genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  75  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23008337--23008665	44	7.5	44	84	3	303	26	31	13	28	1.94
23008363--23008670	131	2.3	131	81	6	354	25	32	14	27	1.94
23008333--23008670	88	3.9	86	81	5	349	26	31	13	28	1.94
23008322--23008667	175	2.0	176	82	5	423	26	30	13	29	1.94
23008634--23009545	35	26.1	35	99	0	1815	25	37	14	22	1.92
23009509--23009729	44	5.0	44	90	0	334	24	31	15	28	1.96
23009925--23011111	132	9.0	131	88	2	1415	27	25	17	29	1.98
23012330--23012361	13	2.4	14	94	5	57	15	0	0	84	0.63
23014927--23014963	5	7.6	5	82	17	51	40	16	21	21	1.91
23014932--23014969	19	2.0	19	94	0	67	42	13	21	23	1.88
23014917--23014963	24	2.0	24	100	0	94	42	14	21	21	1.88
23016582--23016827	131	1.9	132	80	4	291	34	17	19	27	1.95
23019240--23019282	9	4.6	9	81	18	52	34	2	9	53	1.46
23019240--23019333	28	3.5	26	75	20	79	37	2	6	54	1.38
23019765--23019806	18	2.3	18	88	8	59	30	7	2	59	1.37
23025095--23025204	8	13.9	8	70	19	52	70	1	0	27	1.04
23025122--23025201	7	11.0	7	78	7	61	72	1	1	25	0.99
23025120--23025204	22	3.8	22	82	1	107	72	1	1	24	0.98
23025121--23025170	7	7.0	7	86	4	64	80	0	0	20	0.72
23025153--23025210	30	2.0	29	89	3	89	65	1	1	31	1.13
23025121--23025211	15	6.1	15	74	2	58	70	1	1	27	1.01
23025263--23025300	18	2.1	18	90	0	58	78	0	2	18	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23029594--23029641	20	2.4	21	82	10	64	22	2	6	68	1.23
23043507--23043548	18	2.6	16	81	11	50	59	0	11	28	1.33
23045851--23046036	46	4.0	46	85	1	230	39	15	22	22	1.91
23051629--23051668	21	1.9	21	89	0	62	37	12	0	50	1.41
23054100--23054165	32	2.1	32	100	0	132	34	21	21	22	1.96
23056428--23056475	23	2.1	23	96	0	87	56	16	8	18	1.65
23070683--23070808	63	2.0	64	88	1	191	28	19	17	34	1.95
23070923--23071395	45	10.7	44	66	14	195	28	19	20	31	1.97
23070921--23071407	133	3.7	133	89	0	733	28	19	20	31	1.97
23070921--23071407	266	1.8	266	91	1	807	28	19	20	31	1.97
23071286--23071972	177	3.9	176	82	5	756	30	19	22	27	1.98
23079060--23079089	13	2.3	13	94	0	51	56	6	3	33	1.42
23079672--23079727	29	2.0	28	85	3	76	37	0	0	62	0.95
23079679--23079782	53	2.0	52	81	14	124	43	0	1	54	1.11
23088298--23088330	5	7.0	5	90	10	52	42	0	0	57	0.98
23089100--23089124	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
23091899--23092256	93	3.8	93	98	0	689	28	29	20	21	1.98
23091892--23092256	46	7.8	49	77	16	391	28	29	20	21	1.98
23094956--23095023	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
23095238--23095279	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23095247--23095288	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23101718--23101749	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23108336--23108387	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
23113825--23113897	36	2.0	36	91	0	119	21	19	12	46	1.82
23117041--23117117	21	3.6	21	75	6	64	37	24	20	16	1.93
23117030--23117136	23	4.9	22	79	6	94	37	25	18	18	1.94
23119810--23119880	36	2.0	36	85	0	97	38	19	2	39	1.67
23127085--23127154	35	2.0	36	88	2	106	35	24	10	30	1.88
23130726--23130842	41	2.8	42	82	10	143	31	27	20	20	1.97
23130928--23131049	64	1.9	64	87	0	181	42	13	7	36	1.73
23131072--23131198	60	2.1	60	82	5	150	42	14	3	38	1.65
23133450--23133675	78	2.9	78	93	0	389	29	19	12	38	1.88
23139654--23139757	51	2.0	51	96	0	190	46	16	17	20	1.85
23142002--23142053	3	17.3	3	95	0	95	32	1	0	65	1.04
23154594--23154666	36	2.0	36	92	5	121	32	6	16	43	1.74
23154892--23154988	49	2.0	47	86	9	133	21	17	19	41	1.91
23159733--23159805	36	2.0	36	89	0	110	34	9	15	41	1.79
23160031--23160127	49	2.0	48	85	2	131	22	17	19	40	1.92
23161218--23161343	63	2.0	63	96	1	236	32	15	22	29	1.95
