Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  65  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20065313--20065346
14
2.4
14
90
0
50
58
0
14
26
1.36
20065283--20065478
85
2.3
83
85
6
252
36
19
14
29
1.92
20065637--20065928
162
1.8
162
97
1
559
33
20
18
27
1.96
20080369--20080451
26
3.1
26
82
3
94
66
2
2
28
1.17
20080683--20080794
55
2.1
53
82
12
131
54
2
10
32
1.49
20080702--20080815
27
4.3
27
72
13
83
53
1
8
35
1.42
20080721--20080824
52
2.0
53
84
5
140
51
1
8
37
1.44
20082064--20082104
18
2.3
18
87
8
57
29
21
0
48
1.50
20082232--20082341
38
2.8
40
73
8
100
30
25
19
24
1.98
20083494--20083552
25
2.5
24
84
13
77
37
11
5
45
1.63
20085351--20085694
137
2.5
136
85
1
420
29
21
15
32
1.95
20085614--20085831
45
4.8
45
71
12
144
30
23
15
30
1.95
20087273--20087455
40
4.3
46
87
6
150
41
21
17
19
1.90
20087308--20087490
40
4.5
40
90
2
267
42
22
18
16
1.89
20087672--20087769
7
13.4
7
72
8
61
26
1
25
46
1.59
20087680--20087764
21
3.9
21
77
11
98
27
1
27
44
1.62
20087687--20087780
46
2.0
46
97
0
179
28
2
26
42
1.67
20090963--20090999
3
12.3
3
100
0
74
0
32
0
67
0.91
20095613--20095653
21
2.0
20
85
4
55
56
7
2
34
1.40
20095986--20096023
19
2.0
20
89
5
60
63
0
7
28
1.23
20096207--20096251
18
2.3
21
81
11
60
64
4
4
26
1.32
20102721--20102803
26
3.2
26
96
0
157
36
26
6
31
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20113458--20113512
3
18.0
3
85
10
76
61
1
3
32
1.24
20113629--20113675
15
3.1
15
84
6
51
65
2
0
31
1.04
20113616--20113675
7
8.3
7
76
9
50
66
3
0
30
1.07
20119263--20119307
22
2.0
22
83
8
56
13
22
6
57
1.59
20123267--20123293
3
9.0
3
100
0
54
66
0
0
33
0.92
20123928--20123974
9
4.7
10
82
12
53
27
0
2
70
0.99
20124410--20124447
15
2.4
16
86
4
51
7
2
42
47
1.46
20125618--20125668
17
2.9
17
72
13
50
60
1
7
29
1.36
20127968--20128017
19
2.6
20
87
6
68
46
4
20
30
1.69
20132174--20132287
27
4.3
26
73
11
88
54
2
8
34
1.45
20132194--20132296
52
2.0
53
84
5
138
52
2
8
35
1.47
20133230--20133259
14
2.1
14
93
0
51
73
6
10
10
1.25
20146961--20147000
19
2.1
19
95
0
71
32
17
25
25
1.97
20148493--20148610
17
6.6
17
84
9
155
37
11
14
37
1.81
20148491--20148610
35
3.3
35
86
9
170
36
10
15
37
1.82
20148488--20148610
54
2.3
54
98
0
237
37
10
14
37
1.81
20148488--20148610
19
6.8
19
87
10
195
37
10
14
37
1.81
20148571--20148646
22
3.6
22
78
11
72
35
5
17
42
1.72
20148517--20148646
19
6.7
21
81
9
77
36
7
16
40
1.77
20151320--20151353
17
2.0
17
100
0
68
35
41
0
23
1.55
20162892--20162919
5
5.6
5
100
0
56
82
0
0
17
0.68
20183067--20183101
15
2.5
13
83
16
52
77
0
14
8
0.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20183080--20183128
14
3.4
14
85
2
53
73
0
14
12
1.10
20183073--20183105
15
2.2
15
100
0
66
72
0
12
15
1.12
20200367--20200422
27
2.0
29
83
10
73
26
1
21
50
1.59
20205075--20205118
3
14.7
3
100
0
88
65
0
0
34
0.93
20205158--20205229
30
2.4
30
77
9
74
48
4
5
41
1.45
20205457--20205557
53
1.9
51
92
7
168
52
6
2
37
1.44
20219372--20219430
31
1.9
31
82
6
75
35
13
1
49
1.52
20229506--20229544
17
2.3
17
95
0
69
58
12
7
20
1.58
20235729--20235768
17
2.4
17
95
0
71
60
12
7
20
1.56
20239836--20239932
40
2.5
40
89
3
144
38
37
12
12
1.81
20247041--20247094
22
2.5
22
90
0
90
24
40
20
14
1.90
20255556--20255615
16
3.8
16
79
14
63
18
5
1
75
1.07
20255552--20255614
10
5.9
10
78
15
65
19
3
1
76
1.01
20265383--20265407
12
2.1
12
100
0
50
16
16
12
56
1.68
20267362--20267393
7
4.6
7
96
0
55
53
15
12
18
1.73
20267160--20267623
237
2.0
237
87
3
675
37
22
14
24
1.92
