genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   

This is table  227  of  276  ( 33102 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75633260--75633300	18	2.2	19	87	12	59	68	7	19	4	1.32
75636186--75636271	16	5.7	15	72	17	56	65	4	4	25	1.32
75636207--75636246	22	2.0	21	85	14	57	62	5	10	22	1.46
75638015--75638273	27	9.6	27	85	0	331	40	21	8	29	1.83
75638005--75638274	54	5.0	54	87	0	371	39	21	8	30	1.83
75638015--75638344	54	6.1	55	82	4	352	39	21	8	30	1.84
75638015--75638343	81	4.1	80	80	6	308	39	21	8	30	1.83
75638037--75638325	27	10.8	27	79	8	135	39	21	8	30	1.83
75638322--75638650	54	6.1	54	87	1	426	31	21	6	41	1.77
75638322--75638650	81	4.1	81	87	0	415	31	21	6	41	1.77
75638322--75638650	27	12.2	27	87	1	372	31	21	6	41	1.77
75638887--75638937	27	1.9	26	84	4	66	19	27	17	35	1.94
75639057--75639136	31	2.6	31	87	0	124	18	17	15	48	1.81
75639057--75639150	6	15.3	6	72	16	77	19	17	14	48	1.81
75639057--75639150	19	5.1	18	72	16	77	19	17	14	48	1.81
75644647--75644673	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
75659354--75659407	23	2.4	24	78	12	60	24	27	7	40	1.81
75660761--75660821	6	10.3	6	92	3	97	18	1	0	80	0.80
75666504--75666767	50	5.3	50	86	0	332	38	26	16	18	1.92
75666504--75666794	25	11.6	25	77	0	258	38	25	16	19	1.92
75666941--75667062	41	3.0	40	81	3	154	27	27	21	23	1.99
75667322--75667561	27	8.9	27	80	6	175	31	9	18	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75667300--75667561	54	4.9	54	76	4	206	31	9	19	40	1.83
75667320--75667536	81	2.7	82	77	5	235	30	9	18	41	1.82
75667543--75667625	27	3.1	27	84	3	114	33	21	13	31	1.92
75672839--75672940	20	4.9	20	74	9	87	44	23	17	14	1.86
75672839--75672936	42	2.3	42	87	0	133	43	24	17	14	1.86
75674196--75674240	22	2.0	22	100	0	90	44	22	0	33	1.53
75681338--75681428	24	3.7	25	81	8	89	27	18	16	37	1.92
75681364--75681472	23	4.8	24	79	18	99	27	19	16	36	1.93
75681364--75681459	45	2.1	46	84	3	122	25	20	16	37	1.93
75684164--75684216	26	2.0	26	100	0	106	50	3	7	37	1.49
75684747--75684790	11	3.6	12	82	11	54	27	2	13	56	1.49
75684810--75684859	13	3.6	14	71	15	50	34	8	12	46	1.70
75688722--75688848	27	4.7	27	80	3	150	37	22	9	29	1.86
75688803--75689052	27	9.3	27	87	2	279	36	19	18	25	1.95
75689138--75689202	11	6.1	11	75	7	62	35	13	15	35	1.87
75689140--75689188	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
75692441--75692504	27	2.4	28	76	12	71	35	25	20	18	1.95
75692492--75692786	27	11.0	27	89	0	394	25	21	17	35	1.95
75692825--75692979	27	5.7	26	81	6	139	27	8	23	40	1.83
75692852--75693004	54	2.8	54	81	4	148	28	7	21	41	1.81
75692824--75692977	82	1.9	82	81	5	186	26	8	24	40	1.84
75692906--75693004	27	3.7	27	93	0	153	29	5	21	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75694602--75694671	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
75694877--75695090	27	7.9	27	85	2	259	26	21	17	35	1.95
75694877--75695090	81	2.6	81	88	1	304	26	21	17	35	1.95
75695085--75695144	27	2.3	27	82	2	77	36	10	11	41	1.75
75695095--75695261	27	6.2	27	81	9	126	31	9	17	41	1.82
75695083--75695302	54	4.1	54	80	5	214	31	8	19	40	1.82
75695138--75695288	27	5.6	27	83	3	178	28	7	19	43	1.79
75695238--75695437	27	7.4	27	85	4	111	37	8	23	31	1.83
75695081--75695302	81	2.8	81	79	7	229	31	8	19	40	1.82
75695281--75695505	27	8.3	27	91	0	351	39	7	23	29	1.82
75700925--75700975	21	2.4	21	86	0	66	39	11	19	29	1.87
75701021--75701105	25	3.4	25	90	1	127	29	22	22	25	1.99
75701021--75701119	25	4.0	24	88	2	117	28	23	22	26	1.99
75701310--75701385	31	2.5	31	89	2	109	28	18	25	27	1.98
75703873--75703910	20	2.0	19	85	10	51	42	23	0	34	1.55
