genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  267  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88464803--88464985	27	6.8	27	88	0	249	37	18	16	26	1.92
88465186--88465212	14	1.9	14	100	0	54	22	29	37	11	1.89
88467256--88467414	42	3.8	42	82	5	196	31	14	23	30	1.94
88468442--88468708	126	2.1	126	100	0	534	34	5	25	34	1.80
88472786--88472810	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
88472929--88473024	32	3.0	32	100	0	192	46	12	25	15	1.81
88476842--88476877	18	2.1	18	89	5	56	41	16	8	33	1.78
88478551--88478604	21	2.5	22	76	8	58	14	33	31	20	1.93
88492776--88492842	28	2.4	28	89	0	98	32	32	11	22	1.90
88492870--88492945	40	1.9	40	91	0	125	36	25	14	23	1.93
88497529--88497571	16	2.7	16	85	0	59	55	18	16	9	1.67
88497782--88497901	29	4.2	29	87	9	183	27	14	30	28	1.95
88500952--88501015	34	1.9	34	93	3	112	28	26	23	21	1.99
88505358--88505442	29	3.0	29	94	1	145	29	15	27	28	1.96
88511406--88511521	61	1.9	61	94	0	205	32	19	28	18	1.96
88513073--88513135	28	2.2	28	80	5	74	28	14	31	25	1.95
88516529--88516706	27	6.6	27	82	3	187	29	28	15	26	1.96
88516550--88516705	82	1.9	81	86	3	224	28	28	16	26	1.96
88521365--88521456	28	3.3	28	89	3	132	20	16	34	28	1.94
88521773--88522111	27	12.7	27	81	4	319	39	20	10	29	1.85
88521773--88522111	54	6.3	54	83	1	351	39	20	10	29	1.85
88521773--88522110	133	2.5	134	84	2	410	39	21	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88521773--88522151	27	14.1	27	79	7	143	39	20	11	29	1.87
88521773--88522111	81	4.2	80	83	4	405	39	20	10	29	1.85
88528774--88528951	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88528775--88528930	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88528771--88528951	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88536837--88537014	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
88536838--88536993	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
88536834--88537014	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
88542587--88542622	11	3.3	11	88	0	54	16	2	0	80	0.83
88545602--88545716	29	4.0	29	76	10	103	27	30	14	26	1.95
88545595--88545703	58	1.9	58	84	1	148	26	30	15	27	1.96
88547116--88547147	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
88547351--88547376	13	2.0	13	100	0	52	30	30	23	15	1.95
88558578--88558603	11	2.4	11	100	0	52	57	15	0	26	1.38
88570282--88570335	11	4.8	11	93	6	83	75	5	0	18	0.98
88570282--88570323	13	3.4	13	87	12	70	78	7	0	14	0.95
88570282--88570335	21	2.4	21	90	9	81	75	5	0	18	0.98
88570373--88570414	16	2.7	16	96	3	77	64	4	11	19	1.44
88577421--88577604	40	4.6	40	78	10	198	25	27	22	25	2.00
88577388--88577605	79	2.8	81	79	11	229	25	27	21	26	1.99
88585385--88585569	40	4.7	40	78	7	191	25	26	21	26	2.00
88585385--88585569	79	2.3	82	80	9	204	25	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88589649--88589715	33	2.0	33	88	0	98	40	8	26	23	1.84
88600194--88600266	21	3.7	21	67	14	64	50	5	35	8	1.55
88600190--88600267	38	2.1	38	97	0	147	47	5	39	7	1.54
88605638--88605681	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
88605814--88606011	51	3.9	50	80	5	229	29	26	18	25	1.98
88605821--88606007	101	1.8	102	87	5	263	31	26	18	24	1.98
88608758--88608839	42	2.0	42	85	4	112	30	24	14	30	1.95
88611457--88611544	45	2.0	45	88	0	131	32	21	18	27	1.96
88611551--88611691	51	2.8	51	79	4	158	32	24	17	25	1.96
88611552--88611723	51	3.4	50	73	10	134	31	25	15	27	1.96
88620436--88620495	26	2.4	25	80	8	59	51	1	3	43	1.28
88620766--88620828	13	4.8	13	82	0	72	33	3	25	38	1.72
88647598--88647649	27	1.9	27	88	0	77	30	11	23	34	1.90
88651135--88651231	28	3.5	28	95	1	169	25	12	28	32	1.92
88651135--88651244	28	4.0	27	90	3	114	28	11	26	33	1.91
