genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  276  ( 33102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87853983--87854035	18	2.9	18	88	0	79	49	13	16	20	1.79
87854356--87854530	27	6.5	27	89	3	210	39	16	16	27	1.90
87854356--87854530	54	3.2	54	86	3	237	39	16	16	27	1.90
87858014--87858134	27	4.5	27	73	0	71	38	14	16	29	1.89
87858168--87858309	50	2.8	50	86	0	194	26	16	26	30	1.97
87868716--87868785	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
87868716--87868813	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
87869528--87869553	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
87876415--87876493	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
87878248--87878355	54	2.0	54	88	0	162	42	16	6	34	1.74
87879430--87879514	38	2.2	40	82	4	102	40	24	17	17	1.91
87880430--87880467	20	1.9	20	94	0	67	23	7	0	68	1.16
87882532--87882563	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
87890120--87890151	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
87890338--87890485	72	2.0	73	84	3	192	25	16	29	29	1.97
87898305--87898477	46	3.7	46	74	10	163	23	19	27	30	1.98
87898302--87898472	93	1.8	93	88	0	261	22	19	28	29	1.98
87909716--87909817	52	2.0	48	90	7	159	36	9	6	47	1.64
87909716--87909794	25	3.1	25	68	13	79	36	7	8	46	1.64
87909716--87909794	26	3.0	27	62	20	67	36	7	8	46	1.64
87915015--87915067	26	1.9	29	85	11	76	24	7	9	58	1.55
87917125--87917176	21	2.5	20	76	17	52	32	0	7	59	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87920264--87920301	6	6.3	6	90	0	58	42	0	57	0	0.98
87924563--87924648	40	2.2	39	89	2	127	25	17	27	29	1.97
87926871--87926916	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
87927450--87927611	43	3.8	42	75	4	110	32	24	16	25	1.96
87934345--87934390	23	2.0	24	86	4	67	52	28	2	17	1.56
87934538--87934677	42	3.3	40	78	8	127	30	25	17	27	1.97
87938013--87938077	26	2.5	26	80	9	78	32	15	9	43	1.78
87938217--87938266	6	8.5	6	95	2	66	16	24	0	60	1.36
87939759--87939817	30	1.9	31	86	3	84	33	8	23	33	1.85
87940581--87940702	47	2.6	47	94	0	208	36	13	22	26	1.92
87940728--87940872	45	3.0	45	83	10	164	37	17	24	20	1.93
87940773--87940922	55	2.8	53	80	6	176	37	19	23	20	1.94
87940628--87940872	99	2.4	99	83	4	287	36	17	24	22	1.94
87953306--87953353	14	3.6	14	77	11	64	45	6	0	47	1.27
87953301--87953353	26	2.0	26	100	0	106	41	7	0	50	1.30
87953304--87953364	26	2.3	26	91	0	95	45	8	1	44	1.43
87955642--87955669	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
87956084--87956219	50	2.7	50	81	5	150	39	11	13	35	1.81
87956088--87956208	50	2.4	50	85	2	161	38	12	14	33	1.84
87958793--87958835	21	2.1	20	83	12	52	23	6	2	67	1.27
87962728--87962807	40	2.0	40	97	0	151	50	5	23	21	1.68
87963463--87963521	23	2.5	24	81	13	68	57	1	23	16	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87964938--87965701	46	16.6	46	99	0	1510	19	21	30	28	1.98
87968107--87968183	39	2.0	38	94	0	127	24	20	25	27	1.99
87972304--87972452	76	2.0	76	94	0	262	25	20	12	42	1.86
87973237--87974046	46	17.6	46	99	0	1593	19	21	30	28	1.98
87975397--87975444	23	2.1	23	84	0	60	58	2	25	14	1.48
87980968--87981041	36	2.1	36	97	0	139	31	25	12	31	1.92
87990498--87990527	5	6.0	5	100	0	60	80	20	0	0	0.72
87994362--87994420	20	2.9	21	79	5	66	45	0	0	54	0.99
87995944--87995989	22	2.1	22	84	8	58	39	2	6	52	1.40
87997958--87998053	9	10.7	9	71	13	65	30	1	2	66	1.10
87997956--87998030	20	4.1	20	77	22	67	30	1	0	68	0.98
87997922--87998019	37	2.6	39	76	15	107	29	4	0	66	1.10
87997958--87998030	8	8.1	9	76	22	57	30	1	0	68	0.98
87997956--87998052	28	3.5	26	77	17	81	30	1	2	65	1.10
87997956--87998049	30	3.3	30	77	15	78	30	1	2	65	1.11
