genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  194  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64197009--64197053	20	2.2	20	92	0	72	28	15	8	46	1.76
64200494--64200524	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
64200491--64200530	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
64202342--64202371	5	6.0	5	92	0	51	20	3	0	76	0.92
64202335--64202368	15	2.3	15	89	0	50	20	2	5	70	1.21
64202795--64202820	11	2.4	11	100	0	52	46	7	15	30	1.74
64203453--64203487	15	2.4	15	90	4	54	31	5	5	57	1.46
64207164--64207218	21	2.7	19	84	13	74	67	1	21	9	1.28
64207199--64207257	16	3.6	16	80	13	66	66	1	23	8	1.29
64209195--64209293	50	1.9	52	89	4	157	32	13	12	42	1.81
64235082--64235139	24	2.5	23	81	16	66	62	0	5	32	1.18
64236583--64236716	43	3.1	43	90	0	205	13	21	32	32	1.92
64236854--64236946	29	3.2	29	68	13	84	23	17	30	29	1.97
64236906--64237001	28	3.4	28	71	8	79	20	18	34	26	1.96
64236852--64236983	56	2.3	58	89	3	205	23	18	29	28	1.97
64243690--64243861	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
64243683--64243858	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
64248619--64248834	46	4.6	48	81	5	244	21	28	20	29	1.98
64248619--64248834	94	2.3	93	85	5	301	21	28	20	29	1.98
64250387--64250491	27	3.9	27	86	9	135	34	21	24	19	1.96
64261503--64261560	25	2.5	24	81	13	68	8	18	1	70	1.21
64264678--64264773	27	3.6	26	80	10	113	34	23	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64267738--64267776	20	2.1	19	85	9	53	2	28	17	51	1.59
64285862--64285939	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
64285892--64286219	174	1.9	174	97	0	620	29	14	24	30	1.95
64287649--64287761	49	2.3	49	80	3	129	23	24	18	32	1.97
64287779--64287900	46	2.6	48	88	3	167	22	30	18	28	1.97
64290699--64290873	46	3.8	46	79	10	203	29	27	21	21	1.99
64290704--64290874	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	21	1.98
64299666--64299843	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
64299687--64299842	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
64308197--64308299	40	2.6	40	90	0	152	25	24	30	20	1.99
64311507--64311561	23	2.4	23	93	0	92	18	25	20	36	1.94
64311511--64311584	23	3.3	23	84	5	89	20	22	21	35	1.96
64320382--64320532	40	3.8	40	83	0	178	27	29	20	23	1.99
64331261--64331335	29	2.6	29	89	6	109	28	18	28	25	1.98
64331261--64331361	29	3.6	29	84	7	93	26	17	29	25	1.98
64338988--64339057	29	2.5	28	88	2	95	27	17	28	27	1.97
64338972--64339057	28	3.0	28	84	3	109	29	15	27	27	1.96
64347159--64347299	40	3.6	40	87	3	198	24	21	28	25	1.99
64353995--64354079	38	2.3	39	82	12	106	57	10	14	17	1.64
64356174--64356327	42	3.6	42	83	3	184	30	16	25	27	1.97
64356172--64356327	85	1.8	84	84	4	215	30	17	25	26	1.97
64361247--64361362	43	2.7	43	78	4	119	28	17	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64366662--64366726	32	2.0	32	85	5	87	41	30	16	10	1.83
64367501--64367667	27	6.2	27	81	8	173	28	9	22	39	1.85
64367785--64367859	35	2.1	36	95	2	134	25	21	21	32	1.98
64369166--64369238	31	2.4	31	97	0	137	19	35	31	13	1.91
64373479--64373605	49	2.5	51	92	3	204	27	29	14	28	1.96
64375273--64375320	24	2.0	24	100	0	96	25	12	8	54	1.65
64375279--64375326	24	2.0	24	84	4	62	29	16	6	47	1.71
64380453--64380714	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
64395261--64395317	28	2.0	28	100	0	114	40	21	7	31	1.80
64397662--64397811	43	3.5	42	84	5	185	32	25	19	22	1.97
64397662--64397811	44	3.5	41	82	7	174	32	25	19	22	1.97
64400136--64400262	63	2.0	63	96	0	236	29	21	12	37	1.90
64401873--64401904	12	2.7	12	95	0	55	75	0	6	18	1.01
64412622--64412673	26	2.0	26	92	0	86	38	15	3	42	1.65
64412860--64412884	12	2.1	12	100	0	50	32	16	8	44	1.76
64413009--64413178	52	3.4	51	89	4	238	28	29	13	28	1.94