20267661--20267751
40
2.3
38
81
7
119
34
31
18
15
1.92
20267671--20267749
40
2.0
40
92
0
131
34
31
17
16
1.93
20269136--20269212
20
4.0
20
85
11
74
74
6
0
19
1.04
20272867--20272923
30
1.9
30
85
7
80
10
24
36
28
1.88
20273404--20273455
17
3.0
18
78
13
56
75
7
0
17
1.03
20273404--20273521
47
2.7
43
76
16
116
69
7
4
18
1.29
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20275615--20275673
20
3.0
20
100
0
118
45
18
5
30
1.71
20279863--20279889
14
1.9
14
100
0
54
22
48
0
29
1.51
20282979--20283026
24
2.0
24
91
0
78
39
16
4
39
1.68
20283514--20283585
36
2.0
36
94
0
126
45
13
0
40
1.44
20284577--20284603
12
2.2
12
100
0
54
7
7
0
85
0.75
20303411--20303488
38
2.1
38
95
0
138
46
12
5
35
1.65
20304638--20304676
12
3.3
12
86
13
55
0
12
0
87
0.55
20309963--20310018
28
2.0
28
96
0
103
26
25
16
32
1.96
20310339--20310368
7
4.3
7
100
0
60
40
0
43
16
1.48
20312352--20312397
21
2.4
18
85
10
56
23
0
6
69
1.11
20312352--20312390
21
1.9
21
89
5
62
25
0
7
66
1.18
20315245--20315270
13
2.0
13
100
0
52
53
0
0
46
1.00
20315276--20315313
17
2.2
17
86
9
51
68
5
2
23
1.23
20317015--20317056
22
1.9
22
90
0
66
40
14
23
21
1.90
20318145--20318192
19
2.5
20
77
19
57
39
4
0
56
1.19
20318160--20318215
29
1.9
30
82
13
73
42
5
0
51
1.24
20323616--20323758
48
3.0
47
79
4
169
26
22
17
33
1.96
20324220--20324260
15
2.6
15
88
7
55
24
0
14
60
1.34
20324715--20324750
14
2.5
15
90
4
56
27
13
16
41
1.87
20324746--20324792
19
2.4
20
89
7
78
25
10
12
51
1.72
20324871--20324909
20
2.0
19
95
5
69
51
0
0
48
1.00
20325346--20325371
12
2.2
12
100
0
52
50
23
7
19
1.73
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20327324--20327350
9
3.0
9
100
0
54
66
11
0
22
1.22
20328645--20328791
72
2.0
72
98
0
285
28
19
14
36
1.92
20330864--20330919
22
2.6
22
80
5
53
50
0
0
50
1.00
20330927--20330968
13
2.9
14
80
13
50
54
0
0
45
0.99
20330931--20330967
16
2.3
16
86
13
58
59
0
0
40
0.97
20331511--20331549
14
2.8
14
92
0
60
35
20
7
35
1.81
20338236--20338278
22
2.0
22
90
0
68
34
2
16
46
1.60
20340714--20340756
22
2.0
22
90
0
68
34
2
16
46
1.60
20355454--20355692
128
1.9
128
83
1
318
35
16
22
25
1.95
20355701--20355744
22
2.0
22
100
0
88
18
9
27
45
1.79
20366028--20366069
19
2.2
20
86
4
59
61
2
2
33
1.21
20370158--20370323
38
4.4
38
92
1
253
22
21
24
31
1.98
20370321--20370432
43
2.6
43
92
0
188
13
26
30
29
1.94
20370762--20370888
45
2.9
45
81
10
131
25
19
29
25
1.99
20374299--20374330
16
2.0
16
100
0
64
56
0
37
6
1.25
20376010--20376146
56
2.4
56
85
1
166
29
16
24
29
1.97
20375966--20376148
57
3.3
56
79
2
179
28
16
24
30
1.96
20377137--20377185
25
1.9
26
84
12
66
48
6
2
42
1.39
20377161--20377270
31
3.4
30
67
22
78
51
4
4
39
1.43
20377125--20377282
68
2.3
67
90
4
246
51
4
3
40
1.38
20385491--20385556
32
2.1
32
100
0
132
39
12
6
42
1.67
20390512--20390596
40
2.2
40
84
2
109
29
34
20
16
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
20390803--20390872
22
3.0
22
67
18
61
25
28
11
34
1.91
20390664--20390872
47
4.5
47
82
3
244
26
28
9
34
1.88
20391409--20392159
377
2.0
377
99
0
1475
39
21
6
31
1.80
20392666--20393625
476
2.0
474
97
1
1758
36
20
8
33
1.84
20405393--20405442
18
2.7
19
75
9
59
40
0
2
58
1.10
20408090--20408127
18
2.1
18
85
9
51
44
5
2
47
1.39
20412697--20412773
30
2.6
30
85
0
100
48
9
11
31
1.71
20418115--20419521
405
3.6
396
81
7
1390
32
16
24
26
1.96
20422267--20422313
20
2.3
20
81
0
58
10
29
19
40
1.85
20423591--20423693
23
4.5
23
77
2
109
39
15
17
27
1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276