genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: At_chr13
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  91551117

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19289989--19290178	92	2.1	91	80	3	215	32	8	17	41	1.80
19292356--19292391	19	1.9	18	88	5	54	19	11	41	27	1.85
19293470--19293645	89	2.0	89	80	4	203	35	17	21	26	1.94
19294878--19294935	30	1.9	30	89	6	91	18	25	31	24	1.98
19296772--19296801	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
19299966--19300210	124	2.0	124	96	0	454	28	17	16	37	1.92
19305556--19305614	21	2.7	21	81	5	64	38	25	23	11	1.89
19305999--19306038	15	2.7	14	85	11	53	52	12	0	35	1.39
19306323--19306443	51	2.4	50	85	2	152	25	23	11	39	1.88
19311519--19311703	38	4.7	39	89	4	234	18	20	28	33	1.96
19311519--19311703	78	2.4	78	84	8	234	18	20	28	33	1.96
19312678--19312745	34	2.0	34	94	0	118	35	23	23	17	1.95
19313056--19313185	55	2.4	55	85	0	161	26	26	21	24	1.99
19313925--19314152	94	2.5	91	78	11	248	23	27	20	28	1.99
19314494--19314551	30	1.9	30	85	0	80	27	24	13	34	1.93
19317352--19317408	30	1.9	30	100	0	114	22	3	31	42	1.71
19323791--19323940	71	2.1	71	92	2	248	30	34	14	20	1.93
19327494--19327535	11	3.6	11	81	12	57	59	4	0	35	1.19
19335988--19336077	39	2.3	39	92	0	144	24	17	27	30	1.97
19335998--19336096	39	2.5	39	88	6	130	23	22	29	25	1.99
19352580--19352608	12	2.3	13	94	5	51	75	17	0	6	1.01
19356178--19356212	14	2.6	14	95	4	63	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19366217--19366250	14	2.4	14	100	0	68	29	32	0	38	1.58
19370258--19370314	27	2.1	27	86	0	78	26	24	17	31	1.97
19376342--19376409	30	2.2	32	82	10	88	48	22	10	19	1.78
19376441--19376485	21	2.2	20	92	4	72	26	17	26	28	1.98
19377457--19377503	15	3.1	15	81	0	58	6	29	4	59	1.41
19378769--19378827	31	1.9	31	100	0	118	32	8	28	30	1.87
19390861--19390888	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19392382--19392414	7	4.7	7	100	0	66	45	12	0	42	1.41
19405709--19405752	17	2.4	19	81	7	56	56	0	2	40	1.11
19406511--19406543	9	3.7	9	92	8	50	84	0	0	15	0.61
19407250--19407681	108	4.0	108	99	0	828	51	4	24	20	1.66
19408126--19408178	25	2.1	26	89	3	81	35	35	7	20	1.81
19408223--19408319	36	2.8	36	83	9	112	29	0	30	39	1.57
19410503--19410557	28	1.9	29	82	10	69	40	12	16	30	1.86
19416662--19416731	34	2.1	34	97	0	131	24	11	22	41	1.87
19418783--19418827	22	2.0	22	100	0	90	26	6	26	40	1.81
19423403--19423474	18	3.9	18	73	12	58	38	19	18	23	1.93
19425468--19425537	30	2.2	31	82	10	88	57	14	4	24	1.55
19425694--19425956	136	1.9	134	91	1	427	36	15	14	34	1.88
19428261--19428477	89	2.4	88	85	9	271	39	19	8	32	1.82
19428518--19428561	18	2.4	19	88	3	63	52	0	2	45	1.13
19428917--19429026	10	11.3	10	72	11	77	26	2	0	70	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19428916--19429015	28	3.6	27	83	6	119	28	2	1	69	1.06
19428908--19429008	38	2.6	39	83	7	109	31	1	0	65	1.10
19428917--19429033	21	6.0	21	73	10	90	27	2	0	69	1.07
19428917--19429015	19	5.2	18	78	9	81	27	2	1	69	1.05
19429134--19429291	85	1.9	85	82	2	201	40	8	17	34	1.79
19436529--19436583	28	2.0	27	82	7	65	21	23	23	30	1.99
19437066--19437099	18	1.9	18	88	5	52	14	44	29	11	1.81
19456327--19456353	14	1.9	14	100	0	54	66	11	0	22	1.22
19457479--19457541	22	2.9	21	79	9	72	53	4	6	34	1.47
19457621--19457662	23	1.9	22	85	9	59	57	7	2	33	1.39
19457676--19457704	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
19457703--19457731	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
19457810--19457859	16	3.2	15	80	8	55	58	0	4	38	1.17
19457812--19457861	20	2.8	17	78	21	57	58	0	4	38	1.17
19457832--19457902	24	3.0	23	73	19	65	56	4	1	38	1.28
19457921--19457968	17	2.7	18	78	9	55	60	0	4	35	1.16