64416762--64416809	18	2.7	18	93	3	80	20	6	10	62	1.49
64430293--64430416	38	3.1	38	64	18	99	48	16	16	18	1.82
64430283--64430443	81	2.0	81	98	0	313	49	16	16	18	1.81
64444904--64445001	27	3.5	28	85	2	90	27	14	27	30	1.95
64444932--64445001	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
64444932--64445014	27	3.0	27	85	5	87	30	13	25	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64452971--64453068	27	3.5	28	88	5	128	27	13	27	31	1.94
64452999--64453081	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
64452971--64453082	28	4.0	27	83	6	98	29	12	25	33	1.92
64458231--64458386	27	5.8	25	78	10	141	39	20	9	30	1.84
64458210--64458386	53	3.3	54	80	3	198	40	21	9	28	1.84
64458231--64458385	80	1.9	80	83	7	199	40	20	9	30	1.84
64458371--64458593	27	8.3	27	88	0	293	36	18	19	24	1.94
64458344--64458594	54	4.6	54	81	7	278	37	19	18	24	1.94
64458344--64458593	81	3.1	80	82	4	297	36	19	18	24	1.94
64458806--64458864	25	2.4	25	85	2	75	23	30	20	25	1.98
64458796--64458864	24	2.8	25	80	2	86	27	27	21	23	1.99
64459085--64459197	31	3.7	31	82	6	135	32	18	23	25	1.97
64460838--64461106	141	1.9	141	97	0	511	25	16	32	25	1.96
64470600--64470750	27	5.6	26	83	11	155	39	23	8	28	1.84
64470592--64470750	54	3.0	54	86	2	205	38	23	8	28	1.85
64470600--64470750	81	1.9	80	82	6	189	39	23	8	28	1.84
64470735--64470902	27	6.2	27	85	0	201	35	17	20	26	1.95
64470662--64470903	54	4.5	55	81	7	212	35	19	17	27	1.94
64470708--64470902	81	2.4	81	83	1	221	35	17	19	27	1.94
64470731--64470902	81	2.1	81	84	0	227	36	16	20	26	1.94
64471131--64471181	25	2.1	25	88	3	77	33	17	17	31	1.94
64471106--64471181	24	3.1	25	81	3	84	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64471351--64471421	31	2.3	31	92	0	115	32	18	22	26	1.97
64471351--64471429	31	2.5	30	89	4	113	31	20	22	25	1.98
64473780--64473828	22	2.2	23	79	17	59	24	46	0	28	1.53
64481244--64481300	17	3.5	17	77	17	59	57	1	3	36	1.26
64482521--64482559	21	1.9	20	89	5	60	25	0	25	48	1.51
64486757--64486814	24	2.4	23	80	8	71	20	41	17	20	1.90
64489665--64489811	50	2.9	50	81	2	179	25	17	27	29	1.98
64492810--64492869	15	4.0	15	82	8	77	8	16	18	56	1.64
64492810--64492869	30	2.0	30	87	6	86	8	16	18	56	1.64
64494971--64495159	50	3.8	49	81	1	207	25	17	26	30	1.98
64497380--64497417	17	2.2	17	86	9	51	10	31	7	50	1.66
64498724--64498901	48	3.7	47	82	6	189	30	21	26	20	1.98
64498680--64498902	48	4.8	46	77	8	175	30	21	26	21	1.98
64498722--64498902	94	1.9	95	85	3	249	31	20	27	20	1.98
64498826--64499047	49	4.6	49	77	8	143	28	21	27	22	1.99
64505987--64506089	37	2.8	37	92	0	170	26	31	18	24	1.98
64506235--64506699	48	9.6	48	98	0	858	31	25	6	37	1.80
64517676--64517860	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
64517677--64517860	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
64517729--64517893	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
64525737--64525921	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
64525737--64525921	40	4.7	40	82	6	216	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64525738--64525954	79	2.7	77	81	10	206	25	22	26	25	2.00
64544161--64544201	21	2.0	21	90	0	64	24	29	19	26	1.98
64553414--64553466	24	2.2	24	96	0	97	39	18	16	24	1.91
64556825--64556874	24	2.1	24	85	3	66	48	8	16	28	1.74
64556938--64557014	25	3.1	25	92	1	120	38	23	20	16	1.92
64559278--64559390	41	2.7	42	80	5	122	30	25	16	26	1.97
64560578--64560606	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
64565320--64565477	43	3.7	43	76	10	153	23	19	25	31	1.98
64568132--64568167	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
64568463--64568523	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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