genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21346617--21346679	32	2.0	32	87	0	90	47	7	1	42	1.42
21347395--21347452	26	2.2	25	82	14	73	37	0	13	48	1.43
21347413--21347453	14	3.1	14	86	13	68	43	0	12	43	1.41
21347730--21347793	21	3.0	21	100	0	128	37	4	9	48	1.56
21356329--21356485	27	5.8	27	88	0	215	28	22	8	39	1.84
21356318--21356514	54	3.6	54	81	0	205	31	22	8	37	1.84
21356316--21356513	81	2.4	81	82	0	261	32	22	8	36	1.84
21356437--21356687	54	4.6	55	75	6	181	40	19	6	32	1.78
21356437--21356693	27	9.4	27	75	8	162	39	19	7	33	1.79
21356745--21356811	27	2.5	27	80	7	75	37	19	22	20	1.95
21358431--21358623	100	1.9	100	80	6	221	38	19	11	30	1.87
21359749--21359802	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
21360356--21360438	31	2.7	31	87	10	127	30	16	26	26	1.97
21362803--21362959	27	5.8	27	84	3	199	30	22	7	39	1.81
21362803--21362959	81	1.9	81	86	0	224	30	22	7	39	1.81
21362803--21362959	54	2.9	53	87	1	233	30	22	7	39	1.81
21362790--21363093	27	11.3	27	78	4	130	35	21	7	34	1.83
21362790--21362988	81	2.5	81	79	0	218	33	22	7	37	1.81
21362938--21363161	54	4.1	54	75	11	163	40	20	8	31	1.82
21362830--21363093	81	3.3	81	73	4	174	35	21	7	34	1.82
21362947--21363167	27	8.1	27	77	9	137	40	18	8	32	1.81
21364110--21364164	25	2.2	25	90	6	85	23	25	23	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21364120--21364191	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
21364384--21364466	31	2.7	30	90	3	132	28	16	25	28	1.97
21366816--21366880	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
21368361--21368413	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
21370059--21370084	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
21372858--21372906	20	2.6	19	81	12	66	48	6	2	42	1.39
21377418--21377464	22	2.2	21	84	3	58	36	21	8	34	1.84
21377435--21377513	19	4.2	19	87	9	117	34	16	11	37	1.85
21377436--21377510	36	2.0	39	89	10	120	33	16	12	38	1.85
21377474--21377513	17	2.6	15	82	17	55	32	15	12	40	1.84
21384245--21384518	46	6.0	46	96	0	478	38	14	23	22	1.92
21392180--21392226	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
21395082--21395151	5	13.6	5	72	21	56	18	4	1	75	1.04
21395082--21395151	12	6.3	11	77	11	56	18	4	1	75	1.04
21395085--21395141	17	3.5	17	77	11	57	19	5	1	73	1.11
21400703--21400753	24	2.1	24	92	0	84	35	1	39	23	1.66
21402172--21402285	27	4.2	26	81	8	120	16	21	22	39	1.92
21402172--21402285	55	2.1	54	83	4	140	16	21	22	39	1.92
21403339--21403372	16	2.1	16	100	0	68	29	26	11	32	1.92
21415521--21415559	12	3.5	12	80	20	57	43	17	0	38	1.50
21415518--21415563	21	2.2	21	100	0	92	43	19	0	36	1.51
21417395--21417427	9	3.7	9	91	0	57	24	12	24	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21417393--21417427	18	1.9	18	100	0	70	28	11	22	37	1.89
21417477--21417513	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21417869--21417898	15	1.9	16	93	6	53	30	33	0	36	1.58
21422158--21422202	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
21425516--21425560	22	2.0	22	86	0	63	51	13	2	33	1.53
21431384--21431410	12	2.2	12	100	0	54	55	7	0	37	1.28
21451108--21451348	40	6.0	39	83	9	283	30	19	24	25	1.98
21451108--21451336	120	1.9	118	89	1	350	29	19	24	26	1.98
21451928--21452019	29	3.2	29	70	1	69	20	3	36	39	1.69
21451983--21452031	15	3.3	15	85	2	55	16	2	40	40	1.60
21452083--21452542	207	2.2	203	93	2	787	26	2	26	44	1.66
21452397--21452463	28	2.4	29	82	7	77	16	1	34	47	1.56
21452432--21452493	21	3.0	21	83	4	74	25	1	32	40	1.66
21452452--21452523	28	2.5	29	82	10	94	29	1	29	40	1.65
21453201--21453236	6	6.0	6	93	0	63	0	63	0	36	0.94
21453202--21453237	18	2.0	18	100	0	72	0	61	0	38	0.96
