genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12575423--12575522	40	2.4	43	80	12	120	22	14	30	34	1.93
12578285--12578350	24	2.8	24	86	2	98	22	10	40	25	1.86
12579532--12579556	13	1.9	13	100	0	50	24	24	28	24	2.00
12580193--12580250	28	2.1	28	100	0	116	43	17	10	29	1.82
12580526--12580625	50	2.1	49	83	10	127	36	30	16	18	1.92
12581806--12581834	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
12583149--12583365	40	5.4	40	94	0	364	25	18	23	32	1.97
12588441--12588504	2	32.0	2	93	0	110	48	48	0	3	1.17
12591055--12591079	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12594487--12594636	52	2.9	52	86	5	185	32	24	15	27	1.95
12602086--12602166	31	2.6	31	74	1	83	45	11	7	35	1.68
12608306--12608515	105	2.0	104	95	0	375	28	21	17	32	1.96
12613137--12613184	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
12614073--12614117	18	2.5	18	86	13	74	15	8	0	75	1.03
12614073--12614165	18	4.8	19	76	13	73	16	8	5	69	1.32
12618342--12618389	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
12619278--12619322	18	2.5	18	86	13	74	15	8	0	75	1.03
12619278--12619370	18	4.8	19	76	13	73	16	8	5	69	1.32
12623466--12623527	27	2.3	26	76	13	63	38	1	11	48	1.49
12627230--12627316	6	14.7	6	75	13	74	14	5	0	79	0.91
12627236--12627316	35	2.3	36	85	6	103	14	6	0	79	0.92
12627280--12627317	16	2.3	17	90	4	60	21	2	0	76	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12627435--12627515	43	1.9	43	82	7	103	32	32	12	23	1.92
12628493--12628531	21	1.9	19	85	10	51	74	0	0	25	0.82
12629704--12629957	88	2.9	88	91	1	411	32	19	25	22	1.98
12629708--12629947	44	5.5	44	64	10	141	32	20	24	23	1.98
12632102--12632142	21	2.0	22	90	9	68	31	2	4	60	1.30
12632552--12632596	23	1.9	23	90	4	72	24	0	13	62	1.31
12632775--12633096	129	2.5	127	79	10	334	27	17	20	33	1.95
12635114--12635139	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
12646376--12646427	22	2.5	20	79	11	68	25	0	1	73	0.94
12646429--12646453	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
12646462--12646513	17	3.1	16	83	8	59	28	0	1	69	0.99
12646501--12646537	6	5.8	6	87	12	56	13	2	2	81	0.92
12646498--12646545	14	3.5	14	80	2	53	12	4	2	81	0.93
12648418--12648478	30	2.0	30	87	0	86	21	34	27	16	1.95
12650145--12650451	46	6.5	46	74	11	180	23	30	18	26	1.98
12650145--12650405	138	1.9	143	82	7	338	23	30	19	26	1.98
12650145--12650451	94	3.3	92	75	12	232	23	30	18	26	1.98
12654834--12655140	46	6.5	46	74	11	180	23	30	18	26	1.98
12654834--12655094	138	1.9	143	82	7	338	23	30	19	26	1.98
12654834--12655140	94	3.3	92	75	12	232	23	30	18	26	1.98
12659174--12659221	23	2.1	23	92	0	78	45	0	31	22	1.53
12659202--12659279	38	2.1	38	100	0	156	61	0	20	17	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12663378--12663436	27	2.1	28	84	9	77	42	1	6	49	1.39
12663928--12664118	104	1.8	104	91	0	319	40	12	12	34	1.80
12666007--12666099	18	5.2	18	90	0	150	27	24	16	31	1.96
12679537--12679571	14	2.5	14	95	0	61	48	0	5	45	1.26
12680310--12680374	30	2.2	30	83	8	80	35	6	7	50	1.56
12681985--12682062	38	2.1	38	95	0	138	34	12	15	37	1.86
12691725--12691820	49	2.0	49	91	0	156	30	19	19	30	1.97
12695563--12695644	23	3.5	23	88	3	110	19	25	15	39	1.91
12704651--12704715	28	2.2	30	83	5	80	38	16	3	41	1.64
12704694--12704776	36	2.3	36	80	0	103	38	18	8	34	1.81
12704694--12704776	18	4.6	18	80	0	85	38	18	8	34	1.81
12704929--12705019	43	2.1	44	87	6	132	30	25	21	21	1.99
12706344--12706397	15	3.7	15	73	26	53	62	1	0	35	1.06
12706344--12706402	9	6.7	9	75	22	54	62	1	0	35	1.05
12706420--12706451	15	2.0	17	88	11	50	34	12	6	46	1.67
12711285--12711337	3	18.0	3	78	18	58	62	3	0	33	1.13
