genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  199  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66045109--66045146	20	1.9	20	88	0	58	42	18	5	34	1.73
66051078--66051325	55	4.7	54	75	12	230	37	17	23	21	1.94
66051085--66051284	107	1.8	110	86	7	293	36	17	24	22	1.95
66052761--66052901	40	3.5	40	88	4	205	26	25	22	25	2.00
66056015--66056168	42	3.6	42	79	1	146	30	17	22	29	1.97
66056057--66056168	43	2.6	42	80	2	116	28	17	24	29	1.97
66070846--66071167	161	2.0	161	98	0	617	26	26	15	31	1.96
66081756--66081879	38	3.2	38	80	6	133	27	25	22	25	2.00
66084748--66084772	12	2.1	12	100	0	50	76	0	24	0	0.80
66089345--66089399	18	3.1	18	79	7	51	34	10	9	45	1.71
66090179--66090255	27	2.9	27	80	3	102	41	7	19	31	1.80
66092882--66092961	42	1.9	42	87	5	117	36	28	10	25	1.88
66097219--66097399	23	7.9	22	69	17	93	24	22	17	35	1.95
66097219--66097399	46	4.0	44	80	7	182	24	22	17	35	1.95
66101237--66101325	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
66101237--66101316	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
66101248--66101325	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
66104323--66104494	46	3.7	46	77	13	181	29	28	20	22	1.98
66104328--66104499	93	1.8	93	91	0	281	28	29	20	21	1.98
66119395--66119561	46	3.6	48	80	8	161	23	31	17	27	1.97
66119441--66119611	94	1.8	92	84	9	231	22	27	19	30	1.98
66123804--66123867	32	2.0	32	96	0	119	39	21	9	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66127907--66127946	15	2.7	15	96	0	71	47	0	37	15	1.45
66131722--66131764	21	2.0	21	100	0	86	32	25	32	9	1.88
66137577--66137664	46	1.9	46	88	0	122	27	30	22	19	1.98
66141993--66142130	66	2.1	65	85	8	181	42	18	23	15	1.89
66142468--66142617	43	3.5	43	86	0	183	22	17	28	32	1.96
66142496--66142658	43	3.8	43	88	0	191	24	15	28	31	1.95
66153653--66153709	29	2.0	29	100	0	114	59	7	21	12	1.56
66156593--66156828	128	1.8	128	88	1	366	35	15	19	29	1.93
66165778--66165891	59	1.9	59	94	0	201	35	23	11	28	1.90
66169542--66170352	49	16.6	49	100	0	1622	24	20	28	26	1.99
66181302--66181561	40	6.3	40	84	7	256	26	21	27	24	2.00
66181365--66181460	48	2.0	48	95	0	174	29	23	23	22	1.99
66181325--66181488	88	1.9	88	89	2	258	27	23	26	22	1.99
66181417--66181594	79	2.2	80	81	2	198	24	21	28	24	1.99
66181911--66182029	59	2.0	59	98	0	229	15	24	20	39	1.91
66189328--66189550	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
66189403--66189585	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
66191305--66191451	73	2.0	73	97	0	276	34	39	12	12	1.82
66197346--66197568	40	5.6	40	85	3	227	25	21	27	26	1.99
66197421--66197603	79	2.3	80	81	1	217	26	20	27	25	1.99
66204360--66204448	44	2.0	44	82	4	108	22	22	16	38	1.93
66208744--66208966	46	4.7	49	77	10	185	26	18	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66208840--66209014	49	3.6	48	83	7	185	25	18	30	25	1.98
66213371--66213633	40	6.6	40	88	3	325	24	20	27	26	1.99
66213410--66213668	80	3.3	80	85	3	256	25	20	27	25	1.99
66221321--66221663	40	8.6	40	91	2	485	24	20	27	27	1.99
66225812--66225846	13	2.6	13	86	4	52	74	0	11	14	1.08
66225814--66225885	18	3.8	18	77	14	65	73	0	20	5	1.03
66225839--66225885	18	2.6	17	81	12	67	74	0	25	0	0.82
66225839--66225884	12	3.9	11	83	13	56	76	0	23	0	0.79
66225839--66225890	19	2.8	19	78	16	65	75	0	25	0	0.81
66226498--66226530	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
66231492--66231526	13	2.6	13	86	4	52	74	0	11	14	1.08
66232662--66232688	6	4.5	6	100	0	54	18	18	14	48	1.82
66232820--66232879	18	3.3	18	78	0	66	45	11	13	30	1.79
66246224--66246408	40	4.6	40	80	3	192	25	24	22	27	2.00
66246224--66246408	80	2.3	81	82	4	223	25	24	22	27	2.00
66254264--66254476	40	5.3	40	75	6	191	24	25	22	26	2.00