21455064--21455093	14	2.2	13	94	5	51	50	0	13	36	1.42
21455164--21455532	183	2.0	183	97	0	702	27	15	14	42	1.86
21457024--21457063	16	2.5	17	80	19	50	32	0	2	65	1.06
21457218--21457325	54	2.0	54	92	0	180	32	12	11	44	1.77
21457704--21457737	15	2.3	15	89	0	50	5	11	20	61	1.50
21459283--21459322	18	2.2	18	91	8	64	22	15	0	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21462363--21462443	40	2.0	40	97	0	153	24	38	22	14	1.92
21462858--21462903	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
21467200--21467346	43	3.4	43	74	6	136	32	24	14	28	1.94
21476059--21476429	196	1.9	195	93	0	643	27	28	18	25	1.98
21476825--21476872	24	2.0	24	87	0	69	20	10	14	54	1.70
21479046--21479094	10	4.9	10	85	9	73	69	2	10	18	1.27
21483631--21483698	30	2.3	30	82	5	75	27	19	5	47	1.72
21484803--21484841	18	2.1	19	85	4	53	30	23	0	46	1.53
21485142--21485186	24	1.9	23	90	4	72	53	33	4	8	1.52
21486627--21486786	52	3.1	52	81	4	196	31	25	16	26	1.96
21486593--21486786	105	1.9	101	81	7	232	30	27	16	25	1.97
21491895--21491982	44	2.0	44	93	0	149	21	20	18	39	1.92
21493230--21493281	20	2.6	20	90	0	86	13	30	34	21	1.92
21494007--21494166	52	3.3	50	78	16	165	29	30	18	22	1.97
21495603--21495898	46	6.4	46	90	0	439	20	22	13	42	1.88
21495895--21495995	45	2.2	45	83	0	139	20	25	16	36	1.94
21500000--21500062	34	1.9	34	83	6	85	30	26	17	25	1.97
21499840--21500126	137	2.1	137	96	0	529	32	25	18	24	1.97
21501906--21502015	26	4.2	26	93	4	177	37	23	5	33	1.78
21502011--21502058	10	5.2	10	76	19	59	31	12	8	47	1.71
21502009--21502062	26	2.1	26	100	0	108	31	14	7	46	1.73
21509770--21509830	26	2.3	26	80	5	70	54	4	3	37	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21518860--21518887	6	4.7	6	100	0	56	46	0	35	17	1.49
21519563--21519611	21	2.4	20	80	12	64	44	0	2	53	1.12
21522373--21522424	26	2.0	26	85	3	70	50	0	1	48	1.12
21522545--21522569	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
21529587--21529633	20	2.3	20	89	7	69	36	10	17	36	1.84
21529680--21529786	25	4.4	24	89	5	144	28	21	21	28	1.99
21529690--21529786	49	2.0	50	89	6	153	25	22	21	29	1.99
21537786--21537893	25	4.4	24	87	5	128	27	22	21	28	1.99
21537786--21537905	49	2.4	50	83	9	156	26	23	21	28	1.99
21538102--21538165	31	2.1	31	87	0	92	39	14	21	25	1.91
21545089--21545117	13	2.2	13	100	0	58	55	10	0	34	1.34
21552262--21552292	14	2.3	14	94	5	55	32	0	0	67	0.91
21557112--21557147	18	2.0	18	94	0	63	16	8	16	58	1.61
21559437--21559467	16	1.9	16	100	0	62	6	16	0	77	0.97
21559456--21559511	25	2.2	26	87	6	80	16	10	7	66	1.44
21560531--21560741	46	4.6	46	90	1	298	20	23	14	41	1.89
21561479--21561526	22	2.3	20	85	7	60	45	0	8	45	1.33
21561617--21561647	3	10.3	3	92	0	53	38	0	0	61	0.96
21561616--21561645	15	2.0	15	100	0	60	40	0	0	60	0.97
21564060--21564112	28	1.9	27	88	3	79	28	16	26	28	1.97
21565987--21566016	8	3.6	8	91	8	51	73	0	0	26	0.84
21578638--21578711	21	3.5	21	77	3	87	18	14	17	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21578633--21578814	42	4.3	42	78	4	179	19	18	16	45	1.86
21578640--21578797	84	1.9	84	85	2	219	18	20	15	44	1.86
21580189--21580253	29	2.2	30	81	10	80	41	6	12	40	1.67
21586135--21586197	33	1.9	33	84	9	85	46	6	4	42	1.50
21587959--21588076	58	2.0	58	98	0	227	11	5	20	63	1.45
21589354--21589386	17	1.9	17	100	0	66	12	21	12	54	1.69
21591792--21591860	21	3.4	21	71	15	72	36	1	7	55	1.37
21592849--21592916	31	2.2	31	82	10	77	48	0	16	35	1.46
21596137--21596223	21	4.0	23	77	10	83	37	24	21	16	1.93
21596596--21596652	15	3.9	15	90	2	89	50	12	0	36	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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