genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15874081--15874185	42	2.5	42	88	0	147	30	33	10	25	1.90
15875387--15875430	9	4.8	9	94	2	70	88	0	9	2	0.59
15875387--15875431	21	2.2	21	88	4	65	88	0	8	2	0.58
15878083--15878351	47	5.8	46	73	13	176	21	28	21	27	1.99
15877989--15878306	94	3.4	94	78	12	250	20	30	21	27	1.98
15877989--15878348	93	3.9	93	76	10	342	21	29	20	28	1.98
15885475--15885704	47	4.8	49	74	10	208	22	31	19	26	1.98
15885529--15885705	94	1.9	94	87	0	264	23	31	18	27	1.98
15885475--15885715	48	5.1	48	73	10	201	22	30	20	26	1.98
15891534--15891575	17	2.5	17	96	0	75	19	19	26	35	1.95
15892869--15893136	47	5.7	46	74	14	167	20	28	21	29	1.98
15892869--15893133	94	2.8	94	80	7	261	21	28	21	29	1.98
15901280--15901360	39	2.1	38	88	4	119	40	13	14	30	1.85
15903943--15904161	21	10.4	21	77	2	170	45	15	19	19	1.85
15903926--15904161	42	5.7	42	81	5	266	45	15	19	19	1.86
15903926--15904161	84	2.8	83	85	3	298	45	15	19	19	1.86
15913033--15913077	18	2.5	18	100	0	90	35	11	17	35	1.86
15915869--15915913	19	2.3	20	78	17	51	46	0	0	53	1.00
15917260--15917337	29	2.7	29	78	9	95	51	17	7	23	1.71
15917453--15918241	3	263.0	3	100	0	1578	66	0	33	0	0.92
15918875--15919257	96	4.0	96	99	0	750	35	10	14	39	1.81
15923240--15923390	15	10.4	14	70	21	55	62	0	6	29	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15923234--15923394	29	5.2	28	70	24	80	62	1	6	30	1.28
15923293--15923381	10	8.9	10	72	17	60	62	1	3	32	1.19
15923297--15923365	17	4.2	16	78	9	68	62	0	4	33	1.15
15923293--15923390	40	2.3	42	81	10	112	64	1	3	31	1.16
15923293--15923381	19	4.4	20	72	19	69	62	1	3	32	1.19
15923299--15923392	30	3.2	29	78	15	104	63	1	3	31	1.17
15923297--15923394	15	6.5	15	73	24	82	63	1	3	32	1.17
15926019--15926078	13	4.5	13	72	12	59	16	1	35	46	1.57
15926005--15926096	20	4.6	20	72	14	73	20	1	30	47	1.57
15926116--15926186	28	2.6	29	84	8	94	16	1	30	50	1.54
15926260--15926317	22	2.7	22	78	2	64	24	1	20	53	1.55
15926436--15926476	21	1.9	22	85	5	57	19	12	21	46	1.82
15926461--15926505	19	2.2	20	80	11	56	17	6	33	42	1.76
15927061--15927098	13	2.9	13	88	0	58	28	7	23	39	1.83
15927837--15927866	12	2.5	12	88	0	51	73	0	16	10	1.09
15945062--15945090	14	2.0	15	93	6	51	27	44	0	27	1.54
15947245--15947415	46	3.7	46	79	10	188	25	28	17	28	1.97
15951249--15951319	21	3.0	24	86	10	94	64	4	26	4	1.30
15951611--15951669	30	1.9	30	82	3	73	47	3	22	27	1.67
15952479--15952614	26	5.2	26	95	0	227	33	5	25	36	1.78
15954231--15954345	27	4.3	26	81	7	131	17	22	22	37	1.94
15954231--15954345	54	2.1	54	85	3	151	17	22	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15956009--15956110	27	3.8	26	83	8	123	37	21	25	15	1.93
15964456--15964502	24	2.0	24	91	0	76	23	38	2	36	1.67
15967563--15967631	28	2.4	28	78	7	75	15	4	33	46	1.66
15967857--15967961	28	3.6	28	78	12	115	20	5	28	45	1.73
15967944--15967990	24	2.0	23	91	4	76	10	4	36	48	1.57
15970552--15970659	54	2.0	54	98	0	207	35	13	12	37	1.84
15974405--15974455	25	2.1	24	88	3	75	45	0	39	15	1.47
15980626--15980750	63	2.0	63	96	0	232	17	22	19	40	1.91
15983323--15983347	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
15985891--15985933	22	1.9	23	85	4	61	41	4	2	51	1.35
15988587--15988654	23	3.0	23	93	4	111	41	0	8	50	1.34
15988590--15988655	13	5.5	13	72	20	63	39	0	10	50	1.37
15989466--15989505	19	2.1	19	90	9	64	52	0	0	47	1.00
15990567--15990629	27	2.3	27	86	0	81	23	26	23	25	2.00
15990610--15990668	27	2.2	27	100	0	118	16	22	30	30	1.96
15996386--15996449	22	2.9	22	77	13	60	62	4	0	32	1.16
15996423--15996454	16	2.1	16	94	5	57	56	6	0	37	1.25
15996537--15997018	114	4.5	100	82	11	411	52	15	1	29	1.51
