24	2.2	24	83	0	72	53	11	25	9	1.66
16842848--16842960	9	11.7	9	69	16	66	32	4	0	61	1.21
16842847--16842913	29	2.3	29	80	14	77	29	5	0	64	1.17
16842877--16842959	19	4.3	19	74	7	69	34	3	1	60	1.22
16843328--16843438	55	2.0	55	96	0	204	33	12	17	36	1.87
16844542--16844585	20	2.2	20	95	0	79	38	4	15	40	1.68
16844851--16844895	19	2.3	20	96	3	83	24	11	13	51	1.73
16848126--16848197	34	2.1	34	92	0	117	44	4	36	15	1.66
16848595--16848744	80	1.9	80	84	4	203	26	9	18	45	1.80
16850876--16850910	16	2.2	16	89	0	52	25	54	17	2	1.57
16852572--16852634	24	2.6	25	78	14	69	57	0	34	7	1.28
16853900--16853945	22	2.0	23	87	4	67	0	15	6	78	0.95
16856795--16856853	30	2.0	30	86	6	84	47	11	8	32	1.70
16877173--16877259	25	3.4	25	70	17	81	39	18	19	22	1.93
16879461--16879590	40	3.2	40	89	4	197	25	19	22	33	1.97
16879463--16879590	42	3.1	42	90	2	197	25	19	22	32	1.97
16879463--16879625	82	2.0	82	85	7	224	25	20	23	31	1.98
16887110--16887241	42	3.2	42	87	8	198	26	20	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16887114--16887241	40	3.2	40	86	8	186	25	21	20	32	1.97
16888241--16888282	21	2.0	21	85	0	57	38	23	0	38	1.55
16889180--16889246	34	1.9	35	87	3	100	26	23	23	25	2.00
16892413--16892465	27	1.9	28	84	3	72	54	1	9	33	1.43
16892577--16892629	15	3.2	17	79	15	67	58	9	0	32	1.30
16892769--16892810	22	1.9	22	85	9	59	54	7	7	30	1.54
16899519--16899553	18	2.0	18	88	5	54	14	40	28	17	1.88
16903068--16903236	44	3.6	45	77	10	171	21	29	20	27	1.98
16903067--16903333	94	2.9	92	77	7	288	21	29	20	29	1.98
16922004--16922069	34	1.9	35	84	6	91	36	0	1	62	1.05
16922014--16922060	17	2.9	16	79	17	60	36	0	0	63	0.94
16926539--16926664	54	2.3	54	95	2	227	17	34	21	26	1.95
16932671--16932713	10	4.5	10	82	5	54	67	0	0	32	0.91
16932668--16932708	20	2.1	19	90	4	64	60	0	0	39	0.96
16932671--16932748	7	9.0	8	75	25	54	70	1	1	26	1.03
16932717--16932749	7	4.7	7	92	0	57	81	3	0	15	0.80
16933079--16933135	30	1.9	30	82	7	71	38	1	15	43	1.57
16937978--16938013	18	2.0	18	100	0	72	38	5	16	38	1.72
16955547--16955654	56	1.9	55	94	1	189	41	12	8	37	1.72
16963552--16963616	27	2.4	27	86	0	94	41	20	20	18	1.91
16963561--16963627	27	2.5	27	87	4	82	44	19	19	16	1.87
16965494--16965657	87	1.9	86	84	3	222	35	22	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16969442--16969720	90	3.1	89	83	2	360	31	8	14	45	1.74
16978597--16978637	10	3.8	11	81	15	50	9	26	12	51	1.70
16980184--16980240	27	2.0	30	90	10	93	49	14	22	14	1.79
16991151--16991194	23	1.9	23	86	9	63	43	0	2	54	1.12
16992126--16992266	25	5.7	25	78	5	133	21	24	16	37	1.93
16992133--16992221	25	3.6	25	90	3	135	21	19	16	42	1.89
16992126--16992221	49	1.9	50	89	2	149	20	20	16	41	1.90
16992132--16992241	49	2.2	50	82	4	134	22	22	16	38	1.93
16992231--16992291	25	2.4	25	88	0	86	26	27	14	31	1.95
17010883--17010925	22	2.0	22	90	0	68	25	11	30	32	1.91
17018230--17018404	51	3.3	51	84	12	235	32	14	23	29	1.94
17018325--17018356	7	4.6	7	96	0	55	40	9	31	18	1.83
17018274--17018401	58	2.2	58	97	0	238	33	14	24	28	1.94
17037593--17037648	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
17043123--17043186	32	2.0	33	84	9	87	17	6	7	68	1.35
17044819--17044869	23	2.3	21	80	12	59	74	1	5	17	1.11
17047108--17047148	21	2.0	21	81	18	50	29	14	17	39	1.89
17057003--17057057	27	2.0	27	100	0	110	18	10	18	52	1.73
17061891--17062032	44	3.3	41	77	12	110	32	25	16	26	1.96
17065825--17065882	28	2.1	28	100	0	116	15	6	29	48	1.71
