genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21596626--21596677	24	2.1	25	82	10	63	51	15	0	32	1.43
21597906--21597933	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
21600815--21600867	24	2.2	25	80	10	65	52	3	1	41	1.30
21602528--21602588	18	3.3	18	66	20	54	36	6	9	47	1.63
21602523--21602596	37	2.0	37	100	0	148	35	5	13	45	1.66
21603553--21603577	12	2.1	12	100	0	50	32	0	16	52	1.44
21604100--21604132	16	2.1	16	88	11	50	57	6	9	27	1.53
21605753--21605966	42	5.2	40	62	16	94	18	21	21	37	1.94
21605564--21606316	250	3.0	253	84	4	918	19	20	20	38	1.93
21605563--21606317	339	2.2	334	83	3	935	19	20	21	38	1.93
21605563--21606324	84	9.1	84	85	2	908	19	20	20	38	1.93
21612335--21612426	46	2.0	46	86	0	130	20	20	15	43	1.88
21614515--21614549	11	3.2	11	100	0	70	74	0	0	25	0.82
21614811--21614871	29	2.0	31	87	6	90	29	18	4	47	1.69
21629556--21629589	6	5.5	6	96	3	59	52	14	0	32	1.42
21632254--21632413	32	4.9	32	86	3	203	38	20	21	20	1.93
21638538--21638746	104	2.0	104	96	0	382	26	17	16	40	1.90
21641431--21641494	31	2.1	31	88	8	96	59	10	4	25	1.50
21643528--21643552	6	4.2	6	100	0	50	36	0	0	64	0.94
21650791--21650815	11	2.3	11	100	0	50	64	8	16	12	1.49
21651298--21651455	43	3.7	43	90	0	210	32	7	3	56	1.43
21651420--21651471	19	2.8	18	72	16	52	36	3	3	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21651573--21651632	25	2.4	25	78	10	70	26	5	5	63	1.36
21651862--21651906	17	2.5	19	76	20	51	20	8	4	66	1.36
21651897--21651944	25	2.0	24	88	12	71	33	4	4	58	1.36
21653703--21653806	49	2.1	48	81	11	115	57	0	5	35	1.29
21654053--21654142	9	9.9	9	68	20	53	31	1	1	66	1.06
21654056--21654143	10	9.5	10	71	19	50	29	1	1	68	1.04
21654055--21654143	18	4.9	18	70	8	63	30	1	1	67	1.05
21656848--21656878	8	3.9	8	100	0	62	38	0	0	61	0.96
21657038--21657089	13	3.8	13	80	7	59	76	5	15	1	1.05
21657037--21657080	22	2.0	23	86	4	63	77	4	15	2	1.04
21657101--21657134	15	2.1	15	89	10	50	64	0	35	0	0.94
21657037--21657131	9	10.6	9	70	13	52	70	4	23	2	1.15
21657100--21657138	17	2.3	18	82	13	55	66	0	33	0	0.92
21657971--21658085	40	2.9	39	87	5	151	40	10	13	34	1.79
21657971--21658111	40	3.6	36	80	12	129	39	9	16	35	1.80
21659704--21659813	42	2.6	42	87	7	145	30	26	12	30	1.93
21659772--21659965	48	4.0	47	82	8	194	31	27	14	26	1.95
21659803--21660095	103	2.9	102	83	7	274	28	27	14	29	1.95
21659922--21660094	47	3.5	47	67	16	132	25	28	16	30	1.96
21659909--21660117	103	2.0	103	98	0	400	24	29	15	30	1.95
21661669--21661700	10	3.2	10	95	0	55	59	0	28	12	1.34
21662247--21662385	73	1.9	73	88	2	208	33	11	18	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21667167--21667478	105	3.0	105	81	2	376	43	19	14	22	1.87
21668919--21668943	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
21670049--21670079	15	2.1	15	100	0	62	29	12	25	32	1.93
21687878--21688135	127	2.0	127	90	0	408	38	19	17	24	1.93
21687897--21688227	127	2.6	127	84	4	382	38	19	17	25	1.93
21688829--21688864	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
21690350--21690424	28	2.6	29	85	8	100	69	8	1	21	1.22
21690405--21690484	12	6.9	12	73	9	51	65	0	1	33	1.01
21690439--21690484	18	2.6	18	82	3	67	67	0	0	32	0.91
21690444--21690475	6	5.3	6	100	0	64	68	0	0	31	0.90
21702967--21703007	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
21704907--21704940	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
21707215--21707275	24	2.6	23	79	10	70	54	1	1	42	1.20
21712652--21712679	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21715721--21715754	13	2.5	13	90	4	50	29	0	20	50	1.49
21716182--21716215	16	2.1	17	88	5	52	29	14	26	29	1.95
21719002--21719233	46	5.0	46	89	1	340	42	15	23	19	1.89