15996639--15996936	114	2.6	114	92	0	506	51	15	1	31	1.53
15997219--15997256	16	2.4	15	87	12	58	0	31	0	68	0.90
16000251--16000312	30	2.1	30	100	0	124	16	27	30	25	1.96
16015315--16015387	6	12.3	6	88	7	105	80	1	2	15	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16015315--16015387	29	2.5	29	90	2	110	80	1	2	15	0.89
16016909--16016953	21	2.1	21	87	0	63	60	8	8	22	1.55
16016978--16017021	16	2.8	16	78	0	52	63	4	6	25	1.38
16017027--16017073	24	2.0	24	86	0	67	59	8	2	29	1.39
16017030--16017077	21	2.3	21	85	0	60	60	8	2	29	1.37
16017025--16017094	24	2.9	22	78	16	59	64	7	2	25	1.33
16020860--16020903	16	2.7	15	83	13	52	77	4	0	18	0.94
16020860--16020903	21	2.0	21	86	4	61	77	4	0	18	0.94
16021990--16022046	29	1.9	30	89	3	89	12	19	38	29	1.88
16025738--16025771	16	2.1	16	89	10	52	47	11	29	11	1.76
16031828--16032000	43	4.0	43	77	6	181	31	24	14	28	1.95
16032063--16032112	22	2.3	22	92	0	82	18	18	18	46	1.85
16033854--16033961	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
16035134--16035277	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
16035137--16035295	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
16035137--16035295	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
16040480--16040613	26	5.2	26	99	0	259	30	7	26	35	1.84
16051789--16051929	27	5.2	27	81	11	173	18	23	23	34	1.96
16051787--16051929	54	2.6	54	93	2	234	18	23	23	34	1.96
16051789--16051947	81	2.0	79	81	10	189	20	24	21	33	1.97
16055938--16055979	19	2.2	19	95	0	75	23	9	2	64	1.35
16069906--16070239	133	2.7	124	87	9	441	29	12	14	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16077572--16077787	105	2.1	105	90	0	342	44	11	14	29	1.80
16081766--16081813	24	2.0	24	95	0	87	47	4	18	29	1.67
16084890--16084919	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
16099971--16100147	39	4.5	39	84	1	221	29	5	20	43	1.75
16101485--16101525	20	2.0	21	85	4	57	51	0	12	36	1.40
16102317--16102385	29	2.4	29	95	0	120	34	10	30	24	1.89
16102378--16102512	33	4.3	33	72	14	124	34	12	22	30	1.91
16102392--16102506	58	1.9	60	82	5	144	31	14	20	33	1.93
16105259--16105309	25	2.0	25	96	0	93	33	7	33	25	1.85
16109220--16109263	23	1.9	23	100	0	88	61	2	0	36	1.09
16111747--16111781	18	1.9	18	88	11	54	48	2	2	45	1.32
16112050--16112089	15	2.7	15	88	11	64	60	0	0	40	0.97
16117630--16117671	15	2.9	14	82	17	50	57	2	0	40	1.12
16119876--16120004	46	2.8	46	92	0	204	21	22	27	28	1.99
16123504--16123626	33	3.7	33	86	0	174	17	9	32	39	1.83
16123504--16123642	66	2.1	66	87	1	197	18	10	33	38	1.84
16125381--16125510	62	2.1	63	83	8	160	26	23	26	23	2.00
16126127--16126176	22	2.3	22	82	6	57	26	12	8	54	1.64
16130473--16130520	24	2.0	24	95	0	87	29	18	4	47	1.67
16134499--16134714	105	2.1	105	90	0	342	29	14	11	44	1.80
16151469--16151516	24	2.0	24	95	0	87	29	18	4	47	1.67
16162111--16162586	257	1.9	256	85	1	657	35	18	14	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16163002--16163054	18	3.3	18	66	33	57	58	0	11	30	1.33
16162996--16163070	29	2.6	29	95	0	132	57	1	8	33	1.36
16163133--16163172	3	13.7	3	86	5	55	70	0	2	27	1.01
16163287--16163319	12	2.6	13	85	9	50	72	6	0	21	1.05
16164706--16164865	44	3.6	44	82	0	158	28	25	21	25	1.99
16164932--16165136	45	4.6	45	71	15	149	28	22	17	31	1.96
16164934--16165185	131	1.9	130	85	2	344	28	23	16	30	1.96
16176484--16176963	258	1.9	257	81	2	586	36	18	13	31	1.89
16177379--16177431	18	3.3	18	66	33	57	58	0	11	30	1.33
16177373--16177447	29	2.6	29	95	0	132	57	1	8	33	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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