genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  249  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82481685--82481782	40	2.4	41	88	3	146	26	16	28	28	1.97
82486906--82487058	27	5.2	27	63	22	76	35	20	9	34	1.86
82486889--82487067	60	3.0	60	98	0	340	35	20	10	32	1.87
82491905--82492257	47	7.6	47	71	19	310	22	20	28	28	1.99
82491854--82492261	93	4.4	93	96	0	728	22	20	28	28	1.99
82491960--82492210	46	5.4	46	71	19	234	21	20	29	28	1.98
82499659--82500200	93	5.8	93	98	0	967	22	17	30	29	1.97
82506509--82506770	39	6.7	40	88	7	337	24	27	22	25	2.00
82514419--82514604	93	2.0	93	87	2	266	29	22	16	31	1.96
82514633--82514779	79	1.9	80	91	1	242	27	27	20	24	1.99
82514633--82514855	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
82514787--82514864	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
82515142--82515293	79	1.9	79	85	2	207	39	19	14	26	1.90
82515796--82515908	60	1.9	60	100	0	226	36	31	13	18	1.89
82518190--82518258	15	4.6	15	79	0	75	13	17	11	57	1.64
82518181--82518277	30	3.2	30	78	10	90	11	17	14	56	1.66
82518190--82518269	15	5.4	14	77	4	61	11	17	12	58	1.62
82519549--82519674	63	2.0	63	95	0	225	31	7	19	40	1.81
82522485--82522757	139	1.9	146	83	7	364	26	31	16	26	1.97
82522488--82522807	94	3.4	96	77	10	302	25	30	16	26	1.97
82522485--82522805	47	6.7	47	71	13	196	25	30	17	26	1.97
82530104--82530422	47	6.7	49	74	11	227	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82530101--82530424	94	3.4	95	78	9	317	24	28	19	27	1.99
82531659--82531737	6	12.8	6	74	15	72	49	15	17	17	1.80
82531659--82531737	31	2.5	31	93	0	131	49	15	17	17	1.80
82532131--82532208	27	2.9	27	88	0	84	32	8	21	37	1.85
82532187--82532354	54	3.1	54	92	0	273	41	7	21	30	1.80
82532187--82532358	27	6.4	27	87	0	245	40	7	20	30	1.81
82532158--82532358	81	2.5	81	86	0	258	39	7	20	31	1.82
82532361--82532455	27	3.5	27	82	5	120	28	8	22	41	1.83
82534721--82534758	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
82542395--82542456	30	2.1	30	96	0	115	25	14	20	38	1.91
82545093--82545188	48	2.0	48	85	0	129	20	21	39	17	1.92
82545395--82545464	26	2.6	27	88	4	106	38	22	8	30	1.84
82545395--82545769	27	13.9	27	77	6	222	40	20	10	29	1.85
82546252--82546316	22	3.0	22	80	8	69	20	24	23	32	1.98
82546520--82546563	22	2.0	22	90	0	70	11	18	27	43	1.84
82546721--82546826	27	3.7	27	71	17	72	21	21	25	31	1.98
82546712--82546834	60	2.0	60	80	6	133	25	22	23	28	1.99
82549316--82549351	17	2.1	18	89	5	56	19	27	36	16	1.93
82549411--82549491	27	3.0	26	78	5	90	34	14	19	30	1.92
82549475--82549870	27	14.7	27	75	6	252	39	19	9	31	1.83
82549483--82549731	107	2.3	108	82	4	281	40	20	8	30	1.83
82549483--82549867	81	4.8	83	75	7	294	40	19	9	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82550512--82550563	22	2.4	22	80	0	59	15	25	21	38	1.92
82554561--82554729	48	3.6	45	78	9	151	28	18	28	24	1.98
82554612--82554878	93	2.8	92	80	7	250	27	17	28	26	1.98
82567208--82567282	37	2.0	37	94	0	132	30	8	28	33	1.86
82571802--82571881	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
82572012--82572309	47	6.4	47	89	1	422	27	32	9	30	1.89
82576150--82576360	40	5.6	40	81	13	284	24	27	22	25	2.00
82576150--82576360	68	2.8	80	86	8	266	24	27	22	25	2.00
82576275--82576330	28	2.0	28	96	0	103	25	26	21	26	1.99
82578037--82578116	37	2.2	37	86	4	108	27	31	17	23	1.97
82578247--82578450	47	4.4	47	90	3	279	26	32	9	31	1.88
82582877--82582914	17	2.2	17	100	0	76	18	31	13	36	1.89
82593895--82594089	37	5.3	37	100	0	390	21	34	19	25	1.96
82594208--82594681	49	9.8	49	93	1	803	29	29	8	33	1.86
82596183--82596303	57	2.1	57	95	1	217	22	23	9	44	1.82
82597584--82597767	40	4.6	39	86	2	233	26	27	21	24	1.99