21719317--21719366	26	2.0	26	84	7	68	34	4	22	40	1.72
21732146--21732257	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
21732146--21732257	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
21741949--21742060	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
21741949--21742060	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742159--21742209	25	2.1	24	82	10	59	27	13	21	37	1.91
21745107--21745192	46	1.9	45	88	9	131	29	24	13	32	1.94
21754903--21754951	25	2.0	25	100	0	98	20	16	28	34	1.94
21754904--21754958	25	2.2	25	93	0	92	20	18	30	30	1.96
21756625--21756707	26	3.2	26	96	0	157	31	6	26	36	1.81
21763928--21764011	30	2.7	30	78	9	80	60	2	3	33	1.27
21767341--21767369	15	1.9	15	100	0	58	37	6	0	55	1.27
21773202--21773233	14	2.2	15	94	5	57	56	12	12	18	1.67
21781882--21781983	30	3.4	30	82	5	118	29	23	3	43	1.72
21783299--21783347	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
21783376--21783409	9	4.0	9	85	14	54	88	0	0	11	0.52
21783378--21783409	16	2.0	16	100	0	64	87	0	0	12	0.54
21783473--21783993	18	30.0	18	71	14	301	28	14	11	45	1.80
21783476--21783756	107	2.6	106	82	8	315	28	16	12	43	1.83
21783473--21783704	89	2.6	90	88	3	335	27	15	12	45	1.81
21783473--21783993	17	30.0	17	72	12	276	28	14	11	45	1.80
21783569--21783773	53	3.9	51	75	6	151	31	15	11	41	1.83
21783804--21783995	91	2.2	90	83	5	241	31	11	12	44	1.78
21795767--21796009	122	2.0	123	87	1	353	27	14	21	36	1.93
21795922--21796374	72	6.2	72	86	5	559	30	16	18	34	1.93
21796533--21796567	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
21796300--21796640	86	3.9	87	87	5	474	26	17	20	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796548--21796704	73	2.2	73	91	2	253	26	17	22	33	1.96
21796459--21796762	160	1.9	160	90	2	484	25	17	20	35	1.95
21796962--21796996	14	2.5	14	95	0	61	17	14	8	60	1.58
21796845--21797069	89	2.6	86	87	5	317	24	18	21	36	1.95
21796977--21797133	73	2.2	73	91	2	253	26	17	22	33	1.96
21796888--21797191	160	1.9	160	90	2	484	25	17	20	35	1.95
21796410--21797250	429	2.0	429	100	0	1682	26	17	20	35	1.94
21797135--21797303	55	3.1	54	84	8	232	29	16	17	36	1.92
21797580--21797681	30	3.4	30	82	5	118	29	23	3	43	1.72
21798805--21798992	93	2.0	93	98	0	367	33	12	14	39	1.84
21799092--21799140	16	3.0	16	80	16	64	32	14	12	40	1.83
21802936--21803793	48	17.9	48	98	0	1608	32	18	19	29	1.96
21805743--21805883	72	2.0	72	89	0	219	31	26	12	29	1.93
21806412--21806458	3	15.7	3	100	0	94	34	0	65	0	0.93
21806841--21806886	23	2.0	23	100	0	92	34	8	30	26	1.86
21807096--21807167	3	24.3	3	91	2	119	0	33	0	66	0.92
21814444--21814558	59	1.9	59	89	3	178	40	19	17	23	1.91
21815811--21815836	7	3.7	7	100	0	52	46	0	0	53	1.00
21818000--21818063	31	2.1	31	85	5	85	43	6	6	43	1.54
21818632--21818663	15	2.1	15	94	0	55	56	0	0	43	0.99
21818689--21818732	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
21819254--21819297	6	7.2	6	81	2	52	77	0	20	2	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21821601--21821653	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
21822945--21822990	21	2.2	21	84	0	56	17	30	26	26	1.97
21823044--21823084	8	5.1	8	93	0	73	24	21	24	29	1.99
21826423--21826518	48	2.0	48	91	0	156	19	14	34	31	1.92
21828752--21828780	5	5.8	5	100	0	58	41	0	0	58	0.98
21829683--21829774	44	2.1	44	85	0	121	21	20	23	33	1.97
21839924--21840027	31	3.4	31	83	0	136	22	9	18	50	1.75
21842254--21842278	7	3.6	7	100	0	50	60	0	24	16	1.36
21842339--21842364	9	2.9	9	100	0	52	19	23	0	57	1.40
21842437--21842475	17	2.3	16	82	8	51	43	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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