genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21083782--21083815	14	2.4	14	95	0	59	23	17	0	58	1.38
21083796--21083996	73	2.8	72	87	2	294	28	17	21	31	1.96
21084117--21084151	14	2.5	14	85	0	52	14	17	8	60	1.58
21084062--21084449	87	4.4	89	80	11	387	26	17	21	35	1.95
21084062--21084822	102	8.4	88	73	17	446	26	16	19	36	1.94
21084470--21084496	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
21084393--21084693	102	3.0	101	91	2	453	26	16	17	38	1.92
21084572--21084598	14	1.9	14	100	0	54	22	14	11	51	1.73
21085069--21085160	44	2.1	44	89	0	139	23	22	29	23	1.99
21086942--21087004	9	7.0	9	74	13	58	38	0	3	58	1.14
21086945--21087011	20	3.2	20	75	17	64	38	1	2	56	1.24
21087104--21087140	18	2.1	18	90	5	58	35	0	2	62	1.10
21089150--21089322	43	4.0	43	100	0	346	41	23	11	23	1.87
21097824--21097886	6	10.5	6	77	6	56	19	11	12	57	1.65
21097837--21097896	12	5.1	12	78	9	52	20	10	13	56	1.65
21097824--21097896	18	4.1	18	77	7	67	21	10	12	54	1.68
21098122--21098255	64	2.1	64	94	0	232	22	16	16	44	1.86
21098168--21098202	16	2.2	16	89	0	52	14	14	20	51	1.76
21098192--21098303	48	2.3	48	89	0	161	25	14	15	45	1.83
21098261--21098555	62	4.8	62	98	0	563	26	12	13	47	1.78
21098128--21098489	124	3.1	110	87	6	463	25	14	14	45	1.82
21098841--21098884	15	2.9	15	86	0	70	15	4	38	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21100358--21100526	43	4.0	43	86	3	220	28	7	18	45	1.76
21100358--21100526	83	2.0	84	87	4	243	28	7	18	45	1.76
21101214--21101257	18	2.2	20	76	19	56	38	34	15	11	1.84
21101220--21101256	18	2.1	18	94	0	65	35	37	13	13	1.84
21101647--21101757	56	2.0	56	91	3	179	29	19	10	39	1.86
21102317--21102361	12	3.3	14	78	15	58	2	35	0	62	1.08
21108569--21108621	26	2.0	26	92	0	88	49	5	20	24	1.71
21111148--21111208	21	2.9	21	85	4	79	57	3	1	37	1.25
21119298--21119809	263	1.9	263	96	0	943	35	20	10	33	1.86
21122865--21123092	35	6.6	35	86	4	257	31	24	14	28	1.95
21122865--21123092	69	3.3	69	85	3	255	31	24	14	28	1.95
21122902--21123092	104	1.8	104	86	2	276	30	25	15	28	1.96
21125461--21125546	43	2.0	43	95	0	154	29	19	10	40	1.85
21125888--21126057	92	1.9	91	82	6	218	32	20	12	33	1.91
21128322--21128505	50	3.7	50	82	1	217	27	26	20	26	1.99
21128322--21128505	101	1.8	99	87	2	269	27	26	20	26	1.99
21130853--21130908	25	2.2	24	78	12	58	32	3	3	60	1.31
21130863--21130919	25	2.1	27	84	9	73	38	1	1	57	1.19
21131599--21131637	19	2.2	19	86	9	55	58	5	5	30	1.41
21140505--21140545	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
21140582--21140644	30	2.1	30	88	5	92	26	3	11	58	1.47
21141945--21141998	23	2.3	23	83	3	63	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21141961--21142001	20	2.0	20	86	9	57	48	0	0	51	1.00
21143832--21143869	14	2.7	15	84	12	53	39	10	0	50	1.37
21158136--21158164	13	2.2	13	100	0	58	31	31	0	37	1.58
21170098--21170156	28	2.1	28	84	12	77	22	13	3	61	1.47
21171918--21171945	8	3.5	8	100	0	56	85	0	0	14	0.59
21172125--21172217	21	4.7	19	74	20	75	32	0	5	62	1.18
21175545--21175752	57	3.8	57	94	3	356	25	23	35	15	1.94
21176749--21176802	19	2.8	19	76	15	58	48	0	0	51	1.00
21176771--21176879	31	3.6	30	76	8	98	44	1	5	48	1.36
21177458--21177514	26	2.2	26	84	6	71	33	15	10	40	1.82
21179404--21179428	9	2.8	9	100	0	50	8	12	0	80	0.92
21183160--21183196	14	2.6	14	91	0	56	18	5	10	64	1.43
21186261--21186324	22	3.0	22	70	19	53	1	18	17	62	1.41
21189282--21189359	36	2.2	36	85	0	102	33	17	24	24	1.97
21195690--21195883	96	2.0	96	88	0	289	13	32	17	36	1.89
21196218--21196277	30	2.0	30	96	0	111	23	23	21	31	1.98
21197891--21197942	25	2.0	26	81	3	61	26	0	7	65	1.20
