genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  221  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73531847--73532088	38	6.3	38	89	2	333	31	26	22	20	1.98
73534670--73534836	24	7.0	24	97	0	307	32	0	38	28	1.62
73536248--73536358	27	4.2	26	82	5	105	16	22	20	40	1.91
73541740--73541836	24	4.0	24	94	0	158	32	2	38	26	1.68
73542799--73542830	16	2.1	15	94	5	55	50	28	18	3	1.62
73543245--73543355	27	4.1	27	82	1	125	17	23	18	40	1.91
73544539--73544575	13	2.9	13	92	4	58	21	8	21	48	1.76
73546394--73546438	22	2.0	22	100	0	90	42	17	13	26	1.86
73551271--73551372	51	2.0	51	98	0	195	34	22	17	25	1.96
73561468--73561665	27	7.3	27	83	2	218	29	22	8	39	1.83
73561468--73561657	81	2.3	81	84	1	247	30	22	7	39	1.82
73561664--73561874	27	7.8	27	83	5	241	41	20	9	28	1.83
73561717--73561931	54	3.9	54	83	6	202	41	19	8	30	1.81
73561830--73561937	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
73561991--73562051	27	2.3	27	80	5	70	37	18	24	19	1.94
73563354--73563605	27	9.3	27	83	1	272	29	22	8	38	1.84
73563354--73563605	81	3.1	80	83	3	308	29	22	8	38	1.84
73563604--73563814	27	7.8	27	84	4	248	41	20	9	28	1.82
73563792--73563877	27	3.1	27	76	17	95	39	16	9	34	1.80
73564624--73564689	25	2.6	25	90	0	96	25	28	22	22	1.99
73564629--73564706	25	3.2	25	79	15	74	23	24	25	26	2.00
73564909--73565053	31	4.7	31	86	1	204	30	15	24	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73567320--73567489	27	6.3	27	86	4	227	28	24	7	38	1.83
73567332--73567485	80	1.9	80	88	2	229	30	24	6	38	1.81
73567466--73567602	69	2.0	68	91	0	211	38	18	12	29	1.87
73567590--73567740	27	5.6	27	82	6	137	40	20	9	29	1.85
73567557--73567740	54	3.4	53	76	4	163	39	19	11	29	1.88
73567590--73567797	54	3.8	52	78	8	150	40	19	9	30	1.83
73567696--73567803	27	3.9	27	77	13	103	41	18	8	31	1.80
73567857--73567917	27	2.3	27	85	0	86	37	16	22	22	1.93
73570658--73570719	30	2.1	30	90	6	99	27	17	19	35	1.94
73576750--73576906	43	3.7	42	79	5	163	29	24	19	26	1.99
73593450--73593479	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
73605269--73605302	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
73608844--73608891	18	2.4	19	80	16	53	50	4	2	43	1.33
73613578--73613803	48	4.7	48	81	2	204	23	29	20	27	1.99
73623823--73624032	47	4.5	47	75	12	130	30	18	28	23	1.98
73629157--73629337	98	1.9	97	83	3	238	24	28	19	27	1.99
73629159--73629614	48	9.6	49	77	8	173	25	27	18	28	1.98
73629192--73629572	142	2.7	140	80	10	397	25	27	17	29	1.98
73629347--73629619	48	5.7	48	88	3	399	24	26	17	31	1.97
73630265--73630304	20	2.0	21	85	5	55	37	20	0	42	1.52
73633575--73633706	47	3.2	39	80	14	115	37	4	8	49	1.54
73633625--73633716	47	2.0	47	97	0	175	39	5	8	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73634169--73634219	20	2.7	19	82	14	61	35	1	0	62	1.06
73635815--73635856	22	1.9	22	90	9	68	42	4	16	35	1.69
73639169--73639200	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
73640219--73640301	32	2.7	32	85	7	100	43	2	1	53	1.21
73647001--73647087	43	2.0	43	85	12	117	22	18	29	28	1.97
73649595--73649668	30	2.5	30	97	0	139	18	27	37	16	1.92
73649775--73649948	62	2.8	61	84	3	204	27	21	24	25	1.99
73651106--73651138	6	5.5	6	92	0	57	57	0	27	15	1.38
73655622--73655671	25	2.0	25	100	0	100	40	28	12	20	1.87
73656706--73656784	39	2.0	40	82	2	97	44	22	1	31	1.61
73657756--73657782	7	3.9	7	100	0	54	29	0	11	59	1.32
73658449--73658552	55	1.9	55	84	4	138	25	30	20	24	1.98
73666073--73666176	55	1.9	55	85	0	145	22	32	23	22	1.98
73668959--73669011	28	1.9	27	96	3	97	37	28	5	28	1.80
73678122--73678299	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
73678123--73678278	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
