genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18030778--18030864	40	2.2	40	97	2	167	34	27	4	33	1.77
18031088--18031141	25	2.2	25	100	0	108	20	16	27	35	1.94
18031101--18031154	25	2.2	25	82	0	63	24	16	25	33	1.96
18039952--18040000	25	2.0	26	84	11	68	44	8	10	36	1.68
18046486--18046605	51	2.4	51	91	0	186	38	12	22	26	1.90
18047574--18047711	42	3.3	42	78	4	134	27	22	15	34	1.95
18048392--18048540	46	3.2	47	83	5	180	19	23	14	42	1.88
18048515--18048565	25	2.0	25	96	0	93	21	27	11	39	1.88
18048540--18049334	46	17.3	46	86	0	1131	17	26	14	40	1.89
18048469--18048611	71	2.0	71	86	0	196	18	25	13	41	1.87
18048444--18048657	117	1.8	117	88	0	329	18	26	14	40	1.89
18048540--18049321	92	8.5	92	99	0	1528	17	26	15	40	1.89
18051172--18051231	11	5.3	11	86	7	84	60	6	0	33	1.23
18051172--18051231	24	2.6	22	89	5	84	60	6	0	33	1.23
18052779--18052807	11	2.6	11	100	0	58	41	17	10	31	1.83
18056094--18056149	24	2.3	24	84	6	69	35	21	25	17	1.95
18060719--18061399	339	2.0	339	96	0	1263	35	18	11	35	1.86
18061618--18061655	16	2.3	17	86	4	51	68	18	0	13	1.21
18061867--18061895	14	2.0	15	93	6	51	37	27	0	34	1.57
18066219--18066314	48	2.0	48	95	0	174	30	20	10	38	1.86
18072206--18072230	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
18073293--18073330	15	2.5	15	84	12	51	13	2	0	84	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18074108--18074141	7	4.9	7	100	0	68	11	0	0	88	0.52
18077476--18077792	48	6.6	48	77	5	259	29	19	27	23	1.98
18077477--18077793	96	3.3	97	78	4	295	29	19	27	23	1.98
18077476--18077792	144	2.2	143	80	4	352	29	19	27	23	1.98
18081101--18081158	21	2.9	20	76	16	66	62	0	0	37	0.96
18084089--18084212	46	2.6	47	84	5	151	27	24	13	34	1.93
18088436--18088555	46	2.6	47	85	2	152	26	22	15	35	1.93
18091699--18091733	17	2.0	18	88	5	54	34	5	0	60	1.21
18092195--18092224	14	2.1	14	93	0	51	20	13	13	53	1.72
18092370--18092409	18	2.1	18	86	9	53	25	0	10	65	1.24
18092409--18092442	11	3.0	11	91	4	50	67	2	0	29	1.05
18103244--18103284	18	2.3	18	87	8	57	58	0	12	29	1.34
18105385--18105513	40	3.3	40	78	7	138	34	24	17	24	1.96
18105638--18105697	19	3.2	20	76	23	67	48	13	0	38	1.42
18105640--18105701	15	4.2	15	71	22	51	48	12	0	38	1.42
18111572--18111688	62	1.9	61	84	5	157	49	3	4	42	1.39
18111664--18111715	20	2.8	18	78	21	63	51	3	0	44	1.19
18113615--18113650	18	2.1	17	89	5	54	0	47	0	52	1.00
18114123--18114160	3	12.3	3	94	5	67	34	0	0	65	0.93
18116635--18116665	15	2.1	15	100	0	62	12	22	19	45	1.84
18124818--18124995	93	1.9	92	85	4	243	34	4	13	47	1.63
18135280--18135399	60	2.0	60	91	3	197	29	10	15	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18149454--18149484	15	2.1	15	100	0	62	38	12	9	38	1.77
18155145--18155190	24	1.9	24	100	0	92	52	4	17	26	1.63
18155464--18155525	28	2.2	28	91	0	97	35	9	11	43	1.73
18156422--18156469	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
18156478--18156575	43	2.3	43	85	3	135	31	6	12	50	1.64
18165853--18165880	13	2.2	13	100	0	56	71	0	7	21	1.09
18167534--18167589	28	2.0	28	80	19	64	35	0	0	64	0.94
18167995--18168051	17	3.0	20	75	17	59	70	0	29	0	0.88
18167995--18168048	24	2.4	23	75	19	60	70	0	29	0	0.88
18168210--18168324	60	1.9	60	92	0	194	34	1	10	53	1.46
18168429--18168455	14	1.9	14	100	0	54	37	0	7	55	1.28
18169143--18169174	16	2.0	16	93	0	55	21	6	0	71	1.07
18170888--18170922	12	2.9	12	82	0	52	34	28	31	5	1.81
18171089--18171200	33	3.4	33	79	0	125	16	41	13	28	1.85
18171070--18171210	33	4.3	33	77	0	113	16	43	12	28	1.83
18171426--18171474	24	2.0	25	88	11	75	24	4	6	65	1.33
18174710--18174865	57	2.7	57	82	1	186	26	20	24	28	1.99