87997922--87998019	8	11.8	8	70	15	56	29	4	0	66	1.10
88001013--88001196	40	4.6	40	85	5	221	26	26	22	23	2.00
88003321--88003354	16	2.1	16	100	0	68	47	29	17	5	1.71
88003571--88003671	28	3.6	28	89	0	148	25	13	34	25	1.93
88005161--88005194	15	2.3	15	90	10	52	38	26	0	35	1.57
88014274--88014355	43	1.9	43	92	0	137	15	35	29	19	1.93
88017834--88017861	7	4.0	7	100	0	56	14	0	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88018885--88018927	22	2.0	21	82	13	52	55	11	4	27	1.55
88019681--88019735	29	1.9	28	88	3	83	49	7	1	41	1.41
88019673--88019764	24	3.6	24	73	12	76	50	7	3	39	1.47
88019995--88020040	22	2.1	22	95	0	83	45	15	13	26	1.82
88019998--88020057	22	2.6	22	84	5	57	46	15	10	28	1.77
88025450--88025892	241	1.8	241	80	5	538	35	16	13	34	1.87
88025679--88026617	132	7.1	131	77	4	788	33	15	14	36	1.88
88025679--88026594	264	3.5	262	80	4	918	33	14	14	36	1.88
88028544--88028711	46	3.6	45	79	10	144	24	27	18	29	1.98
88036038--88036254	46	4.7	45	77	7	195	23	28	20	27	1.99
88036038--88036257	94	2.4	90	84	7	264	23	28	20	27	1.99
88036605--88036676	30	2.6	29	80	12	71	30	18	11	40	1.85
88046529--88046627	19	5.5	19	87	9	136	39	7	16	37	1.76
88046517--88046619	54	1.9	53	90	5	163	38	8	13	38	1.76
88046580--88046655	22	3.6	22	78	11	72	35	5	17	42	1.72
88046909--88046943	18	1.9	18	88	11	54	28	0	0	71	0.86
88047143--88047236	47	2.0	47	95	0	170	20	20	18	41	1.91
88052651--88052688	18	2.1	18	100	0	76	39	15	39	5	1.70
88056947--88057391	44	10.1	44	84	1	543	33	15	23	26	1.95
88057342--88057792	78	5.8	78	96	1	796	31	19	24	24	1.98
88057732--88058050	45	7.1	45	78	9	312	31	15	27	25	1.95
88057732--88058030	89	3.3	90	81	8	288	30	15	28	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88058392--88058540	17	8.4	19	87	10	165	37	12	12	37	1.81
88058408--88058542	35	3.8	36	90	6	222	37	11	13	37	1.81
88058400--88058542	52	2.7	53	93	5	243	37	11	13	37	1.81
88058812--88058847	18	2.0	18	89	10	56	30	0	0	69	0.89
88064357--88064630	139	2.0	139	100	0	548	31	6	22	39	1.80
88064631--88064709	40	2.0	39	90	7	124	25	22	26	25	2.00
88064717--88064884	57	2.9	57	87	0	237	23	17	28	30	1.97
88064721--88064877	28	5.6	27	76	7	125	22	17	28	31	1.97
88064746--88064877	29	4.6	28	77	7	113	22	16	29	31	1.96
88077312--88077411	20	4.6	20	68	21	58	46	6	3	45	1.43
88082819--88082868	21	2.4	21	96	0	91	44	14	12	30	1.81
88082998--88083029	15	2.2	15	94	5	57	12	0	0	87	0.54
88082998--88083029	7	4.4	7	92	7	55	12	0	0	87	0.54
88085821--88085850	14	2.1	14	93	0	51	30	20	13	36	1.90
88089856--88089891	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
88090045--88090131	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
88090502--88090544	15	2.8	15	96	3	77	51	11	0	37	1.39
88090700--88090729	10	3.0	10	95	0	51	50	43	0	6	1.28
88094052--88094264	71	3.0	71	98	0	408	49	5	18	26	1.68
88097378--88097415	18	2.1	18	100	0	76	52	5	0	42	1.24
88098746--88098872	39	3.4	39	78	9	147	35	12	22	29	1.91
88104559--88104606	10	4.8	10	87	10	71	64	2	8	25	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88108836--88109416	36	16.3	36	78	10	491	37	15	22	24	1.93
88108836--88109416	74	8.2	73	77	10	481	37	15	22	24	1.93
88108836--88109416	35	16.3	37	78	10	450	37	15	22	24	1.93
88109017--88109221	102	2.0	101	81	6	236	38	15	21	24	1.93
88110643--88110671	13	2.2	13	100	0	58	51	13	13	20	1.75
88111641--88112197	140	4.0	140	87	0	765	31	22	19	26	1.98
88118548--88118701	68	2.3	67	83	4	188	25	14	18	41	1.88
88120696--88120812	43	2.7	43	94	0	198	10	22	34	33	1.88
88120957--88121145	58	3.4	56	86	5	206	23	16	29	30	1.96
88121013--88121115	29	3.6	29	75	10	111	22	16	32	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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