23177605--23177657	27	2.0	27	85	7	72	37	1	3	56	1.28
23195674--23195707	16	2.1	16	94	0	59	58	0	0	41	0.98
23197848--23197949	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
23205463--23205564	41	2.5	41	88	3	143	28	19	25	26	1.99
23208488--23208514	12	2.2	12	100	0	54	48	7	0	44	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23212902--23213129	41	5.6	41	87	0	321	22	27	20	29	1.99
23212900--23213129	82	2.8	82	91	0	370	22	26	20	29	1.99
23222234--23222278	23	2.0	23	82	8	56	37	8	13	40	1.76
23231741--23231855	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
23231741--23231874	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
23245033--23245104	5	14.8	5	74	21	64	38	0	4	56	1.18
23245062--23245104	19	2.3	19	92	8	70	41	0	0	58	0.98
23246019--23246133	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
23246019--23246152	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
23250188--23250240	22	2.4	22	96	0	97	37	24	7	30	1.83
23254899--23254948	16	3.4	16	69	25	56	36	18	26	20	1.95
23254896--23254948	27	2.0	27	100	0	106	37	16	26	18	1.93
23254850--23254997	73	2.0	73	96	0	269	40	14	24	20	1.90
23254923--23255123	46	4.4	46	82	3	235	42	14	22	20	1.88
23254923--23255123	91	2.2	92	83	0	251	42	14	22	20	1.88
23255948--23256043	43	2.2	43	88	0	138	35	21	14	28	1.93
23255948--23256055	43	2.5	43	81	3	128	36	23	12	27	1.91
23257046--23257093	25	1.9	25	86	0	69	20	20	16	41	1.90
23257321--23257353	16	2.0	17	88	5	50	27	6	24	42	1.78
23259092--23259133	17	2.5	17	100	0	84	28	19	11	40	1.87
23260316--23260478	35	4.6	35	88	2	229	31	25	12	30	1.92
23267532--23267826	143	2.1	141	85	2	385	23	19	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23285166--23285216	23	2.2	23	86	13	70	23	7	1	66	1.28
23285174--23285224	25	2.1	25	85	10	70	29	5	5	58	1.45
23287618--23287800	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
23287619--23287802	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
23287671--23287835	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
23292157--23292187	14	2.2	14	100	0	62	12	22	12	51	1.74
23299368--23299395	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
23301139--23301173	2	17.5	2	87	0	52	0	45	2	51	1.16
23302640--23302676	18	2.1	17	90	5	56	70	5	0	24	1.08
23303808--23303874	32	2.2	32	84	10	86	43	1	5	49	1.36
23309151--23309239	39	2.2	41	86	5	121	52	4	0	42	1.21
23309348--23309394	20	2.6	18	75	15	51	53	2	0	44	1.12
23311375--23311401	14	1.9	14	100	0	54	70	7	0	22	1.12
23312810--23312845	18	2.0	18	94	0	63	63	13	5	16	1.47
23319259--23319285	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
23321790--23321852	22	2.9	22	74	21	53	60	6	3	30	1.37
23322044--23322091	16	2.9	17	84	9	64	52	6	2	39	1.39
23322135--23322210	28	2.8	28	76	13	86	57	3	2	35	1.31
23322136--23322262	42	3.1	39	72	17	105	56	3	5	33	1.41
23322387--23322423	18	2.0	19	85	15	51	62	5	0	32	1.18
23322510--23322539	15	2.0	15	93	0	51	56	0	10	33	1.32
23322931--23323039	20	5.3	20	66	26	68	56	8	2	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23322922--23322970	18	2.6	19	84	12	66	59	8	0	32	1.27
23323039--23323075	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
23323129--23323197	24	2.8	26	82	12	74	56	4	5	33	1.43
23332234--23332343	58	1.9	58	86	3	159	27	2	15	54	1.55
23332607--23332699	26	3.6	26	73	13	84	69	1	2	26	1.06
23332686--23332734	18	2.8	17	81	3	53	69	2	4	24	1.17
23332657--23332736	27	3.0	27	78	8	74	67	2	2	27	1.16
23332984--23333059	10	7.5	10	73	8	55	28	0	0	71	0.87
23332986--23333058	30	2.4	29	77	8	74	30	0	0	69	0.88
23334389--23334454	32	2.0	33	82	5	80	56	1	4	37	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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