Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  181  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59575049--59575077
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1
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1.01
Indices
Period
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Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
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1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
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Percent
Indels
Score
A
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(0-2)
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233
24
21
28
25
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59675614--59675876
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1.99
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3.1
80
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3
228
25
21
28
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1.99
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2.1
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1.21
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13
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21
0
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1.09
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21
2.8
20
78
16
59
41
5
1
51
1.33
59696454--59696492
19
2.1
19
85
9
53
38
5
7
48
1.54
59702111--59702295
50
3.7
52
79
5
211
27
17
23
30
1.97
59709675--59709832
43
3.7
42
76
9
133
31
26
19
22
1.98
59717652--59717702
25
2.0
25
96
0
93
23
21
15
39
1.92
59719486--59719536
25
2.0
25
96
0
93
23
21
15
39
1.92
59723208--59723261
26
2.1
26
100
0
108
24
29
11
35
1.90
59723838--59723945
42
2.5
43
77
7
121
30
21
15
32
1.94
59733361--59733531
93
1.8
93
96
0
315
28
29
21
21
1.98
59733353--59733528
46
3.8
46
80
12
225
28
28
21
21
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59736190--59736330
65
2.2
65
84
5
187
20
20
23
35
1.96
59739348--59739430
44
1.9
43
82
7
105
31
27
14
26
1.95
59741751--59741857
55
1.9
55
83
3
135
19
33
26
20
1.97
59744822--59745007
46
4.0
46
92
1
275
29
12
12
45
1.79
59754939--59755121
44
4.2
44
80
6
203
25
20
28
25
1.99
59754939--59755076
45
3.1
45
87
5
174
24
20
28
26
1.99
59761646--59761786
46
3.0
47
89
5
207
27
11
14
46
1.79
59762454--59762656
44
4.7
44
84
6
238
23
21
28
26
1.99
59762453--59762669
87
2.5
87
82
7
255
23
20
29
26
1.99
59763840--59764225
193
2.0
193
100
0
772
24
26
17
31
1.97
59768051--59768082
16
2.0
16
100
0
64
18
25
12
43
1.85
59775083--59775124
21
2.0
21
85
0
57
38
0
19
42
1.51
59775601--59775675
26
2.9
26
78
11
82
14
21
24
40
1.90
59777883--59778068
40
4.7
40
91
0
273
26
26
23
23
2.00
59792120--59792297
39
4.5
39
87
1
239
28
23
18
29
1.98
59794206--59794329
50
2.5
51
89
4
180
36
15
21
26
1.93
59794305--59794484
31
5.8
31
86
5
247
27
18
26
27
1.98
59794510--59794631
47
2.6
47
85
1
147
29
15
25
29
1.96
59794605--59794717
42
2.7
43
84
4
149
29
16
27
26
1.97
59796207--59796244
13
2.9
13
84
0
58
44
15
5
34
1.69
59796207--59796266
28
2.2
26
88
5
84
46
13
5
35
1.65
59798559--59798588
9
3.3
9
95
0
51
86
0
10
3
0.67
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
59803375--59803411
18
2.1
18
94
0
65
35
2
32
29
1.72
59803487--59803527
15
2.7
15
82
14
57
68
0
4
26
1.10
59803550--59803588
19
2.1
19
85
9
53
51
10
5
33
1.58
59803681--59803714
11
3.0
11
91
4
50
73
0
26
0
0.83
59807968--59808008
15
2.7
15
82
14
57
68
0
4
26
1.10
59808031--59808069
19
2.1
19
85
9
53
51
10
5
33
1.58
59812270--59812585
49
6.6
49
91
3
491
32
7
29
30
1.84
59812704--59812782
37
2.1
37
92
0
131
25
18
30
25
1.98
59813993--59814283
40
7.3
40
90
0
402
28
21
24
26
1.99
59813990--59814269
120
2.3
120
94
1
481
28
20
24
26
1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276