17066436--17066463	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
17066999--17067030	15	2.1	15	100	0	64	46	18	18	15	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17073058--17073085	13	2.2	13	100	0	56	14	32	35	17	1.90
17075582--17075733	43	3.6	43	87	0	216	26	21	29	21	1.99
17075711--17075814	40	2.6	41	78	3	120	29	20	26	23	1.98
17082010--17082037	9	3.1	9	100	0	56	46	32	0	21	1.52
17082675--17082833	43	3.7	42	77	5	124	33	25	16	25	1.96
17087928--17087960	12	2.8	12	90	9	50	75	0	21	3	0.93
17087928--17087983	28	2.0	27	83	10	69	73	0	19	7	1.06
17089503--17089619	57	2.1	56	83	4	146	48	5	17	27	1.70
17097512--17097552	20	2.0	20	100	0	82	24	9	9	56	1.62
17100332--17100374	22	2.0	22	100	0	86	39	4	9	46	1.57
17103424--17103456	11	3.0	11	95	0	57	33	18	3	45	1.65
17110184--17110226	16	2.6	16	92	3	68	48	2	0	48	1.14
17110298--17110354	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
17115547--17115588	21	2.0	22	86	13	61	14	40	0	45	1.45
17118631--17118687	27	2.1	27	96	0	105	29	26	8	35	1.87
17118863--17118889	14	1.9	14	100	0	54	55	0	0	44	0.99
17124640--17124666	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
17125716--17125765	13	3.6	13	76	12	55	62	0	0	38	0.96
17125716--17125774	29	2.0	29	81	12	68	62	0	0	37	0.95
17134324--17134653	165	2.0	165	100	0	660	41	9	15	33	1.78
17135304--17135332	14	2.1	14	100	0	58	51	0	20	27	1.47
17135411--17135495	21	3.9	23	74	12	79	15	17	25	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17135408--17135483	21	3.5	21	78	7	80	15	21	25	38	1.92
17143252--17143303	25	2.1	25	85	0	68	38	15	7	38	1.76
17145798--17145900	35	2.9	35	70	13	93	23	18	20	37	1.94
17148013--17148294	95	3.0	94	78	3	287	26	17	20	35	1.95
17150089--17150133	20	2.2	20	92	0	72	28	20	26	24	1.99
17152071--17152115	22	2.0	22	86	0	63	20	6	4	68	1.29
17160495--17160527	16	1.9	18	88	11	52	27	3	3	66	1.21
17166058--17166173	44	2.6	44	93	2	189	27	21	18	32	1.96
17166947--17167003	28	2.0	28	93	0	96	21	22	5	50	1.68
17168471--17168521	20	2.5	20	100	0	102	49	0	17	33	1.47
17169330--17169361	15	2.1	16	88	11	50	21	3	21	53	1.60
17171651--17171680	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
17173910--17173960	20	2.5	21	87	6	70	29	1	3	64	1.22
17178469--17178737	52	5.1	52	98	0	502	35	15	23	26	1.94
17178706--17178774	37	1.9	35	88	5	102	33	15	24	26	1.95
17182319--17182372	28	1.9	28	84	0	72	20	20	12	46	1.83
17183437--17183488	6	8.3	6	80	16	61	80	0	15	3	0.85
17199525--17200130	177	3.4	176	84	4	808	31	18	21	28	1.97
17199968--17200250	131	2.1	133	92	1	462	30	20	21	27	1.98
17200221--17200353	45	3.0	45	88	2	178	32	15	19	32	1.93
17201950--17202014	3	22.0	3	81	9	62	29	4	4	61	1.36
17205069--17205105	16	2.2	16	90	9	56	64	2	0	32	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17205045--17205118	20	3.4	20	69	28	53	59	5	1	33	1.29
17205047--17205138	46	2.0	46	83	10	118	59	4	1	34	1.24
17205066--17205172	26	4.0	25	75	17	74	57	4	1	36	1.31
17206115--17206210	10	9.5	10	69	15	54	25	4	4	66	1.27
17214673--17214808	38	3.5	38	84	3	137	30	13	18	36	1.90
17214703--17214810	38	2.8	38	90	0	171	28	13	18	38	1.89
17216513--17216577	27	2.4	27	86	0	85	35	21	10	32	1.88
17216759--17216872	17	6.8	17	87	2	140	46	22	10	20	1.81
17216759--17216874	50	2.3	51	86	4	155	45	23	11	19	1.82
17226067--17226234	51	3.3	51	92	0	273	28	23	14	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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