genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  264  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87477863--87477895	7	4.7	7	100	0	66	42	0	0	57	0.98
87484772--87484860	21	4.1	21	82	5	81	11	23	10	55	1.65
87484792--87484843	21	2.5	21	96	0	95	9	23	11	55	1.64
87488057--87488368	46	6.8	46	69	20	199	29	29	19	20	1.97
87488014--87488368	182	2.0	182	94	2	624	30	30	19	20	1.97
87488242--87488387	46	3.1	47	75	9	140	29	27	20	22	1.99
87490293--87490355	15	4.1	16	80	12	78	58	12	15	12	1.63
87493076--87493205	47	2.8	46	75	4	136	30	29	20	20	1.98
87493118--87493403	154	1.9	154	100	0	572	29	27	17	25	1.97
87494448--87494528	9	9.0	9	70	0	54	29	8	25	35	1.86
87494447--87494528	18	4.6	18	89	0	110	29	9	25	35	1.88
87502736--87502763	14	2.0	14	100	0	56	14	14	0	71	1.15
87502760--87502838	5	14.2	6	80	17	66	32	2	16	48	1.60
87502761--87502842	11	7.5	11	69	23	50	32	2	17	47	1.60
87502797--87502842	20	2.2	21	92	7	85	32	0	19	47	1.50
87515866--87516038	46	3.8	45	77	13	172	22	20	27	30	1.98
87515863--87516033	93	1.8	93	91	2	281	22	20	28	29	1.98
87523260--87523432	46	3.7	46	73	11	156	22	19	27	31	1.98
87523257--87523427	93	1.8	93	91	2	281	22	19	28	30	1.98
87530997--87531374	40	9.5	40	90	2	467	25	28	23	23	2.00
87545246--87545429	67	2.8	64	76	11	187	28	17	30	22	1.97
87558583--87558616	6	6.0	6	86	13	54	52	0	29	17	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87558582--87558617	11	3.3	11	100	0	72	52	0	27	19	1.46
87559770--87559843	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
87562366--87562399	18	1.9	17	88	5	50	8	20	17	52	1.71
87575746--87575859	57	2.0	57	100	0	228	28	22	24	24	2.00
87593628--87593800	46	3.8	45	79	11	190	21	19	28	30	1.98
87593625--87593795	93	1.8	93	92	2	290	21	19	29	29	1.98
87599382--87599652	135	2.0	135	100	0	542	25	25	14	35	1.93
87601892--87601939	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
87604279--87604371	43	2.2	43	96	0	168	40	16	12	30	1.85
87604926--87605096	93	1.8	93	92	0	288	28	29	20	21	1.98
87604918--87605093	46	3.8	46	77	10	196	29	29	19	21	1.98
87607480--87607568	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
87607480--87607559	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
87607491--87607568	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
87609768--87609827	30	2.0	30	86	0	84	26	26	8	38	1.85
87612344--87612452	29	3.8	29	81	6	116	24	31	16	27	1.96
87616916--87617067	29	5.4	28	79	6	130	27	32	12	27	1.93
87616916--87617067	57	2.7	57	82	9	159	27	32	12	27	1.93
87617136--87617171	19	1.9	18	88	5	54	16	38	16	27	1.90
87622344--87622568	40	5.7	39	87	3	272	25	28	22	23	1.99
87622344--87622568	79	2.8	78	83	4	272	25	28	22	23	1.99
87627828--87627958	27	4.9	27	83	4	158	25	14	19	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87629425--87629491	27	2.5	26	80	9	64	29	22	11	35	1.90
87634697--87634745	24	2.0	24	100	0	98	55	12	8	24	1.64
87639184--87639356	46	3.8	45	84	7	224	25	29	20	24	1.99
87639184--87639351	93	1.8	90	86	6	239	24	29	21	24	1.99
87645306--87645416	27	4.2	26	87	5	150	37	21	24	16	1.93
87645831--87645860	8	3.8	8	90	0	51	13	23	13	50	1.77
87646824--87646918	24	4.0	24	90	0	136	26	36	3	33	1.72
87654019--87654116	28	3.5	27	86	6	117	30	26	15	27	1.96
87660539--87660624	43	2.0	44	90	2	138	23	20	31	24	1.98
87660903--87661287	38	10.1	38	94	0	644	20	22	25	31	1.98
87661284--87661414	45	3.0	44	82	8	144	29	22	24	24	1.99
87666642--87666685	8	5.4	8	82	15	54	36	2	0	61	1.09
87666641--87666685	16	2.7	18	80	16	60	35	2	0	62	1.08
87674474--87674591	42	2.8	43	76	2	123	31	14	22	31	1.94
87677433--87677516	37	2.3	37	91	4	134	30	21	25	22	1.98
87683676--87683792	37	3.2	36	83	10	146	29	18	25	25	1.98
87683779--87683906	48	2.7	48	88	2	177	28	17	25	27	1.98