73678119--73678299	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
73681647--73681698	24	2.2	24	83	13	63	17	25	23	34	1.96
73683913--73684089	85	2.1	85	92	0	291	37	19	14	28	1.90
73694635--73694764	26	5.1	26	86	1	176	29	23	20	26	1.99
73694635--73694764	52	2.6	50	91	6	201	29	23	20	26	1.99
73694814--73694870	20	2.8	20	89	0	87	31	17	14	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73694816--73694880	20	3.2	20	82	4	69	32	18	13	35	1.90
73694916--73694963	25	1.9	25	86	0	69	27	16	20	35	1.94
73701049--73701145	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
73705977--73706158	26	7.1	26	89	2	271	28	21	20	29	1.98
73706207--73706264	20	2.9	20	86	0	80	31	20	13	34	1.92
73706210--73706274	20	3.2	20	80	4	60	32	20	13	33	1.91
73708123--73708162	15	2.7	15	88	0	62	22	5	47	25	1.71
73709619--73709697	39	2.0	40	87	2	115	43	21	2	32	1.66
73720034--73720083	21	2.5	20	80	6	64	40	16	12	32	1.84
73734668--73734705	16	2.4	16	87	12	53	2	7	13	76	1.11
73740251--73740428	46	3.8	46	78	10	200	29	28	19	22	1.98
73740259--73740430	93	1.8	93	91	0	281	29	29	19	22	1.98
73742800--73742832	14	2.3	15	89	5	50	63	3	27	6	1.32
73744819--73744857	20	2.0	20	100	0	78	51	23	5	20	1.67
73748126--73748179	21	2.5	21	84	3	72	22	35	5	37	1.77
73748126--73748187	21	3.1	20	82	11	65	27	35	4	32	1.78
73756034--73756285	45	5.6	45	89	0	398	22	21	28	26	1.99
73758056--73758193	40	3.4	40	79	11	131	47	5	26	21	1.73
73758163--73758233	24	3.0	24	87	0	106	52	8	25	14	1.69
73776339--73776398	18	3.0	21	83	16	90	65	10	5	20	1.42
73779251--73779360	28	3.9	28	83	10	127	18	24	21	35	1.95
73787083--73787169	28	3.1	28	80	12	97	20	24	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73788160--73788236	29	2.7	29	81	0	91	23	28	19	28	1.98
73788160--73788249	29	3.1	29	79	4	76	25	26	17	30	1.98
73789659--73789690	16	2.0	16	93	0	55	9	6	34	50	1.60
73795189--73795227	19	2.1	19	95	0	69	20	17	41	20	1.91
73809693--73809742	22	2.3	22	82	3	66	42	22	4	32	1.72
73814331--73814549	47	4.8	45	74	13	160	25	28	19	26	1.99
73814285--73814594	94	3.3	93	78	5	313	24	29	19	27	1.98
73814377--73814582	47	4.4	44	71	12	117	23	31	18	26	1.98
73821714--73821980	48	5.7	48	70	13	144	23	29	19	27	1.98
73821713--73821983	47	5.8	46	70	15	137	23	29	19	27	1.98
73829663--73829854	40	4.8	41	90	2	257	21	21	30	25	1.99
73843423--73843476	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
73854382--73854566	40	4.6	39	89	5	248	27	27	22	22	1.99
73854363--73854566	80	2.5	79	88	6	279	26	27	22	23	1.99
73857359--73857456	43	2.3	43	90	0	151	26	14	25	33	1.94
73857408--73857599	56	3.4	56	89	1	296	28	15	22	33	1.94
73857408--73857630	56	4.0	56	87	4	213	27	14	23	33	1.94
73857408--73857630	112	2.0	112	84	6	292	27	14	23	33	1.94
73861336--73861375	21	2.0	21	90	5	64	22	30	37	10	1.87
73863501--73863688	67	2.8	67	95	0	324	31	18	30	20	1.96
73869684--73869865	56	3.2	56	89	1	285	28	15	22	33	1.94
73869685--73869906	112	2.0	112	84	5	297	29	15	22	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73871528--73871554	7	3.9	7	100	0	54	88	0	0	11	0.50
73878489--73878615	40	3.2	39	79	3	128	27	27	20	24	1.99
73886515--73886610	40	2.4	40	81	5	115	25	28	22	23	2.00
73898916--73899039	57	2.1	58	84	8	155	29	17	7	45	1.75
73907318--73907467	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73907342--73907525	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73922352--73922568	46	4.7	46	96	0	389	26	29	23	20	1.99
73936785--73936832	24	2.0	24	100	0	96	37	8	20	33	1.83
73948089--73948154	29	2.3	28	84	5	78	31	25	0	42	1.55
73949837--73949879	7	6.1	7	86	0	59	27	0	44	27	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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