21200448--21200503	26	2.2	26	100	0	112	23	19	12	44	1.84
21203003--21203044	16	2.5	17	88	3	59	26	7	4	61	1.42
21203561--21203846	132	2.2	131	84	3	369	30	19	18	32	1.96
21203559--21204206	131	4.9	130	82	4	574	27	18	18	35	1.94
21210315--21210344	15	2.0	15	100	0	60	20	33	26	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21232513--21232558	20	2.3	20	84	0	65	63	17	15	4	1.47
21233552--21233659	42	2.6	42	81	8	114	17	33	23	25	1.96
21238465--21238584	46	2.6	47	85	2	152	27	21	14	36	1.92
21243030--21243090	24	2.6	24	87	7	81	52	16	0	31	1.44
21245709--21246385	207	3.3	207	93	1	1096	29	23	17	29	1.97
21246600--21246799	44	4.7	44	66	21	131	21	21	26	30	1.98
21246510--21246799	87	3.4	86	88	4	407	22	22	24	31	1.99
21246565--21246707	43	3.3	43	72	16	150	23	20	23	32	1.98
21247746--21247822	1	77.0	1	73	0	64	0	12	0	87	0.56
21247746--21247822	11	7.4	11	80	11	99	0	12	0	87	0.56
21247746--21247822	21	3.7	21	81	15	106	0	12	0	87	0.56
21247754--21247821	20	3.4	19	83	16	93	0	13	0	86	0.56
21255634--21255688	18	3.1	18	78	5	67	16	32	12	38	1.86
21255635--21255688	17	3.1	17	81	2	54	16	33	12	37	1.87
21255979--21256005	14	1.9	14	100	0	54	40	14	14	29	1.86
21259595--21259656	24	2.4	27	84	12	78	20	0	4	74	1.00
21260861--21260902	17	2.5	17	80	3	50	28	0	4	66	1.12
21262648--21262690	20	2.0	22	82	8	54	55	0	30	13	1.39
21263995--21264027	17	1.9	17	93	0	57	36	0	6	57	1.23
21264977--21265150	87	2.0	87	98	0	339	29	8	16	45	1.76
21274622--21274648	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
21275813--21275875	31	2.0	31	87	0	90	39	9	6	44	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21277604--21277654	17	2.9	17	80	11	59	64	0	1	33	1.05
21277608--21277656	18	2.9	17	80	19	59	65	0	2	32	1.04
21278037--21278103	33	2.0	35	82	5	84	23	5	2	67	1.27
21280634--21280744	25	4.4	25	81	0	114	20	27	18	33	1.96
21280635--21280744	50	2.2	50	83	0	130	20	28	18	32	1.96
21280677--21280747	25	2.8	25	91	0	115	21	30	16	30	1.95
21281158--21281215	29	2.0	29	93	0	98	37	13	10	37	1.79
21286873--21286924	27	1.9	27	96	0	95	42	17	15	25	1.88
21291149--21291234	39	2.1	41	85	4	113	32	17	19	30	1.95
21292433--21293116	348	2.0	346	95	0	1233	31	20	15	33	1.93
21300488--21300620	67	2.0	66	83	1	167	31	14	22	31	1.94
21303672--21303832	41	4.0	41	84	4	182	30	26	14	28	1.95
21304349--21304388	21	2.0	20	90	5	62	47	27	0	25	1.52
21310242--21310304	30	2.1	30	100	0	126	46	20	3	30	1.66
21311122--21311190	27	2.8	24	75	12	75	33	20	26	20	1.97
21313752--21313821	34	2.1	34	94	0	122	40	8	11	40	1.72
21317016--21317069	17	3.4	17	67	27	55	33	9	29	27	1.88
21317008--21317071	30	2.2	29	91	5	110	31	12	28	28	1.93
21326926--21327148	39	5.7	40	84	8	257	25	21	27	25	1.99
21326926--21327148	79	2.8	80	80	11	255	25	21	27	25	1.99
21326964--21327181	79	2.8	79	80	8	196	27	20	27	25	1.99
21331142--21331191	10	5.0	10	81	13	59	68	4	8	20	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21331834--21332011	96	1.8	97	93	1	313	30	28	16	25	1.96
21332735--21332820	15	6.0	14	74	20	72	76	2	1	19	0.96
21332735--21332812	31	2.7	28	84	13	79	76	2	1	19	0.96
21332747--21332818	5	13.4	5	81	11	63	77	2	1	18	0.96
21332734--21332784	25	2.0	26	85	11	70	76	0	3	19	0.94
21337947--21337980	18	1.9	18	88	5	52	58	2	8	29	1.43
21338696--21338755	10	6.0	10	81	11	70	66	3	8	21	1.33
21345851--21345902	13	4.0	13	72	18	54	28	3	1	65	1.21
21345879--21345915	19	1.9	19	100	0	74	29	0	0	70	0.88
21346085--21346147	31	2.0	31	96	0	117	42	9	11	36	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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