75708978--75709155	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75708999--75709154	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75717041--75717218	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
75717062--75717217	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
75719652--75719722	37	2.1	31	80	17	72	19	30	12	36	1.89
75724212--75724301	26	3.4	26	90	4	128	20	23	23	33	1.97
75728757--75728856	50	2.0	50	94	0	173	27	20	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75734131--75734187	30	1.9	30	82	7	71	22	33	26	17	1.96
75736925--75736983	27	2.2	26	82	5	73	35	22	22	20	1.96
75736943--75737005	27	2.3	27	83	5	74	38	23	22	15	1.93
75737244--75737298	27	2.1	26	93	3	92	34	23	23	18	1.96
75737550--75738683	27	42.2	27	91	2	1638	26	20	17	35	1.95
75737549--75737596	22	2.4	19	78	18	60	20	22	20	35	1.96
75738668--75738792	27	4.7	27	74	9	121	28	11	20	39	1.87
75742336--75742400	24	2.7	24	73	4	69	1	43	0	55	1.09
75742846--75743095	83	3.0	83	97	0	464	20	12	12	54	1.69
75752946--75753010	32	2.0	32	100	0	130	43	18	3	35	1.66
75753787--75753822	18	2.0	19	89	10	58	30	41	11	16	1.83
75754464--75754515	17	2.9	18	85	5	79	46	15	19	19	1.85
75754464--75754517	18	3.1	18	86	5	83	44	14	20	20	1.86
75754839--75754937	27	3.7	27	81	0	99	41	20	12	26	1.87
75757966--75758020	18	3.1	18	84	5	76	47	14	18	20	1.83
75758378--75758451	27	2.8	26	83	6	94	35	22	13	28	1.92
75760670--75760842	43	4.0	43	74	14	167	32	27	16	23	1.96
75760668--75760829	86	1.9	85	83	8	213	31	27	16	24	1.96
75762347--75762372	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
75766845--75766879	14	2.5	14	100	0	70	14	25	31	28	1.95
75772629--75772860	48	4.8	48	78	6	245	23	30	18	26	1.98
75772629--75772851	96	2.3	95	84	6	272	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75783495--75783885	151	2.6	151	90	0	611	27	18	24	29	1.98
75783749--75783832	28	3.2	28	64	25	74	23	17	30	27	1.97
75783495--75783877	101	3.8	100	76	4	297	27	18	25	29	1.98
75783504--75783888	50	7.7	50	74	4	308	28	18	24	28	1.98
75783930--75783991	31	2.0	31	100	0	124	25	12	19	41	1.87
75787419--75787462	15	2.9	15	90	6	63	13	20	13	52	1.74
75787419--75787477	30	2.0	30	83	6	75	13	20	13	52	1.74
75790442--75790832	151	2.6	151	90	0	611	27	18	24	29	1.98
75790696--75790779	28	3.2	28	64	25	74	23	17	30	27	1.97
75790442--75790824	101	3.8	100	76	4	297	27	18	25	29	1.98
75790451--75790835	50	7.7	50	74	4	308	28	18	24	28	1.98
75790877--75790938	31	2.0	31	100	0	124	25	12	19	41	1.87
75793921--75794176	54	4.8	52	78	8	212	43	20	5	30	1.74
75793945--75794260	27	11.8	27	77	8	189	41	19	7	31	1.79
75794497--75794603	41	2.6	41	83	2	126	26	19	26	28	1.99
75794504--75794618	41	2.8	40	77	6	124	24	22	26	26	2.00
75794761--75794846	25	3.4	25	78	1	100	17	16	25	40	1.90
75808234--75808344	56	2.0	56	94	0	195	38	18	16	27	1.91
75808994--75809023	11	2.9	10	90	9	51	20	0	10	70	1.16
75809269--75809379	56	2.0	56	94	0	195	27	16	18	38	1.91
75814008--75814046	18	2.2	18	100	0	78	30	23	17	28	1.97
75819917--75819968	20	2.7	20	81	3	61	30	7	0	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75819932--75819971	20	2.0	20	95	0	71	25	7	0	67	1.16
75823535--75823654	42	2.9	42	77	5	118	35	23	17	24	1.96
75825041--75825262	47	4.6	47	76	11	207	25	11	27	35	1.90
75825033--75825233	100	2.0	100	97	1	377	27	9	26	35	1.88
75832409--75832468	19	3.3	19	64	17	54	35	20	20	25	1.96
75832408--75832479	36	2.0	36	100	0	144	33	19	22	25	1.97
75833109--75833235	55	2.3	55	81	5	141	28	25	28	18	1.98
75842206--75842230	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
75845959--75845984	12	2.2	12	100	0	52	46	0	0	53	1.00
75848021--75848047	13	2.1	13	100	0	54	40	14	29	14	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276