genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.253.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  253  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83803080--83803147	33	2.1	33	100	0	136	47	20	2	29	1.65
83807188--83807228	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
83808307--83808332	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
83809709--83810714	40	25.2	40	98	0	1926	22	22	27	27	1.99
83812354--83812559	27	7.7	27	84	3	238	24	15	18	41	1.89
83814611--83814672	26	2.3	26	83	8	72	35	27	11	25	1.90
83814776--83814890	54	2.1	53	85	3	149	18	20	22	38	1.94
83814776--83814890	27	4.3	27	81	7	117	18	20	22	38	1.94
83815269--83815363	40	2.4	40	91	1	147	23	24	27	25	2.00
83817003--83817208	27	7.7	27	84	3	238	24	15	18	41	1.89
83819260--83819321	26	2.3	26	83	8	72	35	27	11	25	1.90
83819425--83819539	54	2.1	53	85	3	149	18	20	22	38	1.94
83819425--83819539	27	4.3	27	81	7	117	18	20	22	38	1.94
83821446--83821570	39	3.2	39	87	0	187	24	23	29	23	1.99
83828222--83828493	46	5.9	46	95	0	472	20	20	29	29	1.98
83835404--83835579	46	3.8	46	76	12	189	21	22	28	27	1.99
83835401--83835572	93	1.8	93	92	0	290	21	22	29	26	1.99
83843825--83844400	299	1.9	299	96	1	1066	34	8	22	34	1.85
83844542--83844644	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
83845913--83846124	106	2.0	106	100	0	424	24	14	22	38	1.91
83846808--83846991	40	4.6	41	81	12	199	25	22	27	25	2.00
83846808--83846991	79	2.3	81	81	11	213	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83846860--83847024	79	2.1	79	81	8	185	26	21	27	25	1.99
83847862--83847967	53	2.0	53	98	0	203	18	21	28	31	1.97
83854783--83855044	39	6.7	40	87	7	337	25	22	27	24	2.00
83855636--83855698	32	1.9	33	83	3	83	22	26	26	23	2.00
83855836--83855904	27	2.6	27	83	0	75	34	23	26	15	1.95
83856331--83856372	19	2.3	19	88	8	61	19	42	21	16	1.89
83862762--83863084	65	5.0	65	100	0	646	32	21	21	24	1.98
83863791--83863872	41	2.0	41	95	0	146	30	25	13	30	1.94
83865187--83865233	21	2.2	21	92	0	76	10	40	12	36	1.78
83868662--83868734	36	2.0	36	91	0	119	23	30	15	31	1.95
83874965--83875059	40	2.4	40	85	0	127	34	22	18	24	1.96
83876398--83876438	20	2.0	20	95	0	73	41	19	4	34	1.73
83876612--83876705	47	1.9	50	82	6	122	35	20	21	23	1.96
83890529--83890695	27	6.2	27	84	6	187	38	19	10	31	1.85
83890544--83890696	54	2.8	53	87	2	216	39	19	9	31	1.84
83890545--83890742	80	2.4	79	81	8	220	38	20	9	30	1.85
83890544--83890739	27	7.3	26	77	5	124	39	20	9	30	1.84
83890720--83890778	27	2.2	27	81	0	64	32	32	6	28	1.83
83890529--83890770	107	2.3	107	79	7	267	37	21	9	31	1.86
83890762--83890940	54	3.3	53	85	6	234	35	19	18	25	1.95
83890762--83890957	27	7.3	26	80	5	194	35	19	19	25	1.96
83890796--83890955	81	2.0	81	85	2	214	36	16	21	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83891113--83891155	19	2.3	19	100	0	86	23	4	48	23	1.69
83900442--83900625	40	4.6	40	90	0	287	21	28	20	29	1.98
83900442--83900625	80	2.3	80	96	0	332	21	28	20	29	1.98
83900732--83900839	40	2.7	40	95	0	189	21	26	20	31	1.98
83909414--83909634	40	5.5	40	93	0	379	21	28	20	29	1.98
83909617--83909651	17	2.1	17	100	0	70	11	28	34	25	1.91
83909415--83909678	120	2.2	118	87	5	370	21	26	21	30	1.98
83909634--83909679	23	2.0	23	100	0	92	17	21	26	34	1.95
83913235--83913327	46	2.0	46	100	0	186	32	8	24	34	1.86
83927634--83927686	26	2.1	26	82	6	65	28	20	18	32	1.97
83927650--83927790	24	5.9	23	74	11	106	35	17	21	26	1.95
83931761--83931814	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
83931815--83931960	27	5.4	27	78	0	148	28	20	16	34	1.94
83937325--83937384	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
83937423--83937474	27	2.0	26	88	3	77	34	19	26	19	1.95
