genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  226  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75330488--75330876	142	2.7	142	94	1	672	28	30	8	31	1.87
75344199--75344228	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
75350283--75350370	43	2.0	43	95	0	158	44	17	3	35	1.65
75352596--75352661	6	10.8	6	75	15	64	48	15	19	16	1.81
75352647--75352699	19	2.8	19	94	0	88	43	11	24	20	1.85
75352617--75352677	25	2.4	25	100	0	122	45	14	22	16	1.84
75352666--75352733	31	2.2	31	78	0	73	48	11	17	22	1.79
75352879--75353012	67	2.0	68	88	2	198	31	20	27	20	1.97
75353234--75353454	27	8.2	27	88	1	273	40	7	23	28	1.82
75353234--75353481	81	3.1	80	81	3	284	39	7	23	29	1.82
75354639--75354726	6	14.3	6	71	17	65	47	13	18	20	1.82
75354648--75354726	31	2.5	31	93	0	131	48	12	18	20	1.81
75355096--75355160	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
75355614--75355916	27	11.2	27	88	1	355	27	20	17	33	1.95
75355614--75355997	54	7.1	54	79	5	325	27	17	18	36	1.94
75355899--75355970	27	2.7	27	95	0	126	27	5	25	41	1.77
75355615--75355909	81	3.6	81	87	1	414	27	21	17	33	1.95
75356002--75356199	27	7.3	27	83	2	245	40	8	23	28	1.83
75356002--75356199	81	2.4	81	88	1	281	40	8	23	28	1.83
75356045--75356219	81	2.2	80	84	3	242	40	8	20	30	1.82
75356180--75356350	27	6.3	27	74	8	112	33	9	16	40	1.81
75356178--75356350	54	3.2	54	72	5	168	32	9	17	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75356933--75357496	307	1.8	307	92	0	950	31	28	12	27	1.93
75367628--75367755	27	4.7	27	83	3	159	28	22	8	39	1.84
75367650--75367754	54	1.9	54	94	3	185	28	20	8	41	1.82
75367653--75367874	27	8.2	27	77	5	85	35	21	9	33	1.85
75367734--75367876	54	2.6	51	72	11	133	39	21	9	29	1.84
75367851--75367936	27	3.1	27	77	14	86	40	13	9	36	1.77
75367990--75368054	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
75368856--75369029	26	6.8	26	93	0	264	26	22	22	28	1.99
75369288--75369371	31	2.7	31	90	1	125	29	15	25	29	1.96
75372235--75372276	20	2.1	20	86	0	57	42	11	0	45	1.41
75374399--75374501	49	2.0	51	87	11	147	21	25	19	33	1.97
75380522--75380555	16	2.1	16	94	0	59	47	20	23	8	1.78
75381215--75381255	16	2.6	16	88	0	64	48	14	21	14	1.80
75381467--75381581	29	4.0	28	79	2	113	28	15	26	28	1.96
75382653--75382686	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
75385719--75385756	16	2.4	16	82	4	51	47	18	21	13	1.82
75385980--75386102	29	4.4	28	80	8	115	29	14	27	28	1.95
75390350--75390467	27	4.4	27	85	2	148	27	15	18	38	1.91
75390364--75390479	54	2.1	54	80	3	126	26	17	19	36	1.94
75390850--75390892	18	2.4	18	88	7	61	16	18	16	48	1.81
75393060--75393232	46	3.7	46	78	11	192	21	20	27	30	1.98
75393057--75393227	93	1.8	93	91	2	281	21	21	28	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75393457--75393494	19	2.0	20	85	15	53	34	0	26	39	1.57
75395494--75395654	43	3.8	42	77	6	153	31	25	18	24	1.98
75398889--75399083	98	2.0	98	98	0	381	30	6	26	36	1.81
75400081--75400232	27	5.6	27	92	3	232	27	13	28	30	1.94
75400081--75400232	55	2.8	55	92	0	241	27	13	28	30	1.94
75401351--75401688	169	2.0	169	97	0	640	33	17	21	27	1.96
75404063--75404204	70	2.0	70	97	0	266	51	17	6	24	1.68
75404473--75404591	6	19.3	6	67	17	66	48	12	18	20	1.80
75404494--75404563	25	2.8	25	88	0	104	47	11	21	20	1.81
75404518--75404591	31	2.4	31	88	0	103	47	12	18	21	1.81
75404777--75404919	67	2.1	67	92	2	234	30	22	28	18	1.98
75405144--75405410	27	9.9	27	84	2	295	42	5	20	31	1.76
75405144--75405409	81	3.3	80	85	2	345	42	5	20	31	1.75
75405147--75405417	134	2.0	134	83	0	317	42	5	19	31	1.75
75405423--75405480	26	2.2	27	81	9	66	27	8	25	37	1.85
75418660--75418713	27	2.0	27	88	0	81	38	7	12	40	1.72