66254300--66254474	80	2.2	81	82	5	221	24	25	22	27	2.00
66259774--66260131	93	3.8	93	98	0	682	28	29	20	21	1.98
66259767--66260131	46	7.8	49	77	16	382	29	29	20	21	1.98
66264211--66264295	43	2.0	43	90	2	136	24	31	3	40	1.72
66272460--66272604	40	3.7	40	79	12	147	26	22	26	24	2.00
66292467--66292762	48	6.1	48	91	5	479	35	7	26	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66292467--66292762	145	2.0	146	91	4	483	35	7	26	30	1.83
66292476--66292803	145	2.3	144	86	4	410	34	8	27	29	1.86
66292909--66293016	37	2.9	37	94	0	180	23	18	31	26	1.97
66308209--66308249	14	2.9	14	81	0	55	39	29	7	24	1.82
66316224--66316262	21	1.9	19	85	10	51	23	30	17	28	1.97
66321491--66321578	44	2.0	44	95	0	158	29	23	11	35	1.90
66333541--66333718	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
66333562--66333717	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
66348881--66348965	6	13.5	6	77	18	75	78	5	1	14	0.99
66348881--66348952	32	2.2	32	83	13	87	77	6	0	15	0.96
66350983--66351017	13	2.7	13	95	0	61	62	5	0	31	1.18
66351230--66351286	21	2.8	20	86	5	78	33	15	24	26	1.95
66351972--66352003	16	2.1	16	94	5	57	71	0	12	15	1.14
66352006--66352074	26	2.6	27	76	2	77	73	4	5	15	1.18
66355671--66355757	40	2.2	40	85	0	111	35	19	26	18	1.95
66355795--66355858	31	2.1	31	100	0	128	42	6	12	39	1.68
66360210--66360387	46	3.8	46	78	4	196	28	27	20	23	1.99
66360218--66360389	93	1.8	93	89	0	272	27	28	20	23	1.99
66364924--66365125	43	4.8	43	84	7	281	33	33	22	10	1.89
66365115--66365142	14	2.0	14	100	0	56	28	42	14	14	1.84
66368976--66369170	37	5.3	37	93	0	336	25	32	18	23	1.97
66369311--66369442	48	2.8	48	95	0	237	29	27	6	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66373026--66373101	40	1.9	40	91	0	125	26	26	23	23	2.00
66373158--66373349	40	4.8	40	89	0	276	26	29	20	23	1.99
66372964--66373254	146	2.0	146	98	1	566	28	28	22	20	1.99
66380427--66380658	40	5.8	40	92	1	315	26	28	20	24	1.99
66387461--66387508	14	3.4	14	82	0	51	43	4	31	20	1.71
66392001--66392039	18	2.1	19	85	4	53	7	23	2	66	1.30
66392051--66392096	18	2.6	18	82	0	56	13	17	2	67	1.33
66392063--66392087	12	2.1	12	100	0	50	8	16	0	76	1.02
66392089--66392120	12	2.7	12	95	0	55	25	18	12	43	1.85
66392169--66392232	5	12.6	5	74	21	53	1	15	4	78	1.00
66392169--66392232	20	3.2	20	78	8	76	1	15	4	78	1.00
66393147--66393190	11	4.2	10	85	8	61	18	6	4	70	1.27
66393150--66393193	21	2.1	21	91	8	72	22	4	4	68	1.27
66395646--66395695	21	2.5	20	84	9	66	42	18	20	20	1.90
66398307--66398344	20	1.9	20	100	0	76	47	21	15	15	1.82
66405727--66405833	56	1.9	56	84	3	144	24	20	13	42	1.87
66406456--66406510	20	2.8	20	88	0	83	29	16	29	25	1.97
66406961--66406995	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
66408166--66408236	14	5.2	13	69	14	54	81	2	11	4	0.93
66410295--66410335	21	2.0	21	95	0	73	70	0	21	7	1.11
66411679--66411713	13	2.7	13	95	0	61	31	0	5	62	1.18
66412991--66413030	19	2.1	19	86	9	55	27	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66414620--66414791	46	3.7	46	79	13	208	29	28	20	21	1.98
66414625--66414795	93	1.8	93	93	0	297	29	29	20	21	1.98
66415215--66415274	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
66418220--66418279	29	2.1	29	93	0	102	26	0	31	41	1.56
66422321--66422383	5	12.0	5	79	15	58	76	3	17	3	1.05
66422321--66422383	11	6.0	10	74	20	58	76	3	17	3	1.05
66422431--66422461	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
66422464--66422488	12	2.1	12	100	0	50	76	0	16	8	1.02
66422458--66422513	18	3.1	18	79	5	60	69	1	19	8	1.24
66422464--66422545	30	2.7	31	81	5	96	64	0	21	13	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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