19459644--19459707	31	2.0	32	82	8	78	34	10	10	43	1.75
19461809--19461857	23	2.1	23	100	0	98	30	8	12	48	1.69
19462394--19462453	28	2.1	28	81	6	68	38	11	8	41	1.72
19462971--19463167	64	3.1	64	83	4	272	45	6	20	27	1.75
19464020--19464060	21	1.9	22	85	5	57	43	31	2	21	1.66
19464059--19464102	14	3.2	13	81	9	52	27	6	25	40	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19465135--19465177	12	3.7	11	81	9	50	9	9	0	81	0.88
19474331--19474383	13	4.1	13	92	0	88	15	33	32	18	1.92
19482432--19482516	44	1.9	44	92	0	143	45	14	24	15	1.83
19482432--19482527	44	2.1	43	85	9	129	47	14	22	14	1.81
19483333--19483697	70	5.1	74	82	8	423	28	16	20	34	1.94
19483343--19483697	145	2.5	142	82	6	437	29	16	20	33	1.95
19483631--19483846	90	2.4	89	84	6	262	29	17	18	34	1.94
19483631--19483868	87	2.7	91	81	10	269	28	17	19	34	1.94
19484343--19484390	25	1.9	25	91	0	78	31	31	8	29	1.87
19485724--19487048	46	28.8	46	96	0	2379	23	23	14	38	1.92
19489192--19489232	11	3.7	11	86	0	55	73	0	2	24	0.96
19489204--19489279	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
19501298--19501456	44	3.5	44	71	5	129	29	16	23	30	1.96
19501572--19501716	44	3.4	44	80	4	163	29	22	21	26	1.99
19503449--19503488	18	2.2	18	86	0	53	22	2	5	70	1.19
19504201--19504252	27	2.0	27	88	7	81	30	9	1	57	1.42
19504195--19504382	26	7.0	27	69	9	107	29	7	4	58	1.45
19504421--19504461	21	1.9	22	90	5	66	24	12	4	58	1.53
19504540--19504591	27	1.9	27	92	7	88	40	7	0	51	1.30
19506656--19506702	19	2.4	19	82	10	51	19	21	10	48	1.78
19510699--19511352	45	14.8	44	64	11	158	27	19	24	28	1.99
19510700--19511308	133	4.6	133	90	0	957	27	20	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19511290--19511449	44	3.6	44	72	6	126	30	15	25	29	1.96
19510700--19511435	266	2.8	266	85	1	749	27	19	24	28	1.98
19513275--19513319	21	2.1	22	84	12	58	24	6	2	66	1.27
19513394--19513572	6	29.8	6	97	0	313	46	0	0	52	1.04
19513391--19513607	6	36.3	6	92	0	157	43	0	1	53	1.15
19518849--19518979	57	2.2	58	80	6	140	17	19	22	40	1.91
19518953--19518977	12	2.1	12	100	0	50	16	24	20	40	1.91
19535013--19535089	38	2.0	38	100	0	154	31	10	20	37	1.87
19540894--19540934	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
19541039--19541173	39	3.4	39	74	11	116	27	27	20	24	1.99
19542077--19542107	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
19545398--19545504	55	2.0	54	86	1	151	27	19	16	36	1.93
19545665--19545786	44	2.7	45	82	7	167	31	27	17	24	1.97
19545810--19545981	51	3.5	49	71	13	156	32	18	13	35	1.90
19545579--19546199	96	6.6	96	71	9	340	28	20	17	32	1.96
19545844--19546199	45	7.7	45	71	10	173	28	20	15	35	1.94
19545571--19546066	141	3.5	140	72	9	403	29	20	17	32	1.95
19545991--19546248	140	1.8	140	83	1	338	27	22	18	31	1.98
19546772--19546796	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
19549767--19549832	27	2.4	27	92	5	107	43	15	13	27	1.84
19555418--19555582	71	2.4	70	84	3	206	32	20	23	24	1.98
19555418--19555607	35	5.4	35	75	1	148	31	20	23	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19563962--19564010	24	2.0	25	88	4	73	44	38	8	8	1.64
19564622--19564872	71	3.5	71	76	6	197	35	18	20	25	1.95
19564763--19564890	36	3.6	36	72	6	116	36	19	21	21	1.95
19564736--19564857	36	3.4	35	73	3	109	32	20	22	23	1.98
19566668--19566710	2	21.5	2	85	0	59	51	44	2	2	1.27
19566710--19566747	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
19568080--19568136	30	1.9	30	89	3	89	38	1	0	59	1.08
19568325--19568380	29	1.9	29	82	7	69	48	1	12	37	1.52
19568884--19568914	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
19568898--19568949	27	2.0	25	85	11	68	57	1	5	34	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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