75418954--75419198	49	4.9	49	76	3	222	27	17	25	28	1.98
75421126--75421165	19	2.1	19	85	0	53	40	15	0	45	1.46
75422792--75422820	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
75427912--75427943	14	2.2	15	94	5	57	56	18	0	25	1.42
75430903--75430927	8	3.1	8	100	0	50	24	36	0	40	1.55
75430916--75430946	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75430913--75430952	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
75431140--75431394	55	4.8	54	77	10	224	22	24	16	35	1.95
75431732--75431885	78	2.0	78	89	2	238	33	24	7	34	1.84
75436302--75436358	13	4.4	13	78	8	53	29	3	15	50	1.61
75436388--75436440	14	3.9	14	92	7	83	32	1	15	50	1.54
75441383--75441430	22	2.2	22	100	0	96	41	18	12	27	1.86
75444376--75444423	20	2.4	20	82	0	60	50	6	8	35	1.58
75447016--75447131	40	2.9	40	85	6	171	25	24	25	25	2.00
75449866--75450114	77	3.2	77	77	9	243	49	11	9	29	1.70
75449903--75450114	82	2.7	81	79	10	213	49	11	8	30	1.69
75449903--75450252	81	4.4	81	79	5	275	46	10	10	32	1.72
75450872--75450920	20	2.5	20	86	0	62	53	8	8	30	1.60
75453186--75453333	60	2.5	60	100	0	296	33	9	15	41	1.80
75458666--75458759	10	10.0	10	72	18	53	46	1	5	46	1.32
75458634--75458848	65	3.3	65	92	3	360	44	0	8	46	1.40
75458729--75458759	9	3.3	9	91	8	53	54	0	0	45	0.99
75464699--75464768	35	2.0	35	100	0	140	34	22	11	31	1.90
75486323--75486351	14	2.0	15	93	6	51	82	0	17	0	0.66
75488310--75488487	27	6.6	27	85	3	214	30	28	14	26	1.95
75488331--75488486	82	1.9	81	89	3	242	30	28	14	26	1.95
75505992--75506042	19	2.7	19	84	6	68	49	17	23	9	1.77
75508738--75508776	6	6.5	6	84	0	51	12	7	0	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75508737--75508796	24	2.5	23	79	15	59	16	6	0	76	0.99
75533000--75533059	27	2.2	27	82	5	68	26	15	25	33	1.95
75537113--75537184	32	2.2	32	92	0	117	26	13	26	33	1.94
75538880--75539072	6	31.3	6	71	16	128	49	13	17	19	1.80
75538912--75539044	19	6.8	19	71	19	103	48	15	18	18	1.81
75538907--75539001	37	2.5	37	86	5	120	48	13	18	18	1.81
75538907--75539072	62	2.7	62	91	0	269	48	14	18	18	1.81
75538968--75539050	37	2.2	37	84	0	112	46	15	18	19	1.83
75538907--75539072	25	6.7	25	80	8	123	48	14	18	18	1.81
75539487--75539792	27	11.3	27	80	6	271	24	18	18	38	1.93
75539491--75539782	81	3.6	81	89	0	415	25	19	17	38	1.93
75539774--75540168	27	14.7	27	81	5	331	31	7	21	40	1.81
75539829--75540168	81	4.2	81	83	3	391	30	7	21	40	1.81
75539883--75540168	27	10.6	27	86	1	387	31	6	20	41	1.79
75539883--75540184	107	2.8	107	87	2	417	31	6	20	40	1.79
75543333--75543374	20	2.0	21	95	4	77	21	26	4	47	1.70
75544515--75544584	31	2.2	32	92	2	115	22	14	31	31	1.94
75562251--75562362	24	4.6	24	78	4	109	25	31	16	25	1.97
75562251--75562362	49	2.3	48	83	4	127	25	31	16	25	1.97
75564906--75565076	93	1.8	93	92	0	288	29	29	19	21	1.98
75564898--75565073	46	3.8	46	79	12	198	30	28	19	21	1.97
75567148--75567199	21	2.5	21	93	6	88	19	23	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75567529--75567570	14	3.0	14	80	19	52	16	19	0	64	1.30
75571433--75571472	20	2.0	20	85	0	53	37	20	0	42	1.52
75571722--75571854	53	2.5	53	82	4	169	23	24	18	33	1.97
75571722--75571918	55	3.6	52	77	10	166	23	24	16	35	1.95
75574035--75574958	40	23.1	40	98	0	1737	29	27	20	22	1.98
75588968--75589033	34	1.9	34	93	6	116	34	27	22	15	1.94
75612208--75612358	40	3.8	39	87	4	196	22	29	24	23	1.99
75612293--75612951	329	2.0	328	95	0	1183	32	25	14	28	1.94
75612995--75613117	62	2.0	62	91	3	203	14	26	18	40	1.89
75619025--75619136	29	3.9	29	75	5	102	25	31	15	28	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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