82599755--82600018	49	5.4	49	96	0	474	29	27	7	34	1.85
82601475--82601595	57	2.1	57	96	1	226	22	23	9	45	1.80
82603325--82603357	15	2.1	16	88	5	50	24	24	33	18	1.97
82603932--82604142	95	2.2	95	82	0	260	19	23	20	36	1.95
82604132--82604206	22	3.4	22	83	7	107	20	33	20	26	1.97
82607392--82607571	95	1.9	95	88	0	270	18	19	21	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82610699--82610751	14	3.8	14	95	5	90	37	7	20	33	1.81
82611343--82611386	22	2.0	22	86	0	61	47	2	0	50	1.13
82619889--82620065	52	3.5	51	89	5	245	27	15	29	27	1.96
82628701--82628758	22	2.6	22	91	5	91	39	27	6	25	1.81
82637562--82637601	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
82637567--82637610	20	2.1	21	84	12	56	31	2	22	43	1.66
82643221--82643328	24	4.5	24	80	4	101	26	30	16	25	1.97
82643221--82643328	49	2.2	47	82	8	119	26	30	16	25	1.97
82653752--82653940	46	4.1	45	79	6	200	24	19	24	31	1.98
82653743--82653930	69	2.7	69	84	4	211	24	20	24	30	1.98
82653752--82653940	23	8.2	23	76	8	161	24	19	24	31	1.98
82659203--82659294	28	3.4	28	82	13	122	35	14	25	25	1.93
82659318--82659463	51	2.9	51	89	4	208	33	14	24	27	1.94
82662606--82662652	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
82663041--82663331	50	5.8	50	73	4	210	27	18	23	30	1.98
82662995--82663330	151	2.2	151	87	1	485	26	19	23	30	1.98
82663533--82663564	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
82666828--82666866	15	2.6	15	91	0	60	12	17	15	53	1.72
82667983--82668202	27	8.1	27	84	6	259	36	23	22	17	1.94
82667983--82668202	54	4.1	54	91	1	325	36	23	22	17	1.94
82675985--82676258	27	10.2	26	82	6	305	36	21	24	17	1.95
82675985--82676258	108	2.5	108	89	1	406	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82680957--82681138	101	1.8	101	86	0	265	27	18	24	30	1.98
82680957--82681293	50	6.9	50	73	9	253	27	18	24	29	1.98
82680955--82681320	143	2.5	146	89	3	558	27	17	24	30	1.97
82681201--82681331	50	2.6	50	83	0	145	30	16	22	29	1.96
82681542--82681573	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
82682066--82682100	18	2.1	18	89	10	56	45	11	20	22	1.82
82686100--82686218	29	4.2	29	84	2	143	29	13	27	29	1.94
82688556--82688641	38	2.3	38	85	0	109	31	20	11	36	1.89
82690115--82690404	54	5.4	54	77	8	243	42	18	8	29	1.81
82690135--82690444	81	3.8	79	74	7	239	42	18	9	30	1.80
82690123--82690463	27	12.6	27	77	8	210	41	18	9	30	1.82
82690966--82691027	22	2.9	21	80	7	70	20	25	22	30	1.98
82693320--82693373	26	2.1	26	96	0	99	40	11	3	44	1.58
82696093--82696121	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
82699087--82699205	59	2.0	59	88	0	175	30	10	21	37	1.87
82711828--82711960	27	4.9	27	85	5	180	39	17	9	33	1.82
82711829--82711960	54	2.4	54	92	0	210	39	17	9	33	1.83
82723657--82723685	8	3.6	8	100	0	58	55	0	20	24	1.44
82724051--82724220	43	4.0	42	75	10	137	26	17	24	31	1.97
82724915--82724964	23	2.2	23	82	7	57	24	8	26	42	1.82
82734714--82734749	13	2.8	13	100	0	72	8	22	36	33	1.84
82736074--82736128	27	2.0	28	82	10	69	32	1	21	43	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82736657--82736838	28	6.5	28	81	0	211	25	14	29	30	1.95
82742996--82743040	19	2.4	19	96	0	81	26	20	37	15	1.92
82743005--82743046	19	2.2	19	86	0	57	26	21	33	19	1.97
82744674--82744708	18	1.9	18	88	0	52	8	14	11	65	1.46
82744936--82744994	15	3.9	15	77	0	64	13	16	15	54	1.72
82748266--82748319	24	2.2	24	83	0	72	27	1	22	48	1.61
82767143--82767310	43	3.9	43	74	9	146	27	16	23	32	1.96
82781649--82781915	48	5.5	48	78	7	238	29	17	27	25	1.97
82781649--82781915	96	2.8	96	81	6	265	29	17	27	25	1.97
82781660--82781929	144	1.9	146	84	4	368	29	18	27	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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