87683833--87683929	48	2.2	44	83	14	119	27	14	28	28	1.95
87689555--87689980	47	9.1	47	94	0	717	33	11	28	26	1.91
87689624--87689698	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
87689859--87689933	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
87693702--87693829	35	3.6	35	88	1	166	41	34	10	13	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87713982--87714073	48	1.9	48	88	0	139	30	28	17	23	1.97
87724082--87724132	25	2.0	25	100	0	102	39	19	11	29	1.87
87727445--87727607	86	1.9	85	82	6	204	33	25	16	25	1.96
87727445--87727614	43	4.0	43	74	11	159	32	25	16	25	1.96
87729299--87729353	26	2.1	26	100	0	110	43	0	3	52	1.18
87733940--87733990	25	2.0	25	84	0	66	17	15	27	39	1.90
87742923--87743034	54	2.1	54	84	0	143	32	22	7	38	1.81
87742948--87743078	27	4.9	27	90	0	181	29	19	7	42	1.79
87743056--87743303	27	9.2	27	76	6	216	40	20	8	30	1.81
87742983--87743143	54	3.0	54	79	2	144	36	19	7	37	1.80
87742935--87743132	81	2.4	81	75	1	209	35	20	7	36	1.81
87743070--87743303	81	2.9	79	85	4	306	41	19	8	30	1.80
87745135--87745316	80	2.3	80	86	4	244	26	21	27	24	1.99
87745135--87745290	40	3.9	40	88	3	242	25	21	28	24	1.99
87753209--87753393	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
87753210--87753393	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
87753262--87753426	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
87754807--87754858	27	1.9	27	84	7	70	38	11	13	36	1.81
87754912--87754998	27	3.2	27	83	3	95	34	17	26	21	1.95
87772092--87772199	43	2.5	42	82	8	119	32	26	15	25	1.96
87776020--87776064	20	2.2	20	80	0	54	4	31	4	60	1.37
87777280--87777439	27	5.9	27	82	2	162	40	20	8	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87777846--87777897	27	1.9	27	88	0	77	25	19	13	42	1.87
87778095--87778196	27	3.8	27	77	5	107	19	18	19	42	1.90
87777810--87778284	247	1.9	247	96	0	887	21	21	18	38	1.94
87778246--87778308	22	2.9	22	90	0	99	14	23	23	38	1.92
87780722--87780758	20	1.9	18	89	10	56	35	21	0	43	1.53
87783178--87783308	47	2.8	47	85	2	174	33	28	15	22	1.94
87792145--87792179	15	2.4	15	95	4	63	0	25	0	74	0.82
87794038--87794552	48	10.7	48	77	3	464	24	27	18	29	1.98
87799325--87799371	20	2.2	21	82	14	53	63	12	0	23	1.28
87800698--87800763	31	2.1	31	83	8	80	43	0	24	31	1.54
87800708--87800771	31	2.1	30	85	8	92	37	0	25	37	1.56
87805325--87805556	56	4.1	56	89	6	371	23	21	8	46	1.79
87807162--87807220	31	1.9	30	86	10	84	61	8	13	16	1.56
87811083--87811107	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
87813713--87814011	91	3.1	99	81	13	304	46	3	3	47	1.33
87813678--87813936	91	2.8	91	98	0	491	47	3	2	47	1.32
87814086--87814127	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
87814077--87814118	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
87829534--87829655	61	2.0	61	100	0	244	29	16	13	40	1.86
87831409--87831607	2	103.5	2	74	7	99	1	58	0	40	1.05
87831415--87831579	18	9.5	18	71	16	125	1	60	0	38	1.05
87831423--87831607	32	6.2	32	73	19	123	1	59	0	39	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87833733--87833776	22	2.0	22	90	0	70	59	0	0	40	0.98
87833723--87833775	10	5.1	10	82	8	52	64	0	0	35	0.94
87839036--87839161	43	3.0	44	72	19	113	32	25	17	24	1.97
87845745--87845797	10	5.1	10	80	8	52	58	3	0	37	1.16
87845755--87845798	22	2.0	22	95	0	79	54	2	0	43	1.12
87846954--87847013	27	2.4	23	75	19	66	31	11	21	35	1.90
87846960--87847012	27	2.0	27	96	0	97	30	11	24	33	1.90
87846965--87847055	27	3.4	26	81	6	92	23	12	28	36	1.90
87848936--87849119	40	4.6	40	80	10	180	26	23	25	24	2.00
87848936--87849155	80	2.8	79	82	6	243	25	23	25	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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