18174822--18174908	42	2.1	42	84	4	113	29	18	24	27	1.98
18179392--18180266	46	19.0	46	99	0	1707	43	15	23	17	1.87
18183222--18183279	20	3.0	20	90	5	75	15	29	32	22	1.95
18183234--18183279	20	2.3	20	100	0	92	17	32	32	17	1.93
18183234--18183285	20	2.6	20	93	0	77	17	28	32	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18184347--18184428	33	2.5	33	93	0	137	19	25	18	36	1.94
18186535--18186559	11	2.3	11	100	0	50	56	0	36	8	1.29
18189042--18189126	27	3.1	27	84	5	100	29	31	22	16	1.96
18192772--18193008	43	5.5	43	80	6	203	29	24	18	27	1.98
18192774--18193011	86	2.8	85	79	6	239	28	25	18	27	1.98
18193227--18193294	25	2.7	25	83	0	100	63	25	4	7	1.39
18195975--18196032	24	2.4	24	94	0	98	48	3	3	44	1.36
18197335--18197378	23	1.9	23	95	0	79	20	18	15	45	1.85
18197972--18198042	8	9.1	8	76	6	65	47	26	0	25	1.52
18197966--18198044	23	3.4	23	78	3	88	45	30	0	24	1.53
18197980--18198035	15	3.7	15	76	4	58	50	25	0	25	1.50
18198032--18198078	21	2.2	21	84	0	58	46	31	4	17	1.67
18198346--18198430	40	2.1	40	82	0	98	35	18	16	29	1.93
18199779--18199868	43	2.0	45	87	4	130	27	10	26	35	1.88
18199797--18199942	43	3.4	43	73	14	140	27	13	25	34	1.93
18199799--18199961	85	1.9	85	82	2	202	28	12	24	34	1.92
18202143--18202189	24	2.0	23	84	12	60	42	8	17	31	1.79
18207491--18207606	43	2.7	44	85	6	148	26	15	24	33	1.95
18207494--18207643	43	3.5	43	81	5	124	28	16	23	32	1.96
18210493--18210542	22	2.3	22	89	0	82	16	22	32	30	1.95
18211993--18212061	29	2.4	27	74	9	66	63	1	2	31	1.18
18215723--18215861	48	2.9	48	72	7	138	33	27	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18220737--18220811	36	2.1	36	94	0	132	46	1	21	30	1.59
18222583--18222609	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
18234049--18234091	21	2.0	21	82	8	52	30	2	4	62	1.28
18238196--18238272	36	2.2	33	80	11	84	48	7	1	42	1.40
18250624--18250669	19	2.3	20	78	10	51	69	2	2	26	1.11
18250608--18250670	20	3.2	19	75	20	58	68	3	1	26	1.14
18251132--18251179	21	2.2	20	82	10	51	22	8	0	68	1.16
18254075--18254105	15	2.1	15	93	0	53	29	6	9	54	1.57
18255132--18255210	40	2.0	41	82	12	101	49	8	5	36	1.56
18255200--18255275	21	3.6	21	69	24	61	53	9	2	34	1.46
18255443--18255508	22	3.2	19	74	18	51	57	4	3	34	1.34
18255612--18255685	21	3.0	25	69	20	66	59	4	5	31	1.38
18255631--18255706	23	3.4	22	76	18	59	57	6	2	32	1.38
18255589--18255691	24	4.3	23	71	18	75	56	4	7	31	1.49
18255803--18255846	19	2.2	20	88	4	63	59	6	2	31	1.36
18256154--18256184	16	1.9	16	100	0	62	48	6	6	38	1.55
18258374--18258408	14	2.5	14	95	0	61	62	0	11	25	1.28
18258211--18258462	91	2.8	85	81	9	274	34	19	16	29	1.94
18258392--18258772	76	4.9	75	80	10	403	30	20	18	29	1.97
18258399--18258879	161	3.1	153	79	10	510	32	20	17	29	1.96
18258392--18258791	75	5.2	75	81	7	382	32	20	18	29	1.96
18258771--18258805	14	2.5	14	95	0	61	62	5	11	20	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18258859--18258893	14	2.5	14	95	0	61	62	5	11	20	1.48
18258738--18258962	88	2.6	88	97	0	416	37	18	14	28	1.91
18261910--18261950	19	2.2	19	100	0	82	39	17	12	31	1.86
18270300--18271008	359	2.0	358	93	1	1215	32	15	19	32	1.93
18273225--18273310	18	4.9	18	87	4	131	37	12	10	39	1.78
18273225--18273319	35	2.7	35	95	1	163	37	13	9	38	1.78
18273704--18273973	83	3.2	83	91	1	441	27	19	21	31	1.97
18273897--18274490	119	5.0	119	94	0	981	30	18	17	33	1.94
18274482--18274661	44	4.1	44	75	8	186	28	23	15	32	1.95
18275524--18275565	21	2.0	21	90	0	66	4	19	0	76	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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