83938118--83938263	27	5.4	27	84	0	184	25	19	19	36	1.95
83942000--83942129	27	4.9	27	80	1	100	25	19	19	36	1.95
83942064--83942146	27	3.1	27	94	1	141	16	18	22	42	1.89
83946064--83946089	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
83946586--83946796	29	7.2	29	85	6	284	37	17	24	20	1.94
83946586--83946796	88	2.4	85	83	10	273	37	17	24	20	1.94
83946586--83946815	117	2.0	117	91	0	370	37	15	25	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83951975--83952031	27	2.1	27	100	0	114	22	21	3	52	1.62
83954646--83954727	40	2.0	40	92	0	137	29	19	28	23	1.98
83955297--83955365	31	2.3	31	94	2	122	27	5	14	52	1.64
83966804--83967008	40	5.1	40	85	4	245	26	27	21	24	1.99
83971625--83971741	58	2.0	58	98	0	225	27	14	20	37	1.92
83978065--83978200	68	2.0	68	98	0	263	55	14	20	9	1.67
83979917--83979985	33	2.1	33	97	0	129	37	31	7	23	1.82
83982187--83982245	24	2.5	24	86	2	84	59	6	11	22	1.56
83985528--83985651	62	2.0	62	100	0	248	32	14	8	45	1.74
83989857--83990037	40	4.4	41	82	1	195	29	27	16	25	1.97
84001655--84001722	34	2.0	34	88	0	100	50	14	17	17	1.79
84016854--84017022	46	3.7	47	77	11	151	27	20	28	23	1.99
84017741--84017803	29	2.2	28	83	8	81	20	28	28	22	1.98
84020416--84020450	4	9.0	4	93	6	63	48	0	0	51	1.00
84030426--84030504	39	2.0	39	100	0	158	26	27	10	35	1.89
84031734--84031793	15	3.9	15	72	12	50	65	5	0	30	1.14
84031731--84031805	10	7.8	10	70	24	54	62	4	0	33	1.14
84031837--84031895	29	2.1	28	84	9	75	67	0	3	28	1.06
84031859--84031903	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
84033841--84033916	7	10.9	7	75	0	62	26	36	1	35	1.65
84033841--84033916	28	2.7	28	79	0	80	26	36	1	35	1.65
84035904--84036046	61	2.3	61	77	2	153	31	23	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84047681--84047774	47	2.0	47	97	0	179	15	6	25	52	1.67
84050932--84051045	53	2.1	53	83	4	140	41	2	21	35	1.67
84051732--84051843	53	2.1	53	86	8	156	36	3	25	34	1.73
84050929--84053511	800	3.2	800	95	0	4470	34	10	20	34	1.87
84052532--84052643	53	2.1	53	86	8	156	36	3	25	34	1.73
84053333--84053444	53	2.1	54	83	5	138	39	2	23	34	1.69
84055880--84055969	21	4.3	21	91	0	144	15	44	17	22	1.86
84057620--84057687	26	2.7	25	81	2	91	35	26	23	14	1.94
84062266--84062318	26	2.0	26	82	7	63	24	16	22	35	1.95
84063804--84063904	26	3.9	26	94	0	184	34	24	7	32	1.85
84066692--84066741	25	2.0	25	88	11	75	32	22	26	20	1.98
84066659--84066741	26	3.2	26	75	23	86	33	22	22	20	1.97
84071714--84071845	66	2.0	66	92	0	219	32	29	15	22	1.95
84077059--84077241	79	2.3	80	83	7	221	25	27	22	24	2.00
84077038--84077241	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
84086854--84086880	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
84088902--84089135	48	4.9	48	78	6	197	29	22	27	20	1.99
84088901--84089075	96	1.8	96	83	4	237	29	22	27	20	1.98
84088902--84089137	96	2.5	96	77	6	226	29	22	27	20	1.99
84096012--84096126	54	2.1	54	90	4	180	35	4	26	33	1.76
84096350--84096402	26	2.0	26	100	0	106	47	11	18	22	1.81
84096832--84097000	52	3.2	52	92	2	266	37	5	24	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84097222--84097274	26	2.0	26	100	0	106	47	11	18	22	1.81
84098295--84098621	48	6.8	48	75	6	216	27	19	29	24	1.98
84102484--84102553	25	2.8	25	91	0	113	25	21	25	27	1.99
84102600--84102629	11	2.8	11	95	5	53	30	16	16	36	1.91
84110351--84110434	25	3.4	24	80	9	80	28	22	19	29	1.98
84110364--84110433	25	2.8	25	88	0	95	28	22	21	27	1.99
84110479--84110514	10	3.5	10	92	7	63	30	19	16	33	1.94
84110479--84110519	21	2.0	21	95	0	73	31	17	17	34	1.93
84117969--84118068	29	3.5	28	87	2	128	32	27	13	28	1.93
84122923--84123025	51	2.0	51	100	0	206	21	11	27	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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