12716976--12717213	50	4.8	50	79	4	221	30	26	17	24	1.97
12717233--12717262	15	2.0	15	100	0	60	13	20	13	53	1.72
12719976--12720030	20	2.8	20	91	0	92	36	3	30	29	1.75
12720047--12720085	18	2.2	18	86	9	53	58	5	7	28	1.47
12722330--12722367	12	3.0	13	82	17	53	47	0	0	52	1.00
12722426--12722490	34	1.9	33	87	3	94	47	4	0	47	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12722951--12722989	14	2.8	14	84	0	51	30	12	10	46	1.75
12723469--12723510	13	3.2	13	83	10	50	28	4	4	61	1.36
12727202--12727251	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
12731043--12731089	15	3.5	15	72	27	59	23	0	0	76	0.78
12731055--12731092	5	7.6	5	82	11	51	23	0	0	76	0.79
12731048--12731090	12	3.5	12	82	17	61	23	0	0	76	0.78
12731043--12731092	25	2.0	25	100	0	100	24	0	0	76	0.80
12732851--12732896	23	1.9	24	82	8	58	26	2	10	60	1.41
12732882--12732941	10	6.0	10	76	18	54	21	8	1	68	1.25
12738904--12738946	21	2.0	23	82	13	56	46	0	6	46	1.30
12742188--12742213	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12742649--12742708	31	1.9	32	83	10	79	33	5	6	55	1.48
12743887--12744029	66	2.1	67	85	1	198	35	13	9	40	1.78
12743782--12743976	104	1.9	105	86	1	284	32	10	13	43	1.78
12746210--12746275	27	2.4	27	87	0	87	27	18	27	27	1.98
12747835--12747949	42	2.7	42	86	6	162	26	26	14	31	1.95
12747920--12748093	47	3.7	47	89	2	244	31	25	16	27	1.96
12748108--12748318	31	6.8	31	96	0	368	24	27	20	27	1.99
12748294--12748422	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
12754053--12754082	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
12761000--12761154	62	2.5	62	95	0	274	28	21	25	24	1.99
12761913--12761942	14	2.1	14	93	0	51	30	13	16	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12765134--12765162	12	2.3	13	94	5	51	41	13	0	44	1.44
12765117--12765155	18	2.1	19	85	4	53	33	20	0	46	1.51
12765271--12765339	23	3.0	23	95	0	129	46	36	8	8	1.66
12765448--12765490	17	2.5	17	82	14	61	34	23	0	41	1.55
12765449--12765502	23	2.3	23	76	14	58	38	22	0	38	1.54
12766272--12766327	16	3.7	15	77	20	53	7	14	3	75	1.16
12771984--12772017	11	3.1	11	82	0	50	0	29	0	70	0.87
12772064--12772102	17	2.2	18	90	4	62	15	7	5	71	1.26
12772072--12772115	23	1.9	23	81	9	54	20	6	4	68	1.31
12772106--12772160	18	3.2	17	74	23	53	49	3	0	47	1.19
12778798--12778841	19	2.3	19	88	4	61	34	6	4	54	1.47
12778894--12778959	28	2.3	29	84	7	91	34	4	1	59	1.27
12780219--12780260	21	2.0	21	86	9	59	52	19	0	28	1.46
12780229--12780294	21	3.0	21	73	16	69	54	13	1	30	1.48
12782345--12782388	15	2.7	16	86	13	63	31	4	9	54	1.52
12782892--12782932	15	2.6	17	85	11	52	19	2	7	70	1.22
12783461--12783748	130	2.2	132	85	3	377	29	19	17	33	1.95
12783461--12783782	130	2.5	130	83	4	373	28	19	17	35	1.94
12783461--12783859	131	3.0	131	80	6	414	28	18	16	36	1.93
12794154--12794670	132	3.9	132	94	1	876	26	18	26	29	1.98
12795095--12795144	20	2.5	20	90	0	73	22	44	18	16	1.87
12796303--12796346	15	2.7	16	86	13	63	31	4	9	54	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12796595--12796643	17	2.9	17	78	0	53	30	10	4	55	1.52
12796868--12796899	15	2.1	15	94	0	55	21	6	9	62	1.47
12796859--12796899	15	2.6	17	77	18	52	19	4	7	68	1.32
12797728--12797766	19	2.1	19	100	0	78	15	33	35	15	1.89
12797730--12797774	19	2.4	19	92	0	72	15	31	33	20	1.93
12800564--12801008	131	3.4	132	77	7	363	28	19	16	35	1.93
12805559--12805596	20	1.9	20	100	0	76	55	23	10	10	1.65
12806226--12806280	28	2.0	28	86	13	78	41	0	0	58	0.98
12806226--12806267	19	2.2	20	86	4	59	42	0	0	57	0.99
12806231--12806295	28	2.3	28	79	10	71	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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