88652749--88652792	22	2.0	22	86	0	61	9	20	40	29	1.83
88662185--88662313	46	2.8	46	91	0	204	18	18	31	31	1.95
88669656--88669831	46	3.8	46	77	12	189	19	19	30	30	1.97
88669652--88669821	93	1.8	93	93	0	295	20	19	30	29	1.97
88680242--88680272	13	2.4	13	100	0	62	41	9	35	12	1.76
88681682--88682052	40	9.3	40	86	3	412	24	22	27	25	2.00
88681726--88682052	119	2.7	120	90	1	489	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88681682--88682062	199	1.9	199	84	4	518	24	22	27	24	2.00
88688671--88688956	119	2.4	119	87	5	409	22	23	28	25	1.99
88688630--88688932	79	3.8	79	84	6	391	22	23	28	25	1.99
88688631--88688956	40	8.2	39	83	7	349	22	23	28	25	1.99
88689892--88690007	58	2.0	58	96	0	214	34	15	13	36	1.87
88690213--88690310	29	3.2	28	64	18	70	33	9	14	42	1.77
88690188--88690313	63	2.0	63	98	0	243	36	9	13	40	1.77
88716754--88716796	9	4.8	9	94	0	77	55	23	2	18	1.54
88716754--88716803	9	5.2	10	90	4	61	56	22	2	20	1.53
88718600--88718739	40	3.5	40	90	5	187	23	26	28	21	1.99
88718639--88718753	40	2.9	40	94	0	194	22	26	28	22	1.99
88720144--88720323	39	4.6	39	81	10	197	25	28	22	24	1.99
88733665--88733764	51	2.0	51	97	0	191	34	35	6	25	1.80
88733949--88734127	85	2.1	85	96	0	331	25	27	9	36	1.87
88734903--88735118	119	1.8	120	84	7	296	25	27	21	25	1.99
88734901--88735125	79	2.8	80	80	7	244	25	28	21	24	1.99
88734901--88735125	40	5.6	41	84	6	259	25	28	21	24	1.99
88736927--88737037	39	2.8	39	93	2	177	26	21	25	27	2.00
88736929--88737070	39	3.6	40	85	4	128	26	22	26	25	2.00
88739551--88739723	44	4.0	44	80	8	185	22	19	25	32	1.97
88739566--88739723	43	3.7	43	82	7	187	23	19	25	31	1.98
88742862--88742918	30	1.9	30	88	0	87	40	10	21	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88743598--88743680	26	3.3	26	66	19	75	27	14	26	31	1.95
88743589--88743838	50	5.0	50	80	2	261	26	16	26	32	1.96
88744032--88744061	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
88747878--88747903	13	2.0	13	100	0	52	7	46	0	46	1.31
88751174--88751238	9	6.9	9	91	8	103	56	23	0	20	1.42
88751174--88751238	18	3.4	19	93	6	114	56	23	0	20	1.42
88751174--88751244	20	3.7	19	90	9	108	56	22	1	19	1.50
88751999--88752134	29	4.7	29	75	8	105	38	13	23	24	1.91
88752058--88752149	29	3.1	28	80	9	96	34	17	27	20	1.95
88752070--88752149	29	2.7	30	81	9	101	33	17	30	18	1.94
88756973--88757002	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
88759347--88759391	21	2.2	20	84	4	54	28	8	17	44	1.79
88760643--88760700	29	2.0	30	86	3	82	31	37	17	13	1.89
88769996--88770026	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
88775219--88775402	40	4.6	39	79	9	185	25	22	26	25	2.00
88775274--88775425	79	1.9	79	82	7	193	27	20	25	26	1.99
88782351--88782663	120	2.6	120	89	1	450	23	19	25	31	1.98
88782351--88782663	80	3.9	80	90	1	441	23	19	25	31	1.98
88782351--88782590	40	6.0	40	98	0	444	23	19	25	32	1.97
88783289--88783433	72	2.0	72	97	0	272	35	12	19	33	1.89
88783647--88783764	61	1.9	61	92	0	200	38	12	13	34	1.83
88785858--88785902	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88791692--88791958	47	5.7	47	75	13	198	28	18	29	23	1.98
88791689--88791952	140	1.9	140	82	6	338	28	18	29	23	1.97
88805348--88805504	38	4.1	37	83	9	181	23	21	24	30	1.99
88826126--88826183	21	2.8	20	74	10	53	17	32	18	31	1.94
88833669--88833759	45	2.0	45	100	0	182	17	27	30	24	1.97
88847429--88847456	12	2.3	12	100	0	56	39	17	7	35	1.78
88852086--88852113	12	2.3	12	100	0	56	32	7	17	42	1.77
88853589--88853756	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
88853612--88853756	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
88860956--88861117	42	3.8	42	84	3	218	29	24	14	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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